Characterization and Phylogenetic Significance of the Complete Mitochondrial Genome of Clupeonella cultriventris (Actinopterygii: Clupeiformes), a Nonindigenous Fish Species of the Rybinsk Reservoir (Volga River)

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The Black and Caspian Sea Sprat, or Tyulka (Kilka or Sardelka) Clupeonella cultriventris (Nordmann, 1840) (Actinopterygii: Clupeiformes) is a small pelagic species, the most abundant nonindigenous fish species of the Volga-Kama basin playing an important role as one of the key elements of food webs in freshwater ecosystems. In this paper, we characterize the complete mitochondrial genome of Tulka from an unambiguously adventive population of the Upper Volga (58.38861 N, 38.32694 E). Voucher identification was performed both by morphological characters and a DNA sequence blast against the GenBank international database. For sequencing of the complete mitochondrial genome, a classical Sanger sequencing was applied with the PCR product from a set of 48 primer pairs giving a complete overlapping and unambiguous reading of each nucleotide in at least two replications. Annotated full mitogenome of C. cultriventris with length of 16650 bp has a gene arrangement characteristic of (and conservative) Clupeiformes contains 22 transport RNAs, 13 protein-coding genes, two ribosomal RNAs, and a single noncoding region. This mitochondrial genome demonstrates a 98.7% similarity to the previously studied one from the Black Sea. Based on these data, there are no sufficient reasons to separate the freshwater Sprat of the Volga-Kama region into a separate taxon.

Full Text

Restricted Access

About the authors

D. P. Karabanov

Papanin Institute for Biology of Inland Waters, Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: dk@ibiw.ru
Russian Federation, Borok, Nekouzsky raion, Yaroslavl oblast

Y. V. Kodukhova

Papanin Institute for Biology of Inland Waters, Russian Academy of Sciences

Email: dk@ibiw.ru
Russian Federation, Borok, Nekouzsky raion, Yaroslavl oblast

A. A. Kotov

A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution of Russian Academy of Sciences

Email: dk@ibiw.ru
Russian Federation, Moscow

References

  1. Curole J.P., Kocher T.D. 1999. Mitogenomics: digging deeper with complete mitochondrial genomes // Trends in ecology and evolution. V. 14. № 10. P. 394. https://doi.org/10.1016/S0169-5347(99)01660-2
  2. FAO yearbook. 2023. Fishery and Aquaculture Statistics 2020. Food and Agriculture Organization of the United Nations, Rome, Italy. https://doi.org/10.4060/cc7493en
  3. Froese R., Pauly D., 2023. FishBase. World Wide Web electronic publication: www.fishbase.org, version 10/2023. www.fishbase.org (accessed 10 January 2024).
  4. Grant J.R., Enns E., Marinier E. et al. 2023. Proksee: in-depth characterization and visualization of bacterial genomes // Nucleic Acids Res. V. 51. № W1. P. W484. https://doi.org/10.1093/nar/gkad326
  5. Hebert P.D.N., Stoeckle M.Y., Zemlak T.S., Francis C.M. 2004. Identification of birds through DNA barcodes // PLoS Biol. V. 2. № 10. P. e312. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020312
  6. Karabanov D.P., Bekker E.I., Pavlov D.D. et al. 2022. New sets of primers for DNA identification of non-indigenous fish species in the Volga-Kama basin (European Russia) // Water. V. 14. № 3. P. e437. https://doi.org/10.3390/w14030437
  7. Karabanov D.P., Kodukhova Y.V. 2018. Biochemical polymorphism and intraspecific structure in populations of Kilka Clupeonella cultriventris (Nordmann, 1840) from natural and invasive parts of its range // Inland Water Biol. V. 11. № 4. P. 496. https://doi.org/10.1134/S1995082918040107
  8. Karabanov D.P., Pavlov D.D., Dgebuadze Y.Y. et al. 2023. A dataset of non-indigenous and native fish of the Volga and Kama Rivers (European Russia) // Data. V. 8. № 10. P. 154. https://doi.org/10.3390/data8100154
  9. Kasyanov A.N. 2009. Study of some meristic features in the Black Sea Caspian kilka (Clupeonella cultriventris, Clupeidae) introduced in Volga River reservoirs // J. Ichthyol. V. 49. № 8. P. 642. https://doi.org/10.1134/S0032945209080086
  10. Kiyashko V.I., Karabanov D.P., Yakovlev V.N., Slyn’ko Y.V. 2012. Formation and development of the Black Sea-Caspian kilka Clupeonella cultriventris (Clupeidae) in the Rybinsk reservoir // J. Ichthyol. V. 52. № 8. P. 537. https://doi.org/10.1134/S0032945212040042
  11. Kottelat M., Freyhof J. 2007. Handbook of European freshwater fishes. Cornol: Publications Kottelat.
  12. Lavoue S., Miya M., Musikasinthorn P. et al. 2013. Mitogenomic evidence for an Indo-West Pacific origin of the Clupeoidei (Teleostei: Clupeiformes) // PLoS ONE. V. 8. № 2. P. e56485. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0056485
  13. Lavoue S., Miya M., Saitoh K. et al. 2007. Phylogenetic relationships among anchovies, sardines, herrings and their relatives (Clupeiformes), inferred from whole mitogenome sequences // Molecular phylogenetics and evolution. V. 43. № 3. P. 1096. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2006.09.018
  14. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. 2012. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. V. 28. № 8. P. 1166. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091
  15. Phillips J.D., Gillis D.J., Hanner R.H. 2022. Lack of statistical rigor in DNA barcoding likely invalidates the presence of a true species’ barcode gap // Frontiers in ecology and evolution. V. 10. P. 859099. https://doi.org/10.3389/fevo.2022.859099
  16. Reshetnikov Y.S., Bogutskaya N.G., Vasil’eva E.D. et al. 1997. An annotated check-list of the freshwater fishes of Russia // J. Ichthyol. V. 37. № 9. P. 687.
  17. Rheindt F.E., Bouchard P., Pyle R.L. et al. 2023. Tightening the requirements for species diagnoses would help integrate DNA-based descriptions in taxonomic practice // PLoS Biol. V. 21. № 8. P. e3002251. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3002251
  18. Sato K., Akiyama M., Sakakibara Y. 2021. RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration // Nature Commun. V. 12. № 1. P. 941. https://doi.org/10.1038/s41467-021-21194-4
  19. Satoh T.P., Miya M., Mabuchi K., Nishida M. 2016. Structure and variation of the mitochondrial genome of fishes // BMC Genomics. V. 17. № 1. P. 719. https://doi.org/10.1186/s12864-016-3054-y
  20. Svetovidov A.N. 1963. Clupeidae: Fauna of U.S.S.R. – Fishes. V. II. Number 1. Jerusalem, Israel: Israel Program for Scientific Translations.
  21. Tamura K., Stecher G., Kumar S. 2021. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11 // Mol. Biol. and Evol. V. 38. № 7. P. 3022. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120
  22. Wang Q., Purrafee Dizaj L., Huang J. et al. 2022. Molecular phylogenetics of the Clupeiformes based on exon-capture data and a new classification of the order // Molecular Phyl. and Evol. V. 175. P. 107590. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2022.107590
  23. Whitehead P.J.P. 1985. FAO species catalogue. Volume 7 – Clupeoid fishes of the World (suborder Clupeoidei). Part 1 – Chirocentridae, Clupeidae and Pristigasteridae. Rome, Italy: Food and Agriculture Organization of the United Nations.
  24. Yang C.-H., Chang H.-W., Ho C.-H. et al. 2011. Conserved PCR primer set designing for closely-related species to complete mitochondrial genome sequencing using a sliding window-based PSO algorithm // PLoS ONE. V. 6. № 3. P. e17729. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017729
  25. Zhu T., Sato Y., Sado T. et al. 2023. MitoFish, MitoAnnotator, and MiFish Pipeline: updates in 10 years // Mol. Biol. and Evol. V. 40. № 3. Р. 035. https://doi.org/10.1093/molbev/msad035

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. Circular map of the mitochondrial genome of Clupeonella cultriventris (Volga River, Rybinsk Reservoir). The outer circle indicates the location and distribution of genes in the mitogenome. Genes encoded by the H (+) strand and L (–) strand of DNA are shown in the outer and inner rings, respectively. Legend: 1 – protein-coding genes; 2 – transfer RNA; 3 – ribosomal RNA; 4 – control region; 5 – content of G and C nucleotides in the DNA molecule (GC-content; range of values ​​0.341–0.543); 6 – uneven distribution of G + C nucleotides in the DNA molecule (GC-skew; range of values ​​(–0.34 –0.02).

Download (378KB)
Indexing metadata
3. Additional materials 1
Download (475KB)
Indexing metadata
4. Additional materials 2
Download (12KB)
Indexing metadata
5. Additional materials 3
Download (194KB)
Indexing metadata
6. Additional materials 4
Download (323KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2025 The Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».