Гибридные белки, содержащие протеородопсин Exiguobacterium sibiricum
- Авторы: Петровская Л.Е.1,2, Крюкова Е.А.1,3, Большаков В.А.4, Лукашев Е.П.4, Силецкий С.А.4, Мамедов М.Д.4, Судаков Р.В.4, Долгих Д.А.1,3,4, Кирпичников М.П.1,4
-
Учреждения:
- ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН
- Московский физико-технический институт
- Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля РАН
- Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
- Выпуск: Том 50, № 3 (2024)
- Страницы: 301-310
- Раздел: Статьи
- URL: https://journals.rcsi.science/0132-3423/article/view/261482
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0132342324030099
- EDN: https://elibrary.ru/NZAHXH
- ID: 261482
Цитировать
Аннотация
Сконструированы гены гибридных белков, включающих протеородопсин Exiguobacterium sibiricum (ESR) и различные N-концевые растворимые домены. Эффективный синтез в клетках Escherichia coli наблюдался только в случае гибридов с шапероном Caf1M и мальтозосвязывающим белком MBP, экспрессируемых в виде предшественников с собственными сигнальными последовательностями. Изучение выделенного белка MBP-ESR в составе мицелл и протеолипосом продемонстрировало формирование и распад основных интермедиатов фотоцикла при рН > 8. Фотоэлектрический ответ гибридных белков Caf-ESR и MBP-ESR сопоставим по амплитуде с ответом ESR дикого типа, что указывает на их гомогенную ориентацию в мембране протеолипосом. Полученные конструкции могут быть использованы для создания систем бактериальной экспрессии различных ретинальных белков, обеспечивающих их единообразное встраивание в протеолипосомы.
Полный текст
Об авторах
Л. Е. Петровская
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; Московский физико-технический институт
Автор, ответственный за переписку.
Email: lpetr65@yahoo.com
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10; 141701 Долгопрудный, Институтский пер., 9
Е. А. Крюкова
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля РАН
Email: lpetr65@yahoo.com
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10; 119334 Москва, ул. Косыгина, 4
В. А. Большаков
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: lpetr65@yahoo.com
биологический факультет
Россия, 119991 Москва, Ленинские горы, 1/11Е. П. Лукашев
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: lpetr65@yahoo.com
биологический факультет
Россия, 119991 Москва, Ленинские горы, 1/11С. А. Силецкий
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: lpetr65@yahoo.com
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского
Россия, 119992 Москва, Ленинские горы, 1/40М. Д. Мамедов
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: lpetr65@yahoo.com
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского
Россия, 119992 Москва, Ленинские горы, 1/40Р. В. Судаков
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: lpetr65@yahoo.com
Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского
Россия, 119992 Москва, Ленинские горы, 1/40Д. А. Долгих
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля РАН; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: lpetr65@yahoo.com
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, биологический факультет
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10; 119334 Москва, ул. Косыгина, 4; 119991 Москва, Ленинские горы, 1/11М. П. Кирпичников
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: lpetr65@yahoo.com
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, биологический факультет
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10; 119991 Москва, Ленинские горы, 1/11Список литературы
- Govorunova E.G., Sineshchekov O.A., Li H., Spudich J.L. // Annu. Rev. Biochem. 2017. V. 86. P. 845–872. https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-101910144233
- Gushchin I., Gordeliy V. // In: Membrane Protein Complexes: Structure and Function. Subcellular Biochemistry. V. 87 / Eds. Harris J., Boekema E. Singapore: Springer Singapore, 2018. P. 19–56. https://doi.org/10.1007/978-981-10-7757-9_2
- Kandori H. // Biophys. Rev. 2020. V. 12. P. 355–361. https://doi.org/10.1007/s12551-020-00645-0
- Brown L.S. // Biochim. Biophys. Acta Biomembr. 2022. V. 1864. P. 183867. https://doi.org/10.1016/j.bbamem.2022.183867
- Lanyi J.K. // Biochim. Biophys. Acta. 2006. V. 1757. P. 1012–1018. https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2005.11.003
- Oesterhelt D., Stoeckenius W. // Nature. 1971. V. 233. P. 149–152. https://doi.org/10.1038/newbio233149a0
- Lanyi J.K., Luecke H. // Curr. Opin. Str. Biol. 2001. V. 11. P. 415–419. https://doi.org/10.1016/S0959-440X(00)00226-8
- Ovchinnikov Y.A., Abdulaev N.G., Feigina M.Y., Kiselev A.V., Lobanov N.A. // FEBS Lett. 1979. V. 100. P. 219–224. https://doi.org/10.1016/0014-5793(79)80338-5
- Ovchinnikov Y.A. // Photochem. Photobiol. 1987. V. 45. P. 909–914. https://doi.org/10.1111/j.1751-1097.1987.tb07902.x
- Oesterhelt D., Stoeckenius W. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1973. V. 70. P. 2853–2857. https://doi.org/10.1073/pnas.70.10.2853
- Gómez-Consarnau L., Raven J.A., Levine N.M., Cutter L.S., Wang D., Seegers B., Arístegui J., Fuhrman J.A., Gasol J.M., Sañudo-Wilhelmy S.A. // Sci. Adv. 2019. V. 5. P. eaaw8855. https://doi.org/10.1126/sciadv.aaw8855
- DeLong E.F., Beja O. // PLoS Biol. 2010. V. 8. e1000359. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000359
- Lyukmanova E., Shenkarev Z., Khabibullina N., Kopeina G., Shulepko M., Paramonov A., Mineev K., Tikhonov R., Shingarova L., Petrovskaya L., Dolgikh D., Arseniev A., Kirpichnikov M. // Biochim. Biophys. Acta. 2012. V. 1818. P. 349– 358. https://doi.org/10.1016/j.bbamem.2011.10.020
- Amati A.M., Graf S., Deutschmann S., Dolder N., von Ballmoos C. // Biochem. Soc. Trans. 2020. V. 48. P. 1473–1492. https://doi.org/10.1042/bst20190966
- Racker E., Stoeckenius W. // J. Biol. Chem. 1974. V. 249. P. 662–663. https://doi.org/10.1016/S0021-9258(19)43080-9
- Deisinger B., Nawroth T., Zwicker K., Matuschka S., John G., Zimmer G., Freisleben H.-J. // Eur. J. Biochem. 1993. V. 218. P. 377–383. https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1993.tb18387.x
- Pitard B., Richard P., Duñarach M., Girault G., Rigaiud J.-L. // Eur. J. Biochem. 1996. V. 235. P. 769–778. https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1996.00769.x
- Lee K.Y., Park S.-J., Lee K.A., Kim S.-H., Kim H., Meroz Y., Mahadevan L., Jung K.-H., Ahn T.K., Parker K.K. // Nat. Biotechnol. 2018. V. 36. P. 530–535. https://doi.org/10.1038/nbt.4140
- Choi H.-J., Montemagno C.D. // Nano Lett. 2005. V. 5. P. 2538–2542. https://doi.org/10.1021/nl051896e
- Rigaud J.-L., Pitard B., Levy D. // Biochim. Biophys. Acta. 1995. V. 1231. P. 223–246. https://doi.org/10.1016/0005-2728(95)00091-v
- Shen H. H., Lithgow T., Martin L. // Int. J. Mol. Sci. 2013. V. 14. P. 1589–1607. https://doi.org/10.3390/ijms14011589
- Bogdanov M., Dowhan W., Vitrac H. // Biochim. Biophys. Acta. 2014. V. 1843. P. 1475–1488. https://doi.org/10.1016/j.bbamcr.2013.12.007
- Cymer F., Von Heijne G., White S.H. // J. Mol. Biol. 2015. V. 427. P. 999–1022. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2014.09.014
- Huang K.-S., Bayley H., Khorana H.G. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1980. V. 77. P. 323–327. https://doi.org/10.1073/pnas.77.1.323
- Dioumaev A.K., Wang J.M., Bálint Z., Váró G., Lanyi J.K. // Biochemistry. 2003. V. 42. P. 6582– 6587. https://doi.org/10.1021/bi034253r
- Seigneuret M., Rigaud J.-L. // FEBS Lett. 1985. V. 188. P. 101–106. https://doi.org/10.1016/0014-5793(85)80883-8
- Seigneuret M., Rigaud J.-L. // FEBS Lett. 1988. V. 228. P. 79–84. https://doi.org/10.1016/0014-5793(88)80589-1
- Tunuguntla R., Bangar M., Kim K., Stroeve P., Ajo-Franklin C.M., Noy A. // Biophys. J. 2013. V. 105. P. 1388–1396. https://doi.org/10.1016/j.bpj.2013.07.043
- Pfleger N., Wörner A.C., Yang J., Shastri S., Hellmich U.A., Aslimovska L., Maier M.S., Glaubitz C. // Biochim. Biophys. Acta. 2009. V. 1787. P. 697–705. https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2009.02.022
- Lee H., Kim H. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2014. V. 453. P. 268–276. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2014.05.111
- Ritzmann N., Thoma J., Hirschi S., Kalbermatter D., Fotiadis D., Muller D.J. // Biophys. J. 2017. V. 113. P. 1181–1186. https://doi.org/10.1016/j.bpj.2017.06.022
- Petrovskaya L.E., Lukashev E.P., Chupin V.V., Sychev S.V., Lyukmanova E.N., Kryukova E.A., Ziganshin R.H., Spirina E.V., Rivkina E.M., Khatypov R.A., Erokhina L.G., Gilichinsky D.A., Shuvalov V.A., Kirpichnikov M.P. // FEBS Lett. 2010. V. 584. P. 4193–4196. https://doi.org/10.1016/j.febslet.2010.09.005
- Петровская Л.Е., Балашов С.П., Лукашев Е.П., Имашева Э.С., Гущин И.Ю., Дюмаев А.К., Рубин А.Б., Долгих Д.А., Горделий В.И., Лани Я.К., Кирпичников М.П. // Биохимия. 2015. Т. 80. С. 814–828. [Petrovskaya L., Balashov S., Lukashev E., Imasheva E., Gushchin I.Y., Dioumaev A., Rubin A., Dolgikh D., Gordeliy V., Lanyi J., Kirpichnikov M. // Biochemistry (Moscow). 2015. V. 80. P. 688–700]. https://doi.org/10.1134/S000629791506005X
- Петровская Л.Е., Силецкий С.А., Лукашев Е.П., Балашов С.П., Долгих Д.А., Кирпичников М.П. // Биохимия. 2023. Т. 88. С. 1867–1879. [Petrovskaya L.E., Siletsky S.A., Mamedov M.D., Lukashev E.P., Balashov S.P., Dolgikh D.A., Kirpichnikov M.P. // Biochemistry (Moscow). 2023. V. 88. P. 1544–1554]. https://doi.org/10.1134/s0006297923100103
- Balashov S.P., Petrovskaya L.E., Imasheva E.S., Lukashev E.P., Dioumaev A.K., Wang J.M., Sychev S.V., Dolgikh D.A., Rubin A.B., Kirpichnikov M.P., Lanyi J.K. // J. Biol. Chem. 2013. V. 288. P. 21254–21265. https://doi.org/10.1074/jbc.M113.465138
- Siletsky S.A., Mamedov M.D., Lukashev E.P., Balashov S.P., Dolgikh D.A., Rubin A.B., Kirpichnikov M.P., Petrovskaya L.E. // Biochim. Biophys. Acta Bioenerg. 2019. V. 1860. P. 1–11. https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2018.09.365
- Petrovskaya L.E., Lukashev E.P., Mamedov M.D., Kryukova E.A., Balashov S.P., Dolgikh D.A., Rubin A.B., Kirpichnikov M.P., Siletsky S.A. // Int. J. Mol. Sci. 2023. V. 24. P. 7369. https://doi.org/10.3390/ijms24087369
- Петровская Л.Е., Шульга А.А., Бочарова О.В., Ермолюк Я.С., Крюкова Е.А., Чупин В.В., Бломмерс М.Ж.Ж., Арсеньев А.С., Кирпичников М.П. // Биохимия. 2010. Т. 75. C. 1001–1013. [Petrovskaya L., Shulga A., Bocharova O., Ermolyuk Y.S., Kryukova E., Chupin V., Blommers M., Arseniev A., Kirpichnikov M. // Biochemistry (Moscow). 2010. V. 75. P. 881–891]. https://doi.org/10.1134/S0006297910070102
- Ishihara G., Goto M., Saeki M., Ito K., Hori T., Kigawa T., Shirouzu M., Yokoyama S. // Prot. Expr. Purif. 2005. V. 41. P. 27–37. https://doi.org/10.1016/j.pep.2005.01.013
- Chen G.Q., Gouaux J.E. // Prot. Sci. 1996. V. 5. P. 456–467. https://doi.org/10.1002/pro.5560050307
- Lyukmanova E., Shenkarev Z., Khabibullina N., Kulbatskiy D., Shulepko M., Petrovskaya L., Arseniev A., Dolgikh D., Kirpichnikov M. // Aсt. Nat. 2012. V. 4. P. 58–64. https://doi.org/10.32607/20758251-2012-4-4-58-64
- Raran-Kurussi S., Waugh D.S. // PLoS One. 2012. V. 7. e49589. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0049589
- Kapust R.B., Waugh D.S. // Prot. Sci. 1999. V. 8. P. 1668–1674. https://doi.org/10.1110/ps.8.8.1668
- Yeliseev A., Zoubak L., Gawrisch K. // Prot. Expr. Purif. 2007. V. 53. P. 153–163. https://doi.org/10.1016/j.pep.2006.12.003
- Weiß H.M., Grisshammer R. // Eur. J. Biochem. 2002. V. 269. P. 82–92. https://doi.org/10.1046/j.0014-2956.2002.02618.x
- Hu J., Qin H., Gao F.P., Cross T.A. // Prot. Expr. Purif. 2011. V. 80. P. 34–40. https://doi.org/10.1016/j.pep.2011.06.001
- Gubellini F., Verdon G., Karpowich N.K., Luff J.D., Boel G., Gauthier N., Handelman S.K., Ades S.E., Hunt J.F. // Mol. Cell. Proteom. 2011. V. 10. P. 930. https://doi.org/10.1074/mcp.M111.007930
- Xu L.Y., Link A.J. // Biotechnol. Lett. 2009. V. 31. P. 1775–1782. https://doi.org/10.1007/s10529-009-0075-5
- Petrovskaya L.E., Ziganshin R.H., Kryukova E.A., Zlobinov A.V., Gapizov S.S., Shingarova L.N., Mironov V.A., Lomakina G.Y., Dolgikh D.A., Kirpichnikov M.P. // Appl. Biochem. Biotechnol. 2021. V. 193. P. 3672–3703. https://doi.org/10.1007/s12010-021-03634-5
- Balashov S.P., Petrovskaya L.E., Lukashev E.P., Imasheva E.S., Dioumaev A.K., Wang J.M., Sychev S.V., Dolgikh D.A., Rubin A.B., Kirpichnikov M.P., Lanyi J.K. // Biochemistry. 2012. V. 51. P. 5748–5762. https://doi.org/10.1021/bi300409m
- Siletsky S.A., Mamedov M.D., Lukashev E.P., Balashov S.P., Petrovskaya L.E. // Biophys. Rev. 2022. V. 14. P. 771–778. https://doi.org/10.1007/s12551-022-00986-y
- Drachev L.A., Jasaitis A.A., Kaulen A.D., Kondrashin A.A., Liberman E.A., Nemecek I.B., Ostroumov S.A., Semenov A.Y., Skulachev V.P. // Nature. 1974. V. 249. P. 321–324. https://doi.org/10.1038/249321a0
- Siletsky S.A., Mamedov M.D., Lukashev E.P., Balashov S.P., Dolgikh D.A., Rubin A.B., Kirpichnikov M.P., Petrovskaya L.E. // Biochim. Biophys. Acta. 2016. V. 1857. P. 1741–1750. https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2016.08.004
- Petrovskaya L., Gapizov S. S., Shingarova L., Kryukova E., Boldyreva E., Yakimov S., Svirschevskaya E., Lukashev E., Dolgikh D., Kirpichnikov M. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2014. V. 40. P. 375–382. https://doi.org/10.1134/S1068162014030121
- Siletsky S.A., Lukashev E.P., Mamedov M.D., Borisov V.B., Balashov S.P., Dolgikh D.A., Rubin A.B., Kirpichnikov M.P., Petrovskaya L.E. // Biochim. Biophys. Acta Bioenerg. 2021. V. 1862. P. 148328. https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2020.148328