Вопросы вирусологии

В статье приведены исторические аспекты и основные результаты работы отдела экологии вирусов (ОЭВ) с научно-практическим центром по экологии и эпидемиологии гриппа, который был организован в 1969 г. на базе Института вирусологии им. Д.И. Ивановского АМН СССР. Деятельность ОЭВ на протяжении более 50 лет была направлена на разработку фундаментальных проблем экологии вирусов, включая вопросы формирования популяционных генофондов вирусов в природе, и проведение комплексных крупномасштабных исследований в интересах биобезопасности государства. Основное внимание в работе отдела посвящено проблемам особо опасных (арбовирусных) и социально значимых (грипп и другие ОРВИ, парентеральные гепатиты) вирусных инфекций. В результате этой крупномасштабной работы на территории Северной Евразии были изолированы более 2 тыс. штаммов зоонозных вирусов (17 родов, 8 семейств), экологически связанных с различными видами членистоногих переносчиков и позвоночных хозяев. Многие из них были зарегистрированы в международных каталогах в качестве новых видов. Изучена роль выделенных вирусов в патологии человека, описаны новые вирусные инфекции, разработаны диагностические препараты. Полученные в отделе научные результаты имеют высокий приоритет и признаны на мировом уровне.

Вирусы герпеса человека 6А и 6B (ВГЧ-6А и ВГЧ-6В) являются убиквитарными патогенами. Спектр клинических проявлений инфекций, вызванных ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, достаточно широк. Современные представления о ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, включая их хромосомно-интегрированную форму, являются основой для создания системы эпидемиологического мониторинга ассоциированных с данными вирусами инфекций. В статье затрагиваются вопросы эпидемиологии и диагностики инфекций, вызванных ВГЧ-6А и ВГЧ-6В, в том чиcле у пациентов после трансплантации солидных органов и аллогенных гемопоэтических стволовых клеток.

Основная цель настоящей работы заключалась в определении особенностей циркуляции разных вирусных респираторных патогенов в период эпидемического сезона 2022–2023 гг. на фоне продолжающейся эволюционной изменчивоcти вируса SARS-CoV-2.

Материалы и методы. В статье использованы методы, применяемые в «традиционном» и «госпитальном» эпидемиологическом надзоре за ОРВИ.

Результаты и обсуждение. На фоне относительно низкой активности SARS-CoV-2 и его новых вариантов период с октября 2022 г. по сентябрь 2023 г. характеризовался ранней и высокой активностью вируcа гриппа A(H1N1)pdm09 (ноябрь–декабрь), на смену которому пришел вирус гриппа В (январь–март); активность вируса гриппа A(H3N2) была крайне низкой. По антигенным свойствам популяции эпидемических штаммов были близкородственны вирусам, входившим в состав гриппозных вакцин и рекомендованных экспертами Всемирной организации здравоохранения для текущего сезона в странах Северного полушария. Подтверждена эффективность вакцинопрофилактики гриппа у привитых (75,0%). Все изученные штаммы вирусов гриппа A(H1N1)pdm09, A(H3N2) и В сохранили чувствительность к препаратам с антинейраминидазной активностью. Структура и долевое участие других возбудителей ОРВИ по сравнению с предыдущим сезоном несколько изменились: выявлена тенденция к росту активности HAdV и HMPV, практически равнозначная активность HRsV, HRV, HCoV и HBoV и снижение активности HPIV. При этом частота других возбудителей ОРВИ не достигла показателей предпандемического по COVID-19 периода. Дано обоснование актуализации состава гриппозных вакцин для стран Северного полушария в сезоне 2023–2024 гг.

Введение. Гепатит В является актуальной проблемой общественного здравоохранения во всем мире. На клиническое течение заболевания, особенно на его склонность к хронизации инфекции и развитию устойчивости к терапии, значительное влияние оказывают генотип и специфические мутации вируса гепатита В (ВГВ). С учетом сохраняющейся важности эпидемиологического контроля и профилактики заболевания, существует необходимость в простом, высокочувствительном и надежном методе секвенирования полного генома ВГВ.

Цель работы. Создание и апробация амплификационной панели для полногеномного секвенирования ВГВ.

Материалы и методы. В настоящей работе мы представляем амплификационную панель NGS, предназначенную для секвенирования генома ВГВ на платформе Illumina. Панель, состоящая из 54 праймеров, разделенных на 2 пула и амплифицирующих перекрывающиеся участки генома ВГВ длиной до 300 п.н., была апробирована на 246 образцах ДНК ВГВ, выделенных из крови.

Результаты. Исследуемая выборка представляла собой широкое генотипическое разнообразие вируса, с выраженным преобладанием генотипа, характерного для Московского региона: 216 образцов были определены как генотип D, 27 – как генотип A, 2 – генотип B и 1 – генотип E. Пять образцов содержали по меньшей мере одну мутацию, связанную с устойчивостью к противовирусной терапии, в 23 образцах была найдена по меньшей мере одна мутация, связанная с ускользанием от поствакцинального ответа.

Заключение. В работе детально изложены этапы проведения полногеномного секвенирования ВГВ, приведены лабораторный протокол, нуклеотидные последовательности используемых праймеров и подход к анализу полученных данных. На примере выборки клинических образцов показана состоятельность применяемой панели. Панель для секвенирования ВГВ обладает большим потенциалом для использования в научных исследованиях, эпидемиологическом мониторинге и развитии методов персонализированной медицины.

В первые 20 лет наступившего ХХI века практически ежегодно регистрировались вспышки вирусных инфекций. Становится все более ясным, что эпидемии смертоносных заболеваний будут возникать и впредь, до тех пор, пока человечество не изменит своего разрушительного отношения к природе. Возникает вопрос для дискуссии ‒ достаточно ли существующего арсенала противовирусных средств, чтобы противостоять сложившейся неблагоприятной социально-экономической ситуации в мире?