Molecular and genetic characteristics of Epstein-Barr virus isolates in adult patients with HIV infection in Nizhny Novgorod region

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Introduction. According to foreing studies, the Epstein–Barr virus (EBV) isolates from individuals infected with the human immunodeficiency virus (HIV) are characterized by specific molecular genetic features compared to immunocompetent individuals. In Russia, no studies have yet been conducted to assessing EBV molecular genetic diversity in HIV-patients. The aim of the study is to assess EBV molecular genetic diversity in adult HIV-patients in the Nizhny Novgorod region. Materials and methods. EBV isolates derived from blood leukocytes of 138 HIV-infected patients aged 20–69 years (HIV(+) group) and 68 HIV-uninfected sex- and age-matched (HIV(–) group) individuals were studied. For differential detection of EBV-1/EBV-2, there were used PCR variant with electrophoretic detection of amplification products in agarose gel. Nucleotide sequences of the C-terminal fragment LMP-1 gene were determined by Sanger sequencing. Phylogenetic analysis was performed using MEGA X software. Results. In the typical structure of Nizhny Novgorod region EBV isolates in the adults HIV(–) group, only EBV-1 was detected. In the HIV(+) group detection rate of EBV-1 was 88.2±3.4%, EBV-2 — 5.4±2.3%, EBV-1+EBV-2 — 6.4±2.6% cases. In the EBV strain structure based on the classification by R. Edwards et al. five LMP-1 variants were identified: B95-8, China 1, Med–, NC and Alaskan, among which B95-8 was dominant. However, their frequency rate did not differ between the HIV(+) and HIV(–) groups. In general, in HIV infection, the appearance of recombinant EBV LMP-1 variants, a wider range of deletions, prominent variability in the tandem repeat region with the presence of modified motifs and point amino acid substitutions therein have been noted, and 57 amino acid substitutions have been described that were previously found in the Nizhny Novgorod region EBV isolates was not detected. Conclusion. For the first time in Russia, molecular genetic EBV diversity in adult HIV-patients was carried out. The results obtained build up the basis for a prospective study on a relationship between clinical and laboratory characteristics for EBV+HIV co-infection and genetic heterogeneity of EBV population at the level of virus types, variants and subvariants.

About the authors

Mariia I. Popkova

Academician I.N. Blokhina Nizhny Novgorod Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology

Author for correspondence.
Email: popmarig@mail.ru

PhD (Medicine), Leading Researcher, Laboratory of Molecular Biology and Biotechnology

Russian Federation, Nizhny Novgorod

E. N. Filatova

Academician I.N. Blokhina Nizhny Novgorod Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology

Email: popmarig@mail.ru

PhD (Biology), Leading Researcher, Laboratory of Molecular Biology and Biotechnology

Russian Federation, Nizhny Novgorod

S. V. Minaeva

Privolzhskiy Research Medical University

Email: popmarig@mail.ru

PhD (Мedicine), Associate Professor of the Epidemiology, Microbiology and Evidence-Based Medicine Department

Russian Federation, Nizhny Novgorod

N. A. Sakharnov

Academician I.N. Blokhina Nizhny Novgorod Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology

Email: popmarig@mail.ru

PhD (Biology), Senior Researcher, Laboratory of Molecular Biology and Biotechnology

Russian Federation, Nizhny Novgorod

O. V. Utkin

Academician I.N. Blokhina Nizhny Novgorod Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology

Email: utkino2004@mail.ru

PhD (Biology), Head of the Laboratory of Molecular Biology and Biotechnology

Russian Federation, Nizhny Novgorod

References

  1. Гончарова Е.В., Сенюта Н.Б., Смирнова К.В., Щербак Л.Н., Гурцевич В.Э. Вирус Эпштейна–Барр (ВЭБ) в России: инфицированность населения и анализ вариантов гена LMP1 у больных ВЭБ-ассоциированными патологиями и здоровых лиц // Вопросы вирусологии. 2015. Т. 60, № 2. С. 11–17. [Goncharova E.V., Senyuta N.B., Smirnova K.V., Shcherbak L.N., Gurtsevich V.E. Epstein–Barr virus (EBV) in Russia: infection of the population and analysis of the LMP1 gene variants in patients with EBV-associated pathologies and healthy individuals. Voprosy virusologii = Problems of Virology, 2015, vol. 60, no. 2, pp. 11–17. (In Russ.)]
  2. Гурцевич В.Э., Лубенская А.К., Сенюта Н.Б., Душенькина Т.Е., Смирнова К.В. Вирус Эпштейна–Барр (Herpesviridae: Gammaherpesvirinae: Lymphocryptovirus: Human gammaherpesvirus 4) у калмыков и славян, проживающих на территории России: типы вируса, варианты онкогена LMP1 и злокачественные опухоли // Вопросы вирусологии. 2022. Т. 67, № 3. С. 246–257. [Gurtsevitch V.E., Lubenskaya A.K., Senyuta N.B., Dushenkina T.E., Smirnova K.V. Epstein– Barr virus (Herpesviridae: Gammaherpesvirinae: Lymphocryptovirus: Human gammaherpesvirus 4) in Kalmyks and Slavs living in Russia: virus types, LMP1 oncogene variants, and malignancies. Voprosy virusologii = Problems of Virology, 2022, vol. 67, no. 3, pp. 246–257. (In Russ.)] doi: 10.36233/0507-4088-120
  3. Гурцевич В.Э., Смирнова К.В., Ботезату И.В., Душенькина Т.Е., Лубенская А.К., Дубар Э., Сенюта Н.Б., Лихтенштейн А.В., Петров С.В. Полиморфизм онкогена LMP1 вируса Эпштейна–Барр в двух этнических группах россии, татар и славян, и его влияние на развитие некоторых злокачественных опухолей // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10, № 2. C. 347–358. [Gurtsevitch V.E., Smirnova K.V., Botezatu I.V., Dushenkina T.E., Lubenskaya A.K., Dubar E., Senyuta N.B., Lichtenstein A.V., Petrov S.V. Epstein–Barr virus LMP1 oncogene polymorphism in tatar and slavic populations in Russian Federation impacting on some malignant tumours. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2020, vol. 10, no. 2, pp. 347–358. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-EBV-1162
  4. Попкова М.И., Уткин О.В. Генетическое разнообразие вируса Эпштейна–Барр: современный взгляд на проблему // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022. Т. 99, № 1. C. 93–108. [Popkova M.I., Utkin O.V. Genetic diversity of the Epstein–Barr virus: a modern view of the problem. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii = Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 2022, vol. 99, no. 1, pp. 93–108. (In Russ.)] doi: 10.36233/0372-9311-228
  5. Попкова М.И., Уткин О.В., Брызгалова Д.А., Сахарнов Н.А., Соболева Е.А., Кулова Е.А. Молекулярно-генетическая характеристика нижегородских изолятов вируса Эпштейна–Барр у детей при инфекционном мононуклеозе и здоровом вирусоносительстве // Инфекция и иммунитет. 2023. Т. 13, № 2. C. 275–288. [Popkova M.I., Utkin O.V., Bryzgalova D.A., Sakharnov N.A., Soboleva E.A., Kulova E.A. Molecular and genetic characteristics of Nizhny Novgorod region Epstein–Barr virus isolates in children with infectious mononucleosis and healthy virus carriers. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2023, vol. 13, no. 2, pp. 275–288. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220- 7619-MAG-2056
  6. Сенюта Н.Б., Игнатова А.В., Ломая М.В., Гончарова Е.В., Щербак Л.Н., Душенькина Т.Е., Гугунов Д.В., Мудунов А.М., Гурцевич В.Э. Вирус Эпштейна–Барр у больных раком носоглотки и здоровых лиц в двух географически различных регионах России // Инфекция и иммунитет. 2017. Т. 7, № 1. С. 41–50. [Senyuta N.B., Ignatova A.V., Lomaya M.V., Goncharova E.V., Scherback L.N., Dushenkina T.E., Gugunov D.V., Mudunov A.M., Gurtsevitch V.E. Epstein–Barr virus in the population of two geographically different regions of Russia. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2017, vol. 7, no. 1, pp. 41–50. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-2017-1-41-50
  7. Сенюта Н.Б., Смирнова К.В., Дидук С.В., Гончарова Е.В., Щербак Л.Н., Гурцевич В.Э. Структурно-функциональная характеристика онкогена LMP1 у больных с опухолями, ассоциированными и не ассоциированными с вирусом Эпштейна–Барр // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016. Т. 31, № 2. С. 71–75. [Senyuta N.B., Smirnova K.V., Diduk S.V., Goncharova E.V., Shcherbak L.N., Gurtsevitch V.E. Structural and functional characteristics of the LMP1 oncogene in patients with tumors аssociated and not associated with the Epstein–Barr virus. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya = Molecular Genetics, Microbiology and Virology, 2016, vol. 31, no. 2, pp. 87–93. (In Russ.)] doi: 10.18821/0208-0613-2016-34-2-71-75
  8. Смирнова К.В., Дидук С.В., Гурцевич В.Э. Полиморфизм онкогена LMP1 вируса Эпштейна–Барр у представителей коренного малочисленного народа Дальнего Востока России // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2017. Т. 22, № 5. С. 239–247. [Smirnova K.V., Diduk S.V., Gurtsevitch V.E. Polymorphism of Epstein–Barr virus LMP1 oncogene in nanaians, representatives of indigenous minority of the russian Far East. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni = Epidemiology and Infectious Diseases, 2017, vol. 22, no. 5, pp. 239–247. (In Russ.)] doi: 10.18821/1560-9529-2017-22-5-239-247
  9. Смирнова К.В., Дидук С.В., Сенюта Н.Б., Гурцевич В.Э. Молекулярно-биологические свойства гена lmp1 вируса Эпштейна–Барр: структура, функции и полиморфизм // Вопросы вирусологии. 2015. Т. 60, № 3. С. 5–13. [Smirnova K.V., Diduk S.V., Senyuta N.B., Gurtsevitch V.E. Molecular biological properties of the Epstein–Barr virus LMP1 gene: structure, function and polymorphism. Voprosy virusologii = Problems of Virology, 2015, vol. 60, no. 3, pp. 5–13. (In Russ.)]
  10. Смирнова К.В., Сенюта Н.Б., Ботезату И.В., Душенькина Т.Е., Лубенская А.К., Фроловская А.А., Петров С.В., Лихтенштейн А.В., Гурцевич В.Э. Вирус Эпштейна–Барр у этнических татар: инфицированность и сиквенсные варианты онкогена LMP1 // Успехи молекулярной онкологии. 2018. Т. 5, № 3. С. 65–74. [Smirnova K.V., Senyuta N.B., Botezatu I.V., Dushenkina T.E., Lubenskaya A.K., Frolovskaya A.A., Petrov S.V., Lichtenstein A.V., Gurtsevitch V.E. Epstein– Barr virus in the ethnic Tatars population: the infection and sequence variants of LMP1 oncogene. Uspekhi molekulyarnoi onkologii = Advances in Molecular Oncology, 2018, vol. 5, no. 3, pp. 65–74. (In Russ.)] doi: 10.17650/2313-805X-2018-5-3-65-74
  11. Смирнова К.В., Сенюта Н.Б., Лубенская А.К., Душенькина Т.Е., Гурцевич В.Э. Древние варианты вируса Эпштейна– Барр (Herpesviridae, Lymphocryptovirus, HHV-4): гипотезы и факты // Вопросы вирусологии. 2020. Т. 65, № 2. C. 77–86. [Smirnova K.V., Senyuta N.B., Lubenskaya A.K., Dushenkina T.E., Gurtsevich V.E. Ancient variants of the Epstein–Barr virus (Herpesviridae, Lymphocryptovirus, HHV-4): hypotheses and facts. Voprosy virusologii = Problems of Virology, 2020, vol. 65, no. 2, pp. 77–86. (In Russ.)] doi: 10.36233/0507-4088-2020-65-2-77-86
  12. Яковлева Л.С., Сенюта Н.Б., Гончарова Е.В., Щербак Л.Н., Смирнова К.В., Павлиш О.А., Гурцевич В.Э. Варианты онкогена LMP1 вируса Эпштейна–Барр в клеточных линиях различного происхождения // Молекулярная биология. 2015. Т. 49, № 5. С. 800–810. [Yakovleva L.S., Senyuta N.B., Goncharova E.V., Scherback L.N., Smirnova R.V., Pavlish O.A. Gurtsevitch V.E. Epstein–Barr Virus LMP1 oncogene variants in cell lines of different origin. Molekulyarnaya biologiya = Molecular Biology, 2015, vol. 49, no. 5, pp. 800–810. (In Russ.)] doi: 10.7868/S0026898415050213
  13. Alves P., Larrate M., Garcia-Costa A., Rohan P., Gama B.E., Abdelhay E., Delatorre E., Hassan R. Spatial dispersal of Epstein–Barr virus in South America reveals an african american variant in brazilian lymphomas. Viruses, 2022, vol. 14, no. 8: 1762. doi: 10.3390/v14081762
  14. Baer R., Bankier A.T., Biggin M.D., Deininger P.L., Farrell P.J., Gibson T.G. DNA sequence and expression of the B95-8 Epstein–Barr virus genome. Nature (London), 1984, vol. 310, pp. 207–211. doi: 10.1038/310207a0
  15. Banko A.V., Lazarevic I.B., Folic M.M., Djukic V.B., Cirkovic A.M., Karalic D.Z., Cupic M.D., Jovanovic T.P. Characterization of the variability of Epstein–Barr virus genes in nasopharyngeal biopsies: potential predictors for carcinoma progression. PLoS One, 2016, vol. 11, no. 4: e0153498. doi: 10.1371/journal.pone.0153498
  16. Banko A., Lazarevic I., Stevanovic G., Cirkovic A., Karalic D., Cupic M., Banko B., Milovanovic J., Jovanovic T. Analysis of the variability of Epstein–Barr virus genes in infectious mononucleosis: investigation of the potential correlation with biochemical parameters of hepatic involvement. J. Med. Biochem., 2016, vol. 35, no. 3, pp. 337–346. doi: 10.1515/jomb-2015-0021
  17. Baroncelli S., Galluzzo C.M., Liotta G., Andreotti M., Orlando S., Ciccacci F., Mphwere R., Luhanga R., Sagno J.B., Amici R., Marazzi M.C., Giuliano M. HIV-exposed infants with EBV infection have a reduced persistence of the immune response to the HBV vaccine. AIDS Res. Ther., 2021, vol. 18, no. 1: 48. doi: 10.1186/s12981-021-00375-7
  18. Bridges R., Correia S., Wegner F., Venturini C., Palser A., White R.E., Kellam P., Breuer J., Farrell P.J. Essential role of inverted repeat in Epstein–Barr virus IR-1 in B cell transformation; geographical variation of the viral genome. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci., 2019, vol. 374, no. 1773: 20180299. doi: 10.1098/rstb.2018.0299
  19. Coleman C.B., Daud I.I., Ogolla S.O., Ritchie J.A., Smith N.A., Sumba P.O., Dent A.E., Rochford R. Epstein–Barr virus type 2 infects T cells in healthy kenyan children. J. Infect. Dis., 2017, vol. 216, no. 6, pp. 670–677. doi: 10.1093/infdis/jix363
  20. Coleman C.B., Lang J., Sweet L.A., Smith N.A., Freed B.M., Pan Z., Haverkos B., Pelanda R., Rochford R. Epstein–Barr virus type 2 infects T cells and induces B cell lymphomagenesis in humanized mice. J. Virol., 2018, vol. 92, no. 21: e00813-18. doi: 10.1128/JVI.00813-18
  21. Correa R.M., Fellner M.D., Durand K., Redini L., Alonio V., Yampolsky C., Colobraro A., Sevlever G., Teyssié A., Benetucci J., Picconi M.A. Barr virus genotypes and LMP-1 variants in HIV-infected patients. J. Med. Virol., 2007, vol. 79, no. 4, pp. 401–407. doi: 10.1002/jmv.20782
  22. Correia S., Palser A., Elgueta Karstegl C., Middeldorp J.M., Ramayanti O., Cohen J.I., Hildesheim A., Fellner M.D., Wiels J., White R.E., Kellam P., Farrell P.J. Natural variation of Epstein–Barr virus genes, proteins, and primary microRNA natural variation of Epstein–Barr virus genes, proteins, and primary microRNA. J. Virol., 2017, vol. 91, no. 15: e00375-17. doi: 10.1128/JVI.00375-17
  23. Dolcetti R., Zancai P., De Re V., Gloghini A., Bigoni B., Pivetta B., De Vita S., Carbone A., Boiocchi M. Epstein–Barr virus strains with latent membrane protein-1 deletions: prevalence in the Italian population and high association with human immunodeficiency virus-related Hodgkin’s disease. Blood, 1997, vol. 89, no. 5, pp. 1723–1731.
  24. Edwards R.H., Seillier-Moiseiwitsch F., Raab-Traub N. Signature amino acid changes in latent membrane protein 1 distinguish Epstein–Barr virus strains. Virology, 1999, vol. 261, pp. 79–95. doi: 10.1006/viro.1999.9855
  25. Farrell P.J., White R.E. Do Epstein–Barr virus mutations and natural genome sequence variations contribute to disease? Biomolecules, 2022, vol. 12, no. 1: 17. doi: 10.3390/biom12010017
  26. Gantuz M., Lorenzetti M.A., Chabay P.A., Preciado M.V. A novel recombinant variant of latent membrane protein 1 from Epstein Barr virus in Argentina denotes phylogeographical association. PLoS One, 2017, vol. 12, no. 3: e0174221. doi: 10.1371/journal.pone.0174221
  27. Giron L.B., Ramos da Silva S., Barbosa A.N., Monteiro de Barros Almeida R.A., Rosário de Souza Ld., Elgui de Oliveira D. Impact of Epstein–Barr virus load, virus genotype, and frequency of the 30 bp deletion in the viral BNLF-1 gene in patients harboring the human immunodeficiency virus. J. Med. Virol., 2013, vol. 85, no. 12, pp. 2110–2118. doi: 10.1002/jmv.23722
  28. Hu L.F., Zabarovsky E.R., Chen F., Cao S.L., Ernberg I., Klein G., Winberg G. Isolation and sequencing of the Epstein–Barr virus BNLF-1 gene (LMP1) from a Chinese nasopharyngeal carcinoma. J. Gen. Virol., 1991, vol. 72, no. 1, pp. 2399–2409. doi: 10.1099/0022-1317-72-10-2399
  29. Mainou B.A., Raab-Traub N. LMP1 strain variants: biological and molecular properties. J. Virol., 2006, vol. 80, no. 13, pp. 6458–6468. doi: 10.1128/JVI.00135-06
  30. Martini M., Capello D., Serraino D., Navarra A. Pierconti F., Cenci T., Gaidano G., Larocca L.M. Characterization of variants in the promoter of EBV gene BZLF1 in normal donors, HIV-positive patients and in AIDS-related lymphomas. J. Infect., 2007, vol. 54, no. 3, pp. 298–306. doi: 10.1016/j.jinf.2006.04.015
  31. Pai P.C., Tseng C.K., Chuang C.C., Wei K.C., Hao S.P., Hsueh C., Chang K.P., Tsang N.M. Polymorphism of C-terminal activation region 2 of Epstein–Barr virus latent membrane protein 1 in predicting distant failure and post-metastatic survival in patients with nasopharyngeal carcinoma. Head Neck, 2007, vol. 29, pp. 109–119. doi: 10.1002/hed.20483
  32. Pedneault L., Lapointe N., Alfieri C., Ghadirian P., Carpentier L., Samson J., Joncas J. Natural history of Epstein–Barr virus infection in a prospective pediatric cohort born to human immunodeficiency virus-infected mothers. J. Infect. Dis., 1998, vol. 177, no. 4, pp. 1087–1090. doi: 10.1086/517401
  33. Pereira L.M.S., Dos Santos França E., Costa I.B., Lima I.T., Freire A.B.C., de Paula Ramos F.L., Monteiro T.A.F., Macedo O., Sousa R.C.M., Freitas F.B., Costa I.B., Vallinoto A.C.R. Epidemiological risk factors associated with primary infection by Epstein–Barr virus in HIV-1-positive subjects in the Brazilian Amazon region. Sci. Rep., 2021, vol. 11, no. 1: 18476. doi: 10.1038/s41598-021-97707-4
  34. Pereira L.M.S., França E.D.S., Costa I.B., Lima I.T., Freire A.B.C., Ramos F.L.P., Monteiro T.A.F., Macedo O., Sousa R.C.M., Freitas F.B., Brasil Costa I., Vallinoto A.C.R. Epstein–Barr virus (EBV) genotypes associated with the immunopathological profile of people living with HIV-1: immunological aspects of primary EBV infection. Viruses, 2022, vol. 14, no. 2: 168. doi: 10.3390/v1402016
  35. Petrara M.R., Cattelan A.M., Zanchetta M., Sasset L., Freguja R., Gianesin K., Cecchetto M.G., Carmona F., De Rossi A. Epstein–Barr virus load and immune activation in human immunodeficiency virus type 1-infected patients. J. Clin. Virol., 2012, vol. 53, no. 3, pp. 195–200. doi: 10.1016/j.jcv.2011.12.013
  36. Petrara M.R., Penazzato M., Massavon W., Nabachwa S., Nannyonga M., Mazza A., Gianesin K., Del Bianco P., Lundin R., Sumpter C., Zanchetta M. Giaquinto C., De Rossi A. Epstein–Barr virus load in children infected with human immunodeficiency virus type 1 in Uganda. J. Infect. Dis., 2014, vol. 210, no. 3, pp. 392–399. doi: 10.1093/infdis/jiu099
  37. Salahuddin S., Azhar J., Akhtar H., Khan J., Muhammad N. Epstein–Barr virus epidemiology in HIV infected transsexuals. J. Pak. Med. Assoc., 2021, vol. 71, no. 8, pp. 1984–1988. doi: 10.47391/JPMA.02-339
  38. Samayoa-Reyes G., Ogolla S.O., Daud I.I., Jackson C., Sabourin K.R., Dent A., Rochford R. Maternal HIV Infection as a Risk Factor for Primary Epstein–Barr Virus Infection in Kenyan Infants. Front. Oncol., 2022, vol. 11: 805145. doi: 10.3389/fonc.2021.805145
  39. Santos L., Azevedo K., Silva L., Oliveira L. Epstein–Barr virus in oral mucosa from human immunodeficiency virus positive patients. Rev. Assoc. Med. Bras. (1992), 2014, vol. 60, no. 3, pp. 262–269. doi: 10.1590/1806-9282.60.03.016
  40. Sitki-Green D., Edwards R.H., Webster-Cyriaque J., Raab-Traub N. Identification of Epstein–Barr virus strain variants in hairy leukoplakia and peripheral blood by use of a heteroduplex tracking assay. J. Virol., 2002, vol. 76, no. 19, pp. 9645–9656. doi: 10.1128/jvi.76.19.9645-9656.2002
  41. Traore L., Nikiema O., Ouattara A.K., Compaore T.R., Soubeiga S.T., Diarra B., Obiri-Yeboah D., Sorgho P.A., Djigma F.W., Bisseye C., Yonli A.T., Simpore J. EBV and HHV-6 circulating subtypes in people living with HIV in Burkina Faso, impact on CD4 T cell count and HIV viral load. Mediterr. J. Hematol. Infect. Dis., 2017, vol. 9, no. 1: e2017049. doi: 10.4084/MJHID.2017.049
  42. Tsai M.H., Lin X., Shumilov A., Bernhardt K., Feederle R., Poirey R., Kopp-Schneider A., Pereira B., Almeida R., Delecluse H.J. The biological properties of different Epstein–Barr virus strains explain their association with various types of cancers. Oncotarget, 2017, vol. 8, no. 6, pp. 10238–10254. doi: 10.18632/oncotarget.14380
  43. Tzellos S., Farrell P.J. Epstein–Barr virus sequence variation-biology and disease. Pathogens, 2012, vol. 1, no. 2, pp. 156–174. doi: 10.3390/pathogens1020156
  44. Vaysberg M., Hatton O., Lambert S.L., Snow A.L., Wong B., Krams S.M., Martinez O.M. Tumor-derived variants of Epstein–Barr virus latent membrane protein 1 induce sustained Erk activation and c-Fos. J. Biol. Chem., 2008, vol. 283, no. 52, pp. 36573–36585. doi: 10.1074/jbc.M802968200
  45. Verdu-Bou M., Tapia G., Hernandez-Rodriguez A., Navarro J.T. Therapeutic Implications of Epstein–Barr Virus in HIV-Related Lymphomas. Cancers (Basel), 2021, vol. 13, no. 1: 5534. doi: 10.3390/cancers13215534
  46. Wan Z., Chen Y., Hui J., Guo Y., Peng X., Wang M., Hu C., Xie Y., Su J., Huang Y., Xu X., Xu Y., Zhu B. Epstein–Barr virus variation in people living with human immunodeficiency virus in southeastern China. Virol. J., 2023, vol. 20, no. 1: 107. doi: 10.1186/s12985-023-02078-z
  47. Wang L., Ning S. New Look of EBV LMP1 Signaling Landscape. Cancers (Basel), 2021, vol. 13, no. 21: 5451. doi: 10.3390/cancers13215451
  48. Xue W.Q., Wang T.M., Huang J.W., Zhang J.B., He Y.Q., Wu Z.Y., Liao Y., Yuan L.L., Mu J., Jia W.H. A comprehensive analysis of genetic diversity of EBV reveals potential high-risk subtypes associated with nasopharyngeal carcinoma in China. Virus Evol., 2021, vol. 7, no. 1: veab010. doi: 10.1093/ve/veab010
  49. Yao Q.Y., Tierney R.J., Croom-Carter D., Cooper G.M., Ellis C.J., Rowe M., Rickinson A.B. Isolation of intertypic recombinants of Epstein–Barr virus from T-cell-immunocompromised individuals. J. Virol., 1996, vol. 70, nо. 8, pp. 4895–4903. doi: 10.1128/JVI.70.8.4895-4903.1996
  50. Zealiyas K., Teshome S., Haile A.F., Weigel C., Alemu A. Amogne W., Yimer G., Abebe T., Berhe N., Ahmed E.H., Baiocchi R.A. Genotype characterization of Epstein–Barr virus among adults living with human immunodeficiency virus in Ethiopia. Front. Microbiol., 2023, vol. 14: 1270824. doi: 10.3389/fmicb.2023.1270824
  51. Zuercher E., Butticaz C., Wyniger J., Martinez R., Battegay M., Boffi El Amari E., Dang T., Egger J.F., Fehr J., Mueller-Garamvögyi E., Parini A., Schaefer S.C., Schoeni-Affolter F., Thurnheer C., Tinguely M., Telenti A., Rothenberger S. Swiss HIV Cohort Study. Genetic diversity of EBV-encoded LMP1 in the Swiss HIV Cohort Study and implication for NF-κB activation. PLoS One, 2012, vol. 7, no. 2: e32168. doi: 10.1371/journal.pone.0032168

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Figure. Phylogenetic tree constructed based on comparison of amino acid sequences of the C-terminal region of LMP-1 of 102 Nizhny Novgorod region EBV isolates and 8 reference sequences obtained from the GenBank database (maximum likelihood method)

Download (730KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2025 Popkova M.I., Filatova E.N., Minaeva S.V., Sakharnov N.A., Utkin O.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».