Прикладная биохимия и микробиология
Публикуются оригинальные статьи по исследованиям в области биохимии и микробиологии, которые имеют или могут иметь практическое применение, в частности исследования механизмов ферментативных реакций; путей биосинтеза; строения и функций; получения низко- и высокомолекулярных биологически активных соединений (витаминов, коферментов, нуклеотидов, аминокислот, полисахаридов, липидов и т.п.); исследование механизмов фитоиммунитета; биологические способы защиты окружающей среды; новые подходы и новые методы исследования. Публикуются тематические обзорные статьи, рецензии новых книг и анализ материалов научных конференций.
Журнал основан в 1965 году.
Свидетельство о регистрации СМИ: № 0110177 от 04.02.1993
Текущий выпуск



Том 61, № 1 (2025)
Статьи
Практические успехи лабораторной эволюции
Аннотация
Адаптивная лабораторная эволюция (ALE) — это инновационный подход к созданию эволюционировавших штаммов микробов с желаемыми характеристиками и производству продуктов с высокой добавленной стоимостью. ALE также используется как инструмент для более глубокого понимания генетических и/или метаболических путей эволюции. В представленном обзоре предпринята попытка проанализировать результаты работ, объясняющих и демонстрирующих возможности микроорганизмов, как модельных объектов для проведения лабораторных эволюционных экспериментов, все чаще используемых для изучения адаптации, оценки динамики эволюции и проверки различных эволюционных гипотез. Вместе с тем ALE показала себя как многообещающий и эффективный метод, который при использовании для биотехнологических целей, уже привел к получению новых полезных микробиологических штаммов. При этом надо отметить, что имеющиеся на сегодняшний день успехи не только иллюстрируют мощь и универсальность этого подхода, но и выявляют ряд вопросов, остающихся пока без ответа, а сделанные на основании ALE выводы, требуют осторожности в интерпретации полученных результатов.



Rhodococcus erythropolis А-27 как биокатализатор для энантиоселективного восстановления кетонов в присутствии высоких концентраций изопропанола
Аннотация
Показано, что в присутствии клеток пяти штаммов Rhodococcus erythropolis, выделенных из различных антропогенно загрязненных экосистем, и экзогенного восстановителя (изопропанола) протекает энантиоселективное восстановление кетонов (ацетофенона и 6-метил-5-гептен-2-она) с образованием соответствующих спиртов S-конфигурации с высоким энантиомерным избытком. С помощью наиболее активного штамма R. erythropolis А-27 при оптимальной концентрации изопропанола получены продукты (S-1-фенилэтанол и S-6-метил-5-гептен-2-ол) с энантиомерным избытком не менее 99.9% и выходом 92 и 93% соответственно. Обнаружено, что данный штамм проявляет толерантность к изопропанолу и может эффективно восстанавливать 6-метил-5-гептен-2-он в S-6-метил-5-гептен-2-ол в буфере, содержащем 50% изопропанола.



Метод анализа антимикробной активности пептидов с помощью экспрессии кодирующих их генов в клетках Escherichia coli
Аннотация
Предложена система тестирования новых потенциальных антимикробных пептидов (АМП), основанная на экспрессии кодирующих их рекомбинантных генов в клетках Escherichia coli. Такой подход имеет ряд преимуществ по сравнению с использованием химически синтезированных пептидов, при этом оба подхода эффективно дополняют друг друга. Используемый метод не налагает ограничений на размер АМП, позволяет проводить массовый скрининг мутантных плазмидных библиотек, имеет меньшую стоимость по сравнению с использованием синтетических пептидов. Суть метода заключается в трансформации модельной грамотрицательной бактерии E. coli плазмидами, несущими в себе рекомбинантный ген, кодирующий АМП, под контролем индуцибельного промотора. После индукции транскрипции бактерии синтезируют АМП, что приводит их к гибели. Детекцию роста бактерий проводят либо путем измерения оптической плотности жидкой культуры, выращиваемой в микропланшете, либо путем капельного высева серийных разведений культуры на агаризованную питательную среду.



Каталитические свойства иммобилизованной фитазы Silvania hatchlandensis ФГ 3.9.1
Аннотация
Получен препарат фитазы из клеток галоалкалотолерантных бактерий, идентифицированных как Silvania hatchlandensis, выделенных из грунта содового шламохранилища. При иммобилизации фермента в гель альгината бария и сшивке с активированным хитозаном сохранялось 97 и 95% активности нативного белка соответственно. Показано, что при использовании иммобилизованного в альгинате и связанного с хитозаном фермента на протяжении 6 последовательных реакционных циклов сохранялось 70% фитазной активности. Иммобилизация приводила к незначительному снижению максимальной скорости реакции и уменьшению константы Михаэлиса. Иммобилизованная фитаза была более термостабильной по сравнению со свободной формой фермента: константа термоинактивации иммобилизованного фермента при 70°С снижалась в 1.1–1.2 раза. Иммобилизованный фермент сохранял активность при рН 3–12, pН оптимум фермента при иммобилизации не изменялся и был равен 5.0. Удельная активность фермента, ковалентно присоединенного к активированному хитозану, выше, чем таковая нативного фермента в среде с низким и высоким рН. Иммобилизованная фитаза галоалкалотолерантного штамма S. hatchlandensis может быть использована в кормопроизводстве и других отраслях сельского хозяйства.



Биодоступная нанокомпозиция хитозан-наночастицы меди как альтернатива антибиотикам в кормах бройлеров
Аннотация
Разработана агрегативно устойчивая нанокомпозиция хитозан-наночастицы меди со средним размером последних 25–30 нм. Бактерицидный эффект нанокомпозиции показан in vitro на патогенных бактериях Enterococcus faecalis и исследован in vivo в составе выпойки и в кормах цыплят-бройлеров в сопоставлении с антибиотиком “Максус”, использующимся в их рационе. Показано, что количество бактерий в организме бройлеров составило 1.88% при введении нанокомпозиции, что более чем в два раза меньше по сравнению с группой, где применялся антибиотик.



Биологически активный хинолиноновый алкалоид из морского гриба Penicillium polonicum КММ 4719
Аннотация
Штамм морского гриба KMM 4719 был выделен из трепанга Apostichopus japonicus и идентифицирован как Penicillium polonicum на основе трех молекулярно-генетических маркеров: ITS, BenA и CaM. Из этилацетатного экстракта культуры этого штамма был выделен 3-O-метилвиридикатин. Для 3-O-метилвиридикатина впервые показано кардиопротекторное действие, а также ингибирующая активность в отношении уреазы (ИК50 97.3 мкМ). Кроме того, 3-О-метилвиридикатин в концентрации 100 мкМ (25.1 мкг/мл) на 23.2% ингибировал рост дрожжеподобных грибов Candida albicans.



Идентификация возбудителя ложной мучнистой росы винограда Plasmopara viticola на основе количественной ПЦР
Аннотация
Предложен новый метод ранней идентификации возбудителя ложной мучнистой росы винограда Plasmopara viticola, основанный на методе количественной ПЦР в реальном времени (ПЦР РВ) с применением флуоресцентного красителя SYBR Green I. Разработаны шесть пар праймеров для ПЦР РВ для идентификации P. viticola, где пара праймеров PvITS1_2-real-s/a продемонстрировала наибольшую эффективность для раннего выявления ложной мучнистой росы винограда. Более того, была показана положительная корреляция (R = 0.86) при сравнении результатов ПЦР РВ с праймерами PvITS1_2-real-s/a с данными метатаксономического анализа по распространению P. viticola среди растений Дальневосточных видов и сортов винограда. Таким образом, ПЦР РВ с парой праймеров PvITS1_2-real-s/a, является дешевым и эффективным методом для раннего выявления и мониторинга бессимптомных инфекций P. viticola. Разработанный метод может послужить основой для прогнозирования эпидемий ложной мучнистой росы винограда и борьбы с ней на виноградниках.



Фитостимулирующая активность Methylobacterium dichloromethanicum subsp. dichloromethanicum DM4 и его нокаут-мутанта по гену groEL2
Аннотация
Впервые проведен анализ генома деструктора дихлорметана Methylobacterium dichloromethanicum subsp. dichloromethanicum DM4 на наличие генетических детерминант, указывающих на его потенциал как стимулятора роста растений, а также определена способность данного штамма и его нокаут-мутанта по гену groEL2 к улучшению роста растений. В геноме штамма DM4 обнаружены гены, отвечающие за биосинтез фитогормонов (индолил-3-уксусной кислоты и цитокининов), сидерофоров, каротиноидов, поли-β-гидроксибутирата, гидролитических ферментов, а также ферментов, участвующих деградации D-цистеина, в защите от УФ-повреждений и солюбилизации фосфатов. Инокуляция ростков салата штаммом DM4 положительно влияла на рост и развитие растений, повышала адаптивную защиту и устойчивость к кратковременному температурному стрессу в вегетационных опытах. Сравнительный анализ продукции ауксинов, сидерофоров, гидролитических ферментов, D-цистеиндесульфогидразной активности, способности к солюбилизации нерастворимых фосфатов у штаммов DM4 и DM4 ΔgroEL2 показал, что нарушение структуры гена groEL2 приводило к снижению синтеза индолпроизводных и фосфатсолюбилизирующей способности у мутантного штамма. Оценка влияния инокуляции указанными штаммами растений салата также продемонстрировала уменьшение фитостимулирующего потенциала DM4 ΔgroEL2 по сравнению с исходным штаммом. Полученные данные свидетельствуют об опосредованном влиянии шаперонина GroEL2 у M. dichloromethanicum subsp. dichloromethanicum DM4 на его фитостимулирующую активность.



Новые агрономически ценные штаммы рода Streptomyces и их биохимическая характеристика
Аннотация
Органическое земледелие — мировой тренд, благодаря которому увеличивается спрос на биологические препараты для использования в сельскохозяйственном производстве. В работе охарактеризованы новые штаммы актиномицетов, изолированные методом прямого высева из почвенных проб, отобранных в различных агроценозах Вятско-Камского Предуралья (Россия). В результате предварительного тестирования (около 350 штаммов) по признаку антифунгальной активности выделены изоляты 8Al3, N27-25 и P15-2, идентифицированные по данным анализа 16S рРНК как бактерии рода Streptomyces. Активное вещество с антифунгальным эффектом — скопафунгин идентифицировано с использованием ВЭЖХ-МС/МС. Наряду с угнетающим действием на фитопатогенные грибы, эти штаммы продуцируют в присутствии 100 мкг/мл L-триптофана ауксины (17.4–20.8 мкг/мл), обладают целлюлолитической активностью и оказывают стимулирующее действие на всхожесть и накопление сухой биомассы проростками пшеницы, клевера и горчицы. Сделано заключение, что обладая комплексом полезных для растений характеристик, штаммы Streptomyces 8Al3, N27-25 и P15-2 могут быть использованы в качестве кандидатных для создания биологических препаратов фунгицидного и фитостимулирующего действия.



Новые особенности факторов вирулентности Pectobacterium atrosepticum
Аннотация
В работе проведен анализ девяти штаммов Pectobacterium atrosepticum (Pca), получены новые сведения о свойствах патогена и регуляции его основных факторов вирулентности. В экзополисахаридах (ЭПС) Pca были выявлены анионные группы (PO43–), количество которых различалось у разных штаммов и, возможно, способствовало образованию более плотных биопленок. Большинство штаммов Pca в различной степени ингибировали рост растений картофеля in vitro, однако один из штаммов (426) существенно активировал рост растений устойчивого сорта картофеля Луговской. На основании совокупности симптомов заболевания (хлороз, некроз, вилт, торможение скорости роста) все штаммы P. atrosepticum были разделены по степени вирулентности. Кроме того, было показано, что инкубация бактерий с гомогенатом из растений картофеля in vitro модулировала активность пектиназы у Pca: гомогенат из растений устойчивого сорта картофеля Луговской ингибировал активность экзопектинаы, а из восприимчивого сорта Лукьяновский — ее активировал. При этом в наибольшей степени ингибировалась активность экзопектиназы авирулентного штамма 426. Предполагается, что это явилось причиной стимуляции роста растений устойчивого сорта картофеля in vitro.


