ANTIMICROBIAL SUSCEPTIBILITY OF ENTEROBACTERIACAEISOLATED FROM INTESTINAL MICROBIOTA OF RESIDENTS OF THE REPUBLIC OF GUINEA AND RUSSIA (SAINT PETERSBURG)

Cover Page

Full Text

Abstract

It is known that resistant Enterobacteriacaestrains can be a part of human microbiota. While colonizing the body of a healthy person, resistant strains do not cause diseases, while the healthy person becomes carrier and source of such strains or the resistance genes to the external environment. The aim of the study was to compare the antimicrobial susceptibility of opportunistic Enterobacteriacaeisolated from feces of residents of the Republic of Guinea (121 strains) and Russia, Saint Petersburg (897 strains). The antimicrobial susceptibility was determined by the disc-diffusion method according to the national russian Clinical Guideline “Antimicrobial susceptibility testing of microorganisms” using discs and Muller-Hinton agar manufactured by Oxoid. Resistance mechanisms were tested in bacterial strains non-susceptible to beta- lactams using confirmatory phenotypic and molecular tests. Resistant strains were detected significantly more often in the intestinal microbiota of residents of the Republic of Guinea, than of Saint Petersburg (83.5 and 28.7 per 100 strains studied, respectively), including strains with multidrug resistance (47.9 and 11.1, respectively). The residents of the Republic of Guinea have a high frequency of isolation of Enterobacteriacaeresistant to “old” antibiotics, which were often used in the 1970s, but rarely used in Russia and other European countries: tetracyclines (63.2), trimethoprim/ sulfamethoxazole (59.5) and aminopenicillins (48.4). The frequency of detection of strains resistant to modern clinically significant antibiotics (extended spectrum cephalosporins, f luoroquinolones, aminoglycosides) was the same in residents of the Republic of Guinea and Saint Petersburg. Resistance to beta-lactams in Enterobacteriacaestrains isolated both from the residents of the Republic of Guinea and from Saint Petersburg is due to the same mechanism — the production of beta-lactamases — broadspectrum and extended spectrum- of various genetic families. This data corresponds to world global trends in the antimicrobial resistance in Enterobacteriacae: resistance to aminopenicillins in E. coliis due to the production of broad-spectrum beta-lactamases TEM-1 (80% of strains from residents of the Republic of Guinea and 86.5% from Saint Petersburg), and resistance to extended spectrum cephalosporins — the production of extended spectrum beta-lactamases of the CTX-M1 genetic group (72.7 and 67.6% respectively). Our research has shown that the intestinal microbiota of the inhabitants of different continents (Europe and Africa) contains the strains (Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli) resistant to clinically significant antibiotics (beta-lactams) due to single mechanism globally spread in Enterobacteriacae.

About the authors

S. A. Egorova

St. Petersburg Pasteur Institute.

Email: fake@neicon.ru

PhD (Medicine), Senior Researcher, Laboratory of Enteric Infections.

St. Petersburg. Russian Federation

M. A. Makarova

St. Petersburg Pasteur Institute.

Email: fake@neicon.ru

PhD (Medicine), Senior Researcher, Laboratory of Enteric Infections.

St. Petersburg. Russian Federation

L. A. Kaftyreva

St. Petersburg Pasteur Institute.

Author for correspondence.
Email: kaflidia@mail.ru

PhD, MD (Medicine), Professor, Head of the Laboratory of Enteric Infections.

197101, Russian Federation, St. Petersburg, Mira str., 14.

Phone: +7 (812) 232-48-83 (office).

Russian Federation

L. V. Suzhaeva

St. Petersburg Pasteur Institute.

Email: fake@neicon.ru

Researcher, Laboratory of Enteric Infections.

St. Petersburg.

Russian Federation

A. V. Zabrovskaia

St. Petersburg Pasteur Institute.

Email: fake@neicon.ru

PhD (Veterinary), Senior Researcher, Laboratory of Enteric Infections.

St. Petersburg. Russian Federation

Z. N. Matveeva

St. Petersburg Pasteur Institute.

Email: fake@neicon.ru

PhD (Medicine), Leading Researcher, Laboratory of Enteric Infection.

St. Petersburg. Russian Federation

E. V. Voitenkova

St. Petersburg Pasteur Institute.

Email: fake@neicon.ru

PhD (Medicine), Senior Researcher, Laboratory of Enteric Infections.

St. Petersburg. Russian Federation

References

  1. ВОЗ: Глобальный план действий по борьбе с устойчивостью к противомикробным препаратам. URL: http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/254884/1/9789244509760-rus.pdf?ua=1
  2. Егорова С.А., Кафтырева Л.А., Липская Л.В., Коноваленко И.Б., Пясетская М.Ф., Курчикова Т.С., Ведерни кова Н.Б., Морозова О.Т., Смирнова М.В., Попенко Л.Н., Любушкина М.И., Савочкина Ю.А., Макарова М.А., Сужаева Л.В., Останкова Ю.В., Иванова М.Н., Павелкович А.М., Наабер П., Сепп Э., Кыльялг С., Mицюля вичeнe И., Балоде А. Штаммы энтеробактерий, продуцирующие бета-лактамазы расширенного спектра и металло-бета-лактамазу NDM-1, выделенные в стационарах в странах Балтийского региона // Инфекция и иммунитет. 2013. Т. 3, № 1. С. 29–36.
  3. Определение чувствительности к антимикробным препаратам: клинические рекомендации, версия 2015-2. URL: http://www.antibiotic.ru/minzdrav/files/docs/clrec-dsma2015.pdf
  4. Светличная Ю.С., Колосовская Е.Н., Кафтырева Л.А., Дарьина М.Г., Егорова С.А., Макарова М.А. Микробио-логический мониторинг в системе эпидемиологического надзора за госпитальными инфекциями // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2014. Т. 1, № 74. C. 9–14.
  5. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Микотина А.В., Дехнич А.В., Козлов Р.С. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacteriaceae в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» 2013–2014 // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2017. Т. 19, № 1. С. 49–56.
  6. Antimicrobial resistance surveillance in Europe. Annual report of the European EARS-Net 2015. URL: https://ecdc.europa.eu/sites/portal/files/media/en/publications/Publications/antimicrobial-resistance-europe-2015.pdf
  7. Dallenne C., Da Costa A., DecréD., Favier C., Arlet G. Development of a set of multiplex PCR assays for the detection of genes encoding important b-lactamases in Enterobacteriaceae. J. Antimicrob. Chemother. 2010; 65: 490–495. doi: 10.1093/jac/dkp498
  8. Pavelkovich A., Balode A., Edquist P., Egorova S., Ivanova M., Kaftyreva L., Konovalenko I., Kõljalg S., Lillo J., Lipskaya L., Miciuleviciene J., Pai K., Parv K., Pärna K., Rööp T., Sepp E., Štšepetova J., Naaber P. Detection of carbapenemase-producing Enterobacteriacae in the Baltic Countries and St. Petersburg Area. BioMed Res. Int. 2014: ID 548960. doi: 10.1155/2014/548960
  9. Popova A.Yu., Kaftyreva L.A., Suzhaeva L.V., Voitenkova E.V., Zabrovskaya A.V., Egorova S.A., Makarova M.A., Matveeva Z.N., Zueva E.V., Porin A.A., Buaro M.Y., Konstantinov O.K., Totolian A.A. Comparative characteristics of the microbiome of the intestines of the residents of the Republic of Guinea and Russia. Russian Journal of Infection and Immunity = Infektsiya i immunitet, 2017, vol. 7, no. 4, pp. 325–330. doi: 10.15789/2220-7619-2017-4-375-382
  10. Woodford N., Wareham D.W., Guerra B., Teale C. Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae and non-Enterobacteriaceae from animals and the environment: an emerging public health risk of our own making? J. Antimicrob. Chemother., 2014, vol. 69, pp. 287–291. doi: 10.1093/jac/dkt392

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML

Copyright (c) 2018 Egorova S.A., Makarova M.A., Kaftyreva L.A., Suzhaeva L.V., Zabrovskaia A.V., Matveeva Z.N., Voitenkova E.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».