Отправить статью по E-mail 
Опубликовать комментарии ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ СОВЕРШЕННЫХ ПОВТОРОВ В ГЕНОМАХ ОДНОКЛЕТОЧНЫХ ЦИАНОБАКТЕРИЙ
- Авторы: Михеева Л.Е.1, Орлов Ю.Л.2, Колчанов Н.А.2, Шестаков С.В.1
-
Учреждения:
- Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Москва, РФ
- Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Новосибирская область, РФ
- Выпуск: Том 3, № 2 (2005)
- Страницы: 15-21
- Раздел: Статьи
- URL: https://journals.rcsi.science/ecolgenet/article/view/5510
- DOI: https://doi.org/10.17816/ecogen3215-21
- ID: 5510
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Исследование in silico структуры, количества, распределения и локализации (внутригенной и межгенной) прямых и инвертированных повторяющихся последовательностей в геномах восьми одноклеточных цианобактерий показало перспективность такого подхода в полногеномном анализе для решения задач молекулярной филогении и экологической геномики. Сравнительный анализ распределения неслучайных повторов позволил: подтвердить высокую степень генетического родства двух штаммов Prochlorococcus marinus (MED4 и SS120), обладающих редуцированными геномами и обитающих в различных по уровням освещенности эконишах; установить филогенетическую близость геномов Prochlorococcus marinus MIT9313 иSynechococcus WH8102, существенно различающихся по набору белков светособирающих комплексов фотосистем, но занимающих сходные ниши в морских экосистемах; выявить характерные различия в геномной организации между морскими и пресноводными видами одноклеточных цианобактерий.
Ключевые слова
Об авторах
Лидия Евгеньевна Михеева
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Москва, РФ
Email: shestakovgen@ mail.ru 119 234, Russia, Moscow, Leninskie Gory, etc. 1, p. 12, MSU
Юрий Львович Орлов
Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Новосибирская область, РФ
Email: orlov@bionet.nsc.ru
Николай Александрович Колчанов
Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Новосибирская область, РФ
Email: kol@bionet.nsc.ru
Сергей Васильевич Шестаков
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Москва, РФ
Email: shestakovgen@mail.ru 119 234, Russia, Moscow, Leninskie Gory, etc. 1, p. 12, MSU
Список литературы
- Орлов Ю.Л. Анализ повторов в полных бактериальных геномах.//Тр. III съезда ВОГиС. Москва, 6-12 июня 2004: «Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития» -2004. -Т. II. -С. 364.
- Bhaya D., Dufresne A., Vaulot D., Grossman A. Analysis of the hli-family in marine and freshwater cyanobacteria//FEMS Microbiol. Lett. -2002. -Vol. 215(2). -P. 209-219.
- Bibby T.S., Mary I., Nield J. et al. Lowlightadapted Prochlorococcus species possess specific antennae for each photosystem//Nature. -2003. -Vol. 424(6952). -P. 1051-1054.
- Delcher A., Kasif S., Fleischmann R. et al. Alignment of whole genomes//Nucleic Acids Res. -1999. -Vol. 27, N 11. -P. 2369-2376.
- Программа MUMmer -http://www.tigr.org/tigrscrits/CMR2/webmum/mumplot.
- Henz S.R., Huson D.H., Auch A.F., NieseltStruwe K., Schuster S.C. Wholegenome prokaryotic phylogeny//Bioinformatics. -2005. -Vol. 21, N 10. -P. 2329-2335.
- Hess W.R. Genome analysis of marine photosynthetic microbes and their global role//Curr. Opin. Biotechnol. -2004. -Vol. 15, N 3. -P. 191-198.
- Honda D., Yokota A., Sugiyama J. Detection of seven major evolutionary lineages in Cyanobacteria based on 16S rRNA gene analysis with new sequences of five marine Synechococcus strains//J. Molec. Evol. -1999. -Vol. 48. -P. 723-739.
- Nakamura Y., Kaneko T., Sato S. et al. Complete genome structure of Gloeobacter violaceus PCC 7421, a cyanobacterium that lacks thylakoids//DNA Res. -2003. -Vol. 10(4). -P. 137-145.
- Orlov Y.L., Gusev V.D., Miroshnichenko L.A. LZcomposer:Decomposition of Genomic Sequences by Repeat Fragments.//Biofizika. (Mosk). -2003. -Vol. 48, Suppl. 1. -P. S7-S16. Интернет-доступная программа Lzcomposer. -http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/lzcomposer/.
- Orlov Y.L., Potapov V.N., Poplavsky A.S. Computer analysis of genomic sequence complexity: new applications.//Proceedings of BGRS'2004. -Novosibirsk, Inst.of Cytology & Genetics Press. -2004. -Vol. 1. -P. 153-157.
- Partensky F., Hess W.R., Vaulot D. Prochlorococcus, a marine photosynthetic prokariote of global significance//Microbiol. Molec. Biol. Rew. -1999. -Vol. 63, N 1. -Р. 106-127.
- Rocap G., Distel D.L., Waterbury J.B., Chisholm S.W. Resolution of Prochlorococcus and Synechococcus ecotypes by using 16S-23S ribosomal RNA internal transcribed spacer sequences//Appl. Environ. Microbiol. -2002. -Vol. 68(3). -P. 1180-1191.
- Rocap G, Larimer FW, Lamerdin J. Genome divergence in two Prochlorococcus ecotypes reflects oceanic niche differentiation//Nature. -2003. -Vol. 424(6952). -P. 1042-1047.
- Ting C., Rocap G., King J., Chisholm S. Cyanobacterial photosynthesis in the oceans: the origins and significance of divergent light-harvesting strategies//Trends Microbiol. -2002. -Vol. 10, N 3. -P. 134-142.
- Van Belkum A. Short sequence repeats in microbial pathogenesis and evolution//Cell Mol. Life Sci. -1999. -Vol. 56(9-10). -P. 729-734.
- Wilmotte A. Molecular evolution and taxonomy of the cyanobacteria//Molecular biology of cyanobacteria/Bryant D.A. ed. -Kluver Acad. Publishers, 1992. -P. 1-26.
