Междисциплинарные подходы для решения задач селекции и генетики растений: к юбилею академика Н.А. Колчанова

Обложка
  • Авторы: Хлесткина Е.К.1,2, Хлесткин В.К.2,3
  • Учреждения:
    1. Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова
    2. Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
    3. Всероссийский научно-исследовательский институт генетики и разведения сельскохозяйственных животных — филиал Федерального исследовательского центра животноводства — ВИЖ им. акад. Л.К. Эрнста
  • Выпуск: Том 20, № 1 (2022)
  • Страницы: 61-68
  • Раздел: Методология экологической генетики
  • URL: https://journals.rcsi.science/ecolgenet/article/view/105794
  • DOI: https://doi.org/10.17816/ecogen105794
  • ID: 105794

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Николай Александрович Колчанов известен в первую очередь как основатель российской биоинформатики и системной компьютерной биологии, признанный специалист мирового уровня в этом направлении. Отличительные особенности стратегии, выбранной академиком Колчановым в отношении фундаментальных и практических задач, — это комплексный взгляд на проблему и умение сформировать междисциплинарную команду для ее решения. Краткий обзор посвящен системному практико-ориентированному подходу в области генетики, геномики, биоинформатики и селекции растений, которым в деятельности Н.А. Колчанова уделено особое внимание в последние годы. Отражена взаимосвязь этой деятельности с утверждением значимых правовых актов в области генетики. Приводятся аналитические срезы публикационной активности коллективов, вовлеченных в эту деятельность, отражающие время активного развития новых трендов и мультидисциплинарный характер исследований.

Об авторах

Елена Константиновна Хлесткина

Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова; Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: director@vir.nw.ru
ORCID iD: 0000-0002-8470-8254
SPIN-код: 3061-1429
Scopus Author ID: 6603368411
ResearcherId: T-2734-2017

д-р биол. наук, профессор, директор

Россия, Санкт-Петербург; Новосибирск

Вадим Камильевич Хлесткин

Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Всероссийский научно-исследовательский институт генетики и разведения сельскохозяйственных животных — филиал Федерального исследовательского центра животноводства — ВИЖ им. акад. Л.К. Эрнста

Email: khlestkin@bionet.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0001-9605-8028
SPIN-код: 6367-2970
Scopus Author ID: 56368129500

канд. хим. наук, директор

Россия, Новосибирск; г. Пушкин, Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Heinemeyer T., Wingender E., Reuter I., et al. Databases on transcriptional regulation: TRANSFAC, TRRD and COMPEL // Nucleic Acids Res. 1998. Vol. 26, No. 1. P. 362–367. doi: 10.1093/nar/26.1.362
  2. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., et al. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2000 // Nucleic Acids Res. 2000. Vol. 28, No. 1. P. 298–301. doi: 10.1093/nar/28.1.298
  3. Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A. PDBSiteScan: a program for searching for active, binding and posttranslational modification sites in the 3D structures of proteins // Nucleic Acids Res. 2004. Vol. 32, No. S2. P. W549–W554. doi: 10.1093/nar/gkh439
  4. Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A. PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites // Nucleic Acids Res. 2005. Vol. 33, No. S1. P. D183–D187. doi: 10.1093/nar/gki105
  5. Kolpakov F.A., Ananko E.A., Kolesov G.B., Kolchanov N.A. GeneNet: a gene network database and its automated visualization // Bioinformatics. 1998. Vol. 14, No. 6. P. 529–537. doi: 10.1093/bioinformatics/14.6.529
  6. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., et al. GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks // Nucleic Acids Res. 2002. Vol. 30, No. 1. P. 398–401. doi: 10.1093/nar/30.1.398
  7. bionet.nsc.ru [интернет]. Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН [дата обращения: 29.12.2021]. Доступ по ссылке: https://www.bionet.nsc.ru/
  8. nrckigc.ru [интернет]. Курчатовский геномный центр [дата обращения: 29.12.2021]. Доступ по ссылке: https://nrckigc.ru/
  9. docs.cntd.ru. Электронный фонд правовых и нормативно-технических документов [интернет]. Письмо ФАНО России от 14 июля 2016 года № 007-18.2-11/МК-502 [дата обращения: 29.12.2021]. Доступ по ссылке: https://docs.cntd.ru/document/456079505/
  10. ckp-rf.ru [интернет]. Научно-технологическая инфраструктура Российской Федерации: центры коллективного пользования научным оборудованием и уникальные научные установки [дата обращения: 29.12.2021]. Доступ по ссылке: https://ckp-rf.ru/
  11. pm.cytogen.ru [интернет]. Проектный офис управления биоресурсными коллекциями [дата обращения: 29.12.2021]. Доступ по ссылке: http://pm.cytogen.ru/
  12. Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., и др. Информационная система по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018. Т. 22, № 3. С. 386–393. doi: 10.18699/VJ18.360
  13. Колчанов Н.А. Биоресурсные коллекции институтов Министерства науки и высшего образования: опыт инвентаризации и развития // Сборник тезисов Международного конгресса «VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы»; Июнь 18–22, 2019. Санкт-Петербург: Издательство ВВМ, 2019. С. 399. Режим доступа: https://events.spbu.ru/eventsContent/events/2018/vogis/VII%20VSGB%20Congress%20Abstracts%202019.pdf
  14. minobrnauki.gov.ru [интернет]. Протокол № 2021-1930-ФП5-9/3 [дата обращения: 29.12.2021]. Доступ по ссылке: https://minobrnauki.gov.ru/upload/iblock/72e/ezs426e0fpjhm3tdytbpgx01rubwklr3.PDF
  15. Хлесткина Е.К. Генетические ресурсы России: от коллекций к биоресурсным центрам // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 2022. Т. 183, № 1. С. 9–30. doi: 10.30901/2227-8834-2022-1-9-30
  16. Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Салина Е.А., и др. Состояние и перспективы использования маркер-ориентированной и геномной селекции растений // Вестник Российской академии наук. 2017. Т. 87, № 4. С. 348–354. doi: 10.7868/S0869587317040107
  17. Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G., et al. A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root // BMC Syst Biol. 2010. Vol. 4. ID98. doi: 10.1186/1752-0509-4-98
  18. Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Novoselova E.S., et al. Combined in silico / in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance // Ann Bot. 2012. Vol. 110, No. 2. P. 349–360. doi: 10.1093/aob/mcs069
  19. Omelyanchuk N.A., Wiebe D.S., Novikova D.D., et al. Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots // Sci Rep. 2017. Vol. 7. ID2489. doi: 10.1038/s41598-017-02476-8
  20. Genaev M.A., Doroshkov A.V., Pshenichnikova T.A., et al. Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image-processing technique // Planta. 2012. Vol. 236. P. 1943–1954. doi: 10.1007/s00425-012-1751-6
  21. Слынько Н.М., Горячковская Т.Н., Шеховцов С.В., и др. Биотехнологический потенциал новой технической культуры — мискантус сорт Сорановский // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2013. Т. 17, № 4/1. P. 765–771.
  22. Khlestkin V.K., Peltek S.E., Kolchanov N.A. Review of direct chemical and biochemical transformations of starch // Carbohydr Polym. 2018. Vol. 181. P. 460–476. doi: 10.1016/j.carbpol.2017.10.035
  23. Хлесткин В.К., Пельтек С.Е., Колчанов Н.А. Гены-мишени для получения сортов картофеля (Solanum tuberosum L.) с заданными свойствами крахмала (обзор) // Сельскохозяйственная биология. 2017. Т. 52, № 1. С. 25–36. doi: 10.15389/agrobiology.2017.1.25eng

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Распределение публикаций Н.А. Колчанова по отраслям знаний (по версии Web of Science). Доступ по ссылке: https://www.webofscience.com/wos/woscc/basic-search. Дата обращения: 31.12.2021

Скачать (139KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Динамика публикационной активности ИЦиГ СО РАН по направлению биоинформатики растений (а) и индивидуальный авторский вклад в эту публикационную активность (b): поиск в базе данных Scopus по алгоритму AF-ID (Institute of Cytology and Genetics Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences 60068684) AND ( ( plant ) ) AND ( bioinformatics ). Доступ по ссылке: https://www.scopus.com/. Дата обращения: 29.12.2021

Скачать (94KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Динамика публикационной активности ИЦиГ СО РАН по исследованию картофеля (a) и распределение публикаций по отраслям знаний (b): поиск в базе данных Scopus по алгоритму AF-ID ( Institute of Cytology and Genetics Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences 60068684 ) AND ( potato ). Режим доступа: https://www.scopus.com/. Дата обращения: 29.12.2021

Скачать (108KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Академик Н.А. Колчанов на демонстрационных посевах картофеля во время Объединенного научного мероприятия Научно-практическая конференция «Теоретические основы и прикладные исследования в селекции и семеноводстве картофеля» (31.07–01.08.2017) и «День поля: Эколого-географическое и производственное испытание новых сортов картофеля» (01.08–02.08.2017), проводимого в Новосибирске в рамках подготовки подпрограммы «Развитие селекции и семеноводства картофеля в Российской Федерации» Федеральной научно-технической программы развития сельского хозяйства на 2017–2025 годы». (Фото любезно предоставлено В.С. Ковалем, ИЦиГ СО РАН.)

Скачать (195KB)
Метаданные

© ООО "Эко-Вектор", 2022


 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».