С 1998 г. ИПУ РАН выпускает периодический сборник трудов учёных, занимающихся разработкой и исследованием математических моделей управления большими социально-экономическими, организационными, организационно-техническими и другими системами.
Первый выпуск сборника «Управление большими системами» (УБС) был всего лишь собранием избранных докладов Международной научно-практической конференции по управлению большими системами, проведённой в 1997 г. Российской академией наук, Институтом проблем управления РАН и Российским комитетом по автоматическому управлению.
Второй выпуск сборника вышел в 2000 г. под названием «Управление социально-экономическими системами: сборник трудов молодых учёных». В то время главной целью сборника было дать возможность молодым учёным – специалистам по теории управления – показать свои научные результаты. Изначально тематика сборника соответствовала в основном интересам учёных, работающих в области теории активных систем – направления, родившегося в лаборатории «Активных систем» ИПУ РАН. Общую редакцию сборника осуществлял д.т.н. Д.А. Новиков, впоследствии ставший его главным редактором.
С 2003 г. сборник превратился в настоящее периодическое издание: вышло три выпуска, а начиная с 2004-го – четыре. Время показало актуальность формата сборника, его востребованность учёными, работающими в области теории управления и её приложений. Постепенно расширялась и география авторов, захватывая всю территорию «большой лаборатории активных систем» – российской научной школы, развивающей математическую теорию организационного управления.
С 2005 г. сборник «Управление большими системами» стал одним из печатных органов организованной ИПУ РАН совместно с ведущими вузами России сети научно-образовательных центров (НОЦ) по проблемам управления. Некоторое время (12–15-й выпуски) сборник издавался на ротационной основе этих центров.
В 2006 г. УБС обрёл новый статус, став одним из первых официально зарегистрированных электронных научных изданий России и первым электронным журналом Института, хотя электронная версия выходила параллельно с бумажной ещё с 2004 г. (выпуск бумажной версии прекращен с 2010 г.). С того же 2006 г. сборник УБС включён в Российский индекс научного цитирования, РИНЦ (а с 2017 г. входит в «ядро» РИНЦ – Russian Science Citation Index), с 2007 г. – в список ВАК.