Efficiency of DNA barcoding for phylogenetic analysis and species identification in flying fish (Exocoetidae)


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

The article reports DNA barcoding (sequencing of the cox 1 mitochondrial gene fragment) of five South Atlantic flying fish species belonging to family Exocoetidae together with the results of the comparative analysis of cox 1 variability in the Exocoetidae and its closely related family Hemiramphidae. It has been demonstrated that DNA barcoding can be used as an extra tool for species identification and phylogenetic analysis in flying fish, since species identification accuracy using the cox 1 gene sequence proved to be 88%, or 78% when intraspecies variability level is taken into account. We have confirmed monophyletic origin of certain species, genera, and subfamilies of flying fish except for the genus Cheilopogon, which was represented on the phylogenetic tree by three paraphyletic clades. One of them shows close relationship to the genus Cypselurus, while another encompasses Hirundichthys genus species. The Exocoetidae is characterized by much lower overall genetic divergence level compared to the Hemiramphidae (average intraspecies differences: 10.2 ± 0.4% vs. 18.1 ± 0.8%; average intrageneric differences: 13.3 ± 1.1% vs. 21.3 ± 1.8%), which may indicate that the former group is relatively young in terms of evolution. No intraspecies differentiation was observed for Exocoetus obtusirostrus across a significant geographic distance (>3000 km). Phylogenetic reconstructions based on the variability of conservative (cox 1 mtDNA) and more variable regions of mitochondrial and nuclear genomes and on the adaptive morphological traits associated with gliding flight development were shown to coincide to a large extent.

Об авторах

N. Gordeeva

Vavilov Institute of General Genetics

Автор, ответственный за переписку.
Email: ribka04@mail.ru
Россия, Moscow, 199333

I. Shakhovskoi

Shirshov Institute of Oceanology

Email: ribka04@mail.ru
Россия, Moscow, 117997

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Ltd., 2017

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».