Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987—2015 гг.


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Резюме Цель исследования. Одновременный анализ образцов ВИЧ-1 из всех российских регионов для характеристики эпидемиологии ВИЧ-инфекции в стране в целом. Материалы и методы. Выполнено наиболее обширное исследование нуклеотидных последовательностей гена pol образцов ВИЧ-1, выделенных от позитивных по ВИЧ лиц из разных регионов России с датой установления диагноза 1987—2015 гг. Нуклеотидные последовательности генома ВИЧ-1 анализировали с помощью компьютерных программ и открытых он-лайн-приложений для определения подтипа вируса и выявления новых рекомбинантных форм. Результаты. Проведен анализ нуклеотидных последовательностей гена pol 1697 образцов ВИЧ-1 и получены данные о доминировании в России генетического варианта IDU-A подтипа А1 на всей территории России (более 80% всех случаев инфекции). Проведен анализ других вариантов вируса, циркулирующих в России, в том числе подтверждено ранее описанное в литературе явление увеличения степени распространения рекомбинанта CRF63_02A1 в Сибири. Выявлены 4 новые рекомбинантные формы, сформированные вирусами подтипа A1 (IDU-A) и B, а также две AG-рекомбинантные формы. Обнаружено увеличение генетической дистанции между вирусами варианта IDU-A, циркулирующими в среде потребителей инъекционных наркотиков и в среде лиц, инфицированных в результате гетеросексуальных контактов, а также изменение вируса подтипа G, вызвавшего вспышку на юге страны в 1988—1989 гг., с течением времени. Заключение. Полученные данные демонстрируют непрерывность процесса генетической изменчивости и рекомбинации ВИЧ-1 в России с течением времени, а также увеличение генетического разнообразия с увеличением степени пораженности населения ВИЧ-инфекцией.

Об авторах

И А Лаповок

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

А Э Лопатухин

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

Д Е Киреев

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

Е В Казеннова

ФГБУ «ФНИЦЭМ им Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Москва, Россия

А В Лебедев

ФГБУ «ФНИЦЭМ им Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Москва, Россия

М Р Бобкова

ФГБУ «ФНИЦЭМ им Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Москва, Россия

А Н Коломеец

ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора

Омск, Россия

Г И Турбина

ГУЗ «Липецкий областной центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями»

Липецк, Россия

Г А Шипулин

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

Н Н Ладная

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

В В Покровский

ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора

Москва, Россия

Список литературы

  1. Kazennova E, Laga V, Lapovok I, Glushchenko N, Neshumaev D, Vasilyev A, Bobkova M. HIV-1 genetic variants in the Russian Far East. AIDS Res Hum Retroviruses. 2014;30(8):742-752. https://doi.org/10.1089/AID.2013.0194
  2. Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Гришечкин А.Е., Лага В.Ю., Саламов Г.Г., Туманов А.С., Парыгина О.А., Рузаева Л.А., Грезина Л.А., Серкина Т.П., Кауфман О.А., Ооржак Н.Д., Лукашов В.В., Бобкова М.Р. Генетические варианты ВИЧ-1 в Азиатской части России (2005-2010). Вопросы вирусологии. 2013;58(4):28-35. PMID: 24354062
  3. Baryshev P, Bogachev V, Gashnikova N. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia. Arch Virol. 2012;157(12):2335-2341. https://doi.org/10.1007/s00705-012-1442-4
  4. Baryshev P, Bogachev V, Gashnikova N. HIV-1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia. AIDS Res Hum Retroviruses. 2014;30(6):592-597. https://doi.org/10.1089/AID.2013.0196
  5. Kolomeets A, Varghese V, Lemey P, Bobkova M, Shafer R. A uniquely prevalent nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor resistance mutation in Russian subtype A HIV-1 viruses. AIDS. 2014;28(17):F1-F8. https://doi.org/10.1097/QAD.0000000000000485
  6. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2013;15(4):204-212. PMID: 24192601
  7. Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Исмаилова А., Бейшеева Н., Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии Вопросы вирусологии. 2012;57(5):26-32. PMID: 23248856
  8. Lapovok I, Kazennova E, Laga V, Vasilyev A, Utegenova A, Abishev A, Dzissyuk N, Tukeev M, Bobkova M. Short communication: molecular epidemiology of HIV type 1 infection in Kazakhstan: CRF02_AG prevalence is increasing in the southeastern provinces. AIDS Res Hum Retroviruses. 2014;30(8):769-774. https://doi.org/10.1089/AID.2013.0291
  9. Гашникова Н.М., Сафронов П.Ф, Никонорова Ю.В., Унагаева Н.В., Лаптева Т.А., Богачев В.В., Барышев П.Б., Тотменин А.В., Букин Е.К., Бочаров Е.Ф., Черноусова Н.Я., Ставский Е.А. Свойства изолятов CRF02_AG ВИЧ-1, циркулирующих на территории Новосибирской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011;(3):38-43. PMID: 21809643.
  10. Eremin V, Gasich E, Sasinovich S. A New Unique Recombinant HIV Type 1 Isolated from a Child Born to an HIV-Infected Mother. AIDS Res Hum Retroviruses. 2011;27(12):1323-1326. https://doi.org/10.1089/AID.2011.0112
  11. Bobkov A1, Cheingsong-Popov R, Selimova L, Kazennova E, Karasyova N, Kravchenko A, Ladnaya N, Pokrovsky V, Weber J. Genetic heterogeneity of HIV type 1 in Russia: identification of H variants and relationship with epidemiological data. AIDS Res Hum Retroviruses. 1996;12(18):1687-1690. https://doi.org/10.1089/aid.1996.12.1687
  12. Бобков А.Ф., Казенова Е.В., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Бобкова М.Р., Ладная Н.Н., Кpавченко А.В., Покpовский В.В., Вебеp Д. Нуклеотидные последовательности генов gag и env изолятов вируса иммунодефицита человека типа 1, выявленных в России: обнаружение новых рекомбинантных вариантов. Вопросы вирусологии. 2000;45(6):17-20. PMID: 11200639
  13. Суханова А.Л., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р. Кравченко А.В., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Бобков А.Ф., Покровский В.В Варианты вируса иммунодефицита человека типа 1, обнаруживаемые в России среди инфицированных половым путем. Вопросы вирусологии. 2004;49(1):4-7. PMID: 15017845
  14. Покровский В.В., Ерамова И.Ю. Деулина М.О., Липетиков В.В., Яшкулов К.Б., Слюсарева Л.А., Чемизова Н.М., Савченко С.П. Внутрибольничная вспышка ВИЧ-инфекции в Элисте. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1990;(4):17-23. PMID: 2143611
  15. Popova I, Burova N, Fomin I, Rakhmanova A, Voronin E, Galkina M. The clinical course of HIV infection in children who were parenterally infected. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1999;(1):75-78. PMID: 10096214
  16. Frost SD1, Pillay D. Understanding drivers of phylogenetic clustering in molecular epidemiological studies of HIV. J Infect Dis. 2015;211(6):856-858. https://doi.org/10.1093/infdis/jiu563

© ООО "Консилиум Медикум", 2017

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
 
 


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах