Идентификация ортохантавирусов, впервые выявленных на территории Республики Беларусь

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Актуальность. Мониторинг возбудителей геморрагической лихорадки с почечным синдромом (ГЛПС) на территории Республики Беларусь является необходимым и актуальным, поскольку количество случаев ГЛПС у населения за последние годы увеличилось, а генетические характеристики возбудителей отсутствуют.

Цель исследования. Выявление ортохантавирусов, циркулирующих на территории Республики Беларусь, и определение их генетических характеристик.

Материалы и методы. Проведен скрининг зооматериала в объеме 613 образцов от мелких млекопитающих, отловленных на территории Республики Беларусь. Использовали метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени с тест-системой «Белар-ГЛПС-ПЦР/РВ». Положительные образцы секвенировали методом Сэнгера. Сравнительный и филогенетический анализ проводили с использованием программ MegAlign из пакета Lasergene (DNASTAR, США) и Mega 11.

Результаты. При первичном скрининге было обнаружено 32 ПЦР-положительных образца (5,2%), из которых 24 образца относились к вирусу Пуумала (PUUV) и 8 образцов ‒ к вирусу Добрава-Белград (DOBV). Были секвенированы 3 нуклеотидные последовательности участка М-сегмента PUUV, 2 последовательности участка М-сегмента длиной 291 пара нуклеотидов (п.н.) и одна последовательность участка S-сегмента длиной 348 п.н. DOBV. Сравнительный анализ и филогения показали, что выявленные геноизоляты PUUV принадлежат к русской генетической линии, к той же сублинии, что и штаммы, распространенные в Московской и Курской областях. Выявленные геноизоляты DOBV продемонстрировали наиболее близкое родство к штаммам из центрального региона европейской части России.

Заключение. Результаты молекулярно-биологического анализа показали, что PUUV циркулирует на территории Республики Беларусь и распространен повсеместно. В то же время DOBV выявлен на территории четырех областей республики, что свидетельствует о расширении ареала данного возбудителя ГЛПС. В Республике Беларусь впервые получены нуклеотидные последовательности ортохантавирусов и проведен их молекулярно-генетический анализ.

Об авторах

Павел Анатольевич Семижон

ГУ «Республиканский центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья» Министерства здравоохранения Республики Беларусь

Автор, ответственный за переписку.
Email: pavel5555@tut.by
ORCID iD: 0000-0001-7986-8299

канд. биол. наук, заведующий лабораторией биотехнологии и иммунодиагностики особо опасных инфекций

Белоруссия, 220099, г. Минск

Елена Павловна Счесленок

ГУ «Республиканский центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья» Министерства здравоохранения Республики Беларусь

Email: elena_pavlovna@tut.by
ORCID iD: 0000-0001-8143-684X

канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник лаборатории биотехнологии и иммунодиагностики особо опасных инфекций

Белоруссия, 220099, г. Минск

Никита Анатольевич Дубков

ГУ «Республиканский центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья» Министерства здравоохранения Республики Беларусь

Email: dubkov.nikita@gmail.com
ORCID iD: 0009-0007-8488-4307

научный сотрудник лаборатории биотехнологии и иммунодиагностики особо опасных инфекций

Россия, 220099, г. Минск

Елизавета Андреевна Сухоцкая

ГУ «Республиканский центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья» Министерства здравоохранения Республики Беларусь

Email: elissuchozkaja5@gmail.com
ORCID iD: 0009-0007-0439-6363

младший научный сотрудник лаборатории биотехнологии и иммунодиагностики особо опасных инфекций

Белоруссия, 220099, г. Минск

Кристина Александровна Столбунова

НИИ вирусологии ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины»

Email: kristina.sunwo@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-3376-945X

младший научный сотрудник лаборатории геномики и эволюции вирусов

Россия, 630060, г. Новосибирск

Игорь Витальевич Попов

ФГБОУ ВО «Донской государственный технический университет»

Email: ipopov@donstu.ru
ORCID iD: 0000-0002-9223-8731

младший научный сотрудник факультета «Биоинженерия и ветеринарная медицина»

Россия, 344003, г. Ростов-на-Дону

Илья Витальевич Попов

ФГБОУ ВО «Донской государственный технический университет»

Email: ivpopov@donstu.ru
ORCID iD: 0000-0001-7947-1654

младший научный сотрудник факультета «Биоинженерия и ветеринарная медицина»

Россия, 344003, г. Ростов-на-Дону

Александр Юрьевич Алексеев

НИИ вирусологии ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины»

Email: ayalekseev@frcftm.ru
ORCID iD: 0000-0003-0015-9305

канд. биол. наук, старший научный сотрудник

Россия, 630060, г. Новосибирск

Эммануэль Кабве

Институт фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет»

Email: emmanuelkabwe@ymail.com
ORCID iD: 0000-0003-4328-8190

канд. биол. наук, старший научный сотрудник НИЛ OpenLab «Генные и клеточные технологии», научно-клинический центр прецизионной и регенеративной медицины

Россия, 420008, г. Казань

Юрий Николаевич Давидюк

Институт фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет»

Email: davi.djuk@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-4409-2942

канд. биол. наук, старший научный сотрудник НИЛ OpenLab «Генные и клеточные технологии», научно-клинический центр прецизионной и регенеративной медицины

Россия, 420008, г. Казань

Список литературы

  1. Морозов В.Г., Ишмухаметов А.А., Дзагурова Т.К., Ткаченко Е.А. Клинические особенности геморрагической лихорадки с почечным синдромом в России. Медицинский совет. 2017; (5): 156–61. https://doi.org/10.21518/2079-701X-2017-5-156-161 https://elibrary.ru/yorunb
  2. Яшина Л.Н., Сметанникова Н.А., Компанец Г.Г., Здановская Н.И., Иванов Л.И. Молекулярная эпидемиология патогенных хантавирусов на Дальнем Востоке России, 2015–2018 гг. Проблемы особо опасных инфекций. 2019; (4): 102–8. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-4-102-108 https://elibrary.ru/cnooaj
  3. Klempa B, Tkachenko E.A., Dzagurova T.K., Yunicheva Y.V., Morozov V.G., Okulova N.M., et al. Hemorrhagic fever with renal syndrome caused by 2 lineages of Dobrava hantavirus, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2008; 14(4): 617–25. https://doi.org/10.3201/eid1404.071310
  4. Castel G., Chevenet F., Razzauti M., Murri S., Marianneau P., Cosson J.F., et al. Phylogeography of Puumala orthohantavirus in Europe. Viruses. 2019; 11(8): 679. https://doi.org/10.3390/v11080679
  5. Schlegel M., Kindler E., Essbauer S.S., Wolf R., Thiel J., Groschup M.H., et al. Tula virus infections in the Eurasian water vole in Central Europe. Vector Borne Zoonotic Dis. 2012; 12(6): 503–13. https://doi.org/10.1089/vbz.2011.0784
  6. Avsic-Zupanc T., Petrovec M., Furlan P., Kaps R., Elgh F., Lundkvist A. Hemorrhagic fever with renal syndrome in the Dolenjska region of Slovenia-a 10-year survey. Clin. Infect. Dis. 1999; 28(4): 860–5. https://doi.org/10.1086/515185
  7. Papa A., Antoniadis A. Hantavirus infections in Greece-an update. Eur. J. Epidemiol. 2001; 17(2): 189–94. https://doi.org/10.1023/a:1017987104363
  8. Kruger D.H., Klempa B. Dobrava-Belgrade virus. In: Molecular Detection of Human Viral Pathogens. Boca Raton: CRC Press; 2011: 631–6.
  9. Klempa B., Stanko M., Labuda M., Ulrich R., Meisel H., Krüger D.H. Central European Dobrava hantavirus isolate from a striped field mouse (Apodemus agrarius). J. Clin. Microbiol. 2005; 43(6): 2756–63. https://doi.org/10.1128/JCM.43.6.2756-2763.2005
  10. Nemirov K., Vapalahti O., Lundkvist A., Vasilenko V., Golovljova I., Plyusnina A., et al. Isolation and characterization of Dobrava hantavirus carried by the striped field mouse (Apodemus agrarius) in Estonia. J. Gen. Virol. 1999: 80(2): 371–9. https://doi.org/10.1099/0022-1317-80-2-371
  11. Ткаченко Е.А., Окулова Н.М., Юничева Ю.В., Морзунов С.П., Хайбулина С.Ф., Рябова Т.Е. и др. Эпизоотологические и вирусологические характеристики природного очага хантавирусной инфекции в субтропической зоне Краснодарского края. Вопросы вирусологии. 2005; 50(3): 14–9. https://elibrary.ru/hsghsn
  12. Blinova E., Deviatkin A., Makenov M., Popova Y., Dzagurova T. Evolutionary Formation and Distribution of Puumala Virus Genome Variants, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2023; 29(7): 1420–4. https://doi.org/10.3201/eid2907.221731
  13. Plyusnin A., Vapalahti O., Vaheri A. Hantaviruses: Genome structure, expression and evolution. J. Gen. Virol. 1996; 77(11): 2677–87. https://doi.org/10.1099/0022-1317-77-11-2677
  14. Туник Т.В., Арбатская Е.В., Ляпунов А.В., Хаснатинов М.А., Петрова И.В., Манзарова Э.Л. и др. О хантавирусах у людей и мелких млекопитающих в Прибайкалье. Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук. 2014; (2): 71–6. https://elibrary.ru/sizjln
  15. Яшина Л.Н., Абрамов C.А., Дупал Т.А., Якименко В.В., Танцев А.К., Малышев Б.С. и др. Хантавирусы в популяциях насекомоядных на территории Сибири. Проблемы особо опасных инфекций. 2018; (4): 89–93. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-4-89-93 https://elibrary.ru/yteidj
  16. Ohlopkova O.V., Stolbunova K.A., Popov I.V., Popov I.V., Kabwe E., Davidyuk Y.N., et al. Detection of Brno loanvirus (Loanvirus brunaense) in common noctule bats (Nyctalus noctula) in Southern Russia. Braz. J. Microbiol. 2024. https://doi.org/10.1007/s42770-024-01587-5
  17. Дороженкова Т.Е. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом и ее эпидемиологическая характеристика в Республике Беларусь и городе Минске. Medicus. 2020; (3): 71–5. https://elibrary.ru/klhcld
  18. Государственный доклад «О санитарно-эпидемиологической обстановке в Республике Беларусь в 2015 году». Минск; 2016.
  19. Государственный доклад «Здоровье населения и окружающая среда г. Минска в 2022 году: достижение Целей устойчивого развития». Минск; 2023.
  20. Lee H.W., Calisher C., Schmaljohn C. Manual of hemorrhagic fever with renal syndrome and hantavirus pulmonary syndrome. Seoul; 1998.
  21. Alfadhli A., Love Z., Arvidson B., Seeds J., Willey J., Barklis E. Hantavirus nucleocapsid protein oligomerization J. Virol. 2001; 75(4): 2019–23. https://doi.org/10.1128/JVI.75.4.2019-2023.2001
  22. Severson W.E., Xu X., Jonsson C.B. Cis-acting signals in encapsidation of Hantaan virus S-segment viral genomic RNA by its N protein. J. Virol. 2001; 75(6): 2646–52. https://doi.org/10.1128/JVI.75.6.2646-2652.2001
  23. Welke R.W., Sperber H.S., Bergmann R., Koikkarah A., Menke L., Sieben C., et al. Characterization of Hantavirus N protein intracellular dynamics and localization. Viruses. 2022; 14(3): 457. https://doi.org/ 45710.3390/v14030457
  24. Pruitt K.D., Tatusova T., Maglott D.R. NCBI reference sequences (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins. Nucleic Acids Res. 2005; 33: D501–4. https://doi.org/10.1093/nar/gki025
  25. Sayers E.W., Cavanaugh M., Clark K., Ostell J., Pruitt K.D., Karsch-Mizrachi I. GenBank. Nucleic Acids Res. 2020; 48(D1): D84–6. https://doi.org/10.1093/nar/gkz956
  26. Rice P., Longden I., Bleasby A. EMBOSS: the European molecular biology open software suite. Trends Genet. 2000; 16(6): 276–7. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(00)02024-2
  27. Wickham H., Wickham H. Data Analysis. Springer; 2016: 189–201. https://doi.org/10.1007/978-3-319-24277-4_9
  28. Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: Molecular evolutionary genetics analysis, version 11. Mol. Biol. Evol. 2021; 38(7): 3022–7. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120
  29. Счесленок Е.П., Семижон П.А., Касницкая Т.Н., Омельянович О.Г., Войтенко Н.Т., Чайка А.В. и др. Хантавирусы, циркулирующие на территории Республики Беларусь. В кн.: Сборник трудов IХ Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика – 2017». Том 2. М.; 2017: 350–1. https://elibrary.ru/zohxob
  30. Счесленок Е.П., Фомина Е.Г., Семижон П.А., Григорьева Е.Е., Школина Т.В., Владыко А.С. и др. Получение и характеристика рекомбинантных полипептидов, представляющих антигензначимые участки нуклеокапсидных белков хантавирусов. Здравоохранение (Минск). 2018; (4): 16–21. https://elibrary.ru/xtcsrv
  31. Tkachenko E.A., Ishmukhametov A.A., Dzagurova T.K., Bernshtein A.D., Morozov V.G., Siniugina A.A., et al. Hemorrhagic fever with renal syndrome, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2019; 25(12): 2325–8. https://doi.org/10.3201/eid2512.181649

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Локализация точек отлова мелких млекопитающих на территории Республики Беларусь.

Скачать (468KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Результаты анализа специфичности пары праймеров Dob-F и Dob-R посредством проведения in silico ПЦР с использованием записей нуклеотидных последовательностей S-сегментов геномов вирусов семейства Hantaviridae из баз данных RefSeq и GenBank. *Отряд Primates представлен только человеком (Homo sapiens).

Скачать (388KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Филогенетическое дерево, построенное для нуклеотидных последовательностей М-сегмента генома PUUV (позиции 1256–1580). Фиолетовым цветом выделены последовательности выявленных штаммов PUUV.

Скачать (300KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Филогенетическое дерево, построенное для нуклеотидных последовательностей S-сегмента генома DOBV (позиции 4–351). Оранжевым цветом выделена последовательность выявленного штамма DOBV из Могилевской области (Шкловский район).

Скачать (192KB)
Метаданные
6. Рис. 5. Филогенетическое дерево, построенное для нуклеотидных последовательностей М-сегмента генома DOBV (позиции 1269–1559). Зеленым цветом выделены последовательности штамма DOBV, выявленные в Могилевской (Могилевский район) и в Минской области (Пуховичский район).

Скачать (173KB)
Метаданные

© Семижон П.А., Счесленок Е.П., Дубков Н.А., Сухоцкая Е.А., Столбунова К.А., Попов И.В., Попов И.В., Алексеев А.Ю., Кабве Э., Давидюк Ю.Н., 2025

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».