Том 17, № 3 (2019)

Генетические основы эволюции экосистем

Анализ распределения эпитопов арабиногалактанпротеинов-экстензинов в клубеньках гороха (pisum sativum) дикого типа и мутантов с нарушениями роста инфекционной нити

Цыганова А.В., Бревин Н., Цыганов В.Е.

Аннотация

Арабиногалактанпротеин-экстензины (AGPE) играют важную роль на нескольких стадиях бобово-ризобиального симбиоза, включая колонизацию корней и развитие инфекционных структур, особенно инфекционных нитей. Основное внимание в этом исследовании уделено участию AGPE в последовательной колонизации тканей и клеток ризобиями. Для анализа распределения и количества эпитопов AGPE в клубеньках гороха дикого типа и неэффективных симбиотических мутантов была использована иммуноэлектронная микроскопия с моноклональными антителами MAC204 и MAC236. В клубеньках линии дикого типа SGE оба эпитопа AGPE были одинаково распределены в матриксе инфекционных нитей и инфекционных капель. В клубеньках мутантной линии SGEFix-1 (sym40) количество метки MAC204 было значительно выше, чем у SGE, как в инфекционных нитях, так и в инфекционных каплях, но количество метки MAC236 было увеличено только в инфекционных каплях. У мутантной линии SGEFix-2 (sym33-3) наблюдался самый высокий уровень обоих эпитопов среди всех анализируемых генотипов. У двойной мутантной линии RBT3 (sym33-3, sym40) зафиксирован промежуточный уровень накопления метки обоих эпитопов в инфекционных нитях по сравнению с родительскими мутантами. У SGEFix-1 аномальное распределение обоих эпитопов наблюдалось в матриксе межклеточного пространства. Эпитоп MAC204 был обнаружен в клеточных стенках SGEFix-1 и в стенках инфекционных нитей SGEFix-2, тогда как у RBT3 этот эпитоп был выявлен в обоих типах стенок. Мутации sym33-3 и sym40 по-разному влияют на накопление эпитопов AGPE, распознаваемых MAC204 и MAC236. Это указывает на то, что оба гена Sym33 и Sym40 влияют на состав AGPE в матриксе инфекционных нитей и инфекционных капель.

Экологическая генетика. 2019;17(3):5-12
pages 5-12 views

Разнообразие гена бензоат диоксигеназы в бактериальных ассоциациях, сформировавшихся под давлением хлорорганического загрязнения

Назарова Э.А., Кирьянова Т.Д., Егорова Д.О.

Аннотация

Из образцов грунта, отобранных на территории, длительное время загрязненной хлорорганическими соединениями, в результате селекции получены 12 ассоциаций аэробных бактерий. В качестве фактора отбора при накопительном культивировании использовали 4-хлорбензойную кислоту и хлорбензол. В результате скрининга установлено, что в ДНК шести бактериальных ассоциаций, селектированных на хлорбензоле, и в ДНК трех бактериальных ассоциаций, селектированных на 4-хлорбензоате, присутствует ген benA (α-субъединица бензоат 1,2-диоксигеназы). Из benA-положительных ассоциаций выделены чистые культуры аэробных бактериальных штаммов, использующих бензойную кислоту в качестве источника углерода. Установлено, что амплифицированные фрагменты с ДНК штаммов ассоциаций А1, А4, А5, В1, В2, В3, В4 и В6 формируют единый филогенетический кластер с геном α-субъединицы бензоат диоксигеназы штамма Pseudomonas putida KT2440 (уровень сходства 96–98 %), тогда как амплифицированный фрагмент с ДНК штамма В5-170 ассоциация В5 формирует кластер с геном α-субъединицы бензоат диоксигеназы штамма Pseudomonas sp. VLB120 (уровень сходства 93 %).

Экологическая генетика. 2019;17(3):13-22
pages 13-22 views

Sinorhizobium meliloti: хромосомные типы и геномные острова

Черкасова М.Е., Мунтян В.С., Саксаганская А.С., Симаров Б.В., Румянцева М.Л.

Аннотация

Выполнен анализ полиморфизма последовательностей корового генома клубеньковых бактерий S. meliloti с целью выявления хромосомных типов и оценки встречаемости в них геномных островов, рассматриваемых как акцессорные элементы хромосомы. В результате сопряженного анализа генов-маркеров M-I (betBC) и M-II (SMc04407-SMc04881), продукты которых задействованы в клеточном метаболизме и вовлечены в процессы формирования стрессоустойчивости, а также последовательностей маркера M-III (IGS rrs-rrl), используемых в филогенетических исследованиях на уровне вида, были выявлены достоверные различия между пятью типическими группами и девятью подгруппами штаммов, различавшихся по району и источнику выделения, а также по солеустойчивости. Определены четыре хромосомных типа и показана предпочтительность наличия одного из трех островов Rm1021 в каждом из них. Установлены достоверные различия по встречаемости штаммов, имевших определенный хромосомный тип в очагах разнообразия люцерны, расположенных в северных районах Кавказа и Казахстана (Приаралье), а также в агроценозах. Сделано заключение, что штаммы с измененными маркерами M-I/M-II могут относиться к дивергентным клональным линиям, тогда как штаммы с измененным маркером M-III, а также маркерами M-I/M-II могут являться представителями нового(ых) биовара(ов) клубеньковых бактерий люцерны, который(ые) формируется(ются) значительно активнее в современном центре интрогрессивной гибридизации люцерн в Приаралье.

Экологическая генетика. 2019;17(3):23-38
pages 23-38 views

Идентификация последовательностей, кодирующих ncr-пептиды и дефензины, в метасборке транскриптома азотфиксирующих клубеньков гороха посевного (pisum sativum l.)

Зорин Е.А., Клюкова М.С., Кулаева О.А., Афонин А.М., Тихонович И.А., Жуков В.А.

Аннотация

Активное и зачастую бесконтрольное применение антибиотиков в медицине и сельском хозяйстве приводит к возникновению резистентности к используемым веществам, что снижает эффективность их применения. Один из способов решения данной проблемы — разработка новых антибиотиков на основе растительных пептидов, обладающих антимикробной активностью. К таковым относятся дефензины (характерные для всех растений) и NCR-пептиды, специфически синтезируемые в клубеньках некоторых бобовых растений. В настоящем исследовании из доступных данных РНК-секвенирования транскриптома клубеньков гороха посевного (Pisum sativum L.) была получена метасборка транскриптома, использованная для поиска последовательностей, кодирующих антимикробные пептиды. В результате было идентифицировано 55 и 908 уникальных последовательностей, кодирующих дефензины и NCR-пептиды соответственно. Последовательности, для которых был предсказан сайт узнавания сигнальной пептидазой, были разделены на сигнальную и зрелую части пептида. Среди зрелых дефензинов антимикробной активностью, предсказанной in silico, обладают 22 пептида, среди представителей семейства NCR-пептидов — 422 последовательности. Таким образом, были идентифицированы гены, экспрессирующиеся в азотфиксирующих клубеньках гороха и кодирующие дефензины и NCR-пептиды, являющиеся кандидатами для проверки их антимикробной активности в опытах in vitro.

Экологическая генетика. 2019;17(3):39-46
pages 39-46 views

Гены транскрипционных факторов, задействованных в ответе растений на абиотические стрессовые факторы

Заикина Е.А., Румянцев С.Д., Сарварова Е.Р., Кулуев Б.Р.

Аннотация

Гипотермия, засуха, засоление и тяжелые металлы — наиболее распространенные стрессовые факторы, негативно влияющие на рост и развитие растений. Растения на эти стрессовые факторы реагируют на молекулярном, клеточном и физиологическом уровнях через сложную сеть восприятия и передачи сигналов стресса, которая впоследствии инициирует множество защитных механизмов. Важнейшими регуляторами абиотических стрессовых реакций, как и других сигнальных путей, являются транскрипционные факторы, контролирующие экспрессию многочисленных защитных генов. В ответ на действие абиотических стрессовых факторов в растениях активируются транскрипционные факторы, относящиеся прежде всего к семействам AP2/ERF, WRKY, MYB, NAC и bZIP. Многочисленные гены транскрипционных факторов могут быть использованы при создании стрессоустойчивых трансгенных и генетически редактированных сельскохозяйственных растений. Гены этих транскрипционных факторов также представляют большой интерес в качестве мишеней при маркер-ориентированной селекции культурных растений. Данный обзор посвящен рассмотрению основных групп транскрипционных факторов и их генов, участвующих в ответе растений на гипотермию, засуху, засоление и воздействие тяжелых металлов.

Экологическая генетика. 2019;17(3):47-58
pages 47-58 views

Киллер-токсины дрожжей saccharomyces cerevisiae: синтез, механизмы действия и практическое использование

Самбук Е.В., Музаев Д.М., Румянцев А.М., Падкина М.В.

Аннотация

Дрожжи Saccharomyces cerevisiae, секретирующие токсины различной природы, являются уникальной моделью для изучения молекулярных механизмов антагонистических взаимоотношений сосуществующих микроорганизмов. Синтез дрожжевых токсинов можно рассматривать как пример аллелопатии и экологической конкуренции. Выяснение роли аллелопатии в формировании микробных сообществ представляет большой интерес для современной экологии. Дрожжевые токсины широко используются в медицине, пищевой промышленности и биотехнологии. В обзоре рассмотрены природа экзотоксинов, механизмы наследования и взаимодействия вируса и клеток дрожжей, а также перспективы их практического применения.

Экологическая генетика. 2019;17(3):59-73
pages 59-73 views

Затемнение окраски как маркерный признак снижения репродуктивной способности у самок соболей (martes zibellina) и норок (neovison vison)

Бекетов C.В., Чернова И.Е., Рожков Ю.И., Топорова Л.В., Карпов К.С.

Аннотация

По материалам 23 зверохозяйств России проведена сравнительная оценка репродуктивной способности самок соболей и норок стандартных пород (окраска дикого типа) за разные периоды лет. Установлено, что в ходе внутрипородной дифференциации по общей окраске волосяного покрова (почти черная, черно-бурая, темно-коричневая и каштановая) наименьшим уровнем воспроизводства характеризуются более темные самки соболей, которые отличаются значительным увеличением среди них числа пропустовавших матерей — покрытых, но не давших потомства. По результатам межпородных сравнений соболей и норок выявлен параллелизм в изменчивости репродуктивной способности самок, который проявляется в том, что, в отличие от относительно светлых, темные по окраске животные характеризуются бо́льшим числом пропустований и низкой плодовитостью.

Экологическая генетика. 2019;17(3):75-86
pages 75-86 views

Генетическая токсикология

Бисфенол а и болезни человека. Механизмы действия

Дергачева Н.И., Паткин Е.Л., Сучкова И.О., Софронов Г.А.

Аннотация

В обзоре рассматриваются молекулярные механизмы и биологические эффекты воздействия экотоксиканта бисфенола А, который относится к химическим веществам, разрушающим эндокринную систему, и обладает эпигенетической токсичностью.

Экологическая генетика. 2019;17(3):87-98
pages 87-98 views

Экологическая генетика человека

Чувствительная к воздействию средовых факторов miR-638 и многофакторные заболевания

Кучер А.Н.

Аннотация

В обзоре представлена информация о средовых факторах, влияющих на уровень miR-638 в организме человека, потенциальных генах-мишенях данной микроРНК (по TargetScanHuman), заболеваниях и метаболических путях, для которых среди ассоциированных генов избыточно представлены гены, потенциально регулируемые miR-638, а также клинические и экспериментальные данные, подтверждающие вовлеченность miR-638 в развитие широкого спектра многофакторных заболеваний. Приведенные в обзоре сведения расширяют представления о патогенезе различных болезней многофакторной природы и определяют новые стратегии изучения ген-средовых взаимодействий, значимых для формирования здоровья.

Экологическая генетика. 2019;17(3):99-110
pages 99-110 views

Изучение маркера активного хроматина — ацетилированного гистона н3к9 — хромосом из лимфоцитов человека в пре- и постнатальный период онтогенеза

Ефимова О.А., Пендина А.А., Лежнина Ю.Г., Тихонов А.В., Чиряева О.Г., Петрова Л.И., Дудкина В.С., Кольцова А.С., Крапивин М.И., Петровская-Каминская А.В., Талантова О.Е., Кузнецова Т.В., Баранов В.С.

Аннотация

Введение: Нарушения эпигенетического маркирования генома приводят к хроматиновым болезням, в связи с чем актуальным представляется изучение эпигенетических маркеров хромосом в онтогенезе человека.

Цель: Сравнительный анализ распределения ацетилированного по лизину в 9-м положении гистона Н3 (AcH3K9) на метафазных хромосомах из лимфоцитов периферической крови взрослых индивидов и пуповинной крови плодов человека.

Методы: Иммуноцитохимическая детекция AcH3K9 на препаратах метафазных хромосом из ФГА-стимулированных лимфоцитов периферической крови 13 взрослых индивидов и пуповинной крови 10 плодов человека 20-22 недель развития.

Результаты: Участки хроматина, обогащенные АсН3К9, преимущественно локализованы в R- и, особенно, в T-сегментах метафазных хромосом как у плодов, так и у взрослых индивидов. АсН3К9 отсутствует в блоках прицентромерного гетерохроматина хромосом 1, 9, 16; степень ацетилирования G-сегментов - низкая. Выявлены различия по содержанию АсН3К9 в отдельных сегментах хромосом у взрослых и плодов: в сегментах 2q31, 5p13, 5p15 и 16p13 выявлен более высокий уровень ацетилирования Н3К9 у взрослых индивидов по сравнению с таковым у плодов, а в сегменте 9q13, наоборот, – более низкий.

Выводы: Распределение АсН3К9 вдоль плеч метафазных хромосом из лимфоцитов характеризуется сегментной специфичностью и одинаково у взрослых индивидов и плодов человека за исключением единичных сегментов, в которых уровень ацетилирования Н3К9 отличается.

Экологическая генетика. 2019;17(3):111-117
pages 111-117 views


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах