Effect of Cys34 Oxidation State of Albumin on Its Interaction with Paraoxon according to Molecular Modeling Data


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

The effect of the Cys34 oxidation state in human serum albumin on its binding and catalytic activity towards paraoxon was investigated using molecular modeling methods. Three levels of the cysteine oxidation were considered: (1) Cys34 is reduced, (2) Cys34 is oxidized to sulfenic acid, and (3) Cys34 is oxidized to sulfinic acid. The conformational characteristics of the complexes of albumin with paraoxon bound in Sudlow sites I and II were studied by the molecular dynamics method. The possibility of a phosphorylation reaction was estimated by the distance between the phosphorus atom of paraoxon and the hydroxyl oxygen atom of the catalytic tyrosines in Sudlow sites I and II. The values of free binding energy of the albumin–paraoxon complexes were estimated using the Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (MM-PBSA) approach. According to the data obtained, cysteine oxidation does not affect the possibility of an esterase reaction in Sudlow site I. Modification of Cys34 changes the conformation of Sudlow site I and the position of paraoxon within the site but does not affect the affinity of the ligand to the site. It has been hypothesized that lack of dependence of binding efficiency on the conformation of the site may be due to the small size and conformational mobility of paraoxon molecule, and such an effect will not be observed for more massive and rigid molecules. Modification of Cys34 has no significant effect on the conformation of Sudlow site II. In the oxidized forms of albumin, the productive conformation of the paraoxon molecule in Sudlow site II is more stable, therefore, the probability of the phosphorylation reaction is higher. The oxidation of Cys34 does not have a significant effect on the binding activity of Sudlow site II towards paraoxon.

Об авторах

D. Belinskaia

Sechenov Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry, Russian Academy of Sciences

Автор, ответственный за переписку.
Email: d_belinskaya@mail.ru
Россия, St. Petersburg, 194223

M. Terpilovskii

Sechenov Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry, Russian Academy of Sciences

Email: d_belinskaya@mail.ru
Россия, St. Petersburg, 194223

A. Batalova

Sechenov Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry, Russian Academy of Sciences

Email: d_belinskaya@mail.ru
Россия, St. Petersburg, 194223

N. Goncharov

Sechenov Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry, Russian Academy of Sciences; Research Institute of Hygiene, Occupational Pathology and Human Ecology

Email: d_belinskaya@mail.ru
Россия, St. Petersburg, 194223; Leningrad oblast, 188663

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Ltd., 2019

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».