Роль интегративно-конъюгативных элементов в реализации устойчивости Vibrio сholerae к тяжёлым металлам

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. В процессе мониторинга объектов окружающей среды в субъектах Российской Федерации регистрируют постоянное выделение как нетоксигенных штаммов холерных вибрионов, так и эпизодическое обнаружение единичных токсигенных штаммов Vibrio cholerae О1 El Tor. Существует предположение о том, что тяжёлые металлы во внешней среде могут выступать одним из факторов, способствующих эволюции холерного вибриона. Изучение толерантности нетоксигенных V. сholerae О1 из водных объектов подтвердило существование изолятов, устойчивых к широкому спектру тяжёлых металлов в разных комбинациях. Работ, посвящённых анализу генетической природы толерантности вибрионов к тяжёлым металлам, в настоящее время крайне мало, а сведения о наличии генов резистентности к тяжёлым металлам у токсигенных вибрионов отсутствуют.

Цель исследования. Идентифицировать возможные гены, обуславливающие резистентность к тяжёлым металлам у токсигенных холерных вибрионов.

Методы. В работе использовали два штамма V. cholerae серогруппы О1 — 83 и 5879 и штамм Escherichia coli QD5003 Rif r. Для анализа in silico отобрали 1880 полных геномов токсигенных холерных вибрионов, принадлежащих разным серогруппам и выделенных в разные периоды времени.

Результаты. Сравнительный биоинформационный анализ методом вычитания геномов выявил ген czcA (номер доступа в базе данных NCBI GenBank: MVB73536.1) у штамма V. сholerae 83. При анализе секвенированных геномов 1880 штаммов V. сholerae различных серогрупп и сроков выделения ген czcA обнаружили у 159 токсигенных штаммов из 1125 исследованных (14,1%), но ни в одном из 775 геномов нетоксигенных вибрионов. Методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с виртуальными праймерами in silico подтвердили наличие гена czcA у штамма V. сholerae 83 в составе интегративно-конъюгативного элемента типа ICEVchBan11. Среди 159 czcA+ геномов V. сholerae достоверно идентифицировали два типа интегративно-конъюгативных элементов: 113 ICEVchBan9 и 27 ICEVchBan11. Для исследования возможной биологической роли czcA провели конъюгативный перенос ICEVchBan11 в клетки V. сholerae 5879. При этом клетки czcA+ штамма 5879 достоверно повысили устойчивость к ионам кадмия.

Заключение. Полученные данные позволяют предположить, что наличие гена czcA у токсигенных холерных вибрионов может повышать устойчивость к токсическому действию тяжёлых металлов. В частности, это может давать бактерии преимущество при попадании в водоёмы с повышенным содержанием ионов кадмия.

Об авторах

Сергей Олегович Водопьянов

Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт

Автор, ответственный за переписку.
Email: serge100v@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-4336-0439
SPIN-код: 4672-9310

д-р мед. наук

Россия, 344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, д. 117/40

Артём Владимирович Евтеев

Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт

Email: evteev_av@antiplague.ru
ORCID iD: 0000-0002-0087-9153
SPIN-код: 6050-0361
Россия, 344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, д. 117/40

Алексей Сергеевич Водопьянов

Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт

Email: vodopyanov_as@antiplague.ru
ORCID iD: 0000-0002-9056-3231
SPIN-код: 7319-3037

канд. мед. наук

Россия, 344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, д. 117/40

Руслан Вячеславович Писанов

Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт

Email: pisanov_rv@antiplague.ru
ORCID iD: 0000-0002-7178-8021
SPIN-код: 4270-3091

канд. биол. наук

Россия, 344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, д. 117/40

Надежда Александровна Селянская

Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт

Email: selyanskaya_na@antiplague.ru
ORCID iD: 0000-0002-0008-4705
SPIN-код: 7920-3340

канд. мед. наук

Россия, 344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, д. 117/40

Владимир Дмитриевич Кругликов

Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт

Email: kruglikov_vd@antiplague.ru
ORCID iD: 0000-0002-6540-2778
SPIN-код: 9767-2936

д-р мед. наук

Россия, 344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, д. 117/40

Список литературы

  1. Noskov AK, Kruglikov VD, Moskvitina EA, et al. Characteristics of the epidemiological situation of Cholera in the World and in the Russian Federation in 2020 and forecast for 2021. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2021;(1):43-51. doi: 10.21055/0370-1069-2021-1-43-51 EDN: FDEEHM
  2. Noskov AK, Kruglikov VD, Moskvitina EA. Cholera: trends in the development of the epidemic process in 2021 and forecast for 2022. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2022;(1):24-34. doi: 10.21055/0370-1069-2022-1-24-34 EDN: DEWWJY
  3. Chen R, Tu H, Chen T. Potential application of living microorganisms in the detoxification of heavy metals. Foods. 2022;11(13):1905. doi: 10.3390/foods11131905 EDN: SNLBSZ
  4. Sandhi A, Yu C, Rahman MM, et al. Arsenic in the water and agricultural crop production system: Bangladesh perspectives. Environ. Sci. Pollut. Res. 2022;29(34):51354–51366. doi: 10.1007/s11356-022-20880-0 EDN: JPPOMH
  5. Bueno E, Pinedo V, Shinde DD, et al. Transient glycolytic complexation of arsenate enhances resistance in the enteropathogen Vibrio cholerae. mBio. 2022;13(5). doi: 10.1128/mbio.01654-22 EDN: XMMIBJ
  6. Klenova IA, Shulga TG. Technology of cleaning of the river Temernik. Engineering Journal of Don. 2018;1(48):118. EDN: XSMPZJ
  7. Fang J, Cheng H, Yu T, et al. Occurrence of virulence factors and antibiotic and heavy metal resistance in Vibrio parahaemolyticus isolated from Pacific mackerel at markets in Zhejiang, China. J. Food Prot. 2020;83(8):1411-9. doi: 10.4315/jfp-20-091 EDN: ADHOFV
  8. Yu P, Yang L, Wang J, et al. Genomic and transcriptomic analysis reveal multiple strategies for cadmium tolerance in Vibrio parahaemolyticus N10-18 isolated from aquatic animal Ostrea gigas Thunberg. Foods. 2022;11(23). doi: 10.3390/food11233777 EDN: JCEVAY
  9. Kang CH, Shin Y, Yu H, et al. Antibiotic and heavy metal resistance of Vibrio parahaemolyticus isolated from oysters in Korea. Mar. Pollut. Bull. 2018;135:69-74. doi: 10.1016/j.marpolbul.2018.07.007
  10. Song Y, Yu P, Li B, et al. The mosaic accessory gene structures of the SXT/R391-like integrative and conjugative elements derived from Vibrio spp. isolated from aquatic products and the environment in the Yangtze River estuary, China. BMC Microbiol. 2013;13(1):1-13. doi: 10.1186/1471-2180-13-214 EDN: AXKKAQ
  11. Fu H, Yu P, Liang W, et al. Virulence, resistance, and genomic fingerprint traits of Vibrio cholerae isolated from 12 species of aquatic products in Shanghai, China. Microb. Drug Resist. 2020;26(12):1526–1539. doi: 10.1089/mdr.2020.0269 EDN: IKNVWS
  12. Xu M, Wu J, Chen L. Virulence, antimicrobial and heavy metal tolerance, and genetic diversity of Vibrio cholerae recovered from commonly consumed freshwater fish. Environ. Sci. Pollut. Res. 2019;26(26):27338-27352. doi: 10.1007/s11356-019-05287-8 EDN: TKRLQE
  13. Vodopyanov SO, Gerasimenko AA, Yezhova MI, et al. Combined occurrence of the cold shock gene csh1 and the arsenic resistance gene arsB in Vibrio cholerae O1, O139, NonO1/NonO139 serogroups. Bulletin of Biotechnology and Physico-Chemical Biology named after Yu.A. OVchinnikov. 2023;19(3):14-21. EDN: REQXAU
  14. Wick RR, Judd LM, Cerdeira LT et al. Trycycler: consensus long-read assemblies for bacterial genomes. Genome Biol. 2021;22(1):266. doi: 10.1186/s13059-021-02483-z EDN: UNZRDJ
  15. Wick RR, Judd LM, Holt KE. Assembling the perfect bacterial genome using Oxford Nanopore and Illumina sequencing. PLoS Comput. Biol. 2023;19(3):e1010905. doi: 10.1371/journal.pcbi.1010905 EDN: MCAGXD
  16. Oxford Nanopore Technologies. Sequence correction provided by Oxford Nanopore Technologies research [Internet]. GitHub repository. 2018. [cited 2023 Oct 23]. Available from: https://github.com/nanoporetech/medaka
  17. Walker BJ, Abeel T, Shea T, et al. Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement. PLoS ONE. 2014;9(11):e112963. doi: 10.1371/journal.pone.0112963
  18. Vodopyanov AS, Vodopyanov SO, Pisanov RV. V. сholerae ICE Genotyper [Computer program]. Certificate of state registration of the computer program No. 2023663855, application No. 2023663090; 2023. Available from: https://shorturl.at/AMN63
  19. Selyanskaya NA, Titova SV, Menshikova EA, et al. The influence of cultivation conditions on the transfer of antibiotic resistance genes in Vibrio cholera. Antibiot Khimioter = Antibiotics and Chemotherapy. 2024;69(9-10):4-10. doi: 10.37489/0235-2990-2024-69-9-10-4-10 EDN: QYNJYC
  20. Pal C, Bengtsson-Palme J, Rensing C, et al. BacMet: antibacterial biocide and metal resistance genes database. Nucleic Acids Res. 2013;42(D1):D737–43. doi: 10.1093/nar/gkt1252
  21. Nies DH, Nies A, Chu L, Silver S. Expression and nucleotide sequence of a divalent cation efflux system from Alcaligenes eutrophus determined by a plasmid. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989;86(19):7351-7355. doi: 10.1073/pnas.86.19.7351
  22. McGinnis S, Madden TL. BLAST: at the core of a powerful and diverse set of sequence analysis tools. Nucleic Acids Res. 2004;32:W20–25. doi: 10.1093/nar/gkh435 EDN: IUCVKN
  23. Vodopyanov SO, Vodopyanov AS, Oleynikov IP, Titova SV. Prevalence of ICE elements of different types in Vibrio cholerae. Public Health and Life Environment – PH&LE. 2018;(1(298)):33-35. doi: 10.35627/2219-5238/2018-298-1-33-35 EDN: YTZSTV
  24. Nies DH. Cobalt, zinc, cadmium efflux system (CzcABC) from Alcaligenes eutrophus in Escherichia coli functions as a proton-cation antiporter. J. Bacteriol. 1995;177(10):2707-2712. doi: 10.1128/jb.177.10.2707-2712.1995
  25. Kaci A, Petit F, Lesueur P, et al. Distinct diversity of the czcA gene in two sedimentary horizons from a contaminated estuarine core. Environ. Sci. Pollut. Res. 2014;21:10787–10802. doi: 10.1007/s11356-014-3029-y EDN: TQTMGZ
  26. Dahanayake PS, Hossain S, Wickramanayake MVKS, Heo GJ. Antibiotic and heavy metal resistance genes in Aeromonas spp. isolated from marketed Manila Clam (Ruditapes philippinarum) in Korea. J. Appl. Microbiol. 2019;127(3):941–952. doi: 10.1111/jam.14355 EDN: SYKMKP
  27. Kumarage PM, Majeed S, De Silva LADS, Heo GJ. Detection of virulence, antimicrobial resistance, and heavy metal resistance properties in Vibrio anguillarum isolated from mullet (Mugil cephalus) cultured in Korea. Braz. J. Microbiol. 2023;54:415–425. doi: 10.1007/s42770-023-00911-9 EDN: GMRRHS

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Схема строения интегративно-конъюгативных элементов Vibrio cholerae ICEVchBan9 и ICEVchBan11. Позиции генов traB и traC в составе ICEVchBan11 отмечены вертикальными стрелками. Расположение гена czcA указывает звёздочка.


© Эко-вектор, 2025


 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».