FEATURES OF LABORATORY DIAGNOSTIC OF COVID-19 DISEASE


Cite item

Full Text

Abstract

Background. At the end of 2019, an outbreak of a new coronavirus infection occurred in the People›s Republic of China with an epicenter in Wuhan. On February 11, 2020, the World Health Organization assigned the infection its official name - COVID-19 (“Coronavirus disease 2019”), and the International Committee on Taxonomy of Viruses on February 11, 2020 assigned the official name to the causative agent - SARS-CoV-2. The aim of the work was the аnalysis of publications on the specifics of laboratory diagnosis of COVID-19 disease with the goal of effective medical and psychological support during dynamic observation in young people. The study is relevant due to the fact that the disease quickly spread around the planet with the active drift of the pathogen into the territory of the Russian Federation. Materials and methods. When conducting the research, scientific publications in open press materials were used, selected in accordance with the purpose of the study, which are contained in domestic and foreign databases. Results. According to the current regulatory documents, the diagnosis of the disease caused by the SARS-CoV-2 virus is established on the basis of a clinical examination, data from an epidemiological history and laboratory results. Based on the results of the clinical examination, the issue of the type of medical care and the amount of additional examination are being resolved. It is known that a large number of affected individuals can remain asymptomatic (according to various sources, from 17.9 to 78%), despite the fact that there is insufficient reliable data on the infectivity of asymptomatic people and how asymptomatic infection leads to transmission of the virus. A confirmed case of COVID-19 is considered to be a case with laboratory confirmation by any of the methods using diagnostic drugs and test systems registered in accordance with the legislation of the Russian Federation. Discussion. The use of such laboratory methods (real-time RT-PCR) is absolutely necessary because it improves the accuracy of diagnosis of the underlying disease and improves the quality of the medical and psychological support of the patient since cases of the apparently asymptomatic COVID-19 course have been identified. Conclusion. The outcomes of this pandemic are not yet clear and cause concern both for a healthy generation that can be infected, and for sick people who have various options for the pathological process from asymptomatic to severe with fatal outcomes. It is believed that one of the main reasons for this rapid development of the pandemic was the lack of diagnostic test systems for the detection of SARS-CoV-2 (bibliography: 47 refs).

About the authors

I. M. Uliukin

S. M. Kirov Military Medical Academy of the Russian Defense Ministry

Saint Petersburg, Russia

E. S. Orlova

S. M. Kirov Military Medical Academy of the Russian Defense Ministry

Saint Petersburg, Russia

Yu. I. Bulan’kov

S. M. Kirov Military Medical Academy of the Russian Defense Ministry

Saint Petersburg, Russia

A. A. Shuklina

S. M. Kirov Military Medical Academy of the Russian Defense Ministry

Saint Petersburg, Russia

A. A. Sechin

S. M. Kirov Military Medical Academy of the Russian Defense Ministry

Saint Petersburg, Russia

References

  1. Временные методические рекомендации. Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 7 (03.06.2020). М.: МЗ РФ; 2020. 166. @@Temporary guidelines: prevention, diagnosis and treat ment of new coronavirus infection (COVID-19). Version 7 (03.06.2020). Moscow: Ministry of Health of the Russian Federation Publisher; 2020. 142. Russian
  2. Sifuentes-Rodrнguez E., Palacios-Reyes D. COVID-19: The outbreak caused by a new coronavirus. Bol. Med. Hosp. Infant. Mex. 2020; 77 (2): 47-53.
  3. Singhal T. A Review of Coronavirus Disease-2019 (COVID-19). Indian J. Pediatr. 2020: 87 (4): 281-6.
  4. Данилова И. А. Заболеваемость и смертность от COVID-19. Проблема сопоставимости данных. Демографическое обозрение. 2020; 7 (1): 6-26. @@Danilova I. A. Morbidity and mortality from COVID-19. The problem of data comparability. Demographic Review. 2020; 7 (1): 6-26. Russian
  5. Weiss S. R., Navas-Martin S. Coronavirus pathogenesis and the emerging pathogen severe acute respiratory syndrome coronavirus. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2005; 69 (4): 635-64.
  6. Chan-Yeung M. Severe acute respiratory syndrome (SARS) and healthcare workers. Int. J. Occup. Environ. Health. 2004; 10 (4): 421-7.
  7. Lau A. C., Yam L. Y., So L. K. Management of Critically Ill Patients with Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS). Int. J. Med. Sci. 2004; 1 (1): 1-10.
  8. Осидак Л. В., Мурадян А. Я., Румель Н. Б., Дриневский В. П. Коронавирусная инфекция (этиология, эпидемиология, клинико-лабораторная характеристика, противовирусная терапия). Пособие для врачей. СПб.: Человек; 2007. 64. @@Osidak L. V., Muradyan A. Ya., Rumel’ N. B., Drinevsky V. P. Coronavirus infection (etiology, epidemiology, clinical and laboratory characteristics, antiviral therapy). Manual for doctors. Saint Petersburg: Chelovek Publisher; 2007. 64. Russian
  9. Лободанов С. А., Киселев И. С., Аммур Ю. И., Горбаленя А. Е. Исследование видовой структуры риновирусов и коронавирусов, циркулировавших в Московском регионе в период с 2007 по 2012 г. Вопросы вирусологии. 2015; 60 (3): 31-6. @@Lobodanov S. A., Kiselev I. S., Ammour Yu. I., Gorbalenya A. E. The prevalence of the human rhinoviruses and coronaviruses circulating in the Moscow region during 2007-2012. Problems of Virology. 2015; 60 (3): 31-6. Russian
  10. Львов Д. К., Альховский С. В., Колобухина Л. В., Бурцева Е. И. Этиология эпидемической вспышки COVID-19 в г. Ухань, ассоциированной с вирусом 2019-CoV: уроки эпидемии SARS-CoV. Вопросы вирусологии. 2020; 65 (1): 6-15. @@L’vov D. K., Al’khovsky S. V., Kolobukhina L. V., Burtseva E. I. Etiology of epidemic outbreaks COVID-19 on Wuhan, associated with 2019-nCoV: lessons of SARS-CoV outbreak. Problems of Virology. 2020; 65 (1): 6-15. Russian
  11. Day M. COVID-19: four fifths of cases are asymptomatic, China figures indicate. BMJ. 2020; 369: 375.
  12. Постановление главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 22.05.2020 г. № 15 «Об утверждении санитарно-эпидемиологических правил СП 3.1.3597-20 “Профилактика новой коронавирусной инфекции (COVID-19)”». Российская газета. Федеральный выпуск № 115 (8169) от 29 мая 2020 г. @@Decree of the Chief State Sanitary Doctor of the Russian Federation Russian newspaper. Federal issue № 115 (8169) dated May 29, 2020. Russian
  13. Rabaan A. A., Al-Ahmed S. H., Haque S., Sah R., Tiwari R., Singh M. Y., Dhama K., Yatoo M. I., Bonilla-Aldana D. K., Rodriguez-Morales A. SARS-CoV-2, SARS-CoV, and MERS-CоV: A Comparative Overview. Infez. Med. 2020; 28 (2): 174-84.
  14. Shang J., Ye G., Shi K., Wan Y., Luo C., Aihara H., Geng Q., Auerbach А., Li F. Structural basis of receptor recognition by SARSCoV-2. Nature. 2020; 581 (7807): 221-4.
  15. Goh G. K., Dunker A. K., Foster J. A., Uversky V. N. Shell disorder analysis predicts greater resilience of the SARS-CoV-2 (COVID-19) outside the body and in body fluids. Microb. Pathog. 2020; 144: 104177.
  16. Khodadadi E., Maroufi P., Khodadadi E., Esposito I., Ganbarov K., Espsoito S., Yousefi M., Zeinalzadeh E., Kafil H. S. Study of combining virtual screening and antiviral treatments of the SarsCoV-2 (Covid-19). Microb. Pathog. 2020; 146: 104241.
  17. Laamarti M., Alouane T., Kartti S., Chemao-Elfihri M. W., Hakmi M., Essabbar A., Laamart M., Hlali H., Allam L., El Hafidi N., El Jaoudi R., Allali I., Marchoudi N., Fekkak J., Benrahma H., Nejjari C., Amzazi S., Belyamani L., Ibrahimi A. Large scale genomic analysis of 3067 SARS-CoV-2 genomes reveals a clonal geodistribution and a rich genetic variations of hotspots mutations. bioRxiv. 2020. Available at: https://www.biorxiv.org/co ntent/10.1101/2020.05.03.074567v1 (accessed 07.06.2020).
  18. Thomas L. SARS-CoV-2 genome shows mutation hotspots and type-specific distribution. News Medical. Available at: https://www.news-medical.net/news/20200505/SARS-CoV- 2-genome-shows-mutation-hotspots-and-type-specific-distribution.aspx (accessed 07.06.2020).
  19. Временные алгоритмы по ведению пациентов с новой коронавирусной инфекцией COVID-19 в перепрофилированных клиниках академии. Версия 1.0 (25.04.2020). СПб.: ВМедА; 2020. 20. @@Temporary algorithms for the management of patients with a new coronavirus infection COVID-19 in re-profiled clinics of the Academy. Version 1.0 (25.04.2020). Saint Petersburg: VMA Publisher; 2020. 20. Russian
  20. Временные методические рекомендации: профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 6 (24.04.2020). М.; 2020. 142. @@Temporary guidelines: prevention, diagnosis and treat ment of new coronavirus infection (COVID-19). Version 6 (24.04.2020). Moscow; 2020. 142. Russian
  21. Временные методические рекомендации: профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 4 (27.03.2020). М.; 2020. 68. @@Temporary guidelines: prevention, diagnosis and treat ment of new coronavirus infection (COVID-19). Version 4 (27.03.2020). Moscow; 2020. 68. Russian
  22. To K. K., Tsang O. T., Leung W. S., Tam A. R., Wu T.-C., Lung D. C., Yip C. C.-Y., Cai J.-P., Chan J. M.-C., Chik T. S.-H., Lau D. P.-L., Choi C. Y.-C.,ChenL.-L.,ChanW.-M. Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study. Lancet Infect. Dis. 2020; 20 (5): 565-74.
  23. Chen W., Lan Y., Yuan X., Deng X., Li Y., Cai X., Li L., He R., Tan Y., Deng X., Gao M., Tang G., Zhao L., Wang J., Fan Q., Wen C., Tong Y., Tang Y., Hu F., Li F., Tang X. Detectable 2019-nCoV viral RNA in blood is a strong indicator for the further clinical severity. Emerg. Microbes Infect. 2020; 9 (1): 469-73.
  24. Wlfel R., Corman V. M., Guggemos W., Seilmaier M., Zange S., Mьller M. A., Niemeyer D., Jones T. C., Vollmar P., Rothe C., Hoelscher M., Bleicker T., Brьnink S., Schneider J., Ehmann R., Zwirglmaier K., Drosten C., Wendtner C. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. 2020; 581 (7809): 465-9.
  25. Диагностика, лечение и профилактика но вой коронавирусной инфекции (COVID-19): Методические рекомендации, утв. нач. ГВМУ МО РФ 26.03.2020 г. М.; 2020. 54. @@Diagnosis, treatment and prevention of new coronavirus infection (COVID-19): Guidelines, approved by the head of the Main Military Medical Directorate of Ministry of Defense of the Russian Federation, March 26, 2020. Moscow; 2020. Russian
  26. Беляков Н. А., Рассохин В. В., Ястребова Е. Б. Коронавирусная инфекция COVID-19. Природа вируса, патогенез, клинические проявления. Cообщение 1. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2020; 12 (1): 7-21. @@Belyakov N. A., Rassokhin V. V., Yastrebova E. B. Coronavirus infectious disease COVID-19. Nature of virus, pathogenesis, clinical manifestations, Report 1. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders. 2020; 12 (1): 7-21. Russian
  27. Lauer S. A., Grantz K. H., Bi Q., Jones F. K., Zheng Q., Meredith H. R. Azman A. S., Reich N. G., Lessler J. The Incubation Period of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) From Publicly Reported Confirmed Cases: Estimation and Application. Ann. Intern. Med. 2020; 172 (9): 577-82.
  28. Методические рекомендации по кодированию и выбору основного состояния в статистике заболеваемости и первоначальной причины в статистике смертности, связанные с COVID-19 (утв. Министерством здравоохранения РФ 27.05.2020 г). М.; 2020. 24. @@Guidelines for coding and selection of the main state in morbidity and initial cause statistics in mortality statistics related to COVID-19 (approved by the Deputy Ministry of Health of the Russian Federation on 05.27.2020). Moscow; 2020. 24. Russian
  29. Jahan Y., Rahman S., Rahman A. COVID-19: A Case Report from Bangladesh Perspective. Respir. Med. Case Rep. 2020; 30: 101068. doi: 10.1016/j.rmcr.2020.101068
  30. Gualano G., Musso M., Mosti S., Mencarini P., Mastrobattista A., Pareo C., Zaccarelli M., Migliorisi P., Vittozzi P., Zumla A., Ippolito G., Palmieria F. Usefulness of bronchoalveolar lavage in the management of patients presenting with lung infiltrates and suspect COVID-19-associated pneumonia: A case report. Int. J. Infect. Dis. 2020. doi: 10.1016/j.ijid.2020.05.027
  31. Zhou P., Yang X., Wang X., Hu B., Zhang L., Zhang W., Si H.-R., Zhu Y., Li B., Huang C.-L., Chen H.-D., Chen J., Luo Y., Guo H., Jiang R.-D., Liu M.-Q., Chen Y., Shen X.-R., Wang X., Zheng X.-S., Zhao K., Chen Q.-J., Deng F., Liu L.-L., Yan B., Zhan F.-X., Wang Y.-Y., Xiao G.-F., Shi Z.-L. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020; 579: 270-3.
  32. Huang C., Wang Y., Li X., Ren L., Zhao J., Hu Y., Zhang L., Fan G., Xu J., Gu X., Cheng Z., Yu T., Xia J., Wei Y., Wu W., Xie X., Yin W., Li H., Liu M., Xiao Y., Gao H., Guo L., Xie J., Wang G., Jiang R., Gao Z., Jin Q., Wang J., Cao B. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020; 395 (10223): 497-506.
  33. Wang D., Hu B., Hu C., Zhu F., Liu X., Zhang J., Liu X., Zhang J., Wang B., Xiang H., Cheng Z., Xiong Y., Zhao Y., Li Y., Wang X., Peng Z. Clinical characteristics of 138 hospitalized patients with 2019 novel coronavirus-infected pneumonia in Wuhan, China. JAMA. 2020; 323 (11): 1061-9.
  34. Chien J. Y., Hsueh P. R., Cheng W. C., Yu C. J., Yang P. C. Temporal changes in cytokine/chemokine profi les and pulmonary involvement in severe acute respiratory syndrome. Respirology. 2006: 11 (6): 715-22.
  35. Peiris J. S., Lai S. T., Poon L. L., Guan Y., Yam L. Y., Lim W., Nicholls J., Yee W. K. S., Yan W. W., Cheung M. T., Cheng V. C. C., Chan K. H., Tsang D. N. C., Yung R. W. H., Ng T. K., Yuen K. Y. Coronavirus as a possible cause of severe acute respiratory syndrome. Lancet. 2003: 361 (9366): 1319-25.
  36. Wong C. K., Lam C. W., Wu A. K., Ip W. K., Lee N. L., Chan I. H., Lit L. C. W., Hui D. S. C., Chan M. H. M., Chung S. S. C., Sung J. J. Y. Plasma inflammatory cytokines and chemokines in severe acute respiratory syndrome. Clin. Exp. Immunol. 2004; 136 (1): 95-103.
  37. Пащенков М. В., Хаитов М. Р. Иммунный ответ против эпидемических коронавирусов. Иммунология. 2020; 41 (1): 5-18. @@Pashchenkov M. V., Khaitov M. R. Immune response against epidemic coronaviruses. Immunology. 2020; 41 (1): 5-18. Russian
  38. Position Statement from the National Centre for Infectious Diseases and the Chapter of Infectious Disease Physicians, Academy of Medicine, Singapore. 23 May 2020. 1. Available at: https://www.ams.edu.sg/view-pdf. aspx?file=media%5c5556_fi_331.pdf&ofile=Period+of+Infe ctivity+Position+Statement+(final)+23-5-20+(logos).pdf (accessed 07.06.2020).
  39. Петров А. А., Карулина Н. В., Сизикова Т. Е., Лебедев В. Н., Борисевич С. В. Анализ случаев заболеваний ближневосточным респираторным синдромом в неэндемичных регионах. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2018; 23 (6): 294-300. @@Petrov A. A., Karulina N. V., Sizikova T. E., Lebedev V. N., Borisevich S. V. The analysis of case Middle East respiratory syndrome in no endemic regions. Epidemyology and Infectious Diseases. 2018; 23 (6): 294-300. Russian
  40. Guan W. D., Mok C. K. P., Chen Z. L., Feng L. Q., Li Z. T., Huang J. C., Ke C. W., Deng X., Ling Y., Wu S. G., Niu X. F., Perera R. A., Xu Y. D., Zhao J., Zhang L. Q., Li Y. M., Chen R. C., Peiris M., Chen L., Zhong N. S. Characterisics of traveler with MERS, China 2015. Emerg. Inf. Dis. 2015; 21 (12): 2278-80.
  41. van Dorp L., Richard D., Tan C. C. S., Shaw L. P., Acman M., Balloux F. No evidence for increased transmissibility from recurrent mutations in SARS-CoV-2. bioRxiv. 2020. Available at: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.21.108 506v1 (accessed 07,06.2020)
  42. Carlos W. G., Dela Cruz C. S., Cao B., Pasnick S., Jamil S. Novel Wuhan (2019-nCoV) coronavirus. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2020: 201 (4): 7-8.
  43. Su S., Wong G., Shi W., Liu J., Lai A. C. K., Zhou J., Liu W., Bi Y., Gao G. F. Epidemiology, Genetic Recombination, and Pathogenesis of Coronaviruses. Trends Microbiol. 2016; 24 (6): 490-502.
  44. Li Q., Guan X., Wu P., Wang X., Zhou L., Tong Y., Ren R., Leung K. S. M., Lau E. H. Y., Wong J. Y., Xing X., Xiang N., Wu Y., Li C., Chen Q., Li D., Liu T., Zhao J. Early transmission dynamics in Wuhan, China, of novel coronavirus-infected pneumonia. N. Engl. J. Med. 2020; 382 (13): 1199-207.
  45. Кузнецова Н. А., Почтовый А. А., Никифорова М. А., Гущин В. А. Стратегии дизайна РТ-ПЦР-систем и организация мониторинга SARS-CоV-2. Вестн. РГМУ. 2020; 2: 19-22. @@Kuznetsova N. A., Pochtovy A. A., Nikiforova M. A., Gushchin V. A. Strategies of RT-PCR-based assay design and surveillance of SARS-CоV-2. Bulletin of RSMU. 2020; 2: 19-22. Russian
  46. Lin C., Ding Y., Xie B., Sun Z., Li X., Chen Z., Niue M. Asymptomatic novel coronavirus pneumonia patient outside Wuhan: The value of CT images in the course of the disease. Clin. Imaging. 2020: 63: 7-9.
  47. Письмо Министерства здравоохранения РФ от 07.05.2020 г. № 28-3/И/2-6111 «О направлении для использования в работе рекомендаций по вопросам организации психологической и психотерапевтической помощи в связи с распространением новой коронавирусной инфекции COVID-19». М.: МЗ РФ; 2020. 20. @@Letter of the Ministry of Health of the Russian Federation Moscow: Ministry of Health of the Russian Federation; 2020. 20. Russian

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2020 Uliukin I.M., Orlova E.S., Bulan’kov Y.I., Shuklina A.A., Sechin A.A.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».