Биохимия
ISSN (print): 0320-9725
Свидетельство о регистрации СМИ: ПИ № ФС77–71478 от 23.11.2017
Учредитель: Российская академия наук
Главный редактор: Донцова Ольга Анатольевна, академик РАН, профессор, доктор химических наук
Число выпусков в год: 12
Индексация:
- РИНЦ,
- перечень ВАК,
- ядро РИНЦ,
- RSCI,
- Белый список (2 уровень)
В журнале «Биохимия» публикуются исследования по всем областям биохимии, а также исследования по биохимическим аспектам молекулярной биологии, биоорганической химии, микробиологии, иммунологии, физиологии и биомедицинских наук. Тематика журнала также охватывает новые экспериментальные методики, теоретические достижения, имеющие значение для биохимии, обзоры современных биохимических тем исследования, мини-обзоры, гипотезы и краткие сообщения.
Приветствуются материалы научно-исследовательских работ по следующим актуальным направлениям:
- Иммунология
- Иммунохимия
- Клеточная биология
- Нейробиология
- Энзимология, механизмы и кинетика ферментативных реакций
- Биоинформатика
- Прикладные аспекты биохимии (биотехнология)
- Протеомика
- Молекулярное моделирование
- Гликобиология, гликомика
- Липидология, обмен липидов
- Геномика и регуляция экспрессии генов
- РНК и рибосома
- Медицинская биохимия
- Молекулярная медицина
- Молекулярная эндокринология
- Биохимия крови и кардиология
- Биохимия мышц
- Онкология
- Проблемы развития, старения, эволюции
АУДИТОРИЯ
Журнал ориентирован на научных сотрудников, аспирантов, преподавателей университетов и средних школ, студентов и специалистов, работающих в научно-исследовательских институтах. Издание является источником информации для библиотек научно-исследовательских отделений университетов, биотехнологических и биомедицинских отделений вузов.
НАУКОМЕТРИЧЕСКИЕ ПОКАЗАТЕЛИ
Импакт-фактор РИНЦ (2021 г.): 2.908

НАУКОМЕТРИЧЕСКИЕ ПОКАЗАТЕЛИ ПЕРЕВОДНОЙ ВЕРСИИ
Импакт-фактор Web of Science (2021 г.): 2.824
Импакт-фактор Web of Science журнала Biochemistry (Moscow) в 2012–2021 гг.
SCImago Journal Rank (2020 г.): 0.747
Рейтинг SCImago Journal Rank журнала Biochemistry (Moscow) в 2013–2020 гг.
ИНДЕКСИРОВАНИЕ И РЕФЕРИРОВАНИЕ ПЕРЕВОДНОЙ ВЕРСИИ
- AGRICOLA
- ASFA
- Academic OneFile
- BIOSIS
- Biological Abstracts
- CAB (Abstracts, International)
- ChemWeb
- Chemical Abstracts Service (CAS)
- Current Contents/Life Sciences
- EBSCO
- EMBASE
- EMBiology
- Expanded Academic
- Food Science and Technology Abstracts (FSTA)
- Global Health
- Google Scholar
- Health Reference Center Academic
- Journal Citation Reports/Science Edition
- Medline
- OCLC
- Reaxys
- SCImago
- SCOPUS
- Science Citation Index, Science Citation Index Expanded
- Summon by ProQuest
Текущий выпуск



Том 90, № 2 (2025)
Статьи
Т-клетки памяти: опыт исследования оригинальных моделей с трансгенными Т-клеточными рецепторами
Аннотация
В данной работе обобщен опыт исследований, проведенных на оригинальных мышиных моделях, разработанных в лаборатории механизмов регуляции иммунитета НИИ канцерогенеза ФГБУ «НМИЦ онкологии имени Н.Н. Блохина» Минздрава России. Трансгенез индивидуальных α- и β-цепей Т-клеточных рецепторов (TCR) клеток памяти привел к получению линий животных, ценных для исследований гомеостаза Т-лимфоцитов и закономерностей формирования профиля их активационных маркеров. Исследование трансгенных моделей выявило новые особенности иммунной селекции и прогрессии опухолей. С их помощью подтверждено фундаментальное свойство ряда TCR, получившее название «цепецентричность», которое заключается в доминировании одной из цепей TCR в ходе распознавания комплекса MHC (главный комплекс гистосовместимости)/пептид. Это свойство дает возможность искусственно сформировать значительный пул иммунокомпетентных Т-клеток, что может быть использовано для адоптивной иммунотерапии онкологических и инфекционных заболеваний. Трансгенез доминантно-активных α-цепей TCR открывает перспективы создания организмов с врожденной специфической иммунологической устойчивостью к тем или иным патогенам. Результаты работ последних лет свидетельствуют о том, что TCR, определяя взаимоотношения Т-лимфоцита с его MHC-микроокружением, обладает инструктивной ролью в формировании его функций и фенотипа. Одной из таких функций может являться продукция циклофилина А кортизонрезистентными клетками памяти, локализованными в тимусе. Накапливаются данные о том, что экспрессия TCR с определенной структурой и специфичностью является достаточным условием для формирования у Т-клетки функционального потенциала клеток памяти вне зависимости от истории ее взаимодействия с антигенными MHC/пептидными комплексами.



Методы селективного мечения молекул и субклеточных структур для криоэлектронной томографии
Аннотация
Электронная микроскопия (ЭМ) является одним из наиболее эффективных методов изучения тонкого строения клеток, позволяя получать изображения с разрешением, в тысячи раз превосходящим возможности светового микроскопа. Наиболее современной реализацией электронной микроскопии для биологических объектов является ЭМ-томография образцов, стабилизированных замораживанием без кристаллизации воды (криоЭТ). Такой подход позволяет избежать артефактов химической фиксации и обезвоживания, дает возможность изучать строение клетки вплоть до определения трехмерной структуры индивидуальных белковых молекул в их нативном внутриклеточном окружении с разрешением до долей нанометра. Однако до сих пор не решена задача эффективной локализации объектов исследования – клеточных компартментов или отдельных белковых молекул, что ограничивает диапазон мишеней легко узнаваемыми или широко представленными субклеточными компонентами. Решением этой задачи является применение методов селективного мечения, однако криоЭТ предъявляет к системе мечения ряд взаимоисключающих требований. Эти требования вкратце формулируются следующим образом: к молекуле в живой клетке нужно присоединить частицу, состоящую из веществ, в норме не присутствующих в клетке, благодаря чему она бы выделялась на фоне клеточного содержимого по форме и электронной плотности и при этом минимально влияла бы на функционирование меченой молекулы и на жизнедеятельность клетки в целом. Настоящий обзор посвящен анализу как уже внедренных в исследовательскую практику, так и перспективных методов селективного мечения белков и субклеточных структур для их локализации на криоэлектронных томограммах.



Механизмы устойчивости к глюкокортикоидам неклассичсеких Т-хелперных популяций Th17.1/ex-Th17
Аннотация
Неклассическая популяция лимфоцитов Th17, поляризованных в направлении Th1 (Th17.1/ex-Th17), находится в настоящее время в фокусе внимания исследователей. Обладая уникальным провоспалительным потенциалом и способностью преодолевать гистогематические барьеры, эти клетки играют ключевую роль в патогенезе многих воспалительных заболеваний, в первую очередь аутоиммунных: они превалируют в очагах аутоиммунного поражения и рассматриваются как перспективная терапевтическая мишень при данных патологиях. В то же время недавними исследованиями показана другая отличительная особенность Th1-поляризованных Th17 – избирательная резистентность к глюкокортикоидам. А поскольку глюкокортикоиды являются препаратами первой линии в лечении обострений при аутоиммунных заболеваниях, понимание причин возникновения этого феномена принципиально важно для прогнозирования ответа пациентов на терапию и для повышения эффективности такой терапии. В настоящей работе анализируются механизмы формирования лекарственной резистентности клеток Th17, поляризованных в направлении Th1, проводится их сопоставление с аналогичными процессами в непатогенных классических Th17, обсуждается роль такой резистентности в ответе организма на терапию с использованием глюкокортикоидов.



Опухолевые сфероиды, опухолевые органоиды, опухолевые экспланты и тумороиды: в чём различия между ними?
Аннотация
Трёхмерные (3D) клеточные культуры, имитирующие микроокружение опухоли, стали важным инструментом в исследованиях рака и анализе ответа раковых клеток на лекарственные препараты, что способствует лучшему пониманию биологии раковых опухолей и развитию персонализированной медицины. В настоящее время к наиболее часто упоминаемым 3D моделям многоклеточных культур относятся раковые сфероиды, органоиды, опухолевые экспланты и тумороиды. Эти 3D структуры, находящие различные применения, создаются из раковых и нормальных клеток различного происхождения с помощью множества методов. Однако несмотря на значительные достижения и многочисленные исследования, чёткие и общепринятые определения этих типов 3D культур до сих пор не установлены. В данной рукописи представлен всесторонний обзор опухолевых сфероидов, органоидов, опухолевых эксплантов и тумороидов, включая краткую историю их исследований, уникальные биологические характеристики, их преимущества, ограничения и конкретные области применения.



Прямое нейрональное репрограммирование in situ: эффективность существующих подходов и их возможная оптимизация
Аннотация
Прямое нейрональное репрограммирование (трансдифференцировка) in situ глиальных клеток – астроцитов и микроглии – получило мощный импульс к развитию в качестве потенциального регенеративного подхода при терапии целого ряда заболеваний и травм ЦНС. Нервная система высших млекопитающих обладает ограниченной способностью к восстановлению; тяжелые травмы ЦНС или нейродегенеративные процессы способны серьезно повлиять на качество жизни пациентов, приводя к инвалидизации вследствие необратимых двигательных и когнитивных нарушений. Восстановление утраченных нейронов in situ, основанное на прямом репрограммировании глиальных клеток нервной системы без промежуточной стадии плюрипотентности, представляется наиболее привлекательным с точки зрения медицинской трансляции подходом. Способность астроглии интенсивно пролиферировать в ответ на повреждения нервной ткани выделяет этот тип эндогенных и близких по происхождению к нейронам клеток как хороших кандидатов для трансдифференцировки в нейроны, тем более что разными авторами in vitro и in vivo уже показана возможность нейронального прямого репрограммирования астроцитов. В качестве потенциальной терапевтической стратегии уже зарекомендовало себя применение сверхэкспрессии пронейрональных транскрипционных факторов (ТФ), таких как NeuroD1–4, NeuroG2, Ascl1, Dlx2, в том числе факторов-пионеров, способных распознавать целевые последовательности в «закрытом» хроматине и активировать транскрипцию «молчащих» генов. Применяется также блокирование действия ТФ PTB и REST (RE1-Silencing Transcription factor) c помощью микроРНК, дополнительное воздействие с помощью малых молекул или различных биоматериалов. Однако эффективность прямого репрограммирования in situ ограничивается целым рядом факторов, в числе которых специфичность используемых систем доставки трансгена в клетку, специфичность и активность применяемых промоторов, область мозга, в которой происходит трансдифференцировка, факторы, влияющие на перестройку клеточного метаболизма, влияние микроокружения и т.д. Для оценки репрограммирования in situ, где присутствует большое количество типов клеток, требуется мониторинг и точная фенотипическая характеризация субпопуляций клеток, проходящих трансдифференцировку, подтверждающая факт репрограммирования астроглии в нейроны и их последующую интеграцию в ЦНС. В обзоре рассмотрены и обобщены наиболее эффективные стратегии нейронального репрограммирования, способы визуализации процесса трансдифференцировки, а также акцентировано внимание на существующих препятствиях для эффективной нейрональной конверсии и возможных подходах для их преодоления.



Эволюция, возможности и перспективы применения методов оценки пула пиридиновых нуклеотидов для изучения механизмов пластичности головного мозга в норме и при патологии
Аннотация
Никотинамидадениндинуклеотид и его производные (окисленные и восстановленные формы) – NAD+, NADP+, NADH, NADPH – выполняют важную роль в метаболизме клеток, выступают в качестве субстратов или кофакторов для большого числа ферментов, участвующих в регуляции репликации, репарации ДНК, поддержании гомеостаза кальция в клетках, биосинтетических процессах и механизмах энергопродукции. Нарушение соотношения окисленных и восстановленных форм пиридиновых нуклеотидов сопровождает развитие окислительного и редуктивного стрессов, которые вносят существенный вклад в повреждение клеток и индукцию адаптивных реакций. В настоящее время исследователи используют большое число протоколов, ориентированных на количественную или качественную оценку пула пиридиновых нуклеотидов, однако все они имеют свои ограничения и особенности, связанные с процессами пробоподготовки, полнотой оценки спектра метаболитов, сложностью интерпретации данных. Измерение концентраций пиридиновых нуклеотидов актуально при изучении патофизиологических механизмов регуляции функций клеток и межклеточной коммуникации. Особую актуальность это имеет при изучении механизмов пластичности центральной нервной системы в норме и при патологии, так как существенные изменения пула пиридиновых нуклеотидов в клетках регистрируют при нарушениях развития головного мозга, нейродегенерации, естественном старении. Простые и надежные неинвазивные методы измерения уровня NAD+ и NADH необходимы для оценки состояния клеток головного мозга как в клинических, так и в исследовательских целях. Цель обзора – проанализировать в сравнительном аспекте основные методы измерения уровней окисленных и восстановленных пиридиновых нуклеотидов в клетках и сформулировать ключевые принципы их выбора для корректной интерпретации полученных данных, в том числе при изучении центральной нервной системы.



Дифференциальная экспрессия hsa-miR-134, hsa-miR-155, hsa-miR-122 в качестве биомаркеров эпилептогенеза у пациентов, перенёсших острое церебральное поражение
Аннотация
Процесс возникновения эпилептогенного очага у пациентов, перенёсших острое церебральное поражение, трудно поддаётся прогнозу. В нашей работе описана и изучена возможность применения микроРНК в качестве биомаркеров эпилептогенеза. Целью работы являлась оценка экспрессии hsa-miR-134-5p, hsa-miR-155-5p и hsa-miR-122-5p у различных групп пациентов. Было проведено количественное сравнение относительной экспрессии исследуемых микроРНК в плазме крови у трёх групп пациентов: I группа – височная эпилепсия; II группа – пациенты, перенёсшие острые церебральные поражения в острой фазе; III группа – контрольная. Исследование показало повышенную экспрессию hsa-miR-134-5p у пациентов с височной эпилепсией, что подтверждает литературные данные о её вовлечённости в механизмы эпилептогенеза. Экспрессия hsa-miR-155-5p была повышена у пациентов с острым церебральным поражением в сравнении с другими группами, данные свидетельствуют о её вовлечённости в механизмы воспаления, что опосредованно может влиять на возникновение эпилепсии. Hsa-miR-122-5p гиперэкспрессированы у двух исследованных групп, однако в группе пациентов с острыми церебральными поражениями показатели были выше. Полученные результаты позволяют предложить hsa-miR-122-5p в качестве потенциального биомаркера эпилептогенеза.



Ингибиторы транскетолазы Mycobacterium tuberculosis, нацеленные на сайт связывания дифосфата и близлежащий гидрофобный участок
Аннотация
Транскетолаза Mycobacterium tuberculosis (mbTK) является одним из ключевых ферментов пентозофосфатного пути, важного для выживания бактерий, и представляет собой потенциальную мишень для противотуберкулёзной терапии. Мы обнаружили новый класс конкурентных фурансульфонатных ингибиторов mbTK, способных взаимодействовать как с участком тиаминдифосфатного кофактора, так и с соседним гидрофобным участком Ile211-Leu402-Phe464, подавляя таким образом активность фермента. Наиболее перспективное соединение STK106769, идентифицированное с помощью компьютерного скрининга, ингибирует mbTK со значением IC50 7 мкМ и подавляет рост штамма M. tuberculosis H37Rv. Гидрофобный участок mbTK Ile211-Leu402-Phe464 замещён существенно более полярными остатками в транскетолазе человека, что является важным фактором, определяющим селективность связывания ингибиторов с этими гомологичными ферментами.



Активность сигнального пути JNK в гиппокампе крыс: её изменения с возрастом, при развитии признаков болезни Альцгеймера и воздействии IQ-1S – ингибитора JNK
Аннотация
Болезнь Альцгеймера (БА) – многофакторное нейродегенеративное заболевание, которое становится основной причиной синильной деменции. Возраст – ключевой фактор риска наиболее распространённой (>95%) спорадической формы БА, эффективных методов профилактики и лечения которой не существует. Всё больше данных указывает на то, что развитие БА и других нейродегенеративных заболеваний связано с активацией путей митоген-активируемых протеинкиназ, а сигнальный путь JNK рассматривается как потенциальная мишень для профилактики и лечения БА, при этом информация об изменениях его активности, объективным показателем которой считается изменение уровня фосфорилирования его компонентов, в онтогенезе крайне ограничена. Цель настоящего исследования – сравнить изменения с возрастом активности сигнального пути JNK в гиппокампе крыс Wistar и преждевременно стареющих крыс OXYS, у которых спонтанно развиваются все ключевые признаки БА, а также оценить влияние на активность сигнального пути селективного ингибитора JNK3 – натриевой соли 11H-индено[1,2-b]хиноксалин-11-он оксима (IQ-1S). Способность IQ-1S подавлять ускоренное старение мозга крыс OXYS доказана ранее, однако его влияние на активность JNK не исследовалась. В настоящем исследовании мы показали, что с возрастом активность сигнального пути JNK повышается в гиппокампе крыс обеих линий. При этом манифестация и активная прогрессия признаков БА у крыс OXYS происходят на фоне усиленного, по сравнению с крысами Wistar, фосфорилирования ключевой киназы этого сигнального пути – JNK3 и её белков-мишеней, что позволяет рассматривать JNK3 как потенциальную мишень для интервенций, направленных на профилактику нейродегенеративных процессов. В пользу этого свидетельствует и тот факт, что ранее выявленный нами нейропротекторный эффект селективного ингибитора JNK3 IQ-1S, его способность подавлять развитие нейродегенеративных процессов у крыс OXYS, связан со снижением уровня фосфорилирования JNK3, с-Jun, АРР и Тау в гиппокампе.



Молекулярные биомаркеры нейродегенерации при боковом амиотрофическом склерозе: клинико-биохимическое исследование
Аннотация
Боковой амиотрофический склероз (БАС) является наиболее распространенным заболеванием двигательных нейронов, но, несмотря на это, постановка окончательного диагноза может откладываться до 12 мес. в связи с тем, что для БАС не существует специфических и чувствительных биомаркеров. В нашем исследовании впервые на большой выборке пациентов с БАС (n = 100) в российской популяции мы оценивали основные биомаркеры нейродегенеративной патологии, такие как β-амилоиды (Aβ40 и Aβ42) и тау-протеины (Tau-total и Tau-p181), а также другие патогенетически обоснованные перспективные биомаркеры, такие как фактор роста фибробластов 21 (FGF-21), калликреин-6, молекула нейрональной клеточной адгезии-1, нейрогранин, белок TDP-43, аполипопротеин E4, кластерин (Apo J), фактор комплемента Н (CFH), фетуин-А, α2-макроглобулин, аполипопротеин А1, аполипопротеин CIII, компонент С3 комплемента (С3), глиальный нейротрофический фактор, растворимый рецептор конечных продуктов гликозилирования и микроглиальный белок S100B. Значимые различия между пациентами с БАС и контрольной группой были достигнуты по показателям: Aβ40 (p = 0,044), Aβ42 (p < 0,001), FGF-21 (p < 0,001), Tau-total (p = 0,001), Tau-pT181 (p = 0,014), кластерин (p < 0,001), C3 (p = 0,001), S100B (p = 0,024). Было установлено наличие значимой прямой корреляции между баллом шкалы ALSFRS-R и концентрацией Aβ40 и Aβ42. Выявлены изменения в системе комплемента (C3 и CFH), свидетельствующие о важной роли процессов нейровоспаления в патогенезе БАС, а также повышение FGF-21 у пациентов с бульбарной формой БАС. Выявленное значимое повышение концентрации белка-шаперона кластерина у пациентов с быстрым прогрессированием БАС позволяет рассматривать его в роли перспективного прогностического биомаркера болезни двигательного нейрона, а его роль в поддержании протеостаза может предложить новые потенциальные терапевтические подходы.



Индукция дифференцировки фибробластов в миофибробласты при изменении соотношения цитоплазматических актинов
Аннотация
Миофибробласты, играющие важную роль в опухолевом микроокружении, представляют многообещающее направление исследований в области онкотерапии. В данной работе изучали возможности индуцируемой дифференцировки фибробластов человека в миофибробласты путём редукции γ-цитоплазматического актина (γ-А) методом РНК-интерференции. Снижение экспрессии γ-А в подкожных фибробластах человека приводит к позитивной регуляции маркеров миофибробластов, включая α-гладкомышечный актин (α-ГМА), экстра-домен A фибронектина (ED-A FN) и коллаген III типа. Эти изменения сопровождались модуляциями клеточной морфологии, такими как значительное увеличение площади клеток и формирование суперзрелых фокальных контактов. Снижение экспрессии γ-А компенсировалось повышением экспрессии β-цитоплазматического актина (β-А) и α-ГМА, а также формированием характерных α-ГМА-позитивных стресс-фибрилл. В заключение, наши результаты показали, что редукция экспрессии γ-А приводит к миофибробластной транс-дифференцировке подкожных фибробластов человека.


