МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА НЕГИПЕРВАРИАБЕЛЬНОГО ГЦ-БОГАТОГО МИНИСАТЕЛЛИТА ЧЕЛОВЕКА UPS29 ГЕНА CENTB5


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Проведены компьютерный и молекулярно-генетический анализы минисателлита человека UPS29, локализованного в интроне гена CENTB5. Впервые обнаружено 7 аллелей UPS29, содержащих от 6 до 24 повторов. Преобладающим (91,5 %) являлся аллель UPS29 из 17 повторов, частота остальных аллелей колебалась от 0,29 до 4,39 %. Гетерозиготность UPS29 составила 12,3 %. По полученным результатам UPS29 отнесен к классу низкополиморфных негипервариабельных минисателлитов.

Об авторах

Ирина Олеговна Сучкова

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Email: irsuchkova@mail.ru

Дарья Михайловна Шубина

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Email: iem@iem.spb.ru

Людмила Константиновна Сасина

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Email: sassina2001@hotmail.com

Наталия Александровна Сломинская

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Вадим Борисович Васильев

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Наталья V Аленина

Центр Молекулярной медицины Макса Дельбрюка , Берлин, Германия

Мишель F Бадер

Центр Молекулярной медицины Макса Дельбрюка , Берлин, Германия

Евгений Львович Паткин

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Email: elp44@mail.ru

Список литературы

  1. Айала Ф. Современная генетика. В 3-х т., Т.3.: пер. с англ./Айала Ф., Кайгер Дж.; пер. с англ. Базыки-на А. Д. -М.: Мир, 1988. -335 с.
  2. Аксенова М. Г. Аллельный полиморфизм гена переносчика дофамина в группах больных эндогенными психозами. Связь с патологическими синдромами/Аксенова М. Г., Голимбет В. Е., Алфимова М. В., Носиков В. В.//Молекулярная биология. -2000. -Т. 34, № 4. -С. 696-700.
  3. Ивантер Э. В. Основы биометрии: введение в статистический анализ биологических явлений и процессов/Ивантер Э. В., Коросов А. В. -Петрозаводск.: Изд-во Петрозаводского гос. университета, 1992. -168 с.
  4. Кайданов Л. З. Генетика популяций//Кайданов Л. З. -М.: Высш. шк., 1996. -320 с.
  5. Паткин Е. Л. Сателлитные ДНК и болезни -возможные механизмы. Нестабильность минисателлитов/Паткин Е. Л., Гайцхоки В. С.//Генетика. -2000. -Т. 36, № 9. -С. 1189-1194.
  6. Patkin E. L., Gaitskhoki V.S. Satellite DNAs and diseases -possible mechanisms: minisatellite instability//Rus. J. Genetics. -2000. -Vol. 36, N 9. -P. 989-993.).
  7. Плохинский Н.А. Биометрии//Плохинский Н. А. -М.: Изд-во МГУ, 1970. -368 с.
  8. Andreassen R. De novo mutation and allelic diversity at minisatellite locus D7S22 investigated by allele-specific four-state MVR-PCR analysis/Andreassen R., Olaisen B.//Hum. Mol. Genet. -1998. -Vol. 7. -P. 2113-2120.
  9. Benson G. Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences/Benson G.//Nucl. Acid Res. -1999. -Vol. 27. -P. 573-580.
  10. Birth and evolution history of a human minisatellite/Boan F., Blanco M. G., Quinteiro J. [et al.]//Mol. Biol. Evol. -2004. -Vol. 21. -P. 228-235.
  11. Boan F. Molecular characterization of a new human minisatellite that is able to form single-stranded loops in vitro and recognized by nuclear proteins/Boan F., Gonzalez A. I., Rodriguez J. M., Gomez-Marquez J.//FEBS Letters. -1997. -Vol. 418. -P. 251-257.
  12. Boan F. A non-hypervariable human minisatellite strongly stimulates in vitro intramolecular homologous recombination/Boan F., Rodriguez J. M., Gomez-Marquez J.//J. Mol. Biol. -1998. -Vol. 278. -P. 499-505.
  13. Brukner I. Sequence dependent bending propensity of DNA as revealed by DNAse I: Parameters for trinucleotides/Brukner I., Sanchez R., Suck D., Pongor S.//EMBO J. -1995. -Vol. 14. -P. 1812-1818.
  14. Buard J. Complex recombination events att the hypetmutable minisatellite CEB1 (D2S90)/Buard J.,Vergnaud G.//EMBO J. -1994. -Vol. 13. -P. 3203-3210.
  15. Denoeud F. Predicting human minisatellite polymorphism/Denoeud F., Vergnaud G., Benson G.//Genome Res. -2003. -Vol. 13. -P. 856-867.
  16. Goodsell D. S. Bending and curvature calculations in B-DNA/Goodsell D. S., Dickerson R. E.//Nucl. Acids Res. -1994. -Vol. 22. -P. 5497-5503.
  17. Human chromosomal fragile site FRA16B is amplified AT-rich minisatellite repeat/Yu S., Mangelsdorf M., Hewett D. [et al. ]//Cell. -1997. -Vol. 88. -P. 367-374.
  18. Jobling M. A. Hypervariable digital DNA codes for human paternal lineages: MVR-PCR at the Y-specific minisatellite, MSY1 (DYF155S1)/Jobling M. A., Biuzekri N., Taylor P. G.//Hum. Mol. Genet. -1998. -Vol. 7. -P. 643-653.
  19. MacKenzie A. A serotonin transporter gene intron 2 polymorphic region, correlated with affective disoders, has allele-dependent differential enhancerlike properties in the mouse embryo/MacKenzie A.,Quinn J.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1999. -Vol. 96. -P. 15251 -15255.
  20. Molecular basis for expression of common and rare fragile sites/Zlotorynski E., Rahat A., Skaug J. [et al.]//Mol. Cell Biol. -2003. -Vol. 23. -P. 7143-7151.
  21. Ovarian canser risk in BRCA1 carriers is modified by the HRAS1 variable number of tandem repeat (VNTR) locus/Phelan C. M., Rebbeck T. R., Weber B. L. [et al.]//Nat. Genet. -1996. -Vol. 12. -P. 309-311.
  22. Papadakis E. N. Genetic analysis of H-ras intron-1 polymorphic and variabletandem repeatregions in human breast cancer/Papadakis E. N., Dokianakis D. N.,Spandidos D. A.//Int J. Biol. Markers. -2003. -Vol. 18. -P. 195-199.
  23. Structure of Chi hotspots of generalized recombination/Smith G. R., Kunes S. M., Schultz D. W. [et al.]//Cell. -1981. -Vol. 24. -P. 429-436.
  24. The use synthetic tandem repeats to isolate new VNTR loci: cloning of a human hypermutable sequence/Vergnaud G., Moriat D., Apiou F. [et al.]//Genomics. -1991. -Vol. 11. -P. 135-144.
  25. Vergnaud G. Minisatelletes: mutability and genome architecture/Vergnaud G., Denoeud F.//Genet. Res. -2000. -Vol. 10. -P. 899-907.
  26. Weinreb A. Site of uneqiual sister chromatid exchange contains a potential Z-DNA-froming tract/Weinreb A.,Katzenberg D. R.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1988. -Vol. 85. -P. 529-533.

© Сучкова И.О., Шубина Д.М., Сасина Л.К., Сломинская Н.А., Васильев В.Б., Аленина Н.V., Бадер М.F., Паткин Е.Л., 2007

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах