Структура сообщества грибов рода Candida в ротоглотке ВИЧ-инфицированных пациентов

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

В настоящее время практически отсутствует информация о структуре сообщества грибов рода Candida, способных становиться этиологическим фактором кандидозного поражения ВИЧ-инфицированных пациентов. Цель работы — исследование структуры сообщества грибов рода Candida, колонизирующих ротоглотку ВИЧ-инфицированных пациентов с клиническими проявлениями орофарингеального кандидоза. Проведено микробиологическое исследование ротоглотки 31 ВИЧ-инфицированного пациента (51,6% мужчин и 48,4% женщин) с клиническими проявлениями орофарингеального кандидоза, проходивших стационарное лечение в КИБ № 2 г. Москвы в период 2015–2017 гг. В ходе исследования мы подтвердили разнообразие видов грибов рода Candida, обнаруживаемых в ротоглотке ВИЧ-инфицированных пациентов. Всего было выделено 52 изолята грибов рода Candida, среди которых преобладали C. albicans (57,7%). Из non-albicans видов с наибольшей частотой встречались C. glabrata (21,1%). «Минорные» компоненты были представлены C. tropicalis (11,5%) и C. krusei (9,6%). C. albicans и C. glabrata были чувствительны к полиенам, а минорные компоненты сообщества — к Итраконазолу и Клотримазолу. Подавляющее число штаммов были резистентны к Флуконазолу. Было обнаружено, что сообщество грибов рода Candida имеет определенную архитектуру. Микроб может присутствовать в биотопе ротоглотки ВИЧ-инфицированных пациентов как монокультура и как ассоциация: гомогенная, состоящая из штаммов одного вида, или гетерогенная, образованная несколькими видами. У 18 пациентов (58,1%) грибы рода Candida были выделены в виде монокультуры, а у 13 (41,9%) — в форме ассоциаций, сформированых 34 изолятами (65,4% от общего числа), из которых 16 (30,8%) были выделены из гомогенных ассоциаций и 18 (34,6%) — из гетерогенных. Двукомпонентных ассоциаций было 9 (69,2%), а состоявших из трех и более компонентов — 4 (30,8%). Оказалось, что архитектура рассматриваемого сообщества во многом определяется его видовым составом, что подтверждает ранее полученные данные. Наиболее часто образовывали ассоциации C. krusei (100%) и C. albicans (73,3%). При этом C. albicans чаще всего (72,7%) формировали гомогенный тип ассоциаций. Чувствительность грибов рода Candida к антимикотическим препаратам зависела также от архитектуры их сообщества. Так, C. albicans в условиях гетерогенных ассоциаций проявляла широкий спектр резистентности.

Об авторах

А. Д. Воропаев

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Email: nesviz@mail.ru

аспирант кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии

Москва 

Россия

Д. А. Екатеринчев

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Email: nesviz@mail.ru

аспирант кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии

Москва 

Россия

Ю. В. Несвижский

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: nesviz@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-0386-3883

Несвижский Юрий Владимирович,  д.м.н., профессор, профессор кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии 

119991, Москва, ул. Трубецкая, 8/2

Тел.: 8 (916) 889-88-75

Россия

В. В. Зверев

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Email: nesviz@mail.ru

академик РАН, д.б.н., профессор, зав. кафедрой микробиологии, вирусологии и иммунологии

Москва 

Россия

С. С. Афанасьев

ФБУН Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора

Email: nesviz@mail.ru

д.м.н., профессор, главный научный сотрудник 

Москва 

Россия

Е. В. Волчкова

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Email: nesviz@mail.ru

д.м.н., профессор, зав. кафедрой инфекционных болезней

Москва 

Россия

М. С. Афанасьев

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Email: nesviz@mail.ru

д.м.н., профессор кафедры клинической аллергологии и иммунологии

Москва 

Россия

Е. В. Буданова

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Email: nesviz@mail.ru

к.м.н., доцент кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии

Москва 

Россия

Р. Е. Бошьян

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Email: nesviz@mail.ru

к.м.н., доцент кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии

Москва 

Россия

Е. И. Лиханская

ФБУН Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора

Email: nesviz@mail.ru

к.б.н., руководитель лаборатории микробиологии и профилактики кишечных инфекций

Москва 

Россия

В. А. Воропаева

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Email: fake@neicon.ru

студентка

Москва 

Россия

Ю. С. Филина

ГБУЗ Инфекционная клиническая больница № 2 г. Москвы

Email: fake@neicon.ru

к.м.н., врач-инфекционист

Москва 

Россия

М. Э. Сулейманова

ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России

Email: fake@neicon.ru

студентка

Москва 

Россия

Ю. Н. Урбан

ФБУН Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора

Email: fake@neicon.ru

к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории клинической микробиологии и биотехнологии

Москва 

Россия

Список литературы

  1. Богданова Е.А., Несвижский Ю.В. Архитектоника микробного сообщества желудочно-кишечного тракта // Вестник РАМН. 2010. № 11. С. 38–42. [Bogdanova E.A., Nesvizhsky Yu.V. Architectonics of gastrointestinal microbial community. Vestnik Rossiyskoy akademii meditsinskikh nauk = Annals of the Russian Academy of Medical Sciences, 2010, no. 11, pp. 38–42. (In Russ.)] doi: 10.18821/1560-9529-2017-22-6-311-319
  2. Исследование клинического материала на наличие ДНК возбудителей ИППП и других инфекций органов репродукции методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией: методические рекомендации. М.: ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, 2006. 138 с. [Examining of clinical material for DNA of sexually transmitted infections and other reproductive organs infections pathogens by hyrbrid fluorometric PCR: methodological recommendations. Мoscow: Central Research Institute of Epidemiology of Rospotrebnadzor, 2006. 138 p. (In Russ.)]
  3. Инструкция по заполнению годовой формы федерального государственного статистического наблюдения № 61 «Сведения о контингентах больных ВИЧ-инфекцией»: приложение к Приказу Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 17 марта 2006 г. № 166. [Completion guidelines for the annual federal state statistical survey form No. 61 “Data on HIV-infected patients cohorts”: a supplement for Order No. 166 on 17.03.2006 of the Ministry of Health and Social Development of the Russian Federation. (In Russ.)] URL: https://base.garant.ru/12145892 (15.11.2020)
  4. Урбах В.Ю. Статистический анализ в биологических и медицинских исследованиях. М.: Медицина, 1975. 295 с. [Urbach V.Yu. Statistical analysis in biological and medical research. Мoscow: Medicine, 1975. 295 p. (In Russ.)]
  5. Шевяков М.А. Антибиотик-ассоциированная диарея и кандидоз кишечника: возможности лечения и профилактики // Антибиотики и химиотерапия. 2004. Т. 49, № 10. С. 26–29. [Shevyakov M.A. Antibiotiс-associated diarrhea and candidiasis of an intestine: possibilities of treatment and prophylaxis. Antibiotiki i khimioterapiya = Antibiotics and Chemotherapy, 2004, vol. 49, no. 10, pp. 26–29. (In Russ.)]
  6. Ambe N.F., Longdoh N.A., Tebid P., Bobga T.P., Nkfusai C.N., Ngwa S.B., Nsai F.S., Cumber S.N. The prevalence, risk factors and antifungal sensitivity pattern of oral candidiasis in HIV/AIDS patients in Kumba District Hospital, South West Region, Cameroon. Pan. Afr. Med. J., 2020, vol. 36: 23. doi: 10.11604/pamj.2020.36.23.18202
  7. Awoyeni A., Olaniran O., Odetoyin B., Hassan-Olajokun R., Olopade B., Afolayan D., Adekunle O. Isolation and evaluation of Candida species and their association with CD4+ T cells counts in HIV patients with diarrhea. Afr. Health Sci., 2017, vol. 17, no. 2, pp. 322–329. doi: 10.4314/ahs.v17i2.5
  8. Berkow E.L., Lockhart S.R. Fluconazole resistance in Candida species: a current perspective. Infect. Drug Resist., 2017, no. 10, pp. 237–245. doi: 10.2147/IDR.S118892
  9. Bhattacharya S., Sae-Tia S., Fries B.C. Candidiasis and mechanisms of antifungal resistance. Antibiotics (Basel), 2020, vol. 9, no. 6: 312. doi: 10.3390/antibiotics9060312
  10. Clark-Ordóñez I., Callejas-Negrete O.A., Aréchiga-Carvajal E.T., Mouriño-Pérez R.R. Candida species diversity and antifungal susceptibility patterns in oral samples of HIV/AIDS patients in Baja California, Mexico. Med. Mycol., 2017, vol. 55, no. 3, pp. 285–294. doi: 10.1093/mmy/myw069
  11. Cleveland A.A., Farley M.M., Harrison L.H., Stein B., Hollick R., Lockhart S.R., Magill S.S., Derado G., Park B.J., Chiller T.M. Changes in incidence and antifungal drug resistance in candidemia: results from population-based laboratory surveillance in Atlanta and Baltimore, 2008–2011. Clin. Infect. Dis., 2012, vol. 55, no. 10, pp. 1352–1361. doi: 10.1093/cid/cis697
  12. Cleveland A.A., Harrison L.H., Farley M.M., Hollick R., Stein B., Chiller T.M., Lockhart S.R., Park B.J. Declining incidence of candidemia and the shifting epidemiology of Candida resistance in two US metropolitan areas, 2008–2013: results from population-based surveillance. PLoS One, 2015, vol. 10, no. 3: e0120452. doi: 10.1371/journal.pone.0120452
  13. Enoch D.A., Yang H., Aliyu S.H., Micallef C. The changing epidemiology of invasive fungal infections. Methods Mol. Biol., 2017, no. 1508, pp. 17–65. doi: 10.1007/978-1-4939-6515-1_2
  14. Goulart L.S., Souza W.W.R., Vieira C.A., Lima J.S., Olinda R.A., Araújo C. Oral colonization by Candida species in HIVpositive patients: association and antifungal susceptibility study. Einstein (Sao Paulo), 2018, vol. 16, no. 3: eAO4224. doi: 10.1590/S1679-45082018AO4224
  15. Gow N.A., Brown A.J., Odds F.C. Fungal morphogenesis and host invasion. Curr. Opin. Microbiol., 2002, vol. 5, pp. 366–371. doi: 10.1016/s1369-5274(02)00338-7
  16. Hager C.L., Ghannoum M.A. The mycobiome in HIV. Curr. Opin. HIV AIDS, 2018, vol. 1, no. 13, pp. 69–72. doi: 10.1097/COH.0000000000000432
  17. Jung I.Y., Jeong S.J., Kim Y.K., Kim H.Y., Song Y.G., Kim J.M., Choi J.Y. A multicenter retrospective analysis of the antifungal susceptibility patterns of Candida species and the predictive factors of mortality in South Korean patients with candidemia. Medicine (Baltimore), 2020, vol. 99, no. 11: e19494. doi: 10.1097/MD.0000000000019494
  18. Lamichhane K., Adhikari N., Bastola A., Devkota L., Bhandari P., Dhungel B., Thapa Shrestha U., Adhikari B., Banjara M.R., Rijal K.R., Ghimire P. Biofilm-producing candida species causing oropharyngeal candidiasis in HIV patients attending Sukraraj Tropical and Infectious Diseases Hospital in Kathmandu, Nepal. HIV AIDS (Auckl.), 2020, no. 12, pp. 211–220. doi: 10.2147/HIV.S255698
  19. Olson M.L., Jayaraman A., Kao K.C. Relative ABUNDANCES of Candida albicans and Candida glabrata in in vitro coculture biofilms impact biofilm structure and formation. Appl. Environ. Microbiol., 2018, vol. 84, no. 8: e02769-17. doi: 10.1128/AEM.02769-17
  20. Osaigbovo I.I., Lofor P.V., Oladele R.O. Fluconazole resistance among oral candida isolates from people living with HIV/AIDS in a Nigerian Tertiary Hospital. J. Fungi (Basel), 2017, vol. 3, no. 4: 69. doi: 10.3390/jof3040069
  21. Pfaller M.A., Rhomberg P.R., Messer S.A., Jones R.N., Castanheira M. Isavuconazole, micafungin, and 8 comparator antifungal agents’ susceptibility profiles for common and uncommon opportunistic fungi collected in 2013: temporal analysis of antifungal drug resistance using CLSI species-specific clinical breakpoints and proposed epidemiological cutoff values. Diagn. Microbiol. Infect. Dis., 2015, vol. 82, no. 4, pp. 303–313. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2015.04.008
  22. Spalanzani R.N., Mattos K., Marques L.I., Barros P.F.D., Pereira P.I.P., Paniago A.M.M., Mendes R.P., Chang M.R. Clinical and laboratorial features of oral candidiasis in HIV-positive patients. Rev. Soc. Bras. Med. Trop., 2018, vol. 51, no. 3, pp. 352–356. doi: 10.1590/0037-8682-0241-2017

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Воропаев А.Д., Екатеринчев Д.А., Несвижский Ю.В., Зверев В.В., Афанасьев С.С., Волчкова Е.В., Афанасьев М.С., Буданова Е.В., Бошьян Р.Е., Лиханская Е.И., Воропаева В.А., Филина Ю.С., Сулейманова М.Э., Урбан Ю.Н., 2020

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».