Пространственная организация флуоресцентного комплекса тройного мутанта бактериального липокалина с хромофором DiB3-F53L/F74L/L129M
- Авторы: Россохин А.В.1,2, Горячева Е.А.1, Артемьев И.В.1, Архипова С.Ф.1, Гильванов А.Р.1, Плетнева Н.В.1, Плетнев В.З.1
-
Учреждения:
- ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН
- Научный центр неврологии
- Выпуск: Том 50, № 3 (2024)
- Страницы: 345-350
- Раздел: ПИСЬМА РЕДАКТОРУ
- URL: https://journals.rcsi.science/0132-3423/article/view/261488
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0132342324030146
- EDN: https://elibrary.ru/NXOXAI
- ID: 261488
Цитировать
Открытый доступ
Доступ предоставлен
Аннотация
Методом молекулярной динамики установлена пространственная организация DiB3-F53L/F74L/L129M – тройного мутанта флуоресцентного нековалентного комплекса генно-инженерного варианта бактериального белка липокалина Blc с синтетическим GFP-подобным хромофором M739. Установлено, что область связывания хромофора в исследуемом комплексе близка к DiB1 и отличается от альтернативной области в DiB3. Данный комплекс отличается повышенной яркостью флуоресценции по сравнению с комплексами хромофора с другими генно-инженерными вариантами липокалина, что выдвигает его в число перспективных маркеров биологических объектов в клеточной биологии.
Ключевые слова
Полный текст
Об авторах
А. В. Россохин
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; Научный центр неврологии
Email: goryacheva@ibch.ru
Научный центр неврологии, Институт мозга
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10; 105064 Москва, пер. Обуха, 5Е. А. Горячева
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН
Автор, ответственный за переписку.
Email: goryacheva@ibch.ru
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10
И. В. Артемьев
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН
Email: goryacheva@ibch.ru
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10
С. Ф. Архипова
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН
Email: goryacheva@ibch.ru
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10
А. Р. Гильванов
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН
Email: goryacheva@ibch.ru
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10
Н. В. Плетнева
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН
Email: goryacheva@ibch.ru
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10
В. З. Плетнев
ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН
Email: goryacheva@ibch.ru
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10
Список литературы
- Rothe C., Skerra A. // BioDrugs. 2018. V. 32. P. 233– 243. https://doi.org/10.1007/s40259-018-0278-1
- Campanacci V., Bishop R.E., Blangy S., Tegoni M., Cambillau C. // FEBS Lett. 2006. V. 580. P. 877−883. https://doi.org/10.1016/j.febslet.2006.07.086
- Muslinkina L., Gavrikov A.S., Bozhanova N.G., Mishin A.S., Baranov M.S., Meiler J., Pletneva N.V., Pletnev V.Z., Pletnev S. // ACS Chem. Biol. 2020. V. 15. P. 2456−2465. https://doi.org/10.1021/acschembio.0c00440
- Bozhanova N.G., Mikhail S., Baranov M.S., Klementieva N.V., Gavrikov A.S., Sarkisyan K.S., Yampolsky I.V., Zagaynova E.V., Lukyanov S.A., Konstantin A., Lukyanov K.A., Mishin A.S. // Chem. Sci. 2017. V. 8. Р. 7138–7142. https://doi.org/10.1039/C7SC01628J
- Karplus M., Petsko G.A. // Nature. 1990. V. 347. P. 631–639. https://doi.org/10.1038/347631a0
- Sansom M.S., Adcock C., Smith G.R. // J. Struct. Biol. 1998. V. 121. P. 246–262. https://doi.org/10.1006/jsbi.1997.3950
- Emsley P., Lohkamp B., Scott W.G., Cowtan K. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2010. V. 66. P. 486–501. https://doi.org/10.1107/s0907444910007493
- Lee J., Cheng X., Swails J.M., Yeom M.S., Eastman P.K., Lemkul J.A., Wei S., Buckner J., Jeong J.C., Qi Y., Jo S., Pande V.S., Case D.A., Brooks C.L., MacKerell A.D. Jr., Klauda J.B., Im W. // J. Chem. Theor. Comput. 2016. V. 12. P. 405–413. https://doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00935
- Essmann U., Perera L., Berkowitz M.L., Darden T., Lee H., Pedersen L.G. // J. Chem. Phys. 1995. V. 103. P. 8577–8593. https://doi.org/10.1063/1.470117
- Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98. P. 10089–10092. https://doi.org/10.1063/1.464397
- Phillips J.C., Braun R., Wang W., Gumbart J., Tajkhorshid E., Villa E., Chipot C., Skeel R.D., Kale L., Schulten K. // J. Comput. Chem. 2005. V. 26. P. 1781–1802. https://doi.org/10.1002/jcc.20289
- Humphrey W., Dalke A., Schulten K. // J. Mol. Graph. 1996. V. 14. P. 33–38. https://doi.org/10.1016/0263-7855(96)00018-5
Дополнительные файлы
