Сравнительная молекулярно-генетическая характеристика изолятов вируса бешенства (Rabies lyssavirus, Lyssavirus, Rhabdoviridae), циркулировавших на территории Российской Федерации в период с 1985 по 2016 год

Обложка
  • Авторы: Зайкова О.Н.1,2, Гребенникова Т.В.1,2, Лосич М.А.1, Елаков А.Л.1, Гулюкин А.М.3, Метлин А.Е.4
  • Учреждения:
    1. Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
    2. ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов»
    3. ФГБНУ «Федеральный научный центр – Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной ветеринарии имени К.И. Скрябина и Я.Р. Коваленко Российской академии наук»
    4. ФГБУ «Всероссийский государственный центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов»
  • Выпуск: Том 65, № 1 (2020)
  • Страницы: 41-48
  • Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
  • URL: https://journals.rcsi.science/0507-4088/article/view/118041
  • DOI: https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-1-41-48
  • ID: 118041

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Бешенство – древнейшая инфекция, вызываемая нейротропным вирусом рода Lyssavirus, семейства Rhabdoviridae, который поражает всех теплокровных позвоночных. Гомология последовательностей аминокислот нуклеопротеина среди лиссавирусов 78–93%.

Целью данного исследования было изучение генетического разнообразия и молекулярной эпидемиологии лиссавирусов, циркулировавших на территории РФ с 1985 по 2016 г.

Материал и методы. Исследовано 54 изолята вируса бешенства, выделенных от животных, 2 изолята, выделенных от людей, и 4 вакцинных штамма вируса бешенства: RV-97, ERA, Shchelkovo 51, ERAG333. Филогенетический анализ проводили с использованием данных GenBank о фрагментах геномов 73 изолятов вируса бешенства и 9 изолятов EBLV-1. Для исследования использовали программы DNASTAR V.3.12, Bio Edit 7.0.4.1 и MEGA v. 10.0.5, Primer Premier 5.

Результаты. Сравнительный молекулярно-генетический анализ фрагментов геномов 130 лиссавирусов, выделенных на территории РФ и Украины, а также вакцинных штаммов вируса бешенства показал их распределение по географическому признаку. Сравнение фрагментов нуклеопротеина изолятов вируса бешенства, циркулирующих на территории РФ и Украины, с вакцинными штаммами выявило 4 маркёрных мутации: V56I (для Евразийской группы), L/V95W (для Центральной группы), D101N/S/T, N/G106D. Филогенетический анализ изолята «Juli», выделенного в 1985 г. от человека, укушенного летучей мышью, и описанного М.А. Селимовым и С.В. Грибенча, доказал его принадлежность к европейскому лиссавирусу летучих мышей (подгруппе 1a).

Обсуждение. Изучение молекулярной эпидемиологии бешенства в пределах РФ позволяет проводить генотипирование вируса (распределение по группам, выявление маркёрных мутаций, генотипирование изолята «Juli»). Это помогает изучать скрытые механизмы рабической инфекции в популяции животных и человека, а также характеризовать вакцинные штаммы, в том числе при оральной вакцинации. Заключение. Необходимо дальнейшее изучение молекулярной эпидемиологии бешенства в пределах РФ и граничащих с ней стран.

Об авторах

О. Н. Зайкова

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов»

Автор, ответственный за переписку.
Email: zaykova_o_n@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-4708-2069

Зайкова Ольга Николаевна, науч. сотрудник лаборатории молекулярной диагностики.

123098, г. Москва
117198, г. Москва 

Россия

Т. В. Гребенникова

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России; ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов»

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-6141-9361
123098, г. Москва
117198, г. Москва Россия

М. А. Лосич

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-5618-1918
123098, г. Москва Россия

А. Л. Елаков

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-5798-6518
123098, г. Москва Россия

А. М. Гулюкин

ФГБНУ «Федеральный научный центр – Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной ветеринарии имени К.И. Скрябина и Я.Р. Коваленко Российской академии наук»

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0003-2160-4770
109428, г. Москва Россия

А. Е. Метлин

ФГБУ «Всероссийский государственный центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов»

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-4283-0171
123022, г. Москва Россия

Список литературы

  1. В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013.
  2. Васильев Д.А., Луговцев В.Ю., ред. Вирусы, вызывающие болезни общие для многих видов сельскохозяйственных животных. Курс лекций по вирусологии. Часть вторая. Ульяновск; 2004.
  3. Cai L., Tao X., Liu Y., Zhang H., Gao L., Hu S., et al. Molecular characteristics and phylogenetic analysis of N gene of human derived rabies virus. Biomed. Environ. Sci. 2011; 24(4): 431-7. http://doi.org/10.3967/0895-3988.2011.04.015.
  4. International Committee on Taxonomy of Viruses ICTV. Available at: http://www.ictvonline.org/
  5. Hayman D.T., Fooks A.R., Marston D.A., Garcia-R J.C. The global phylogeography of lyssaviruses – challenging the ‘out of Africa’ hypothesis. PLoS Negl. Trop. Dis. 2016; 10(12): e0005266. http://doi.org/10.1371/journal.pntd.0005266
  6. Грибенча С.В., Козлов А.Ю., Костина Л.В., Елаков А.Л., Лосич М.А., Цибезов В.В. и др. Получение моноклональных антител к нуклеопротеину вируса бешенства. Вопросы вирусологии. 2013; 58(5): 38-43.
  7. Чупин С.А., Чернышова Е.В., Метлин А.Е. Генетическая характеристика полевых изолятов вируса бешенства, выявленных на территории Российской Федерации в период 2008-2011 гг. Вопросы вирусологии. 2013; 58(4): 44-9.
  8. Ботвинкин А.Д. Смертельные случаи заболевания людей бешенством в Евразии после контактов с рукокрылыми. (Обзор литературы). Plecotus et al. 2011; (14): 75-86.
  9. Kuzmin I.V., Orciari L.A., Arai Y.T., Smith J.S., Hanlon C.A., Kameoka Y., et al. Bat lyssaviruses (Aravan and Khujand) from Central Asia: phylogenetic relationships according to N, P and G gene sequences. Virus Res. 2003; 97(2): 65-79. http://doi.org/10.1016/s0168-1702(03)00217-x
  10. Botvinkin A.D., Poleschuk E.M., Kuzmin I.V., Borisova T.I., Gazaryan S.V., Yager P., et al. Novel lyssaviruses isolated from bats in Russia. Emerg. Infect. Dis. 2003; 9(12): 1623-5. http://doi.org/10.3201/eid0912.030374
  11. Всемирная организация здравоохранения. Available at: http://www.who.int/ru
  12. Shulpin M.I., Nazarov N.A., Chupin S.A., Korennoy F.I., Metlin A.Y., Mischenko A.V. Rabies surveillance in the Russian Federation. Rev. Sci. Tech. 2018; 37(2): 483-95. http://doi.org/10.20506/rst.37.2.2817
  13. Hampson K., Coudeville L., limbo T., Sambo M., Kieffer A., Attlan M., et al. Estimating the global burden of endemic canine rabies. PLos Negi. Trop. Dis. 2015; 9(4): e0003709. http://doi.org/10.1371/journal.pntd.0003709
  14. Шабейкин А.А., Гулюкин А.М., Зайкова О.Н. Обзор эпизоотической ситуации по бешенству в Российской Федерации за период с 1991 по 2015 годы. Ветеринария Кубани. 2016; (4): 4-6.
  15. Fehlner-Gardiner C., Nardine-Davis S., Armstrong J., Muldoon F., Bachmann P., Wandeler A. ERA vaccine-derived cases of rabies in wildlife and domestic animals in Ontario, Canada, 1989 – 2004. J. Wildl. Dis. 2008; 44(1): 71-85. http://doi.org/10.7589/0090-3558-44.1.71
  16. Müller T., Bätza H.J., Beckert A., Bunzenthal C., Cox J.H., Freuling C.M., et al. Analysis of vaccine-virus-associated rabies cases in red foxes (Vulpes vulpes) after oral rabies vaccination campaigns in Germany and Austria. Arch. Virol. 2009; 154(7): 1081-91. http://doi.org/10.1007/s00705-009-0408-7
  17. Forró B., Marton S., Kecskeméti S., Hornyák Á., Bányai K. Vaccineassociated rabies in red fox, Hungary. Vaccine. 2019; 37(27): 3535-3538. http://doi.org/10.1016/j.vaccine.2019.05.014
  18. Елаков А.Л., Уласов В.И., Баньковский Д.О., Сафонов Г.А. Изучение биологических свойств штамма ERA G333 вируса бешенства. Ветеринария. 2011; (2): 22-4.
  19. Metlin A., Paulin L., Suomalainen S., Neuvonen E., Rybakov S., Mikhalishin V., et al. Characterization of Russian rabies virus vaccine strain RV-97. Virus Res. 2008; 132(1-2): 242-7. http://doi.org/10.1016/j.virusres.2007.11.016
  20. Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Нашатырева Д.Н., Градобоева Е.А., Пакскина Н.Д., Попова И.В. Бешенство в Российской Федерации: информационно-аналитический бюллетень. Омск: КАН; 2019.
  21. OIE Manual of diagnostic tests and vaccines for terrestrial animals (mammals, birds and bees). Available at: https://www.oie.int/standard-setting/terrestrial-manual/access-online/
  22. Heaton P.R., Johnstone P., McElhinney L.M., Cowley R., O’Sullivan E., Whitby J.E. Heminested PCR assay for detection of six genotypes of rabies and rabies-related viruses. J. Clin. Microbiol. 1997; 35(11): 2762-6.
  23. Hall T.A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl. Acids. Symp. 1999; (41): 95-8.
  24. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 2018; 35(6): 1547-9. http://doi.org/10.1093/molbev/msy096
  25. Hall B.G. Building Phylogenetic trees from molecular data with MEGA. Mol. Biol. Evol. 2013; 30(5): 1229-35. http://doi.org/10.1093/molbev/mst012
  26. Елаков А.Л., Зайкова О.Н., Кочергин-Никитский К.С., Гребенникова Т.В., Алипер Т.И. Мониторинг бешенства у диких животных в Брянской области. Ветеринария. 2015; (1): 11-4.
  27. Зайкова О.Н., Гребенникова Т.В., Елаков А.Л., Кочергин-Никитский К.С., Алипер Т.И., Чучалин С.Ф. и др. Молекулярногенетическая характеристика геномов полевых изолятов вируса бешенства, циркулирующих на территории Кировской области. Вопросы вирусологии. 2016; 61(4): 186-92. http://doi.org/10.18821/0507-4088-2016-61-4-186-192
  28. Зайкова О.Н., Гребенникова Т.В., Гулюкин А.М., Шабейкин А.А., Полякова И.В., Метлин А.Е. Молекулярно-генетическая характеристика полевых изолятов вируса бешенства, выявленных на территории Владимирской, Московской, Тверской, Нижегородской и Рязанской областей. Вопросы вирусологии. 2017; 62(3): 101-8. http://doi.org/10.18821/0507-4088-2017-62-3-101-108
  29. Гулюкин А.М. Значимость современных методов лабораторной диагностики и идентификации возбудителя бешенства для иммунологического мониторинга данного зооноза. Вопросы вирусологии. 2014; 59(3): 5-10.
  30. Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Грибенча С.В. Итоги изучения антигенного и генетического разнообразия вируса бешенства в популяциях наземных млекопитающих России. Вопросы вирусологии. 2013; 58(3): 9-16.
  31. Ботвинкин А.Д., Кузьмин И.В., Хисматуллина Н.А. Итоги изучения антигенного разнообразия вируса бешенства на территории бывшего СССР. Ветеринарная патология. 2004; (3): 117-27.
  32. Metlin A.E., Rybakov S., Gruzdev K., Neuvonen E., Huovilainen A. Genetic heterogeneity of Russian, Estonian and Finnish field rabies viruses. Arch. Virol. 2007; 152(9): 1645-54. http://doi.org/10.1007/s00705-007-1001-6
  33. Deviatkin A.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., Dedkov V.G., Tkachev S.E., Sidorov G.N., et al. The phylodinamics of the rabies virus in the Russian Federation. PLos One. 2017; 12(2): e0171855. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0171855
  34. Picard-Meyer E., Robardet E., Laurent A., Cliquet F., et al. Bat rabies in France: a 24-year retrospective epidemiological study. PLos One. 2014; 9(6): e98622. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0098622
  35. Troupin C., Picard-Meyer E., Dellicour S., Casademont I., Kergoat L., Lepelletier A., et al. Host Genetic Variation Does Not Determine Spatio-Temporal Patterns of European Bat 1 Lyssavirus. Genome Biol. Evol. 2017; 9(11): 3202-13. http://doi.org/10.1093/gbe/evx236

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Зайкова О.Н., Гребенникова Т.В., Лосич М.А., Елаков А.Л., Гулюкин А.М., Метлин А.Е., 2020

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».