Отправить статью по E-mail 
Опубликовать комментарии Диагностика наследственных опухолевых синдромов методом высокопроизводительного секвенирования. Опыт создания базы данных
- Авторы: Абрамов И.С.1, Лисица Т.С.1, Строганова А.М.2, Рябая О.О.2, Данишевич А.М.3, Хахина А.О.1, Закаморная А.И.1, Мацвай А.Д.1, Шипулин Г.А.1
-
Учреждения:
- Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства
- Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина
- Московский клинический научно-практический центр имени А.С. Логинова Департамента здравоохранения Москвы
- Выпуск: Том 12, № 3 (2021)
- Страницы: 36-42
- Раздел: Оригинальные исследования
- URL: https://journals.rcsi.science/clinpractice/article/view/76383
- DOI: https://doi.org/10.17816/clinpract76383
- ID: 76383
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Обоснование. Ежегодно в Российской Федерации регистрируются более 500 тыс. новых случаев злокачественных новообразований, из них более 50 тыс. обусловлено наследственными формами. Своевременная диагностика данных форм позволит выявлять онкологические заболевания на ранних стадиях и своевременно проводить лечебно-профилактические мероприятия.
Цель исследования — профилактика и ранняя диагностика наследственных форм онкологических заболеваний путем создания базы данных и разработки программного обеспечения для анализа данных таргетного высокопроизводительного секвенирования.
Методы. В исследование вошли 636 образцов ДНК, полученных от пациентов, у которых установлено онкологическое заболевание с высокой вероятностью наследственной природы или отягощенное семейным анамнезом. ДНК выделяли из лимфоцитов периферической крови. Подготовку библиотек ДНК осуществляли с использованием панели зондов KAPA Hyper (Roche). Панель включала в себя зонды для таргетного обогащения кодирующей части 44 генов. Высокопроизводительное секвенирование проводили на платформе MiSeq (Illumina).
Результаты. Выявлено 65 патогенных/вероятно патогенных вариантов нуклеотидной последовательности у 96 пациентов в генах ATM, BLM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, EPCAM, MEN1, MLH1, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, PALB2, TP53. Выявлено также 2858 вариантов нуклеотидной последовательности с неизвестным клиническим значением.
Заключение. Создана локальная база данных генетических вариантов, содержащая клинико-анамнестические данные. В настоящий момент в базу депонировано 4763 варианта нуклеотидной последовательности, из них 2522 — уникальные варианты, выявленные у 1 пациента.
Ключевые слова
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
Иван Сергеевич Абрамов
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства
Автор, ответственный за переписку.
Email: IAbramov@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-6954-1564
SPIN-код: 1436-3601
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1
Татьяна Сергеевна Лисица
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства
Email: Tlisitsa@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-6212-7627
SPIN-код: 2289-4331
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1
Анна Михайловна Строганова
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина
Email: stroganova_am@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7297-5240
SPIN-код: 5295-3338
к.м.н.
Россия, МоскваОксана Олеговна Рябая
Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина
Email: oxa2601@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6295-3497
SPIN-код: 4865-5850
к.б.н.
Россия, МоскваАнастасия Михайловна Данишевич
Московский клинический научно-практический центр имени А.С. Логинова Департамента здравоохранения Москвы
Email: danisham7@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-3573-8342
SPIN-код: 3195-1760
Россия, Москва
Анастасия Олеговна Хахина
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства
Email: AKhakhina@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-0723-9765
SPIN-код: 2922-9674
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1
Анастасия Ивановна Закаморная
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства
Email: AZakamornaya@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0001-5151-0236
SPIN-код: 6263-9686
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1
Алина Дмитриевна Мацвай
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства
Email: AMatsvay@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-6301-9169
SPIN-код: 2679-3183
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1
Герман Александрович Шипулин
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства
Email: shipulin@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-3668-6601
SPIN-код: 1908-9098
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1
Список литературы
- Имянитов Е.Н. Общие представления о наследственных опухолевых синдромах // Практическая онкология. 2014. Т. 15, № 3. С. 101–106. [Imyanitov EN. General ideas about hereditary tumor syndromes. Practical Oncology. 2014;15(3):101–106. (In Russ).]
- Biller LH, Syngal S, Yurgelun MB. Recent advances in Lynch syndrome. Fam Cancer. 2019;18(2):211–219. doi: 10.1007/s10689-018-00117-1
- Haraldsdottir S, Rafnar F, Frankel WL, et al. Comprehensive population-wide analysis of Lynch syndrome in Iceland reveals founder mutations in MSH6 and PMS2. Nat Commun. 2017;8(1):14755. doi: 10.1038/ncomms14755
- Felix GE, Abe-Sandes C, Machado-Lopes TM, et al. Germline mutations in BRCA1, BRCA2, CHEK2 and TP53 in patients at high-risk for HBOC: characterizing a Northeast Brazilian Population. Hum Genome Var. 2014;1:14012. doi: 10.1038/hgv.2014.12
- Kwong A, Shin VY, Ho JC, et al. Comprehensive spectrum of BRCA1 and BRCA2 deleterious mutations in breast cancer in Asian countries. J Med Genet. 2016;53(1):15–23. doi: 10.1136/jmedgenet-2015-103132
- Rosenthal ET, Bernhisel R, Brown K, et al. Clinical testing with a panel of 25 genes associated with increased cancer risk results in a significant increase in clinically significant findings across a broad range of cancer histories. Cancer Genet. 2017; 218-219:58–68. doi: 10.1016/j.cancergen.2017.09.003
- Никитин А.Г., Бровкина О.И., Ходырев Д.С., и др. Опыт создания публичной базы данных мутаций oncoBRCA: биоинформационные проблемы и решения // Клиническая практика. 2020. Т. 11, № 1. С. 21–29. [Nikitin AG, Brovkina OI, Khodyrev DS, et al. The experience of creating a public database of oncoBRCA mutations: bioinformatic problems and solutions. Journal of Clinical Practice. 2020;11(1):21–29. (In Russ).] doi: 10.17816/clinpract25860
