Этиология эпидемической вспышки COVID-19 в г. Ухань (провинция Хубэй, Китайская Народная Республика), ассоциированной с вирусом 2019-nCoV (Nidovirales, Coronaviridae, Coronavirinae, Betacoronavirus, подрод Sarbecovirus): уроки эпидемии SARS-CoV

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Результаты сравнительного филогенетического, вирусологического, эпидемиологического, экологического и клинического изучения тяжёлого острого респираторного синдрома (ТОРС) (SARS-2002), ближневосточного респираторного синдрома (БВРС) (MERS-2012) и эпидемической вспышки острого респираторного заболевания (COVID-19) в 2019–2020 гг. в г. Ухань (Хубэй, Китайская Народная Республика, КНР) позволили сделать следующие выводы:

– этиологическим агентом COVID-19 является коронавирус (вирус 2019-CoV), филогенетически близкий к возбудителю ТОРС (вирус SARS-related human CoV) и родственным ему коронавирусам, изолированным от летучих мышей (вирусы SARS-related bat CoV). Эти вирусы относятся к подроду Sarbecovirus рода Betacoronavirus, подсемейства Orthocoronavirinae, семейства Coronaviridae (Cornidovirinea: Nidovirales). Следовательно, эпидемическая вспышка острого респираторного заболевания COVID-19 является вариантом ТОРС (КНР, 2002) и отличается от БВРС (Саудовская Аравия, 2012), вызванного другим коронавирусом, относящимся к подроду Merbecovirus того же рода;

– cогласно результатам филогенетического анализа 35 различных бетакоронавирусов (Betacoronavirus), изолированных в 2002–2019 гг. от людей и из природных источников, природным резервуаром коронавируса 2019-nCoV, также как и вируса SARS-related human CoV, являются летучие мыши рода Rhinolophus (Rhinolophidae), но, возможно, и представители других родов. Дополнительным резервуаром вируса могут служить употребляемые в пищу промежуточные виды животных (змеи, циветты, ежи, барсуки и т.д.), заражение которых происходит при поедании инфицированных летучих мышей. SARS-подобные вирусы циркулировали среди летучих мышей в межэпидемическом периоде (2003–2019 гг.);

– сезонные коронавирусы (подрод Duvinacovirus, род Alphacoronavirus) циркулируют в настоящее время (ноябрь 2019 г. – январь 2020 г.) в Европейской части, на Урале, в Сибири и на Дальнем Востоке России, наряду с вирусами гриппа А (H1N1)pdm09, A (H3N2) и В, а также другими шестью вирусами, вызывающими острые респираторные вирусные инфекции (вирус парагриппа, респираторно-синцитиальный вирус, адено-, рино-, бока-, и метапневмовирусы).

Об авторах

Д. К. Львов

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: dk_lvov@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-8176-6582

Львов Дмитрий Константинович, д-р мед. наук, проф., академик РАН, руководитель отдела экологии вирусов с научно-практическим центром по экологии и эпидемиологии гриппа.

123098, г. Москва

Россия

С. В. Альховский

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-6913-5841
123098, г. Москва Россия

Л. В. Колобухина

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-5775-3343
123098, г. Москва Россия

Е. И. Бурцева

Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Национальный центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0003-2518-6801
123098, г. Москва Россия

Список литературы

  1. de Groot R.J., Baker S.C., Baric R., Enjuanes L., Gorbalenya A.E., Holmes K.V., et al. Family Coronaviridae. In: King A.M., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J., eds. Virus Taxonomy: Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. London: Elsevier; 2012: 806-28.
  2. Львов Д.К., Щелканов М.Ю. Коронавирусы (Coronaviridae). В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013: 211-8.
  3. Perlman S., Gallagher T., Snijder E.J. Nidoviruses. Washington: ASM press; 2008.
  4. Woo P.C., Lau S.K., Huang Y., Yuen K.Y. Coronavirus diversity, phylogeny and interspecies jumping. Exp. Biol. Med. (Maywood). 2009; 234(10): 1117-27. doi: 10.3181/0903-MR-94
  5. Cowley J.A., Dimmock C.M., Spann K.M., Walker P.J. Gill-associated virus of Penaeus monodon prawns: an invertebrate virus with ORF1a and ORF1b genes related to arteri– and coronaviruses. J. Gen. Virol. 2000; 81(Pt. 6): 1473-84. doi: 10.1099/0022-1317-81-6-1473
  6. Decaro N., Buonavoglia C. An update on canine coronaviruses: viral evolution and pathobiology. Vet. Microbiol. 2008; 132(3-4): 221-34. doi: 10.1016/j.vetmic.2008.06.007
  7. Cavanagh D. Coronaviruses in poultry and other birds. Avian Pathol. 2005; 34(6): 439-48. doi: 10.1080/03079450500367682
  8. Chu D.K., Leung C.Y., Gilbert M., Joyner P.H., Ng E.M., Tse T.M., et al. Avian coronavirus in wild aquatic birds. J. Virol. 2011; 85(23): 12815-20. doi: 10.1128/JVI.05838-11
  9. Traavik T., Mehl R., Kjeldsberg E. “Runde” viurs, a coronaviruslike agent associated with seabirds and ticks. Arch. Virol. 1977; 55(1-2): 25-38. http://doi.org/10.1007/bf01314476
  10. Gagneur A., Vallet S., Talbot P.J., Legrand-Quillien M.C., Picard B., Payan C., et al. Outbreaks of human coronavirus in a pediatric and neonatal intensive care unit. Eur. J. Pediatr. 2008; 167(12): 1427-34. http://doi.org/10.1007/s00431-008-0687-0
  11. Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусная инфекция, тяжелый острый респираторный синдром. В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013: 588-92.
  12. Xu J., Hu J., Wang J., Han Y., Hu Y., Wen J., et al. Genome organization of the SARS-CoV. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2003; 1(3): 226-35. http://doi.org/10.1016/s1672-0229(03)01028-3
  13. Li W., Shi Z., Yu M., Ren W., Smith C., Epstein J.H., et al. Bats are natural reservoirs of SARS-like coronaviruses. Science. 2005; 310(5748): 676-9. http://doi.org/10.1126/science.1118391
  14. Woo P.C., Lau S.K., Lam C.S., Lau C.C., Tsang A.K., Lau J.H., et al. Discovery of seven novel Mammalian and avian coronaviruses in the genus deltacoronavirus supports bat coronaviruses as the gene source of alphacoronavirus and betacoronavirus and avian coronaviruses as the gene source of gammacoronavirus and deltacoronavirus. J. Virol. 2012; 86(7): 3995-4008. http://doi.org/10.1128/JVI.06540-11
  15. Guan Y., Zheng B.J., He Y.Q., Liu X.L., Zhuang Z.X., Cheung C.L., et al. Isolation and characterization of viruses related to the SARS coronavirus from animals in southern China. Science. 2003; 302(5643): 276-8. http://doi.org/10.1126/science.1087139
  16. Annan A., Baldwin H.J., Corman V.M., Klose S.M., Owusu M., Nkrumah E.E., et al. Human betacoronavirus 2c EMC/2012-related viruses in bats, Ghana and Europe. Emerg. Infect. Dis. 2013; 19(3): 456-9. http://doi.org/10.3201/eid1903.121503
  17. Balboni A., Battilani M., Prosperi S. The SARS-like coronaviruses: the role of bats and evolutionary relationships with SARS coronavirus. New Microbiol. 2012; 35(1): 1-16.
  18. Wang L.F., Shi Z., Zhang S., Field H., Daszak P., Eaton B.T. Review of bats and SARS. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(12): 1834-40. http://doi.org/10.3201/eid1212.060401
  19. Dominguez S.R., O’Shea T.J., Oko L.M., Holmes K.V. Detection of group 1 coronaviruses in bats in North America. Emerg. Infect. Dis. 2007; 13(9): 1295-300. http://doi.org/10.3201/eid1309.070491
  20. Gloza-Rausch F., Ipsen A., Seebens A., Gottsche M., Panning M., Drexler J.F., et al. Detection and prevalence patterns of group I coronaviruses in bats, northern Germany. Emerg. Infect. Dis. 2008; 14(4): 626-31. http://doi.org/10.3201/eid1404.071439
  21. Lau S.K., Woo P.C., Li K.S., Huang Y., Tsoi H.W., Wong B.H., et al. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005; 102(39): 14040-5. http://doi.org/10.1073/pnas.0506735102
  22. Tong S., Conrardy C., Ruone S., Kuzmin I.V., Guo X., Tao Y., et al. Detection of novel SARS-like and other coronaviruses in bats from Kenya. Emerg. Infect. Dis. 2009; 15(3): 482-5. http://doi.org/10.3201/eid1503.081013
  23. Zhou P., Li H., Wang H., Wang L.F., Shi Z. Bat severe acute respiratory syndrome-like coronavirus ORF3b homologues display different interferon antagonist activities. J. Gen. Virol. 2012; 93(Pt. 2): 275-81. http://doi.org/10.1099/vir.0.033589-0
  24. Summary table of SARS cases by country, 1 November 2002 – 7 August 2003. Available at: https://www.who.int/csr/sars/country/2003_08_15/en/
  25. Покровский В.И., Малеев В.В., Киселев О.И. Коронавирус SARS – возбудитель атипичной пневмонии. Временые методические рекомендации. М.; 2003.
  26. Чучалин А.Г. Синдром острого повреждения легких. РМЖ. 2006; 14(22): 1582.
  27. Riley S., Fraser C., Donnelly C.A., Ghani A.C., Abu-Raddad L.J., Hedley A.J., et al. Transmission dynamics of the etiological agent of SARS in Hong Kong: impact of public health interventions. Science. 2003; 300(5627): 1961-6. http://doi.org/10.1126/science.1086478
  28. Lipsitch M., Cohen T., Cooper B., Robins J.M., Ma S., James L., et al. Transmission dynamics and control of severe acute respiratory syndrome. Science. 2003; 300(5627): 1966-70. http://doi.org/10.1126/science.1086616
  29. Wang J.T., Sheng W.H., Fang C.T., Chen Y.C., Wang J.L., Yu C.J., et al. Clinical manifestations, laboratory findings, and treatment outcomes of SARS patients. Emerg. Infect. Dis. 2004; 10(5): 818-24. http://doi.org/10.3201/eid1005.030640
  30. Drosten C., Gunther S., Preiser W., van der Werf S., Brodt H.R., Becker S., et al. Identification of a novel coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome. N. Engl. J. Med. 2003; 348(20): 1967-76. http://doi.org/10.1056/NEJMoa030747
  31. Tan E.L., Ooi E.E., Lin C.Y., Tan H.C., Ling A.E., Lim B., et al. Inhibition of SARS coronavirus infection in vitro with clinically approved antiviral drugs. Emerg. Infect. Dis. 2004; 10(4): 581-6. http://doi.org/10.3201/eid1004.030458
  32. Дерябин П.Г., Зарубаев В.В. К вопросу о коронавирусной инфекции и перспективах профилактики и лечения препаратами интерферона альфа-2в человеческого рекомбинантного. Инфекционные болезни. 2014; 12(3): 32-4.
  33. de Groot R.J., Baker S.C., Baric R.S., Brown C.S., Drosten C., Enjuanes L., et al. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV): announcement of the Coronavirus Study Group. J. Virol. 2013; 87(14): 7790-2. http://doi.org/10.1128/JVI.01244-13
  34. Reusken C.B., Haagmans B.L., Muller M.A., Gutierrez C., Godeke G.J., Meyer B., et al. Middle East respiratory syndrome coronavirus neutralising serum antibodies in dromedary camels: a comparative serological study. Lancet Infect. Dis. 2013; 13(10): 859-66. http://doi.org/10.1016/S1473-3099(13)70164-6
  35. Perera R.A., Wang P., Gomaa M.R., El-Shesheny R., Kandeil A., Bagato O., et al. Seroepidemiology for MERS coronavirus using microneutralisation and pseudoparticle virus neutralisation assays reveal a high prevalence of antibody in dromedary camels in Egypt, June 2013. Euro Surveill. 2013; 18(36): pii20574. http://doi.org/10.2807/1560-7917.es2013.18.36.20574
  36. Стрелков П.П. Отряд Chiroptera, Blumenbach, 1779 – Рукокрылые. В кн.: Громов И.М., Баранова Г.И., ред. Каталог млекопитающих СССР. Плиоцен – современность. Ленинград: Наука; 1981: 31-53.
  37. Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV). Available at: https://www.who.int/internal-publications-detail/surveillance-case-definitions-for-human-infectionwithnovel-coronavirus-(ncov)
  38. Disease commodity package – Novel Coronavirus (nCoV). Available at: https://www.who.int/publications-detail/disease-commodity-package---novel-coronavirus-(ncov)
  39. WHO recommendations to reduce risk of transmission of emerging pathogens from animals to humans in live animal markets. Available at: https://www.who.int/health-topics/coronavirus/who-recommendations-to-reduce-risk-of-transmission-of-emerging-pathogens-from-animals-to-humans-in-live-animal-markets
  40. Laboratory testing for 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases. Available at: https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-novel-coronavirus-insuspected-human-cases-20200117
  41. European surveillance for human infection with novel coronavirus (2019-nCoV). Available at: https://www.ecdc.europa.eu/en/european-surveillance-human-infection-novel-coronavirus-2019-ncov
  42. European Virus Archive – GLOBAL. Available at: https://www.european-virus-archive.com/
  43. Diagnostic detection of Wuhan coronavirus 2019 by realtime RTPCR. Available at: https://www.who.int/docs/defaultsource/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf?sfvrsn=d381fc88_2
  44. Novel Coronavirus (2019-nCoV) situation reports (WHO). Available at: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
  45. WHO, Western Pacific Region. Avian Influenza Weekly Update 2019. Available at: https://iris.wpro.who.int/handle/10665.1/14328
  46. Львов Д.К. Грипп и другие новые и возвращающиеся инфекции Северной Евразии: глобальные последствия. В кн.: Федеральный справочник здравоохранения России. Том 11. М.; 2010: 209-19.
  47. Львов Д.К., Борисевич С.В., Альховский С.В., Бурцева Е.И. Актуальные подходы анализа вирусных геномов в интересах биобезопасности. Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2019; 8(2): 96-101. http://doi.org/10.24411/2305-3496-2019-12012
  48. Lvov D.K., Shchelkanov M.Y., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic Viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. London: Academic Press, Elsevier; 2015.
  49. WHO. Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Sitation report - 40 (29 February 2020).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Львов Д.К., Альховский С.В., Колобухина Л.В., Бурцева Е.И., 2020

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».