ВЫДЕЛЕНИЕ И ОСОБЕННОСТИ ИДЕНТИФИКАЦИИ СOMAMONAS KERSTERSII ПРИ ИЗУЧЕНИИ МИКРОБИОТЫ КИШЕЧНИКА ЖИТЕЛЕЙ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ И ГВИНЕЙСКОЙ РЕСПУБЛИКИ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Род Сomamonas, описанный в 1985 году, включал один вид — Сomamonas terrigena. В настоящее время род Сomamonas включает 21 вид. Способность бактерий рода Сomamonas  выживать в объектах внешней среды (пробах воды, почвы и растений), в том числе во  влажных условиях госпитальной среды и на медицинском оборудовании, позволяет считать  их условно-патогенными микроорганизмами. Цель исследования состояла в изучении  биологических свойств и чувствительности к антибиотикам штаммов Сomamonas kerstersii, выделенных из проб испражнений здоровых людей, проживающих в Санкт- Петербурге и Гвинейской Респуб лике. Работа проводилась в лаборатории кишечных  инфекций ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург.  Исследованы 1532 пробы фекалий, полученных от жителей Санкт-Петербурга и 46 проб  жителей Гвинейской Республики. Родовую и видовую идентификацию выделенных  микроорганизмов проводили, используя рутинные биохимические тесты; коммерческую  тест-систему «НЕФЕРМ тест24» (MIKROLATEST, Эрба Рус, РФ) и бактериологический  анализатор Vitek 2 Compact (BioMerieux). Трудноидентифицируемые микроорганизмы  исследовали масс-спектрометрическим методом на MALDI-TOF масс-спектрометре «Microflex  LRF». Чувствительность к антибиотикам определяли методом градиентных концентраций с  полосками M.I.C.Evaluator™ (OXOID, Великобритания) на агаре Мюллера-Хинтон (НИЦФ,  Россия). В составе микробиоты кишечника у 1532 жителей Санкт-Петербурга были выделены 2 штамма С. kerstersii (0,13%). При обследовании 46 жителей Гвинейской  Республики в 8 случаях (17,4%) были выделены С. kerstersii. Идентификация штаммов С.  kerstersii с использованием различных методов дала различные результаты: рутинные  биохимические тесты позволили отнести штаммы к группе неферментирующих  грамотрицательных бактерий; «НЕФЕРМ тест24» идентифицировал штаммы как С.  testosteroni; анализатор VITEC 2 отнес штаммы к С. testosteroni; методом масс- спектрометрии с коэффициентом совпадения 2,19–2,33 все штаммы идентифицированы как  С. kerstersii. Следует учесть, что бактерии С. kerstersii не могут быть идентифицированы  тестами, входящими в набор «НЕФЕРМ тест24» и карту GN VITEC 2, так как в базах данных  обоих методов представлена характеристика только С. testosteroni. Таксономическая база  масс-спектрометрии включает эталонные спектры пяти видов Сomamonas из 21 известных,  в том числе и С. kerstersii. Штаммы, выделенные от жителей Гвинейской Республики,  характеризовались нечувствительностью хотя бы к одному тестируемому антибиотику:  ципрофлоксацину (4 штамма), тетрациклину (5 штаммов) и триметоприм/сульфаметоксазолу (5 штаммов), причем практически все штаммы характеризовались одновременно  нечувствительностью к нескольким АМП: ципрофлоксацину и триметоприм/сульфаметоксазолу (2 штамма), тетрациклину и триметоприм/сульфаметоксазолу (2  штамма), ципрофлоксацину и тетрациклину (1 штамм). Один штамм был нечувствителен  одновременно к ципрофлоксацину, тетрациклину и триметоприм/сульфаметоксазолу.

Об авторах

Е. В. Войтенкова

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: fake@neicon.ru

к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций ФБУН НИИ  эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

Россия

З. Н. Матвеева

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: fake@neicon.ru

к.м.н., ведущий научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций ФБУН НИИ  эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

Россия

М. А. Макарова

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: fake@neicon.ru

к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций ФБУН НИИ  эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

Россия

С. А. Егорова

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: fake@neicon.ru

к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций ФБУН НИИ  эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

Россия

А. В. Забровская

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: fake@neicon.ru

к.в.н., старший научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций ФБУН НИИ  эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

Россия

Л. В. Сужаева

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: fake@neicon.ru

младший научный сотрудник лаборатории кишечных инфекций ФБУН НИИ  эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

Россия

Е. В. Зуева

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: fake@neicon.ru

к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории молекулярной иммунологии  ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

Россия

Л. А. Кафтырева

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Автор, ответственный за переписку.
Email: kaflidia@mail.ru

д.м.н., профессор, зав. лабораторией кишечных инфекций ФБУН НИИ  эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

197101, Россия, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

Тел.: (812) 232-48-83 (служебн.). Факс: (812) 233-20-92

Россия

Список литературы

  1. Определение дисбиотических изменений желудочно-кишечного тракта по маркерам содержимого кишечника: федеральные клинические рекомендации. М., 2015: 36. [Opredelenie disbioticheskikh izmenenii zheludochno-kishechnogo trakta po markeram soderzhimogo kishechnika: federal'nye klinicheskie rekomendatsii [Determination of dysbiotic changes in the gastrointestinal tract by markers of intestinal contents: federal clinical recommendations]. Moscow, 2015. 36 p.
  2. Определение чувствительности к антимикробным препаратам: клинические рекомендации. Версия 2015-02 [Determination of sensitivity to antimicrobials: clinical recommendations. Version 2015-02]. URL: http://www.antibiotic.ru/minzdrav/files/docs/clrec-dsma2015.pdf (12.11.2017).
  3. Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника: отраслевой стандарт. (ОСТ 91500.11.0004). Приказ МЗ РФ № 231 от 09.06.2003 [Protocol of management of patients. Dysbacteriosis of the intestine: industry standard. (OST 91500.11.0004). Order of the Ministry of Health of the Russian Federation No. 231 of 09.06.2003]. URL: https://normativ.kontur.ru/document?moduleId=1&documentId=62571 (12.11.2017).
  4. Almuzara M., Barberis C., Veiga F., Bakai R., Cittadini R., Ocampo C.V., Serena M.A., Cohen E., Ramirez M.S., Famiglietti A., Stecher D., del Castillo M., Vay C. Unusual presentations of Comamonas kerstersii infection. New Microbes New Infect., 2017, vol. 19, pp. 91–95.
  5. Almuzara M.N., Cittadini R., Ocampo C.V., Bakai R., Traglia G., Ramirez M.S. Intra-abdominal infections due to Comamonas kerstersii. J. Clin. Microbiol., 2013, vol. 51, pp. 1998–2000.
  6. Arda B., Aydemir S., Yamazhan T., Hassan A., Tünger A., Serter D. Comamonas testosteroni meningitis in a patient with recurrent cholesteatoma. APMIS, 2003, vol. 111, pp. 474–476.
  7. Barbaro D.J., Mackowiak P.A., Barth S.S., Southern P.M. Jr. Pseudomonas testosteroni infections: eighteen recent cases and a review of the literature. Rev. Infect. Dis., 1987, vol. 9, pp. 124–129.
  8. Biswas J., Fitchett J., O’Hara G. Comamonas kerstersii and the perforated appendix. J. Clin. Microbiol., 2014, vol. 52, pp. 31–34.
  9. CLSI. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing. 27th ed. CLSI supplement M100. Wayne, PA: Clinical and Laboratory Standards Institute, 2017. 224 p.
  10. De Vos P., Kersters K., Falsen E., Pot B., Gillis M., Segers P., De Ley J. Comamonas Davis and Park 1962 gen. nov., nom. rev. emend., and Comamonas terrigena Hugh 1962 sp. nov., nom. rev. Int. J. Syst. Bacteriol., 1985, vol. 35, pp. 443–453. doi: 10.1099/00207713-35-4-443
  11. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 7.1, valid from 2017-03-10. URL: http://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_ files/Breakpoint_tables/v_7.1_Breakpoint_Tables.pdf (12.11.2017).
  12. Farshad S., Norouzi F., Aminshahidi M., Heidari B., Alborzi A. Two cases of bacteremia due to an unusual pathogen, Comamonas testosteroni, in Iran and a review literature. J. Infect. Develop. Countries., 2012, vol. 6, pp. 521–525.
  13. Gul M., Ciragil P., Bulbuloglu E., Aral M., Alkis S., Ezberci F. Comamonas testosteroni bacteremia in a patient with perforated acute appendicitis. Acta Microbiol. Immunol. Hung., 2007, vol. 54, pp. 317–321.
  14. List of prokaryotic names with standing in nomemclature. URL: http://www.bacterio.net/comamonas.html (12.11.2017).
  15. Nakipoglu Y., Buyukbaba-Boral O., Aksozek A., Aydin S., Derbentli S. Evaluation of the contaminant organisms of humidifier reservoir water and investigation of the source of contamination in a university hospital in Turkey. Am. J. Infect. Control., 2005, vol. 33, pp. 62– 63
  16. Nseir W., Khateeb J., Awawdeh M., Ghali M. Catheter-related bacteremia caused by Comamonas testosteroni in a hemodialysis patient. Hemodial. Int., 2011, vol. 15, pp. 293–296.
  17. Opota O., Ney B., Zanetti G., Jaton K., Greub G., Prod’hom G. Bacteremia caused by Comamonas kerstersii in a patient with diverticulosis. J. Clin. Microbiol., 2014, vol. 52, pp. 1009–1012.
  18. Palleroni N.J., Kinsawa R., Contopoulou R., Doudoroff M. Nucleid acid homologies in the genus Pseudomonas. J. Syst. Bacteriol., 1973, vol. 23, pp. 333–339.
  19. Popova A.Yu., Kaftyreva L.A., Suzhaeva L.V., Voitenkova E.V., Zabrovskaya A.V., Egorova S.A., Makarova M.A., Matveeva Z.N., Zueva E.V., Porin A.A., Buaro M.Y., Konstantinov O.K., Totolian A.A. Comparative characteristics of intestine microbiome of Republic of Guinea and Russian Federation residents. Russian Journal of Infection and Immunity, 2017, vol. 7, no. 4, pp. 375–382. doi: 10.15789/2220-7619-2017-4-375-382.
  20. Reddy A.K., Murthy S.I., Jalali S., Gopinathan U. Post-operative endoophthalmitis due to an unusual pathogen, Comamonas testosteroni. J. Med. Microbiol., 2009, vol. 58, pp. 374–375.
  21. Tsui T.L., Tsao S.M., Liu K.S., Chen T.Y., Wang Y.L., Teng Y.H., Lee Y.T. Comamonas testosteroni infection in Taiwan: reported two cases and literature review. J. Microbiol. Immunol. Infect., 2011, vol. 44, pp. 67–71.
  22. Wauters G., De Baere T., Willems A., Falsen E., Vaneechoutte M. Description of Comamonas aquatica comb. nov. and Comamonas kerstersii sp. nov. for two subgroups of Comamonas terrigena and emended description of Comamonas terrigena. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, vol. 53, pp. 859–862

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Войтенкова Е.В., Матвеева З.Н., Макарова М.А., Егорова С.А., Забровская А.В., Сужаева Л.В., Зуева Е.В., Кафтырева Л.А., 2018

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».