МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА НЕГИПЕРВАРИАБЕЛЬНОГО ГЦ-БОГАТОГО МИНИСАТЕЛЛИТА ЧЕЛОВЕКА UPS29 ГЕНА CENTB5


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Проведены компьютерный и молекулярно-генетический анализы минисателлита человека UPS29, локализованного в интроне гена CENTB5. Впервые обнаружено 7 аллелей UPS29, содержащих от 6 до 24 повторов. Преобладающим (91,5 %) являлся аллель UPS29 из 17 повторов, частота остальных аллелей колебалась от 0,29 до 4,39 %. Гетерозиготность UPS29 составила 12,3 %. По полученным результатам UPS29 отнесен к классу низкополиморфных негипервариабельных минисателлитов.

Об авторах

Ирина Олеговна Сучкова

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Email: irsuchkova@mail.ru

Дарья Михайловна Шубина

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Email: iem@iem.spb.ru

Людмила Константиновна Сасина

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Email: sassina2001@hotmail.com

Наталия Александровна Сломинская

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Вадим Борисович Васильев

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Наталья V Аленина

Центр Молекулярной медицины Макса Дельбрюка , Берлин, Германия

Мишель F Бадер

Центр Молекулярной медицины Макса Дельбрюка , Берлин, Германия

Евгений Львович Паткин

Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, РФ

Email: elp44@mail.ru

Список литературы

  1. Айала Ф. Современная генетика. В 3-х т., Т.3.: пер. с англ./Айала Ф., Кайгер Дж.; пер. с англ. Базыки-на А. Д. -М.: Мир, 1988. -335 с.
  2. Аксенова М. Г. Аллельный полиморфизм гена переносчика дофамина в группах больных эндогенными психозами. Связь с патологическими синдромами/Аксенова М. Г., Голимбет В. Е., Алфимова М. В., Носиков В. В.//Молекулярная биология. -2000. -Т. 34, № 4. -С. 696-700.
  3. Ивантер Э. В. Основы биометрии: введение в статистический анализ биологических явлений и процессов/Ивантер Э. В., Коросов А. В. -Петрозаводск.: Изд-во Петрозаводского гос. университета, 1992. -168 с.
  4. Кайданов Л. З. Генетика популяций//Кайданов Л. З. -М.: Высш. шк., 1996. -320 с.
  5. Паткин Е. Л. Сателлитные ДНК и болезни -возможные механизмы. Нестабильность минисателлитов/Паткин Е. Л., Гайцхоки В. С.//Генетика. -2000. -Т. 36, № 9. -С. 1189-1194.
  6. Patkin E. L., Gaitskhoki V.S. Satellite DNAs and diseases -possible mechanisms: minisatellite instability//Rus. J. Genetics. -2000. -Vol. 36, N 9. -P. 989-993.).
  7. Плохинский Н.А. Биометрии//Плохинский Н. А. -М.: Изд-во МГУ, 1970. -368 с.
  8. Andreassen R. De novo mutation and allelic diversity at minisatellite locus D7S22 investigated by allele-specific four-state MVR-PCR analysis/Andreassen R., Olaisen B.//Hum. Mol. Genet. -1998. -Vol. 7. -P. 2113-2120.
  9. Benson G. Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences/Benson G.//Nucl. Acid Res. -1999. -Vol. 27. -P. 573-580.
  10. Birth and evolution history of a human minisatellite/Boan F., Blanco M. G., Quinteiro J. [et al.]//Mol. Biol. Evol. -2004. -Vol. 21. -P. 228-235.
  11. Boan F. Molecular characterization of a new human minisatellite that is able to form single-stranded loops in vitro and recognized by nuclear proteins/Boan F., Gonzalez A. I., Rodriguez J. M., Gomez-Marquez J.//FEBS Letters. -1997. -Vol. 418. -P. 251-257.
  12. Boan F. A non-hypervariable human minisatellite strongly stimulates in vitro intramolecular homologous recombination/Boan F., Rodriguez J. M., Gomez-Marquez J.//J. Mol. Biol. -1998. -Vol. 278. -P. 499-505.
  13. Brukner I. Sequence dependent bending propensity of DNA as revealed by DNAse I: Parameters for trinucleotides/Brukner I., Sanchez R., Suck D., Pongor S.//EMBO J. -1995. -Vol. 14. -P. 1812-1818.
  14. Buard J. Complex recombination events att the hypetmutable minisatellite CEB1 (D2S90)/Buard J.,Vergnaud G.//EMBO J. -1994. -Vol. 13. -P. 3203-3210.
  15. Denoeud F. Predicting human minisatellite polymorphism/Denoeud F., Vergnaud G., Benson G.//Genome Res. -2003. -Vol. 13. -P. 856-867.
  16. Goodsell D. S. Bending and curvature calculations in B-DNA/Goodsell D. S., Dickerson R. E.//Nucl. Acids Res. -1994. -Vol. 22. -P. 5497-5503.
  17. Human chromosomal fragile site FRA16B is amplified AT-rich minisatellite repeat/Yu S., Mangelsdorf M., Hewett D. [et al. ]//Cell. -1997. -Vol. 88. -P. 367-374.
  18. Jobling M. A. Hypervariable digital DNA codes for human paternal lineages: MVR-PCR at the Y-specific minisatellite, MSY1 (DYF155S1)/Jobling M. A., Biuzekri N., Taylor P. G.//Hum. Mol. Genet. -1998. -Vol. 7. -P. 643-653.
  19. MacKenzie A. A serotonin transporter gene intron 2 polymorphic region, correlated with affective disoders, has allele-dependent differential enhancerlike properties in the mouse embryo/MacKenzie A.,Quinn J.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1999. -Vol. 96. -P. 15251 -15255.
  20. Molecular basis for expression of common and rare fragile sites/Zlotorynski E., Rahat A., Skaug J. [et al.]//Mol. Cell Biol. -2003. -Vol. 23. -P. 7143-7151.
  21. Ovarian canser risk in BRCA1 carriers is modified by the HRAS1 variable number of tandem repeat (VNTR) locus/Phelan C. M., Rebbeck T. R., Weber B. L. [et al.]//Nat. Genet. -1996. -Vol. 12. -P. 309-311.
  22. Papadakis E. N. Genetic analysis of H-ras intron-1 polymorphic and variabletandem repeatregions in human breast cancer/Papadakis E. N., Dokianakis D. N.,Spandidos D. A.//Int J. Biol. Markers. -2003. -Vol. 18. -P. 195-199.
  23. Structure of Chi hotspots of generalized recombination/Smith G. R., Kunes S. M., Schultz D. W. [et al.]//Cell. -1981. -Vol. 24. -P. 429-436.
  24. The use synthetic tandem repeats to isolate new VNTR loci: cloning of a human hypermutable sequence/Vergnaud G., Moriat D., Apiou F. [et al.]//Genomics. -1991. -Vol. 11. -P. 135-144.
  25. Vergnaud G. Minisatelletes: mutability and genome architecture/Vergnaud G., Denoeud F.//Genet. Res. -2000. -Vol. 10. -P. 899-907.
  26. Weinreb A. Site of uneqiual sister chromatid exchange contains a potential Z-DNA-froming tract/Weinreb A.,Katzenberg D. R.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1988. -Vol. 85. -P. 529-533.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Сучкова И.О., Шубина Д.М., Сасина Л.К., Сломинская Н.А., Васильев В.Б., Аленина Н.V., Бадер М.F., Паткин Е.Л., 2007

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».