Molecular epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Russia in 1987—2015


Cite item

Full Text

Abstract

Aim. To simultaneously analyze HIV-1 samples from all Russian regions to characterize the epidemiology of HIV infection in the country as a whole. Subjects and methods. The most extensive study was conducted to examine nucleotide sequences of the pol gene of HIV-1 samples isolated from HIV-positive persons in different regions of Russia, with the diagnosis date being fixed during 1987—2015. The nucleotide sequences of the HIV-1 genome were analyzed using computer programs and on-line applications to identify a virus subtype and new recombinant forms. Results. The nucleotide sequences of the pol gene were analyzed in 1697 HIV-1 samples and the findings were that the genetic variant subtype A1 (IDU-A) was dominant throughout the entire territory of Russia (in more than 80% of all infection cases). Other virus variants circulating in Russia were analyzed; the phenomenon of the higher distribution of the recombinant form CRF63/02A in Siberia, which had been previously described in the literature, was also confirmed. Four new recombinant forms generated by the virus subtype A1 (IDU-A) and B and two AG recombinant forms were found. There was a larger genetic distance between the viruses of IDU-A variant circulating among the injecting drug users and those infected through heterosexual contact, as well as a change in the viruses of subtype G that caused the outbreak in the south of the country over time in 1988—1989. Conclusion. The findings demonstrate continuous HIV-1 genetic variability and recombination over time in Russia, as well as increased genetic diversity with higher HIV infection rates in the population.

About the authors

I A Lapovok

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

A E Lopatukhin

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

D E Kireev

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

E V Kazennova

ФГБУ «ФНИЦЭМ им Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Москва, Россия

A V Lebedev

ФГБУ «ФНИЦЭМ им Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Москва, Россия

M R Bobkova

ФГБУ «ФНИЦЭМ им Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Москва, Россия

A N Kolomeets

ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора

Омск, Россия

G I Turbina

ГУЗ «Липецкий областной центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями»

Липецк, Россия

G A Shipulin

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

N N Ladnaya

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

V V Pokrovsky

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

References

  1. Kazennova E, Laga V, Lapovok I, Glushchenko N, Neshumaev D, Vasilyev A, Bobkova M. HIV-1 genetic variants in the Russian Far East. AIDS Res Hum Retroviruses. 2014;30(8):742-752. https://doi.org/10.1089/AID.2013.0194
  2. Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Гришечкин А.Е., Лага В.Ю., Саламов Г.Г., Туманов А.С., Парыгина О.А., Рузаева Л.А., Грезина Л.А., Серкина Т.П., Кауфман О.А., Ооржак Н.Д., Лукашов В.В., Бобкова М.Р. Генетические варианты ВИЧ-1 в Азиатской части России (2005-2010). Вопросы вирусологии. 2013;58(4):28-35. PMID: 24354062
  3. Baryshev P, Bogachev V, Gashnikova N. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia. Arch Virol. 2012;157(12):2335-2341. https://doi.org/10.1007/s00705-012-1442-4
  4. Baryshev P, Bogachev V, Gashnikova N. HIV-1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia. AIDS Res Hum Retroviruses. 2014;30(6):592-597. https://doi.org/10.1089/AID.2013.0196
  5. Kolomeets A, Varghese V, Lemey P, Bobkova M, Shafer R. A uniquely prevalent nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor resistance mutation in Russian subtype A HIV-1 viruses. AIDS. 2014;28(17):F1-F8. https://doi.org/10.1097/QAD.0000000000000485
  6. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2013;15(4):204-212. PMID: 24192601
  7. Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Исмаилова А., Бейшеева Н., Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии Вопросы вирусологии. 2012;57(5):26-32. PMID: 23248856
  8. Lapovok I, Kazennova E, Laga V, Vasilyev A, Utegenova A, Abishev A, Dzissyuk N, Tukeev M, Bobkova M. Short communication: molecular epidemiology of HIV type 1 infection in Kazakhstan: CRF02_AG prevalence is increasing in the southeastern provinces. AIDS Res Hum Retroviruses. 2014;30(8):769-774. https://doi.org/10.1089/AID.2013.0291
  9. Гашникова Н.М., Сафронов П.Ф, Никонорова Ю.В., Унагаева Н.В., Лаптева Т.А., Богачев В.В., Барышев П.Б., Тотменин А.В., Букин Е.К., Бочаров Е.Ф., Черноусова Н.Я., Ставский Е.А. Свойства изолятов CRF02_AG ВИЧ-1, циркулирующих на территории Новосибирской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011;(3):38-43. PMID: 21809643.
  10. Eremin V, Gasich E, Sasinovich S. A New Unique Recombinant HIV Type 1 Isolated from a Child Born to an HIV-Infected Mother. AIDS Res Hum Retroviruses. 2011;27(12):1323-1326. https://doi.org/10.1089/AID.2011.0112
  11. Bobkov A1, Cheingsong-Popov R, Selimova L, Kazennova E, Karasyova N, Kravchenko A, Ladnaya N, Pokrovsky V, Weber J. Genetic heterogeneity of HIV type 1 in Russia: identification of H variants and relationship with epidemiological data. AIDS Res Hum Retroviruses. 1996;12(18):1687-1690. https://doi.org/10.1089/aid.1996.12.1687
  12. Бобков А.Ф., Казенова Е.В., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Бобкова М.Р., Ладная Н.Н., Кpавченко А.В., Покpовский В.В., Вебеp Д. Нуклеотидные последовательности генов gag и env изолятов вируса иммунодефицита человека типа 1, выявленных в России: обнаружение новых рекомбинантных вариантов. Вопросы вирусологии. 2000;45(6):17-20. PMID: 11200639
  13. Суханова А.Л., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р. Кравченко А.В., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Бобков А.Ф., Покровский В.В Варианты вируса иммунодефицита человека типа 1, обнаруживаемые в России среди инфицированных половым путем. Вопросы вирусологии. 2004;49(1):4-7. PMID: 15017845
  14. Покровский В.В., Ерамова И.Ю. Деулина М.О., Липетиков В.В., Яшкулов К.Б., Слюсарева Л.А., Чемизова Н.М., Савченко С.П. Внутрибольничная вспышка ВИЧ-инфекции в Элисте. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1990;(4):17-23. PMID: 2143611
  15. Popova I, Burova N, Fomin I, Rakhmanova A, Voronin E, Galkina M. The clinical course of HIV infection in children who were parenterally infected. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1999;(1):75-78. PMID: 10096214
  16. Frost SD1, Pillay D. Understanding drivers of phylogenetic clustering in molecular epidemiological studies of HIV. J Infect Dis. 2015;211(6):856-858. https://doi.org/10.1093/infdis/jiu563

Copyright (c) 2017 Consilium Medicum

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
 
 


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies