Diagnostics of hereditary cancer syndromes by ngs. A database creation experience

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Background: More than 500 thousand new cases of malignant neoplasms are registered annually in the Russian Federation, of which more than 50 thousand new cases are due to hereditary forms. Improving the diagnosis of these diseases will make it possible to detect tumors at the early stages and take timely preventive and therapeutic measures.

Aims: Creation of a database and development of a software for the NGS data analysis for the prevention and early diagnosis of hereditary forms of oncological diseases.

Methods: The present study used 636 DNA samples obtained from cancer patients with a high hereditary risk or a burdened family history. DNA was isolated from blood lymphocytes. DNA libraries were prepared with a KAPA Target Enrichment Panel (Roche). The panel included probes for targeted enrichment of the coding region of 44 genes. NGS was performed on the MiSeq platform (Illumina).

Results: We identified 65 pathogenic/ probably pathogenic nucleotide sequence variants in 96 patients in the ATM, BLM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, EPCAM, MEN1, MLH1, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, PALB2, TP53 genes. We also identified 2858 nucleotide sequence variants of unknown clinical significance. Conclusions: We have created a local database that contains both genetic variants and clinical and anamnestic data. The database contains 4763 nucleotide sequence variants at the moment, among which 2522 are unique variants identified in a single patient.

About the authors

Ivan S. Abramov

Centre for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks of the Federal Medical Biological Agency

Author for correspondence.
Email: IAbramov@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-6954-1564
SPIN-code: 1436-3601
Russian Federation, 10 bild. 1, Pogodinskaya street, 119121, Moscow

Tatyana S. Lisitsa

Centre for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks of the Federal Medical Biological Agency

Email: Tlisitsa@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-6212-7627
SPIN-code: 2289-4331
Russian Federation, 10 bild. 1, Pogodinskaya street, 119121, Moscow

Anna M. Stroganova

N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology

Email: stroganova_am@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7297-5240
SPIN-code: 5295-3338

MD, Cand. Sci. (Med.)

Russian Federation, Moscow

Oxana O. Ryabaya

N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology

Email: oxa2601@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6295-3497
SPIN-code: 4865-5850

Cand. Sci. (Biol.)

Russian Federation, Moscow

Anastasiya M. Danishevich

Moscow Clinical Scientific Center

Email: danisham7@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-3573-8342
SPIN-code: 3195-1760
Russian Federation, Moscow

Anastasia O. Khakhina

Centre for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks of the Federal Medical Biological Agency

Email: AKhakhina@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-0723-9765
SPIN-code: 2922-9674
Russian Federation, 10 bild. 1, Pogodinskaya street, 119121, Moscow

Anastasiya I. Zakamornaya

Centre for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks of the Federal Medical Biological Agency

Email: AZakamornaya@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0001-5151-0236
SPIN-code: 6263-9686
Russian Federation, 10 bild. 1, Pogodinskaya street, 119121, Moscow

Alina D. Matsvay

Centre for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks of the Federal Medical Biological Agency

Email: AMatsvay@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-6301-9169
SPIN-code: 2679-3183
Russian Federation, 10 bild. 1, Pogodinskaya street, 119121, Moscow

German A. Shipulin

Centre for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks of the Federal Medical Biological Agency

Email: shipulin@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-3668-6601
SPIN-code: 1908-9098
Russian Federation, 10 bild. 1, Pogodinskaya street, 119121, Moscow

References

  1. Имянитов Е.Н. Общие представления о наследственных опухолевых синдромах // Практическая онкология. 2014. Т. 15, № 3. С. 101–106. [Imyanitov EN. General ideas about hereditary tumor syndromes. Practical Oncology. 2014;15(3):101–106. (In Russ).]
  2. Biller LH, Syngal S, Yurgelun MB. Recent advances in Lynch syndrome. Fam Cancer. 2019;18(2):211–219. doi: 10.1007/s10689-018-00117-1
  3. Haraldsdottir S, Rafnar F, Frankel WL, et al. Comprehensive population-wide analysis of Lynch syndrome in Iceland reveals founder mutations in MSH6 and PMS2. Nat Commun. 2017;8(1):14755. doi: 10.1038/ncomms14755
  4. Felix GE, Abe-Sandes C, Machado-Lopes TM, et al. Germline mutations in BRCA1, BRCA2, CHEK2 and TP53 in patients at high-risk for HBOC: characterizing a Northeast Brazilian Population. Hum Genome Var. 2014;1:14012. doi: 10.1038/hgv.2014.12
  5. Kwong A, Shin VY, Ho JC, et al. Comprehensive spectrum of BRCA1 and BRCA2 deleterious mutations in breast cancer in Asian countries. J Med Genet. 2016;53(1):15–23. doi: 10.1136/jmedgenet-2015-103132
  6. Rosenthal ET, Bernhisel R, Brown K, et al. Clinical testing with a panel of 25 genes associated with increased cancer risk results in a significant increase in clinically significant findings across a broad range of cancer histories. Cancer Genet. 2017; 218-219:58–68. doi: 10.1016/j.cancergen.2017.09.003
  7. Никитин А.Г., Бровкина О.И., Ходырев Д.С., и др. Опыт создания публичной базы данных мутаций oncoBRCA: биоинформационные проблемы и решения // Клиническая практика. 2020. Т. 11, № 1. С. 21–29. [Nikitin AG, Brovkina OI, Khodyrev DS, et al. The experience of creating a public database of oncoBRCA mutations: bioinformatic problems and solutions. Journal of Clinical Practice. 2020;11(1):21–29. (In Russ).] doi: 10.17816/clinpract25860

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2021 Abramov I.S., Lisitsa T.S., Stroganova A.M., Ryabaya O.O., Danishevich A.M., Khakhina A.O., Zakamornaya A.I., Matsvay A.D., Shipulin G.A.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».