Генетический анализ вируса гриппа AH1N1 "пандемический" в условиях эпидемии


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель исследования. Оценка генетической изменчивости вируса гриппа A НIN1 "пандемический" (ВГА НIN1 "пан") в условиях эпидемии и обнаружение набора нуклеотидных полиморфизмов человека, предопределяющих тяжелую форму течения заболевания. Материалы и методы. Для 230 пациентов Москвы, Московской и Свердловской областей с тяжелыми формами острой респираторной вирусной инфекции (ОРВИ) проведена экстракция и очистка геномной РНК вируса из назофарингеальных мазков и геномной ДНК человека из лейкоцитарной фракции венозной крови. Тип вируса гриппа установлен в реакции амплификации с детекцией продуктов в режиме реального времени с использованием праймеров, рекомендованных ВОЗ. Генетические полиморфизмы ВГА НIN1 "пан" и генов человека определены с использованием реакции минисеквенирования с последующей детекцией продуктов МАЛДИ-времяпролетной масс-спектрометрией. Для 15 изолятов ВГА НIN1 "пан" определены нуклеотидные последовательности всего генома. Результаты. Вирус гриппа A НIN1 идентифицирован в 77 случаях, из них 46 отнесены к типу "пандемический", 31 — к типу "сезонный". Мутации, обусловливающие генетически детерминированную устойчивость к адамантам (амантадин, римантадин), обнаружены во всех 46 образцах геномной РНК ВГА НIN1 "пан". В одном образце также обнаружена мутация, приводящая к устойчивости к осельтамивиру (тамифлю). Показано, что в случае тяжелого течения заболевания у пациентов с идентифицированным ВГА НIN1 "пан" определяются генотипы, предрасполагающие к развитию тромбозов, бронхолегочных заболеваний и гипертензивных состояний. Предложен набор генетических тестов для прогнозирования осложнений течения заболевания. Прочитанные в ходе исследования полногеномные последовательности сегментов геномной РНК 15 вирусов ВГА НIN1 "пан" депонированы в GenBank. Заключение. Впервые на территории России выявлен мутантный вариант ВГА НIN1 "пан", устойчивый к осельтамивиру. Описан набор нуклеотидных полиморфизмов, предопределяющих осложненное течение заболевания у пациентов с идентифицированным ВГА НIN1 "пан".

Об авторах

Елена Сергеевна Кострюкова

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Email: el-es@yandex.ru
канд. биол. наук, ст. науч. сотр. лаб. постгеномных исследований в биологии

Н Б Захаржевская

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

П А Костин

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Е Н Ильина

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

А К Ларин

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

О Г Грибанов

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

О В Селезнева

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Е А Приходько

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Т А Акопиан

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Э В Генерозов

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

В Н Лазарев

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА; Институт биоорганической химии РАН

С А Левицкий

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА; Институт биоорганической химии РАН

И Г Кондратов

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Д Г Алексеев

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Н А Базалеев

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Е А Климова

ГОУ ВПО МГМСУ Росздрава

М Р Есаулова

ГОУ ВПО МГМСУ Росздрава

Н Д Ющук

ГОУ ВПО МГМСУ Росздрава

В М Говорун

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА; Институт биоорганической химии РАН; ФГУ Российский научный центр "Курчатовский институт"

В И Сергеенко

ФГУ Научно-исследовательский институт физико-химической медицины ФМБА

Список литературы

  1. "Transcript of virtual press conference with Dr Keiji Fukuda, Assistant Director-General ad Interim for Health Security and Environment, World Health Organization". World Health Organization. 2009-07-07. http://www.who.int/mediacentre/Pandemic_h1n1_presstranscript_2009_07_07.pdf
  2. "Interim Novel Influenza A (H1N1) Guidance for Cruise Ships". Centers for Disease Control and Prevention. 2009-08-05. http://www.cdc.gov/h1n1flu/guidance/cruiseships.htm
  3. Chan, Dr. Margaret "World now at the start of 2009 influenza pandemic". World Health Organization. 2009-06-11. http://www.who.int/mediacentre/news/statements/2009/h1n1_pandemic_ phase6_20090611
  4. "CDC Briefing on Investigation of Human Cases of H1N1 Flu". Centers for Disease Control and Prevention. 2009-07-24. http://www.webcitation.org/5jeG7e0IC
  5. "Interim Guidance for 2009 H1N1 Flu (Swine Flu): Taking Care of a Sick Person in Your Home". Centers for Disease Control and Prevention. 2009-08-05. http://www.cdc.gov/h1n1flu/guidance_homecare.htm
  6. Mauad T., Hajjar L. A., Callegari G. D. et al. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2010; 181 (1): 72—79.
  7. Clinical features of severe cases of pandemic influenza. World Health Organization. 2009-10-16 http://www.who.int/csr/disease/swineflu/notes/h1n1_clinical_features_20091016/en/
  8. CDC protocol of realtime RTPCR for influenza A (H1N1). World Health Organization. http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/CDCRealtimeRTPCR_SwineH1Assay-2009_20090430.pdf
  9. Ilina E. N., Malakhova M. V., Generozov E. V. et al. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (mass spectrometry) for hepatitis C virus genotyping. J. Clin. Microbiol. 2005; 43 (6): 2810-2815.
  10. Sequencing primers and protocol. World Health Organization. http://www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/Genome-Primers_20090512.pdf
  11. Le Q. M., Wertheim H. F., Tran N. D. et al. A community cluster of oseltamivir-resistant cases of 2009 H1N1 influenza. N. Engl. J. Med. 2010; 362 (1): 86—87.
  12. Gulland A. First cases of spread of oseltamivir resistant swine flu between patients are reported in Wales. Br. Med. J. 2009; 339: b4975.
  13. Eshaghi A., Bolotin S., Burton L. et al. Genetic microhetero-geneity of emerging H275Y influenza virus A (H1N1) in Toronto, Ontario, Canada from the 2007-2008 respiratory seasons. J. of Clin. Virol. 2009; 45: 142—145.
  14. Holsinger L.J., Nichani D., Pinto L.H. et al. Influenza A virus M2 ion channel protein: a structure-function analysis. J. Virol. 1994; 68 (3): 1551—1563.
  15. Pinto L. H., Holsinger L. J., Lamb R. A. Influenza virus M2 protein has ion channel activity. Cell 1992; 69 (3): 517—528.
  16. Pinto L. H., Lamb R. A. Controlling influenza virus replication by inhibiting its proton channel. Mol. Biosyst. 2007; 3 (1): 18—23.
  17. Wang W. Y. S., Glenn C. L., Zhang W. et al. Exclusion of angiotensinogen gene in molecular basis of human hypertension: sibpair linkage and association analyses in Australian Anglo-Caucasians. Am. J. Med. Genet. 1999; 87: 53—60.
  18. Kobashi G., Yamada H., Ohta K. et al. Endothelial nitric oxide synthase gene (nOS3) variant and hypertension in pregnancy. Am. J. Med. Genet. 2001; 103: 241—244.
  19. Contopoulos-Ioannidis D. G., Manoli E. N., Ioannidis J.P.A. Metaanalysis of the association of beta-2-adrenergic receptor polymorphisms with asthma phenotypes. J. Allergy Clin. Immun. 2005; 115: 963—972.
  20. Lahti M., Marttila R., Hallman M. Surfactant protein C gene variation in the Finnish population-association with perinatal respiratory disease. Europ. J. Hum. Genet. 2004; 12: 312—320.
  21. Nogee L. M., Dunbar A. E., Wert S. et al. Mutations in the surfactant protein C gene associated with interstitial lung disease. N. Engl. J. Med. 2001; 344: 573—579.
  22. Joos L., He J.-Q., Shepherdson M. B. et al. The role of matrix metalloproteinase polymorphisms in the rate of decline in lung function. Hum. Mol. Genet. 2002; 11: 569—576.
  23. Franco R. F., Trip M. D., ten Cate H. et al. The 20210G-A mutation in the 3-prime-untranslated region of the prothrombin gene and the risk for arterial thrombotic disease. Br. J. Haemat. 1999; 104: 50—54.
  24. Tybjaerg-Hansen A., Agerholm-Larsen B., Humphries S. E. et al. A common mutation (G (-455)-to-A) in the beta-fibrinogen promoter is an independent predictor of plasma fibrinogen, but not of ischemic heart disease: a study of 9,127 individuals based on the Copenhagen City Heart Study. J. Clin. Invest. 1997; 99: 3034—3039.
  25. Gómez-Gómez A., Magaña-Aquino M., Garcia-Sepúlveda C. A. Severe pneumonia associated with Pandemic (H1N1) 2009 Outbreak, San Luis Potosi, Mexico. Emerg. Infect. Dis. 2010; 16: 27—34.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ООО "Консилиум Медикум", 2012

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
 
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».