利用深度机器学习技术对光学相干断层扫描图片进行分类

封面图片

如何引用文章

详细

摘要

论证。光学相干断层扫描是一种现代高科技和信息丰富的方法,用于检测视网膜和玻璃体视网膜前层的病理。然而,对研究结果的描述和解释需要眼科医生的高技能和专业培训,还需要医生和病人花费大量时间。与此同时,如今使用基于人工神经网络设备的数学模型可以实现许多图片处理过程的自动化。因此,在人工神经网络模型深度学习的基础上解决光学相干断层扫描图片分类过程的自动化问题具有现实意义。

目的。本研究的目的是开发基于卷积神经网络深度学习的数学(计算机)模型结构,此类网络设计被用于视网膜光学相干断层扫描的的图像分类;使用Google Colaboratory的Python工具,比较单一模型和多模型方法的计算实验结果,并评估分类准确性;就人工神经网络模型的最佳架构和所使用的超参数值得出结论。

材料与方法。原始数据集是真正患者的匿名光学相干断层扫描图像,其中包括2000多张图像。图像直接从设备中获取,分辨率为1920×969×24 BPP。图像类别数量为12个。为了创建训练和验证数据集,对1100×550×24 BPP主题区域进行了“切割”。研究了不同的方法:使用带学习转移的预训练卷积神经网络的可能性、图像缩放和增强技术,以及人工神经网络模型超参数的不同组合。在编制模型时,使用了以下参数:Adam优化器、categorical_crossentropy损失函数、accuracy指标。所有图像和人工神经网络模型的技术处理都是通过Google Colaboratory的Python语言工具进行的。

结果。提出了视网膜光学相干断层扫描图片分类的单模型和多模型原理。使用不同的人工神经网络模型架构对来自DRI OCT Triton断层扫描仪的此类图像进行自动分类的计算实验表明了,训练和验证期间的准确率为98%-100%,额外测试的准确率为85%。这是一个令人满意的结果。人工神经网络模型的最佳架构是6层卷积网络,并确定了其超参数值。

结论。对不同结构的卷积神经网络模型进行深度学习、验证和测试的结果表明,视网膜光学相干断层扫描图片分类的准确度令人满意。这些研制成果可被用于眼科领域的决策支持系统。

作者简介

Alexander A. Arzamastsev

Voronezh State University; The S. Fyodorov Eye Microsurgery Federal State Institution

Email: arz_sci@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6795-2370
SPIN 代码: 4410-6340

Dr. Sci. (Engineering), Professor

俄罗斯联邦, Voronezh; Tambov

Oleg L. Fabrikantov

The S. Fyodorov Eye Microsurgery Federal State Institution

Email: fabr-mntk@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-0097-991X
SPIN 代码: 9675-9696

MD, Dr. Sci. (Medicine), Professor

俄罗斯联邦, Tambov

Elena V. Kulagina

The S. Fyodorov Eye Microsurgery Federal State Institution

Email: irina-kulagin2015@yandex.ru
ORCID iD: 0009-0006-0026-0832
SPIN 代码: 8785-4949

MD

俄罗斯联邦, Tambov

Natalia A. Zenkova

Derzhavin Tambov State University

编辑信件的主要联系方式.
Email: natulin@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-2325-1924
SPIN 代码: 2266-4168

Cand. Sci. (Psychology), Assistant Professor

俄罗斯联邦, Tambov

参考

  1. Daker DS, Vekhid NK, Goldman DR, editors. Optical coherence tomography of the retina. Moscow: MEDpress-inform; 2021. (In Russ).
  2. Oakden-Rayner L, Palme LJ. Artificial intelligence in medicine: Validation and study design. In: Ranschart E, Morozov S, Algra P, editors. Artificial intelligence in medical imaging. Cham: Springer; 2019. Р:83–104. doi: 10.1007/978-3-319-94878-2_8
  3. Ramsundar B, Istman P, Uolters P, Pande V. Deep learning in biology and medicine. Moscow: DMK Press; 2020. (In Russ).
  4. Buduma N, Lokasho N. Foundations of deep learning. Creating Algorithms for Next Generation Artificial Intelligence. Moscow: Mann, Ivanov i Ferber; 2020. (In Russ).
  5. Foster D. Generative deep learning. Creative potential of neural networks. Saint Petersburg: Piter; 2020. (In Russ).
  6. Postolit AV. Fundamentals of Artificial Intelligence in Python examples. Saint Petersburg: BKhV-Peterburg; 2021. (In Russ).
  7. Arzamastsev AA, Fabrikantov OL, Zenkova NA, Kulagina EV. Software development for analysing the optical coherence tomography protocols of the retina and automatic composition of their descriptions. Sovremennye problemy nauki i obrazovaniya. 2021;(6). EDN: PCVMRX doi: 10.17513/spno.31208
  8. Vasiliev YA, Vlazimirsky AV, Omelyanskaya OV, et al. Methodology for testing and monitoring artificial intelligence-based software for medical diagnostics. Digital Diagnostics. 2023;4(3):252−267. doi: 10.17816/DD321971
  9. Katalevskaya EA, Katalevsky DYu, Tyurikov MI, Shaykhutdinova EF, Sizov AYu. Algorithm for segmentation of visual signs of diabetic retinopathy (DR) and diabetic macular edema (DME) in digital fundus images. Russian Journal of Telemedicine and e-health. 2021;7(4):17–26. EDN: PPSPAL doi: 10.29188/2712-9217-2021-7-4-17-26
  10. Kepp T, Sudkamp H, Burchard C, et al. Segmentation of retinal low-cost optical coherence tomography images using deep learning. Medical Imaging 2020: Computer-Aided Diagnosis. 2020;11314:389–396. doi: 10.48550/arXiv.2001.08480
  11. Sakhnov SN, Axenov KD, Axenova LE, et al. Development of a cataract screening model using an open dataset and deep machine learning algorithms. Fyodorov Journal of Ophthalmic Surgery. 2022;(4S):13–20. EDN: VEGPAW doi: 10.25276/0235-4160-2022-4S-13-20
  12. Shukhaev SV, Mordovtseva EA, Pustozerov EA, Kudlakhmedov SS. Application of convolutional neural networks to define Fuchs endothelial dystrophy. Fyodorov Journal of Ophthalmic Surgery. 2022;(4S):70–76. EDN: WEZTKV doi: 10.25276/0235-4160-2022-4S-70-76

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
2. 图1。卷积神经网络模型的训练和验证:a——四个卷积层;b——五个卷积层;c——六个卷积层;d——七个卷积层。

下载 (424KB)
3. 图2。具有六个卷积层的人工神经网络模型的结构和参数。Conv2D中的第一位数字是卷积层中使用的滤波器数量,接下来的两位数字是以像素为单位的滤波器大小。网络中神经元的激活函数为relu,输出分类层的激活函数为softmax。全连接Dense层的第一位数字是神经元数量。

下载 (252KB)
4. 图3。用于识别光学相干断层扫描图片的多模型算法流程图。

下载 (502KB)

版权所有 © Eco-Vector, 2024

Creative Commons License
此作品已接受知识共享署名-非商业性使用-禁止演绎 4.0国际许可协议的许可。

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».