COVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторинг

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Обоснование. Пандемия COVID-19 выявила проблемы здравоохранения, но в то же время стала мощным импульсом для развития новых научных исследований в области эпидемиологии, клиники инфекционных болезней, диагностики, биоинформатики и цифровых методов. На базе ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора (ЦНИИ эпидемиологии) разработаны новые уникальные тест-системы для обнаружения РНК SARS-CoV-2 на основе ПЦР в режиме реального времени с использованием технологии петлевой изотермической амплификации (ИТ), которая позволяет исследовать образцы быстрее в 3–4 раза, чем разработанные ранее методы. В ЦНИИ эпидемиологии разработана и введена в действие российская платформа агрегации информации о геномах вирусов — VGARus, которая содержит информацию о нуклеотидных последовательностях вирусов SARS-CoV-2 и их мутациях, а также создана интеграционная платформа SOLAR для быстрой передачи результатов ПЦР-исследований всем заинтересованным гражданам Российской Федерации.

Цель исследования — изучение проявлений эпидемического процесса COVID-19 и распространенности геновариантов вируса SARS-CoV-2 на территории Российской Федерации.

Методы. Проведен ретроспективный эпидемиологический анализ заболеваемости COVID-19 с 30 марта 2020 по 17 мая 2022 г. на территории Российской Федерации. Использована база данных, сформированная на основе материалов формы отчета Роспотребнадзора № 970 «Информация о случаях инфекционных заболеваний у лиц с подозрением на новую коронавирусную инфекцию», использованы данные ВОЗ, отечественного информационного портала Стопкоронавирус.рф и сервиса визуализации и анализа данных Yandex DataLens, информация по геновариантам SARS-CoV-2 базы данных VGARus.

Результаты. При анализе проявлений эпидемического процесса COVID-19 на территории Российской Федерации за 2020–2022 гг. выделены два этапа. Первый характеризовался быстрым распространением вируса SARS-CoV-2 из мегаполисов в другие субъекты РФ и применением мер неспецифической профилактики. Начало второго этапа было обусловлено эволюцией вируса SARS-CoV-2 и изменением его биологических свойств, с последующей сменой превалирующих геновариантов на территории России.

Заключение. В результате исследования установлено, что с каждым последующим ростом заболеваемости COVID-19 происходило снижение тяжести течения и доли пневмоний в структуре клинических форм заболевания.

Об авторах

Василий Геннадьевич Акимкин

Центральный НИИ эпидемиологии

Email: vgakimkin@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-4228-9044
SPIN-код: 4038-7455

д.м.н., профессор, академик РАН

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Татьяна Анатольевна Семененко

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: meddy@inbox.ru
ORCID iD: 0000-0002-6686-9011
SPIN-код: 8375-2270

д.м.н., профессор

Россия, Москва

Светлана Викторовна Углева

Центральный НИИ эпидемиологии

Автор, ответственный за переписку.
Email: uglevas@bk.ru
ORCID iD: 0000-0002-1322-0155
SPIN-код: 8840-5814

д.м.н., доцент

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Дмитрий Васильевич Дубоделов

Центральный НИИ эпидемиологии

Email: dubodelov@cmd.su
ORCID iD: 0000-0003-3093-5731
SPIN-код: 4860-7909

к.м.н.

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Станислав Николаевич Кузин

Центральный НИИ эпидемиологии

Email: kuzin@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-0616-9777
SPIN-код: 1372-7623

д.м.н., профессор

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Светлана Борисовна Яцышина

Центральный НИИ эпидемиологии

Email: svetlana.yatsyshina@pcr.ms
ORCID iD: 0000-0003-4737-941X
SPIN-код: 7156-2948

к.б.н., с.н.с.

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Камиль Фаридович Хафизов

Центральный НИИ эпидемиологии

Email: khafizov@cmd.su
ORCID iD: 0000-0001-5524-0296
SPIN-код: 9082-5749

к.б.н.

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Вадим Викторович Петров

Центральный НИИ эпидемиологии

Email: petrov@pcr.ms
ORCID iD: 0000-0002-3503-2366
SPIN-код: 9852-8292

руководитель научной группы разработки новых молекулярно-биологических технологий

 

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Анна Сергеевна Черкашина

Центральный НИИ эпидемиологии

Email: cherkashina@pcr.ms
ORCID iD: 0000-0001-7970-7495
SPIN-код: 7854-7358

к.х.н.

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Гасан Алиевич Гасанов

Центральный НИИ эпидемиологии

Email: gasanovgt500@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-0121-521X
SPIN-код: 9726-9380

аспирант

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Нино Хвичаевна Сванадзе

Центральный НИИ эпидемиологии

Email: svanadze@cmd.su
ORCID iD: 0000-0001-7524-3080
SPIN-код: 2345-4460

врач-эпидемиолог лаб. вирусных гепатитов отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Список литературы

  1. COVID-19: научно-практические аспекты борьбы с пандемией в Российской Федерации / под ред. д-ра мед. наук, проф. А.Ю. Поповой. — Саратов: Амирит, 2021. — 608 с. [COVID-19: nauchno-prakticheskie aspekty bor’by s pandemiej v Rossijskoj Federacii / pod red. d-ra med. nauk, prof. A.Yu. Popovoj. Saratov: Amirit; 2021. 608 s. (In Russ.)]
  2. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., и др. Характеристика эпидемиологической ситуации по COVID-19 в Российской Федерации в 2020 г. // Вестник РАМН. — 2021. — Т. 76. — № 4. — С. 412–422. [Akimkin VG, Kuzin SN, Semenenko TA, et al. Characteristics of the COVID-19 Epidemiological Situation in the Russian Federation in 2020. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2021;76(4):412–422. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.15690/vramn1505
  3. Пшеничная Н.Ю., Лизинфельд И.А, Журавлев Г.Ю., и др. Эпидемический процесс COVID-19 в Российской Федерации: промежуточные итоги. Сообщение 1 // Инфекционные болезни. — 2020. — Т. 18. — № 3. — С. 7–14. [Pshenichnaya NYu, Lizinfeld IA, Zhuravlev GYu, et al. Epidemic process of COVID-19 in the Russian Federation: interim results. 1th report. Infekc. Bolezni (Infectious Diseases). 2020;18(3):7–14. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.20953/1729-9225-2020-3-7-14
  4. Кутырев В.В., Попова А.Ю., Смоленский В.Ю., и др. Эпидемиологические особенности новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Сообщение 1: Модели реализации профилактических и противоэпидемических мероприятий // Проблемы особо опасных инфекций. — 2020. — № 1. — С. 6–13. [Kutyrev VV, Popova AYu, Smolensky VYu, et al. Epidemiological Features of New Coronavirus Infection (COVID-19). Communication 1: Modes of Implementation of Preventive and Anti-Epidemic Measures. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii (Problems of Particularly Dangerous Infections). 2020;1:6–13. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-6-13
  5. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Колосовская Е.Н., и др. Характеристика эпидемиологической ситуации по COVID-19 в Санкт-Петербурге // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. — 2021. — № 5. — С. 497–511. [Akimkin VG, Kuzin SN, Kolosovskaya EN, et al. Assessment of the COVID-19 epidemiological situation in St. Petersburg. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology = Zhurnal Mikrobiologii, Èpidemiologii i Immunobiologii. 2021;98(5):497–511. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-154
  6. Задорожный А.В., Пшеничная Н.Ю., Углева С.В., и др. Сравнительный анализ заболеваемости COVID-19 среди населения Москвы и в организованных коллективах в учреждениях общественного проживания в период пандемии // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. — 2021. — № 2. — С. 36–41. [Zadoroshnyi AV, Pshenichnaya NYu, Ugleva SV, et al. Comparative analysis of the incidence of COVID-19 among the population of Moscow and the organized groups of dormitories during the pandemic. Epidemiology and infectious diseases. 2021;(2):36-41. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.18565/epidem.2021.11.2.36-41
  7. Пшеничная Н.Ю., Лизинфельд И.А, Журавлев Г.Ю., и др. Эпидемический процесс COVID-19 в Российский Федерации: промежуточные итоги. Сообщение 2 // Инфекционные болезни. — 2021. — Т. 19. — № 1. — С. 10–15. [Pshenichnaya NYu, Lizinfeld IA, Zhuravlev GYu, et al. Epidemic process of COVID-19 in the Russian Federation: interim results. 2nd report. Infekc. Bolezni (Infectious Diseases). 2021;19(1):10–15. (In Russ.)] doi: https://doi.org/ 10.20953/1729-9225-2021-1-10-15
  8. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., и др. Закономерности эпидемического распространения SARS-CoV-2 в условиях мегаполиса // Вопросы вирусологии. — 2020. — Т. 65. — № 4. — С. 203–211. [Akimkin VG, Kuzin SN, Semenenko TA, et al. Patterns of the SARS-CoV-2 epidemic spread in a megacity. Problems of Virology. 2020;65(4):203–211. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-4-203-211
  9. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., и др. Гендерно-возрастная характеристика пациентов с COVID-19 на разных этапах эпидемии в Москве // Проблемы особо опасных инфекций. — 2020. — № 3. — С. 27–35. [Akimkin VG, Kuzin SN, Semenenko TA, et al. Gender-Age Distribution of Patients with COVID-19 at Different Stages of Epidemic in Moscow. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii (Problems of Particularly Dangerous Infections). 2020;3:27–35. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-27-35
  10. Беляков В.Д. Внутренняя регуляция эпидемического процесса (ответы на замечания и вопросы, поднятые при обсуждении теории) // Журнал микробиологии. — 1987. — № 10. — С. 78–89. [Belyakov VD. Vnutrennyaya regulyaciya epidemicheskogo processa (otvety na zamechaniya i voprosy, podnyatye pri obsuzhdenii teorii). Zhurnal Mikrobiologii. 1987;10:78–89. (In Russ.)]
  11. Беляков В.Д., Голубев Д.Б., Каминский Г.Д., и др. Саморегуляция паразитарных систем. — Ленинград: Медицина, 1987. [Belyakov VD, Golubev DB, Kaminskij GD, i dr. Samoregulyaciya parazitarnyh sistem. Leningrad: Medicina; 1987. (In Russ.)]
  12. Kaptelova VV, Bukharina AY, Shipulina OY, et al. Case report: change of dominant strain during dual SARS-CoV-2 infection. BMC Infectios Diseases. 2021;21(1):959. doi: https://doi.org/10.1186/s12879-021-06664-w
  13. Борисова Н.И., Котов И.А., Колесников А.А., и др. Мониторинг распространения вариантов SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbecovirus) на территории Московского региона с помощью таргетного высокопроизводительного секвенирования // Вопросы вирусологии. — 2021. — Т. 66. — № 4. — С. 269–278. [Borisova NI, Kotov IA, Kolesnikov AA, et al. Monitoring the spread of the SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbecovirus) variants in the Moscow region using targeted high-throughput sequencing. Problems of Virology (Voprosy Virusologii). 2021;66(4):269–278. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.36233/0507-4088-72
  14. Проект VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia) — российской платформы агрегации информации о геномах вирусов. Available from: https://genome.crie.ru/app/index (accessed: 28.05.2022).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Динамика заболеваемости COVID-19 в Российской Федерации, 2020–2022 гг., на 100 тыс. населения

Скачать (408KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Динамика геновариантов SARS-CoV-2 на территории Российской Федерации, 2020–2022 гг.

Скачать (311KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Структура геновариантов в образцах биоматериала на территории Российской Федерации, по данным платформы VGARus, дата забора — с 28 декабря 2020 по 17 мая 2022 г., %

Скачать (114KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Структура субвариантов линии Delta (B.1.617.2 + AY*), выделенных в Российской Федерации, по данным платформы VGARus, %

Скачать (83KB)
Метаданные
6. Рис. 5. Динамика субвариантов линии Omicron (B.1.1.529 + BA*), выделенных в Российской Федерации, по данным национальной базы VGARus, %

Скачать (161KB)
Метаданные

© Издательство "Педиатръ", 2022

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».