EXTRACTION, PURIFICATION, AND CRYSTALLIZATION OF GTPASE ERA FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

Protein crystal structure studies are an important tool for drug design. The growth of high-quality crystals suitable for X-ray diffraction is the limiting factor and the bottleneck in obtaining the structural data. Here we report the extraction, purification, and crystallization of the protein GTPase Era from the pathogenic bacterium Staphylococcus aureus. In bacterial cells, GTPase Era acts as a ribosome assembly factor. This enzyme is responsible for the cell growth and division. However, its structure is poorly understood. We obtained crystals of Staphylococcus aureus GTPase Era, which can be used in further structural studies by single-crystal X-ray diffraction analysis.

About the authors

E. A. Klochkova

Казанский (Приволжский) федеральныйKazan Federal University, Kazan, 420008 Russia университет

Email: k.usachev@kpfu.ru
Россия, Казань

D. R. Islamov

Kazan (Volga Region) Federal University, Kazan, 420008 Russia

Email: k.usachev@kpfu.ru
Россия, Казань

A. D. Biktimirov

Kazan (Volga Region) Federal University, Kazan, 420008 Russia

Email: k.usachev@kpfu.ru
Россия, Казань

A. V. Rogachev

Moscow Institute of Physics and Technology, Dolgoprudny, Moscow Region, 141701 Russia; Joint Institute for Nuclear Research, Dubna, Moscow Region, 141980 Russia

Email: k.usachev@kpfu.ru
Россия, Долгопрудный; Россия, Дубна

S. Z. Validov

Kazan (Volga Region) Federal University, Kazan, 420008 Russia

Email: k.usachev@kpfu.ru
Россия, Казань

A. G. Bikmullin

Kazan Federal University, Kazan, 420008 Russia

Email: k.usachev@kpfu.ru
Россия, Казань

A. V. Simakin

Prokhorov General Physics Institute, Russian Academy of Sciences, Moscow, 119991 Russia

Email: k.usachev@kpfu.ru
Россия, Москва

G. S. Peters

National Research Centre “Kurchatov Institute,” Moscow, 123098 Russia

Email: k.usachev@kpfu.ru
Россия, Москва

M. M. Yusupov

Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire, 67400 Illkirch-Graffenstaden, France

Email: k.usachev@kpfu.ru
Франция, Илькирш-Граффенштаден

K. S. Usachev

Kazan (Volga Region) Federal University, Kazan, 420008 Russia

Author for correspondence.
Email: k.usachev@kpfu.ru
Россия, Казань

References

  1. Stijn Blot R.N., Vandewoude K., Colardyn F. // N. Engl. J. Med. 1998. V. 339 (27). P. 2025. https://doi.org/10.1056/nejm199812313392716
  2. Jeljaszewicz J., Mlynarczyk G., Mlynarczyk A. // Int. J. Antimicrob. Agents. 2000. V. 16 (4). P. 473. https://doi.org/10.1016/S0924-8579(00)00289-2
  3. Fierobe L., Decré D., Mùller C. et al. // Clin. Infect. Dis. 1999. V. 29 (5). P. 1231. https://doi.org/10.1086/313454
  4. Shajani Z., Sykes M.T., Williamson J.R. // Annu. Rev. Biochem. 2011. V. 80. P. 501. https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-062608-160432
  5. Kaczanowska M., Rydén-Aulin M. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2007. V. 71 (3). P. 477. https://doi.org/10.1128/MMBR.00013-07
  6. Усачев К.С., Юсупов М.М., Валидов Ш.З. // Биохимия. 2020. Т. 85 (11). С. 1690. https://doi.org/10.1134/S0006297920110115
  7. Stern S., Powers T., Changchien L.I.-M., Noller H.F. // Science. 1989. V. 244 (4906). P. 783. https://doi.org/10.1126/science.2658053
  8. Davis J.H., Williamson J.R. // Philos. Trans. R. Soc. 2017. V. 372 (1716). Art. 20160181. https://doi.org/10.1098/rstb.2016.0181
  9. Bourne H.R. // Philos. Trans. R. Soc. 1995. V. 349 (1329). P. 283. https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0114
  10. Tu C., Zhou X., Tropea J. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 2009. V. 106 (35). P. 14843. https://doi.org/10.1073/pnas.0904032106
  11. Simon Goto, Akira Muto, Hyouta Himeno // J. Biochem. 2013. V. 153 (5). P. 403. https://doi.org/10.1093/jb/mvt022
  12. Ji X. // Postepy Biochem. 2016. V. 62 (3). P. 335.
  13. Xiaomei Zhou, Howard K. Peters III, Xintian Li et al. // J. Bacteriol. 2020. V. 202. P. 21. https://doi.org/10.1128/JB.00342-20
  14. Ren H., Liang Y., Li R. et al. // Acta Cryst. D. 2004. V. 60. P. 1292. https://doi.org/10.1107/S0907444904010467
  15. Meulenbroek E., Pannu N. // Acta Cryst. F. 2011. V. 68. P. 45. https://doi.org/10.1107/S1744309111045842
  16. Murugova T.N., Vlasov A.V., Ivankov O.I. et al. // J. Optoelectron. Adv. Mater. 2015. V. 17. P. 1397.
  17. Kabsch W. // Xds. Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 125. https://doi.org/10.1107/S0907444909047337
  18. Chen X., Chen S.-M., Powell B. et al. // FEBS Lett. 1999. V. 445. P. 425. https://doi.org/10.1016/S0014-5793(99)00178-7
  19. Manalastas-Cantos K., Konarev P.V., Hajizadeh N.R. et al. // J. Appl. Cryst. 2021. V. 54. P. 343. https://doi.org/10.1107/S1600576720013412
  20. Jumper J., Evans R., Pritzel A. et al. // Nature. 2021. V. 596 (7873). P. 583.
  21. Chen X., Court D.L., Ji X. // PNAS. 1999. V. 15 (96). P. 8396. https://doi.org/10.1073/pnas.96.15.8396

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
2.

Download (39KB)
3.

Download (495KB)
4.

Download (725KB)
5.

Download (154KB)
6.

Download (865KB)
7.

Download (743KB)

Copyright (c) 2023 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».