Молекулярно-генетический анализ штаммов Yersinia pestis, выделенных в различные эпизоотические периоды на территории Урало-Эмбенского пустынного природного очага чумы в ХХ веке
- Авторы: Коврижников А.В.1,2, Балыкова А.Н.2, Куклева Л.М.1, Нарышкина Е.А.1, Федоров А.В.1, Червякова Н.С.1, Ерошенко Г.А.3, Кутырев В.В.1
-
Учреждения:
- ФКУН Российский противочумный институт "Микроб" Роспотребнадзора
- Саратовский национальный исследовательский государственный университет имени Н. Г. Чернышевского
- ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб»
- Выпуск: Том 23, № 4 (2023)
- Страницы: 437-446
- Раздел: Статьи
- URL: https://journals.rcsi.science/1816-9775/article/view/251833
- DOI: https://doi.org/10.18500/1816-9775-2023-23-4-437-446
- EDN: https://elibrary.ru/PYHRCY
- ID: 251833
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Ключевые слова
Об авторах
Александр Викторович Коврижников
ФКУН Российский противочумный институт "Микроб" Роспотребнадзора; Саратовский национальный исследовательский государственный университет имени Н. Г. Чернышевского
ORCID iD: 0000-0002-7752-6321
г. Саратов, ул. Университетская, д. 46
Алина Николаевна Балыкова
Саратовский национальный исследовательский государственный университет имени Н. Г. Чернышевскогог.Саратов, ул. Астраханская, 83
Любовь Михайловна Куклева
ФКУН Российский противочумный институт "Микроб" Роспотребнадзора
ORCID iD: 0000-0003-2438-8364
г. Саратов, ул. Университетская, д. 46
Екатерина Александровна Нарышкина
ФКУН Российский противочумный институт "Микроб" Роспотребнадзора
ORCID iD: 0000-0002-9190-099X
г. Саратов, ул. Университетская, д. 46
Андрей Витальевич Федоров
ФКУН Российский противочумный институт "Микроб" Роспотребнадзора
ORCID iD: 0000-0001-7190-4427
г. Саратов, ул. Университетская, д. 46
Надежда Сергеевна Червякова
ФКУН Российский противочумный институт "Микроб" Роспотребнадзора
ORCID iD: 0000-0003-3133-3820
г. Саратов, ул. Университетская, д. 46
Галина Александровна Ерошенко
ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб»410005, г. Саратов, ул. Университетская, 46
Владимир Викторович Кутырев
ФКУН Российский противочумный институт "Микроб" Роспотребнадзора
ORCID iD: 0000-0003-3788-3452
г. Саратов, ул. Университетская, д. 46
Список литературы
- Абдел З. Ж., Ерубаев Т. К., Токмурзиева Г. Ж., Аймаханов Б. К., Далибаев Ж. С., Мусагалиева Р. С., Жумадилова З. Б., Мека-Меченко В. Г., Мека-Меченко Т. В., Матжанова А. М., Абдрасилова А. А., Умарова С. К., Рысбекова А. К., Есимсеит Д. Т., Абделиев Б. З., Коныратбаев К. К., Искаков Б. Г., Белый Д. Г., Ескермесов М. К., Кулемин М. В., Аскар Ж. С., Калдыбаев Т. Е., Мухтаров Р. К., Давлетов С. Б., Сутягин В. В., Лездиньш И. А. Демаркация границ Центральноазиатского пустынного природного очага чумы Казахстана и мониторинг ареала основного носителя Rhombomys opimus // Проблемы особо опасных инфекций. 2021. № 2. С. 71–78.
- Аймаханов Б. К., Куница Т. Н., Бурделов Л. А., Мекамеченко В. Г., Сагиев З. А., Садовская В. П., Даниярова А. Б., Умбетьярова Л. Б., Далибаев Ж. С., Хамзин Т. Х., Сараев Ф. А., Камзина Ж. К. Анализ эпизоотолого-эпидемиологической ситуации по чуме в Атырауской области // West Kazakhstan Medical Journal. 2017. № 4 (56). С. 4–13.
- Паспорт регионов Казахстана по особо опасным инфекциям / под ред. д-ра биол. наук, проф. Л. А. Бурделова. Алматы : NV Print, 2015. 179 с.
- Кадастр эпидемических и эпизоотических проявлений чумы на территории Российской Федерации и стран ближнего зарубежья (с 1876 по 2016 г.) / под ред. акад. РАМН В. В. Кутырева и проф. А. Ю. Поповой. Саратов : ООО «Амирит», 2016. 248 с.
- Eroshenko G. A., Popov N. V., Al’khova Z. V., Kukleva L. M., Balykova A. N., Chervyakova N. S., Naryshkina E. A., Kutyrev V. V. Evolution and circulation of Yersinia pestis in the Northern Caspian and Northern Aral Sea regions in the 20th–21st centuries // PLoS ONE. 2021. Vol. 2. P. e0244615. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0244615
- Wick R. R., Judd M. L., Gorrie L. C., Holt K. E. Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads // PLoS Computational Biology. 2017. Vol 13, № 6. P. e1005595. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005595
- Armengol G., Sarhadi V.K., Rönty M., Tikkanen M., Knuuttila A., Knuutila S. Driver gene mutations of nonsmall-cell lung cancer are rare in primary carcinoids of the lung: NGS study by ion torrent // Lung. 2015. Vol. 193. P. 303–308. https://doi.org/10.1007/s00408-015-9690-1
- Cock J. A. P., Antao T., Chang J. T., Chapman B. A., Cox C. J., Dalke A., Friedberg I., Hamelryck T., Kauff F., Wilczynski B., de Hoon M. J. L. Biopython: Freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics // Bioinformatics. 2009. Vol. 25, № 11. P. 1422.
- Motro Y., Moran-Gilad J. Next-generation sequencing applications in clinical bacteriology // Biomolecular Detection and Quantifi cation. 2017. Vol. 14. P. 1–6. https://doi.org/10.1016/j.bdq.2017.10.002.
- Wu M. C., Kraft P., Epstain M. P., Taylor D. M., Chanock S. J., Hunter D. J., Lin X. Powerful SNP-Set Analysis for case-control genome-wide association studies // The American Journal of Human Genetics. 2010. Vol. 86. P. 929–942. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2010.05.002
- Wu Y., Hao T., Qian X., Zhang X., Songz Y., Yang R., Cui Y. Small insertions and deletions drive genomic plasticity during adaptive evolution of Yersinia pestis // Microbiology Spectrum. 2022. Vol. 10. P. E02242-21. https://doi.org/10.1128/spectrum.02242-21
- De Bruyn A., Martin D. P., Lefeuvre P. Phylogenetic reconstruction methods: An overview // Molecular Plant Taxonomy: Methods and Protocols. 2014. Vol. 1115. P. 257–277. https://doi.org/10.1007/978-1-62703-767-9_13
- Croucher N. J., Page A. J., Connor T. R., Delaney A. J., Keane J. A., Bentley S. D., Parkhill J., Harris S. R. Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins // Nucleic Acids Research. 2015. Vol. 43. P. e15. https://doi.org/10.1093/nar/gku1196
- Балыкова А. Н., Куклева Л. М., Горюнова П. А., Шевченко К. С., Коврижников А. В., Краснов Я. М., Червякова Н. С., Ерошенко Г. А., Кутырев В. В. SNPпрофили штаммов Yersinia pestis средневекового биовара из очагов чумы Прикаспия // Проблемы особо опасных инфекций. 2022. № 4. С. 41–49. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-4-41-49