AN EXACT QUADRATIC ALGORITHM FOR THE SHORTEST TREE TRANSFORMATION

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The article proposes a new exact quadratic algorithm in complexity that solves the problem of the shortest transformation (“alignment”) of one loaded tree into another, taking into account arbitrary prices of operations on trees. Three operations are considered: adding vertex deletions to an edge or root of a tree and shifting a subtree with deletions.

About the authors

K. Yu. Gorbunov

Institute for Information Transmission Problems of the Russian Academy of Sciences (Kharkevich Institute)

Email: gorbunov@iitp.ru
Moscow, Russia

V. A. Lyubetsky

Institute for Information Transmission Problems of the Russian Academy of Sciences (Kharkevich Institute); Lomonosov Moscow State University

Email: lyubetsk@iitp.ru
Moscow, Russia; Moscow, Russia

References

  1. Гасфилд Д. Строки, деревья и последовательности в алгоритмах: Информатика и вычислительная биология (пер. с англ.). СПб.: Невский Диалект; БХВ-Петербург, 2003, 654 с.
  2. Горбунов К. Ю., Любецкий В. А. Почти точный линейный алгоритм преобразования графов из цепей и циклов, с оптимизацией суммы цен операций // ДАН. 2020. Т. 494. № 1. С. 26–29. https://doi.org/10.31857/S2686954320050343
  3. Yuan M., Yang X., Lin J., Cao X., Chen F., Zhang X., Li Z., Zheng G., Wang X., Chen X., Yang J-R. Alignment of Cell Lineage Trees Elucidates Genetic Programs for the Development and Evolution of Cell Types // iScience. 2020. V. 23. Art. 101273. https://doi.org/10.1016/j.isci.2020.101273
  4. https://github.com/Chenjy0212/mdelta (Дата обращения: 20.01.2024).
  5. Bringmann K., Gawrychowski P., Mozes Sh., Weimann O. Tree Edit Distance Cannot be Computed in Strongly Subcubic Time (Unless APSP Can) // ACM Trans. Algorithms. 2020. V. 16. № 4. Art. 48. https://doi.org/10.1145/3381878

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2024 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».