Domestic devices for molecular genetic analysis: developments of the IAP RAS and SINTOL LLC

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

The set of domestic devices and reagent kits for molecular genetic analysis has been developed, which provides for all stages of the study, from the automated isolation of nucleic acids, their amplification with real-time detection to classical and genome-wide DNA sequencing. With the help of the created equipment and reagent kits, approaches for the specific indication of pathogens of a wide range of diseases have been successfully implemented. The high efficiency of the proposed approaches is shown by the example of detecting and analyzing the RNA of the pathogen SARS-CoV-2 in the fight against the COVID-19 coronavirus pandemic (7 figs, bibliography: 4 refs).

About the authors

Vladimir E. Kurochkin

Institute for Analytical Instrumentation of the Russian Academy of Sciences

Email: lavrovas@yandex.ru
SPIN-code: 1868-9326
ResearcherId: S-7871-2016

D.Sc. (Тechnical), Professor

Russian Federation, 26, Rizhskiy ave., Saint Petersburg, 190103

Yakov I. Alekseev

“Syntol” LLC

Email: jalex01@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-1696-7684
SPIN-code: 8145-5586

Ph.D. (Biology)

Russian Federation, Moscow

Dmitriy G. Petrov

Institute for Analytical Instrumentation of the Russian Academy of Sciences

Email: dimoon88@mail.ru
SPIN-code: 2975-8180
Scopus Author ID: 761722
Russian Federation, 26, Rizhskiy ave., Saint Petersburg, 190103

Anatoliy A. Evstrapov

Institute for Analytical Instrumentation of the Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: an_evs@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-4495-8096
SPIN-code: 2053-5020
Scopus Author ID: 22691
ResearcherId: I-9739-2014

D.Sc. (Тechnical)

Russian Federation, 26, Rizhskiy ave., Saint Petersburg, 190103

References

  1. Alekseev YaI, Belov YuV, Varlamov DA, et al. Devices for diagnostics of biological objects based on the method of polymerase chain reaction in real time (PCR-RT). Scientific Instrument Engineering. 2006;16(3):132–136. (In Russ.)
  2. Alekseev YaI, Belov YuV, Malyuchenko OP, et al. Genetic analyzer for DNA fragment analysis. Scientific Instrument Making. 2012;22(4):86–92. (In Russ.)
  3. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512 (accessed 13.05.2021).
  4. Garafutdinov RR, Mavzyutov AR, Alekseev YaI, et al. Betacoronaviruses of humans and their highly sensitive detection using PCR and other methods of amplification. Biomics. 2020;12 (1):121–179. (In Russ.)

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
2. Fig 1. Complex for the isolation of nucleic acids KVNK

Download (146KB)
3. Fig. 2. Analyzer of nucleic acids ANK-32

Download (136KB)
4. Fig 3. Genetic analyzer NANOFOR® 05

Download (153KB)
5. Fig 4. Whole genome DNA sequencer NANOFOR SPS

Download (102KB)
6. Fig 5. Positive test result for the detection of RNA SARS-CoV-2, obtained on the device ANK-32

Download (160KB)
7. Fig 6. Fragments of the electrophoretogram obtained on the NANOFOR 05 device corresponding to the regions of the gene encoding the S protein of the coronavirus SARS-CoV-2, CTG substitution for CGG (S: L452R) (a) and GAA for CAA (S: E484Q) (b) which are characteristic of the "Indian" strain of coronavirus

Download (145KB)
8. Fig 7. Fragments of two transcribed SARS-CoV-2 genomes containing substitutions relative to the NCBI reference genome

Download (164KB)

Copyright (c) 2021 Kurochkin V.E., Alekseev Y.I., Petrov D.G., Evstrapov A.A.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».