ThE uSE of AbErrAnT METhylATEd gEnES SEPT9 And VIM for clInIcAl dIAgnoSIS of colorEcTAl cAncEr

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Definition of epigenetic disorders is important for early diagnosis of colorectal cancer. To obtain a model of diagnostic test system with high sensitivity and specificity, we determined the frequency of methylation in SEPT9 and VIM genes. Epigenetic events also were compared with mutations in the RAS family genes. It was confirmed the presence of aberrant methylation in SEPT9 and VIM genes in tumor cells. DNA of tumor samples was significantly more methylated than samples with DNA from adjacent tissue (P = 8,67E-19 for SEPT9 gene and P=8,68E-19 for VIM gene). In the group of patients carried mutations in KRAS or NRAS genes tumor DNA significantly more methylated in gene SEPT9 (P = 0.0018), in contrast to the tumor DNA from patients not carried mutations. We have demonstrated that the combined use of methylation markers can improve the sensitivity of the test systems used in the diagnostics of colon cancer.

About the authors

O I Brovkina

ЦБМТ ФГБУ ФНКЦ ФМБА России

Email: brov.olia@gmail.com
кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории генетики ЦБМТ ФГБУ ФНКЦ ФМБА России

M G Gordiev

ЦБМТ ФГБУ ФНКЦ ФМБА России

Email: marat7925@gmail.com
заведующий Молекулярно-диагностической лабораторией ГАУЗ «Республиканский клинический онкологический диспансер МЗ Республики Татарстан»

D S Khodyrev

ЦБМТ ФГБУ ФНКЦ ФМБА России

Email: DmKh008@gmail.com
кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории генетики ЦБМТ ФГБУ ФНКЦ ФМБА России

A G Nikitin

ЦБМТ ФГБУ ФНКЦ ФМБА России

Email: avialn@gmail.com
кандидат биологических наук, заведующий лабораторией генетики ЦБМТ ФГБУ ФНКЦ ФМБА России

A V Averyanov

ФГБУ ФНКЦ ФМБА России

Email: averyanovav@mail.ru
заведующий отделением пульмонологии ФНКЦ ФМБА России,руководитель Центра биомедицинских технологий, д.м.н.

References

  1. Jones P.A., Baylin S.B. 2007. The Epigenomics of Cancer. Cell. 2007;128: 683-692.
  2. Wild N., Andres H., Rollinger W., et al. A combination of serum markers for the early detection of colorectal cancer. Clin Cancer Res. 2010;16(24):6111-21. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-10-0119.
  3. Leon S.A., Shapiro B., Sklaroff D.M., Yaros M.J. Free DNA in the serum of cancer patients and the effect of therapy. Cancer Res. 1977;37: 646-650.
  4. Russell S.E.H., Hall P.A. Do septins have a role in cancer? Br. J. Cancer. 2005;93: 499-503.
  5. Kinoshita M., Noda M. Roles of septins in the mammalian cytokinesis machinery. Cell Struct Funct. 2001;26: 667-670.
  6. Joo E., Tsang C.W., Trimble W.S. Septins: traffic control at the cytokinesis intersection. Traffic Cph. Den. 2005;6: 626-634.
  7. McDade S.S., Hall P.A., Russell S.E.H. Translational control of SEPT9 isoforms is perturbed in disease. Hum Mol Genet. 2007;16: 742-752.
  8. Estey M.P., Di Ciano-Oliveira C., Froese C.D., Bejide M.T., Trimble W.S. Distinct roles of septins in cytokinesis: SEPT9 mediates midbody abscission. J Cell Biol. 2010;191: 741-749.
  9. Zou H., Harrington J.J., Shire A.M., et al. Highly methylated genes in colorectal neoplasia: implications for screening. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2007 Dec;16(12):2686-96.
  10. Brenner D.E., Rennert G. Fecal DNA biomarkers for the detection of colorectal neoplasia: attractive, but is it feasible? J Natl Cancer Inst. 2005; 97: 1107-9.
  11. Schneider K.U., Dietrich D., Fleischhacker M., et al. Correlation of SHOX2 Gene Amplification and DNA Methylation in Lung Cancer Tumors. BMC Cancer. 2011 Mar 22;11:102. doi: 10.1186/1471-2407-11-102.
  12. Mikeska T., Craig J.M. DNA Methylation Bio-markers: Cancer and Beyond. Genes. 2014;5:821-864.
  13. Linardou H., Briasoulis E., Dahabreh I.J., et al. 2011. All about KRAS for clinical oncology practice: gene profile, clinical implications and laboratory recommendations for somatic mutational testing in colorectal cancer. Cancer Treat. Rev. 2011;37: 221-233.
  14. Ying H.-Q., Wang F., He B.-S., et al. The involvement of Kras gene 3’-UTR polymorphisms in risk of cancer and influence on patient response to anti-EGFR therapy in metastatic colorectal cancer: a meta-analysis. OncoTargets Ther. 2014;7: 1487-1496.
  15. Кит О.И., Водолажский Д.И., Дваденко К.В., et al. 2016. Аберрантное метилирование промоторных участков генов APC, CDH13 и MGMT у больных колоректальным раком. Сибирский Онкологический Журнал. 2016;15: 48-55.
  16. Cerottini J.P., Caplin S., Saraga E., Givel J.C., Benhattar J. The type of K-ras mutation determines prognosis in colorectal cancer. Am J Surg. 1998;175: 198-202.
  17. Беляева А.В. Мутации в гене K-RAS у больных колоректальным раком. Автореф. дис. ...канд. мед. наук. Спб.: 2012.- 27 с.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2016 Brovkina O.I., Gordiev M.G., Khodyrev D.S., Nikitin A.G., Averyanov A.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».