Conformational motion correlations in the formation of polypeptide secondary structure in a viscous medium


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

The Langevin dynamics method and statistical correlation analysis were used to study the α-helical structure folding dynamics of the (Ala)50, (AlaGly)25, and (AlaGly)75 polypeptides depending on the viscosity of the medium. Friction forces that arise when the effective viscosity of the medium is similar to the viscosity of water were found to result in strong correlations between the backbone torsion angles. The polypeptides under study folded mainly to produce α-helical structures. A structure of two contacting α-helices that were approximately equal in length and had a loop between them was observed for a longer chain of 150 residues. A method to visualize the correlation matrix of the dihedral angles of a polypeptide chain was developed for analyzing the effects of the dynamic correlation of conformational degrees of freedom. The analysis of the dynamics of the correlation matrix showed that rotations involving angles of the same type (φ–φ and ψ–ψ) occur predominantly in one direction. Rotations invoving different angles (φ–ψ) occur predominantly in opposite directions, so that the total macromolecule does not rotate. A significant reduction in the effective viscosity of the medium disrupts the correlation and makes the rotations stochastic, thus distorting the formation of the regular (helical) structure. The effects of correlated conformational motions are consequences of viscous friction forces. This conclusion agrees with our previous results that outlined the principle of the minimum rate of energy dissipation and the equipartition of energy dissipation rate between conformational degrees of freedom.

Об авторах

K. Shaitan

Moscow State University; Semenov Institute of Chemical Physics

Автор, ответственный за переписку.
Email: shaytan49@yandex.ru
Россия, Moscow, 119234; ul. Kosygina 4, Moscow, 119991

F. Popelenskii

Moscow State University

Email: shaytan49@yandex.ru
Россия, Moscow, 119234

G. Armeev

Moscow State University

Email: shaytan49@yandex.ru
Россия, Moscow, 119234

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Inc., 2017

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».