Новые находки представителей Archaeorhizomycetes на территории России на основании результатов метагеномного анализа

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Класс Archaeorhizomycetes (Taphrinomycotina, Ascomycota) представляет собой космополитную группу грибов, ассоциированных с корневой системой растений. Представители этого класса крайне мало изучены в силу трудности культивирования, однако при секвенировании природных субстратов нередко выявляются относящиеся к Archaeorhizomycetes последовательности. В ходе исследования разнообразия грибов, ассоциированных с орхидеей Goodyera repens, методом высокопроизводительного секвенирования нового поколения по участку ITS2 получены четыре уникальные последовательности, относящиеся к классу Archaeorhizomycetes. Одна последовательность, идентичная Archaeorhizomyces borealis, выявлена на территории России впервые, две последовательности предположительно относятся к еще не описанному роду. Одна последовательность, относящаяся к неописанному виду рода Archaeorhizomyces, является наиболее часто обнаруживаемой во всех типах образцов (дерново-подзолистой почве, корнях хвойных деревьев, ризосфере и корнях орхидеи). Впервые было показано наличие нуклеотидных последовательностей представителей этого класса в корневой системе Goodyera repens, впервые показано присутствие одной последовательности в свободной почве. Последовательности депонированы в базу данных GenBank.

Об авторах

Н. М. Бибиков

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: bibik0808@mail.ru
Россия, Москва

Е. Ю. Воронина

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: mvsadnik@list.ru
Россия, Москва

А. В. Кураков

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Автор, ответственный за переписку.
Email: kurakov57@mail.ru
Россия, Москва

Список литературы

  1. Buscardo E., Rodríguez-Echeverría S., Barrico L. et al. Is the potential for the formation of common mycorrhizal networks influenced by fire frequency? Soil Biol. Biochem. 2012. V. 46. P. 136–144. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2011.12.007
  2. GenBank. National Center for Biotechnology Information, 2022. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank. Accessed 14.10.2022.
  3. Genre A., Lanfranco L., Perotto S. et al. Unique and common traits in mycorrhizal symbioses. Nat. Rev. Microbiol. 2020. V. 18 (11). P. 649–660. https://doi.org/10.1038/s41579-020-0402-3
  4. Huang J., Nara K., Zong K. et al. Ectomycorrhizal fungal communities associated with Masson pine (Pinus massoniana) and white oak (Quercus fabri) in a manganese mining region in Hunan Province, China. Fungal Ecol. 2014. V. 9. P. 1–10. https://doi.org/10.1016/j.funeco.2014.01.001
  5. Kõljalg U., Nilsson H.R., Schigel D. et al. The taxon hypo-thesis paradigm – on the unambiguous detection and communication of taxa. Microorganisms. 2020. V. 8 (12). P. 1910. https://doi.org/10.3390/microorganisms8121910
  6. Lindahl B.D., Ihrmark K., Boberg J. et al. Spatial separation of litter decomposition and mycorrhizal nitrogen uptake in a boreal forest. New Phytol. 2007. V. 173 (3). P. 611–620. https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2006.01936.x
  7. Malysheva E.F., Malysheva V.F., Shchepin O.N. et al. Wildfire influence on structure and species composition of ectomycorrhizal fungal communities in pine forests in northwest Russia: the results of metagenomic analysis. Mikologiya i fitopatologiya. 2018. V. 52 (5). P. 328–348. https://doi.org/10.1134/S0026364818050057
  8. Menkis A., Burokienė D., Gaitnieks T. et al. Occurrence and impact of the root-rot biocontrol agent Phlebiopsis gigantea on soil fungal communities in Picea abies forests of northern Europe. FEMS Microbiol. Ecol. 2012. V. 81 (2). P. 438–445. https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2012.01366.x
  9. Menkis A., Urbina H., James T.Y. et al. Archaeorhizomyces borealis sp. nov. and a sequence-based classification of related soil fungal species. Fungal Biol. 2014. V. 118 (12). P. 943–955. https://doi.org/10.1016/j.funbio.2014.08.005
  10. Miyamoto Y., Maximov T.C., Kononov A. et al. Soil propagule banks of ectomycorrhizal fungi associated with Larix cajanderi above the treeline in the Siberian Arctic. Mycoscience. 2022. V. 63 (4). P. 142–148. https://doi.org/10.47371/mycosci.2022.05.002
  11. Motiejūnaitė J., Kačergius A., Kasparavičius J. et al. Response of ectomycorrhizal and other Pinus sylvestris root-associated fungi to the load of allochthonous material from a great cormorant colony. Mycorrhiza. 2021. V. 31 (4). P. 471–481. https://doi.org/10.1007/s00572-021-01034-5
  12. Prenafeta Boldú F.X.P., Summerbell R.C., de Boer W. et al. Biodiversity and ecology of soil fungi in a primary succession of a temperate coastal dune system. Nova Hedwigia. 2014. V. 99 (3–4). P. 347–372. https://doi.org/10.1127/0029-5035/2014/0203
  13. Qin J., Zhang W., Ge Z.W. et al. Molecular identifications uncover diverse fungal symbionts of Pleione (Orchida-ceae). Fungal Ecol. 2019. V. 37. P. 19–29. https://doi.org/10.1016/j.funeco.2018.10.003
  14. Rosling A., Cox F., Cruz-Martinez K. et al. Archaeorhizomycetes: unearthing an ancient class of ubiquitous soil fungi. Science. 2011. V. 333 (6044). P. 876–879. https://doi.org/10.1126/science.1206958
  15. Rosling A., Timling I., Taylor D.L. Archaeorhizomycetes: patterns of distribution and abundance in soil. In: B.A. Horwitz, P.K. Mukherjee, M. Mukherjee (eds). Genomics of soil-and plant-associated fungi. Springer, Berlin, Heidelberg, 2013. P. 333–349. https://doi.org/10.1007/978-3-642-39339-6_14
  16. Schadt C.W., Rosling A. Global diversity and geography of soil fungi. Minus one widespread group. Science. 2015. V. 348 (6242). https://doi.org/10.1126/science.aaa4269
  17. Suetsugu K., Matsuoka S., Shutoh K. et al. Mycorrhizal communities of two closely related species, Pyrola subaphylla and P. japonica, with contrasting degrees of mycoheterotrophy in a sympatric habitat. Mycorrhiza. 2021. V. 31 (2). P. 219–229. https://doi.org/10.1007/s00572-020-01002-5
  18. Taylor D.L., Hollingsworth T.N., McFarland J.W. et al. A first comprehensive census of fungi in soil reveals both hyperdiversity and fine-scale niche partitioning. Ecol. Monogr. 2014. V. 84. P. 3–20. https://doi.org/10.1890/12-1693.1
  19. Uesugi T., Nakano M., Selosse M.A. et al. Pyrola japonica, a partially mycoheterotrophic Ericaceae, has mycorrhizal preference for russulacean fungi in central Japan. Mycorrhiza. 2016. V. 26 (8). P. 819–829. https://doi.org/10.1007/s00572-016-0715-2
  20. UNITE. 2022. https://unite.ut.ee/index.php. Accessed 14.10.2022.
  21. Urban A., Puschenreiter M., Strauss J. et al. Diversity and structure of ectomycorrhizal and co-associated fungal communities in a serpentine soil. Mycorrhiza. 2008. V. 18 (6). P. 339–354. https://doi.org/10.1007/s00572-008-0189-y
  22. Voronina E.Y., Malysheva E.F., Malysheva V.F. et al. A mixo-trophy is in question: new data on fungal community associated with photosynthetic terrestrial orchid Goodyera repens. Botanica Pacifica. 2018. V. 7 (1). P. 51–61. https://doi.org/10.17581/bp.2018.07106
  23. Zhang X.Y., Tang G.L., Xu X.Y. et al. Insights into deep-sea sediment fungal communities from the East Indian Ocean using targeted environmental sequencing combined with traditional cultivation. PLOS One. 2014. V. 9 (10). P. 109–118. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0109118

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2.

Скачать (763KB)
Метаданные
3.

Скачать (89KB)
Метаданные

© N.M. Bibikov, E.Yu. Voronina, A.V. Kurakov, 2023

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах