A GENETIC ANALYSIS OF A H1N1 PANDEMIC INFLUENZA VIRUS IN THE COURSE OF THE EPIDEMIC


Cite item

Full Text

Abstract

Aim. To assess genetic variability of A H1N1 pan influenza virus (IV) in the course of the epidemic and to detect a set of human nucleotide polymorphisms responsible for a severe course of the disease. Material and methods. Extraction and purification ofviral genomic RNA from the nasopharyngeal smears and genomic human DNA from the leukocytic fraction of venous blood was made in 230 patients from Moscow, Moscow and Sverdlovsk Regions with severe acute respiratory virus infection (ARVI). A flu virus type was established in amplification reaction with on-line detection of the products with application of primers recommended by WHO. Genetic polymorphisms of A H1N1 pan IV and human genes were determined with minisequencing reaction followed by detection of the products of MALDI-time-of-flight mass-spectrometry. Nucleotide sequences of the complete genome were revealed for 15 isolates of A H1N1 pan IV. Results. A H1N1 IV was identified in 77 cases (46 were pandemic, 31 seasonal). Mutations causing genetically determined resistance to adamants (amantadin, rimantadin) were detected in all 46 samples of genomic RNA of A H1N1 pan IV. Mutation leading to oseltamivir (tamiflu) resistance was found in one sample. It is shown that a severe course of A H1N1 pan IV infection is associated with genotypes predisposing to development of thromboses, bronchopulmonary diseases and hypertention. Genetic tests for prognosis of a complicated course of the flu are proposed. The revealed full-genome sequences of the segments of genomic RNA of 15 A H1N1 pan influenza viruses are deposited in GenBank. Conclusion. We are the first in Russia to detect a mutant variant of A H1N1 pan IV resistant to oseltamivir. We describe a set of nucleotide polymorphisms which determine a complicated course of the flu in patients with identified A H1N1 pan IV.

About the authors

E S Kostryukova

Research Institute of Physicochemical Medicine

Email: el-es@yandex.ru
канд. биол. наук, ст. науч. сотр. лаб. постгеномных исследований в биологии

N B Zakharzhevskaya

Research Institute of Physicochemical Medicine

P A Kostin

Research Institute of Physicochemical Medicine

E N Ilyina

Research Institute of Physicochemical Medicine

A K Larin

Research Institute of Physicochemical Medicine

O G Gribanov

Research Institute of Physicochemical Medicine

O V Selezneva

Research Institute of Physicochemical Medicine

E A Prikhodko

Research Institute of Physicochemical Medicine

T A Akopian

Research Institute of Physicochemical Medicine

E V Generozov

Research Institute of Physicochemical Medicine

V N Lazarev

Research Institute of Physicochemical Medicine; Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences

S A Levitsky

Research Institute of Physicochemical Medicine; Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences

I G Kondratov

Research Institute of Physicochemical Medicine

D G Alekseev

Research Institute of Physicochemical Medicine

N A Bazaleev

Research Institute of Physicochemical Medicine

E A Klimova

Moscow State Medical Stomatological University

M R Esaulova

Moscow State Medical Stomatological University

N D Yuschuk

Moscow State Medical Stomatological University

V M Govorun

Research Institute of Physicochemical Medicine; Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences; Russian Research Center "Kurchatov Institute"

V I Sergienko

Research Institute of Physicochemical Medicine

References

  1. "Transcript of virtual press conference with Dr Keiji Fukuda, Assistant Director-General ad Interim for Health Security and Environment, World Health Organization". World Health Organization. 2009-07-07. http://www.who.int/mediacentre/Pandemic_h1n1_presstranscript_2009_07_07.pdf
  2. "Interim Novel Influenza A (H1N1) Guidance for Cruise Ships". Centers for Disease Control and Prevention. 2009-08-05. http://www.cdc.gov/h1n1flu/guidance/cruiseships.htm
  3. Chan, Dr. Margaret "World now at the start of 2009 influenza pandemic". World Health Organization. 2009-06-11. http://www.who.int/mediacentre/news/statements/2009/h1n1_pandemic_ phase6_20090611
  4. "CDC Briefing on Investigation of Human Cases of H1N1 Flu". Centers for Disease Control and Prevention. 2009-07-24. http://www.webcitation.org/5jeG7e0IC
  5. "Interim Guidance for 2009 H1N1 Flu (Swine Flu): Taking Care of a Sick Person in Your Home". Centers for Disease Control and Prevention. 2009-08-05. http://www.cdc.gov/h1n1flu/guidance_homecare.htm
  6. Mauad T., Hajjar L. A., Callegari G. D. et al. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2010; 181 (1): 72—79.
  7. Clinical features of severe cases of pandemic influenza. World Health Organization. 2009-10-16 http://www.who.int/csr/disease/swineflu/notes/h1n1_clinical_features_20091016/en/
  8. CDC protocol of realtime RTPCR for influenza A (H1N1). World Health Organization. http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/CDCRealtimeRTPCR_SwineH1Assay-2009_20090430.pdf
  9. Ilina E. N., Malakhova M. V., Generozov E. V. et al. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (mass spectrometry) for hepatitis C virus genotyping. J. Clin. Microbiol. 2005; 43 (6): 2810-2815.
  10. Sequencing primers and protocol. World Health Organization. http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/Genome-Primers_20090512.pdf
  11. Le Q. M., Wertheim H. F., Tran N. D. et al. A community cluster of oseltamivir-resistant cases of 2009 H1N1 influenza. N. Engl. J. Med. 2010; 362 (1): 86—87.
  12. Gulland A. First cases of spread of oseltamivir resistant swine flu between patients are reported in Wales. Br. Med. J. 2009; 339: b4975.
  13. Eshaghi A., Bolotin S., Burton L. et al. Genetic microhetero-geneity of emerging H275Y influenza virus A (H1N1) in Toronto, Ontario, Canada from the 2007-2008 respiratory seasons. J. of Clin. Virol. 2009; 45: 142—145.
  14. Holsinger L.J., Nichani D., Pinto L.H. et al. Influenza A virus M2 ion channel protein: a structure-function analysis. J. Virol. 1994; 68 (3): 1551—1563.
  15. Pinto L. H., Holsinger L. J., Lamb R. A. Influenza virus M2 protein has ion channel activity. Cell 1992; 69 (3): 517—528.
  16. Pinto L. H., Lamb R. A. Controlling influenza virus replication by inhibiting its proton channel. Mol. Biosyst. 2007; 3 (1): 18—23.
  17. Wang W. Y. S., Glenn C. L., Zhang W. et al. Exclusion of angiotensinogen gene in molecular basis of human hypertension: sibpair linkage and association analyses in Australian Anglo-Caucasians. Am. J. Med. Genet. 1999; 87: 53—60.
  18. Kobashi G., Yamada H., Ohta K. et al. Endothelial nitric oxide synthase gene (nOS3) variant and hypertension in pregnancy. Am. J. Med. Genet. 2001; 103: 241—244.
  19. Contopoulos-Ioannidis D. G., Manoli E. N., Ioannidis J.P.A. Metaanalysis of the association of beta-2-adrenergic receptor polymorphisms with asthma phenotypes. J. Allergy Clin. Immun. 2005; 115: 963—972.
  20. Lahti M., Marttila R., Hallman M. Surfactant protein C gene variation in the Finnish population-association with perinatal respiratory disease. Europ. J. Hum. Genet. 2004; 12: 312—320.
  21. Nogee L. M., Dunbar A. E., Wert S. et al. Mutations in the surfactant protein C gene associated with interstitial lung disease. N. Engl. J. Med. 2001; 344: 573—579.
  22. Joos L., He J.-Q., Shepherdson M. B. et al. The role of matrix metalloproteinase polymorphisms in the rate of decline in lung function. Hum. Mol. Genet. 2002; 11: 569—576.
  23. Franco R. F., Trip M. D., ten Cate H. et al. The 20210G-A mutation in the 3-prime-untranslated region of the prothrombin gene and the risk for arterial thrombotic disease. Br. J. Haemat. 1999; 104: 50—54.
  24. Tybjaerg-Hansen A., Agerholm-Larsen B., Humphries S. E. et al. A common mutation (G (-455)-to-A) in the beta-fibrinogen promoter is an independent predictor of plasma fibrinogen, but not of ischemic heart disease: a study of 9,127 individuals based on the Copenhagen City Heart Study. J. Clin. Invest. 1997; 99: 3034—3039.
  25. Gómez-Gómez A., Magaña-Aquino M., Garcia-Sepúlveda C. A. Severe pneumonia associated with Pandemic (H1N1) 2009 Outbreak, San Luis Potosi, Mexico. Emerg. Infect. Dis. 2010; 16: 27—34.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2012 Consilium Medicum

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
 
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».