Молекулярная диагностика вируса ветряной оспы в спинномозговой жидкости пациентов с инсультом из провинции Ди-Кар
- Авторы: Salim Z.F.1,2, Hamad B.J.1
-
Учреждения:
- Университет Ди-Кар
- Министерство здравоохранения, Управление здравоохранения Ди-Кар
- Выпуск: Том 69, № 4 (2024)
- Страницы: 341-348
- Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
- URL: https://journals.rcsi.science/0507-4088/article/view/265986
- DOI: https://doi.org/10.36233/0507-4088-245
- EDN: https://elibrary.ru/ovtgzm
- ID: 265986
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Введение: Вирус Varicella zoster (VZV) — это разновидность альфа-герпесвируса, который поражает нервную систему. Первичное заражение, обычно происходящее в детстве, приводит к ветряной оспе (известной как ветрянка), после чего вирус переходит в латентное состояние в ганглиях черепных нервов, дорсальных корешковых ганглиях и вегетативных ганглиях по всей ЦНС.
Цель исследования: Молекулярно-генетические исследования вирусов являются важными для обнаружения вирусов и разработки вирусных препаратов для борьбы с заболеваниями. Цель исследования – определение всей последовательности гена ORF4 местных штаммов VZV для филогенетического анализа с целью определения изменчивости вирусной последовательности.
Материалы и методы: Десять образцов ДНК VZV были подвергнуты секвенированию всего участка ORF4 после идентификации методом ПЦР.
Результаты: Нуклеотидные последовательности VZV были получены и проанализированы для 5 клинических образцов. Было обнаружено, что все клинические штаммы обладают геномом длиной 124 884 bp. Анализ последовательностей продемонстрировал наличие 2 различных мутаций, одна из которых является трансверсией, а другая ‒ переходом, причем последняя приводит к изменению аминокислотного остатка. Филогенетическое дерево было построено методом максимального правдоподобия на основе нуклеотидных последовательностей из 5 клинических образцов и 9 референсных штаммов VZV. Дерево отображало эволюционные расстояния между этими последовательностями. Анализ филогенетического дерева показал наличие 5 первичных клад, 4 из которых происходят из Индии (изоляты S1, S2, S4, S5), а S3 демонстрирует сходство со штаммом из Великобритании.
Ключевые слова
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
Zinah Fadhil Salim
Университет Ди-Кар; Министерство здравоохранения, Управление здравоохранения Ди-Кар
Автор, ответственный за переписку.
Email: Zeena.salim.ph@utq.edu.iq
ORCID iD: 0009-0007-5565-502X
студент, лектор Кафедры биологии, Научный колледж
Ирак, Ди-Кар, 64001; НасирияBushra Jabbar Hamad
Университет Ди-Кар
Email: bushra.jh.bio@sci.utq.edu.iq
ORCID iD: 0000-0002-5129-7700
доцент, лектор Кафедры биологии, Научный колледж
Россия, Ди-Кар, 64001Список литературы
- Kennedy P.G., Montague P. Variable gene expression in human ganglia latently infected with varicella-zoster virus. Viruses. 2022; 14(6): 1250. https://doi.org/10.3390/v14061250
- Rashad I. Estimation of cytokine level IL-4, IL-12, IL-17 and some immune features among patients with Herpes zoster in Thi-Qar Province/Southern Iraq. Univ. Thi-Qar J. Sci. 2023; 10(1): 87–90. https://doi.org/10.32792/utq/utjsci/v10i1.943
- Nasser H.A., Shallal M.J., Naif A., Kadhim K.A. Detection of shingles and correlation with gender, weather and residency. Biochem. Cell. Arch. 2022; 22(1): 835.
- Heinz J.L., Swagemakers S.M., von Hofsten J., Helleberg M., Thomsen M.M., De Keukeleere K., et al. Whole exome sequencing of patients with varicella-zoster virus and herpes simplex virus induced acute retinal necrosis reveals rare disease-associated genetic variants. Front. Mol. Neurosci. 2023; 16: 1253040. https://doi.org/10.3389/fnmol.2023.1253040
- Almarjan M., Al-Hmudi H.A, Habib H.N. Holegenome sequences of local varicella-zoster virus (VZV) strains of Basrah city/Iraq. Turk. J. Physiother. Rehabil. 2021; 32(3): 16094–103.
- Pormohammad A., Goudarzi H., Eslami G., Falah F., Taheri F., Ghadiri N., et al. Epidemiology of herpes simplex and varicella zoster virus in cerebrospinal fluid of patients suffering from meningitis in Iran. New Microbes New Infect. 2020; 36: 100688. https://doi.org/10.1016/j.nmni.2020.100688
- Marais G., Naidoo M., McMullen K., Stanley A., Bryer A., van der Westhuizen D., et al. Varicella-zoster virus reactivation is frequently detected in HIV-infected individuals presenting with stroke. J. Med. Virol. 2022; 94(6): 2675–83. https://doi.org/10.1002/jmv.27651
- Lu P., Cui L., Zhang X. Stroke risk after varicella-zoster virus infection: a systematic review and meta-analysis. J. Neurovirol. 2023; 29(4): 449–59. https://doi.org/10.1007/s13365-023-01144-0
- Kuriakose D., Xiao Z. Pathophysiology and treatment of stroke: present status and future perspectives. Int. J. Mol. Sci. 2020; 21(20): 7609. https://doi.org/10.3390/ijms21207609
- Kawada J.I. Neurological disorders associated with human alphaherpesviruses. Adv. Exp. Med. Biol. 2018; 1045: 85–102. https://doi.org/10.1007/978-981-10-7230-7_5
- Wang T., Shen H., Deng H., Pan H., He Q., Ni H., et al. Quantitative proteomic analysis of human plasma using tandem mass tags to identify novel biomarkers for herpes zoster. J. Proteomics. 2020; 225: 103879. https://doi.org/10.1016/j.jprot.2020.103879
- Grahn A., Studahl M. Varicella-zoster virus infections of the central nervous system – Prognosis, diagnostics and treatment. J. Infect. 2015; 71(3): 281–93. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2015.06.004
- Stránská R., Schuurman R., de Vos M., van Loon A.M. Routine use of a highly automated and internally controlled real-time PCR assay for the diagnosis of herpes simplex and varicella-zoster virus infections. J. Clin. Virol. 2004; 30(1): 39–44. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2003.08.006
- Hieran A., Albadry B.J. A Human CCL3L1 gene expression in blood donors infected with HIV-1. Univ. Thi-Qar J. Sci. 2023; 10(1): 181–4. https://doi.org/10.32792/utq/utjsci/v10i1.1060
- Hong Y.J., Lim M.S., Hwang S.M., Kim T.S., Park K.U., Song J., et al. Detection of herpes simplex and varicella-zoster virus in clinical specimens by multiplex real-time PCR and melting curve analysis. Biomed. Res. Int. 2014; 2014: 261947. https://doi.org/10.1155/2014/261947
- Peters G.A., Tyler S.D., Grose C., Severini A., Gray M.J., Upton C., et al. A full-genome phylogenetic analysis of varicella-zoster virus reveals a novel origin of replication-based genotyping scheme and evidence of recombination between major circulating clades. J. Virol. 2006; 80(19): 9850–60. https://doi.org/10.1128/jvi.00715-06
- Loparev V.N., Gonzalez A., Deleon-Carnes M., Tipples G., Fickenscher H., Torfason E.G., et al. Global identification of three major genotypes of varicella-zoster virus: longitudinal clustering and strategies for genotyping. J. Virol. 2004; 78(15): 8349–58. https://doi.org/10.1128/jvi.78.15.8349-8358.2004
- Helmuth I.G., Mølbak K., Uldall P.V., Poulsen A. Post-varicella Arterial Ischemic Stroke in Denmark 2010 to 2016. Pediatr. Neurol. 2018; 80: 42–50. https://doi.org/10.1016/j.pediatrneurol.2017.11.018
- Tung Y.C., Tu H.P., Wu M.K., Kuo K.L., Su Y.F., Lu Y.Y., et al. Higher risk of herpes zoster in stroke patients. PLoS One. 2020; 15(2): e0228409. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0228409
- Schmidt S.A.J., Langan S.M., Pedersen H.S., Schønheyder H.C., Thomas S.L., Smeeth L., et al. Mood disorders and risk of herpes zoster in 2 population-based case-control studies in Denmark and the United Kingdom. Am. J. Epidemiol. 2018; 187(5): 1019–28. https://doi.org/10.1093/aje/kwx338
- Sundström K., Weibull C.E., Söderberg-Löfdal K., Bergström T., Sparén P., Arnheim-Dahlström L. Incidence of herpes zoster and associated events including stroke – a population-based cohort study. BMC Infect. Dis. 2015; 15: 488. https://doi.org/10.1186/s12879-015-1170-y
- Jih J.S., Chen Y.J., Lin M.W., Chen Y.C., Chen T.J., Huang Y.L., et al. Epidemiological features and costs of herpes zoster in Taiwan: a national study 2000 to 2006. Acta Derm. Venereol. 2009; 89(6): 612–6. https://doi.org/10.2340/00015555-0729
- Liesz A., Dalpke A., Mracsko E., Antoine D.J., Roth S., Zhou W., et al. DAMP signaling is a key pathway inducing immune modulation after brain injury. J. Neurosci. 2015; 35(2): 583–98. https://doi.org/10.1523/jneurosci.2439-14.2015
- Liu J., Wang M., Gan L., Yang S., Chen J. Genotyping of clinical varicella-zoster virus isolates collected in China. J. Clin. Microbiol. 2009; 47(5): 1418–23. https://doi.org/10.1128/jcm.01806-08
- Sato B., Sommer M., Ito H., Arvin A.M. Requirement of varicella-zoster virus immediate-early 4 protein for viral replication. J. Virol. 2003; 77(22): 12369–72. https://doi.org/10.1128/jvi.77.22.12369-12372.2003
- Tang S., Patel A., Krause P.R. Herpes simplex virus ICP27 regulates alternative pre-mRNA polyadenylation and splicing in a sequence-dependent manner. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2016; 113(43): 12256–61. https://doi.org/10.1073/pnas.1609695113
- Rutkowski A.J., Erhard F., L’Hernault A., Bonfert T., Schilhabel M., Crump C., et al. Widespread disruption of host transcription termination in HSV-1 infection. Nat. Commun. 2015; 6: 7126. https://doi.org/10.1038/ncomms8126
- Kennedy P.G.E., Mogensen T.H., Cohrs R.J. Recent issues in varicella-zoster virus latency. Viruses. 2021; 13(10): 2018. https://doi.org/10.3390/v13102018
- Davison A.J. In: Arvin A.M., Gershon A.A., ed. Varicella-Zoster Virus. Cambridge: Cambridge University Press; 2000; 25–50. https://doi.org/10.1017/CBO9780511601194
- Al-Khafaji Z.A., Mahmood T.A., Alhuchaimi S.N. Molecular study of varicella-zoster virus infection among individuals in Najaf province/Iraq. Int. J. ChemTech Res. 2017; 10(2): 683–91.
Дополнительные файлы
