Том 17, № 3 (2019)
- Год: 2019
- Статей: 10
- URL: https://journals.rcsi.science/ecolgenet/issue/view/642
- DOI: https://doi.org/10.17816/ecogen173
Генетические основы эволюции экосистем
Анализ распределения эпитопов арабиногалактанпротеинов-экстензинов в клубеньках гороха (pisum sativum) дикого типа и мутантов с нарушениями роста инфекционной нити
Аннотация
Арабиногалактанпротеин-экстензины (AGPE) играют важную роль на нескольких стадиях бобово-ризобиального симбиоза, включая колонизацию корней и развитие инфекционных структур, особенно инфекционных нитей. Основное внимание в этом исследовании уделено участию AGPE в последовательной колонизации тканей и клеток ризобиями. Для анализа распределения и количества эпитопов AGPE в клубеньках гороха дикого типа и неэффективных симбиотических мутантов была использована иммуноэлектронная микроскопия с моноклональными антителами MAC204 и MAC236. В клубеньках линии дикого типа SGE оба эпитопа AGPE были одинаково распределены в матриксе инфекционных нитей и инфекционных капель. В клубеньках мутантной линии SGEFix–-1 (sym40) количество метки MAC204 было значительно выше, чем у SGE, как в инфекционных нитях, так и в инфекционных каплях, но количество метки MAC236 было увеличено только в инфекционных каплях. У мутантной линии SGEFix–-2 (sym33-3) наблюдался самый высокий уровень обоих эпитопов среди всех анализируемых генотипов. У двойной мутантной линии RBT3 (sym33-3, sym40) зафиксирован промежуточный уровень накопления метки обоих эпитопов в инфекционных нитях по сравнению с родительскими мутантами. У SGEFix–-1 аномальное распределение обоих эпитопов наблюдалось в матриксе межклеточного пространства. Эпитоп MAC204 был обнаружен в клеточных стенках SGEFix–-1 и в стенках инфекционных нитей SGEFix–-2, тогда как у RBT3 этот эпитоп был выявлен в обоих типах стенок. Мутации sym33-3 и sym40 по-разному влияют на накопление эпитопов AGPE, распознаваемых MAC204 и MAC236. Это указывает на то, что оба гена Sym33 и Sym40 влияют на состав AGPE в матриксе инфекционных нитей и инфекционных капель.
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)
Разнообразие гена бензоат диоксигеназы в бактериальных ассоциациях, сформировавшихся под давлением хлорорганического загрязнения
Аннотация
Из образцов грунта, отобранных на территории, длительное время загрязненной хлорорганическими соединениями, в результате селекции получены 12 ассоциаций аэробных бактерий. В качестве фактора отбора при накопительном культивировании использовали 4-хлорбензойную кислоту и хлорбензол. В результате скрининга установлено, что в ДНК шести бактериальных ассоциаций, селектированных на хлорбензоле, и в ДНК трех бактериальных ассоциаций, селектированных на 4-хлорбензоате, присутствует ген benA (α-субъединица бензоат 1,2-диоксигеназы). Из benA-положительных ассоциаций выделены чистые культуры аэробных бактериальных штаммов, использующих бензойную кислоту в качестве источника углерода. Установлено, что амплифицированные фрагменты с ДНК штаммов ассоциаций А1, А4, А5, В1, В2, В3, В4 и В6 формируют единый филогенетический кластер с геном α-субъединицы бензоат диоксигеназы штамма Pseudomonas putida KT2440 (уровень сходства 96–98 %), тогда как амплифицированный фрагмент с ДНК штамма В5-170 ассоциация В5 формирует кластер с геном α-субъединицы бензоат диоксигеназы штамма Pseudomonas sp. VLB120 (уровень сходства 93 %).
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)
Sinorhizobium meliloti: хромосомные типы и геномные острова
Аннотация
Выполнен анализ полиморфизма последовательностей корового генома клубеньковых бактерий S. meliloti с целью выявления хромосомных типов и оценки встречаемости в них геномных островов, рассматриваемых как акцессорные элементы хромосомы. В результате сопряженного анализа генов-маркеров M-I (betBC) и M-II (SMc04407-SMc04881), продукты которых задействованы в клеточном метаболизме и вовлечены в процессы формирования стрессоустойчивости, а также последовательностей маркера M-III (IGS rrs-rrl), используемых в филогенетических исследованиях на уровне вида, были выявлены достоверные различия между пятью типическими группами и девятью подгруппами штаммов, различавшихся по району и источнику выделения, а также по солеустойчивости. Определены четыре хромосомных типа и показана предпочтительность наличия одного из трех островов Rm1021 в каждом из них. Установлены достоверные различия по встречаемости штаммов, имевших определенный хромосомный тип в очагах разнообразия люцерны, расположенных в северных районах Кавказа и Казахстана (Приаралье), а также в агроценозах. Сделано заключение, что штаммы с измененными маркерами M-I/M-II могут относиться к дивергентным клональным линиям, тогда как штаммы с измененным маркером M-III, а также маркерами M-I/M-II могут являться представителями нового(ых) биовара(ов) клубеньковых бактерий люцерны, который(ые) формируется(ются) значительно активнее в современном центре интрогрессивной гибридизации люцерн в Приаралье.
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)
Идентификация последовательностей, кодирующих ncr-пептиды и дефензины, в метасборке транскриптома азотфиксирующих клубеньков гороха посевного (pisum sativum l.)
Аннотация
Активное и зачастую бесконтрольное применение антибиотиков в медицине и сельском хозяйстве приводит к возникновению резистентности к используемым веществам, что снижает эффективность их применения. Один из способов решения данной проблемы — разработка новых антибиотиков на основе растительных пептидов, обладающих антимикробной активностью. К таковым относятся дефензины (характерные для всех растений) и NCR-пептиды, специфически синтезируемые в клубеньках некоторых бобовых растений. В настоящем исследовании из доступных данных РНК-секвенирования транскриптома клубеньков гороха посевного (Pisum sativum L.) была получена метасборка транскриптома, использованная для поиска последовательностей, кодирующих антимикробные пептиды. В результате было идентифицировано 55 и 908 уникальных последовательностей, кодирующих дефензины и NCR-пептиды соответственно. Последовательности, для которых был предсказан сайт узнавания сигнальной пептидазой, были разделены на сигнальную и зрелую части пептида. Среди зрелых дефензинов антимикробной активностью, предсказанной in silico, обладают 22 пептида, среди представителей семейства NCR-пептидов — 422 последовательности. Таким образом, были идентифицированы гены, экспрессирующиеся в азотфиксирующих клубеньках гороха и кодирующие дефензины и NCR-пептиды, являющиеся кандидатами для проверки их антимикробной активности в опытах in vitro.
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)
Гены транскрипционных факторов, задействованных в ответе растений на абиотические стрессовые факторы
Аннотация
Гипотермия, засуха, засоление и тяжелые металлы — наиболее распространенные стрессовые факторы, негативно влияющие на рост и развитие растений. Растения на эти стрессовые факторы реагируют на молекулярном, клеточном и физиологическом уровнях через сложную сеть восприятия и передачи сигналов стресса, которая впоследствии инициирует множество защитных механизмов. Важнейшими регуляторами абиотических стрессовых реакций, как и других сигнальных путей, являются транскрипционные факторы, контролирующие экспрессию многочисленных защитных генов. В ответ на действие абиотических стрессовых факторов в растениях активируются транскрипционные факторы, относящиеся прежде всего к семействам AP2/ERF, WRKY, MYB, NAC и bZIP. Многочисленные гены транскрипционных факторов могут быть использованы при создании стрессоустойчивых трансгенных и генетически редактированных сельскохозяйственных растений. Гены этих транскрипционных факторов также представляют большой интерес в качестве мишеней при маркер-ориентированной селекции культурных растений. Данный обзор посвящен рассмотрению основных групп транскрипционных факторов и их генов, участвующих в ответе растений на гипотермию, засуху, засоление и воздействие тяжелых металлов.
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)
Киллер-токсины дрожжей saccharomyces cerevisiae: синтез, механизмы действия и практическое использование
Аннотация
Дрожжи Saccharomyces cerevisiae, секретирующие токсины различной природы, являются уникальной моделью для изучения молекулярных механизмов антагонистических взаимоотношений сосуществующих микроорганизмов. Синтез дрожжевых токсинов можно рассматривать как пример аллелопатии и экологической конкуренции. Выяснение роли аллелопатии в формировании микробных сообществ представляет большой интерес для современной экологии. Дрожжевые токсины широко используются в медицине, пищевой промышленности и биотехнологии. В обзоре рассмотрены природа экзотоксинов, механизмы наследования и взаимодействия вируса и клеток дрожжей, а также перспективы их практического применения.
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)
Затемнение окраски как маркерный признак снижения репродуктивной способности у самок соболей (martes zibellina) и норок (neovison vison)
Аннотация
По материалам 23 зверохозяйств России проведена сравнительная оценка репродуктивной способности самок соболей и норок стандартных пород (окраска дикого типа) за разные периоды лет. Установлено, что в ходе внутрипородной дифференциации по общей окраске волосяного покрова (почти черная, черно-бурая, темно-коричневая и каштановая) наименьшим уровнем воспроизводства характеризуются более темные самки соболей, которые отличаются значительным увеличением среди них числа пропустовавших матерей — покрытых, но не давших потомства. По результатам межпородных сравнений соболей и норок выявлен параллелизм в изменчивости репродуктивной способности самок, который проявляется в том, что, в отличие от относительно светлых, темные по окраске животные характеризуются бо́льшим числом пропустований и низкой плодовитостью.
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)
Генетическая токсикология
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)
Экологическая генетика человека
Чувствительная к воздействию средовых факторов miR-638 и многофакторные заболевания
Аннотация
В обзоре представлена информация о средовых факторах, влияющих на уровень miR-638 в организме человека, потенциальных генах-мишенях данной микроРНК (по TargetScanHuman), заболеваниях и метаболических путях, для которых среди ассоциированных генов избыточно представлены гены, потенциально регулируемые miR-638, а также клинические и экспериментальные данные, подтверждающие вовлеченность miR-638 в развитие широкого спектра многофакторных заболеваний. Приведенные в обзоре сведения расширяют представления о патогенезе различных болезней многофакторной природы и определяют новые стратегии изучения ген-средовых взаимодействий, значимых для формирования здоровья.
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)
Изучение маркера активного хроматина — ацетилированного гистона н3к9 — хромосом из лимфоцитов человека в пре- и постнатальный период онтогенеза
Аннотация
Введение: Нарушения эпигенетического маркирования генома приводят к хроматиновым болезням, в связи с чем актуальным представляется изучение эпигенетических маркеров хромосом в онтогенезе человека.
Цель: Сравнительный анализ распределения ацетилированного по лизину в 9-м положении гистона Н3 (AcH3K9) на метафазных хромосомах из лимфоцитов периферической крови взрослых индивидов и пуповинной крови плодов человека.
Методы: Иммуноцитохимическая детекция AcH3K9 на препаратах метафазных хромосом из ФГА-стимулированных лимфоцитов периферической крови 13 взрослых индивидов и пуповинной крови 10 плодов человека 20-22 недель развития.
Результаты: Участки хроматина, обогащенные АсН3К9, преимущественно локализованы в R- и, особенно, в T-сегментах метафазных хромосом как у плодов, так и у взрослых индивидов. АсН3К9 отсутствует в блоках прицентромерного гетерохроматина хромосом 1, 9, 16; степень ацетилирования G-сегментов - низкая. Выявлены различия по содержанию АсН3К9 в отдельных сегментах хромосом у взрослых и плодов: в сегментах 2q31, 5p13, 5p15 и 16p13 выявлен более высокий уровень ацетилирования Н3К9 у взрослых индивидов по сравнению с таковым у плодов, а в сегменте 9q13, наоборот, – более низкий.
Выводы: Распределение АсН3К9 вдоль плеч метафазных хромосом из лимфоцитов характеризуется сегментной специфичностью и одинаково у взрослых индивидов и плодов человека за исключением единичных сегментов, в которых уровень ацетилирования Н3К9 отличается.
![pages](/img/style/pages.png)
![views](/img/style/views.png)
![](/img/style/loadingSmall.gif)