Обилие и разнообразие прокариотных сообществ пылеаэрозоля и городских почв на территории Москвы
- Авторы: Лысак Л.В.1, Шоба С.А.1, Прокофьева Т.В.1, Глушакова А.М.1,2, Гончаров Н.В.1, Белов А.А.1
-
Учреждения:
- МГУ им. М.В. Ломоносова
- НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
- Выпуск: № 5 (2023)
- Страницы: 654-663
- Раздел: ПОЧВЕННЫЙ МИКРОБИОМ В УСЛОВИЯХ АНТРОПОГЕННОГО ВОЗДЕЙСТВИЯ
- URL: https://journals.rcsi.science/0032-180X/article/view/138093
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0032180X22601359
- EDN: https://elibrary.ru/IFETYW
- ID: 138093
Цитировать
Аннотация
Получена комплексная (количественная и качественная) характеристика прокариотных сообществ твердых атмосферных выпадений (пылеаэрозоля) и образцов почв на территории г. Москвы на участках с разной интенсивностью антропогенной нагрузки. Общая численность бактерий в исследованных образцах твердых атмосферных выпадений (ТАВ) была меньше численности бактерий в образцах почв; актиномицетный мицелий в образцах ТАВ не обнаружен, хотя отмечался в образцах почв. Численность сапротрофных культивируемых бактерий в образцах ТАВ была на порядок меньше, чем в поверхностных горизонтах урбаноземов и реплантозема, отобранных на тех же участках. Среди культивируемых бактерий в пылеаэрозолях преобладали бактерии рода Micrococcus, в почвах преобладали представители филума Proteobacteria. В образцах ТАВ обнаружены представители семейства Enterobacteriaceae среди которых имеются виды, являющиеся потенциальными патогенами человека. Максимальное видовое разнообразие бактерий семейства Enterobacteriaceae зафиксировано в образцах ТАВ, отобранных на участках с повышенной антропогенной и транспортной нагрузкой. Санитарно-показательная бактерия Escherichia coli обнаружена во всех образцах ТАВ, ее содержание варьировало от 10 до 100 КОЕ/г, что по степени эпидемической опасности характеризует ТАВ как умеренно опасные. Экологические индексы, рассчитанные для прокариотных сообществ in situ (баркодинг гена 16S рРНК), свидетельствуют о меньшем таксономическом разнообразии прокариотных сообществ ТАВ по сравнению с сообществами близко расположенных городских почв.
Об авторах
Л. В. Лысак
МГУ им. М.В. Ломоносова
Автор, ответственный за переписку.
Email: lvlysak@mail.ru
Россия, 119991, Москва, Ленинские горы, 1
С. А. Шоба
МГУ им. М.В. Ломоносова
Email: lvlysak@mail.ru
Россия, 119991, Москва, Ленинские горы, 1
Т. В. Прокофьева
МГУ им. М.В. Ломоносова
Email: lvlysak@mail.ru
Россия, 119991, Москва, Ленинские горы, 1
А. М. Глушакова
МГУ им. М.В. Ломоносова; НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
Email: lvlysak@mail.ru
Россия, 119991, Москва, Ленинские горы, 1; Россия, 105064, Москва, Малый Казенный пер., 5а
Н. В. Гончаров
МГУ им. М.В. Ломоносова
Email: lvlysak@mail.ru
Россия, 119991, Москва, Ленинские горы, 1
А. А. Белов
МГУ им. М.В. Ломоносова
Email: lvlysak@mail.ru
Россия, 119991, Москва, Ленинские горы, 1
Список литературы
- Виноградова К.А., Булгакова В.Г., Полин А.Н., Кожевин П.А. Устойчивость микроорганизмов к антибиотикам: резистома, ее объем, разнообразие и развитие // Антибиотики и химиотерапия. 2013. Т. 58. № 5–6. С. 38–48.
- Воробьева Л.И. Археи: учебное пособие для вузов. М.: ИКЦ “Академкнига”, 2007. 234 с.
- Глушакова А.М., Лысак Л.В., Умарова А.Б., Прокофьева Т.В., Подушин Ю.В., Быкова Г.С., Малюкова Л.П. Бактериальные комплексы урбаноземов некоторых южных городов России // Почвоведение. 2021. № 2. С. 224–231. https://doi.org/10.31857/S0032180X21020052
- Добровольская Т.Г. Структура бактериальных сообществ почв. М.: ИКЦ “Академкнига”, 2002. 281 с.
- Звягинцев Д.Г. Методы почвенной микробиологии и биохимии. М.: Изд-во Моск. ун-та, 1991. 60 с.
- Кожевин П.А. Микробные популяции в природе М.: Изд-во Моск. ун-та, 1989. 175 с.
- Лысак Л.В. Бактериальные сообщества городских почв. Автореф. дис. … докт. биол. наук. М., 2010.
- Лысак Л.В., Добровольская Т.Г., Скворцова И.Н. Методы оценки бактериального разнообразия почв и идентификации почвенных бактерий. М.: МАКС Пресс, 2003. 120 с.
- Лысак Л.В., Лапыгина Е.В. Разнообразие бактериальных сообществ городских почв // Почвоведение. 2018. № 9. С. 1108–1114. https://doi.org/10.1134/S0032180X18090071
- МР ФЦ/4022 Методы микробиологического контроля почвы.
- МУ 2.1.7.730-99. Гигиеническая оценка качества почвы населенных мест.
- Мэгарран Э. Экологическое разнообразие и его измерение М.: Мир, 1992. 184 с.
- Першина Е.В., Чернов Т.И. Основные физико-химические параметры почв, определяющие структуру почвенного метагенома // Основные достижения и перспективы почвенной метагеномики. 2017. С. 88–96.
- Ревич Б.А. Климат, качество атмосферного воздуха и здоровье москвичей. М.: Адаманть, 2006. 255 с.
- Тихонович И.А., Чернов Т.И., Железова А.Д., Тхакахова А.К., Андронов Е.Е., Кутовая О.В. Таксономическая структура прокариотных сообществ почв разных биоклиматических зон // Бюл. Почв. ин-та им. В.В. Докучаева. 2018. № 95. С. 125–153.
- Aminov R.I., Mackie R.I. Evolution and ecology of antibiotic resistance genes // FEMS Microbiol. Lett. 2007. V. 271. № 2. P. 147–161. https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2007.00757.x
- Arabaghian H., Salloum T., Alousi S., Panossian B., Araj G.F., Tokajian S. Molecular characterization of carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae and Klebsiella quasipneumoniae isolated from Lebanon // Sci. Rep. 2019. V. 9. № 1. P. 1–12. https://doi.org/10.1038/s41598-018-36554-2
- Araújo R., Vázquez Calderón F., Sánchez López J., Azevedo I.C., Bruhn A., Fluch S., Ullmann J. Current status of the algae production industry in Europe: an emerging sector of the blue bioeconomy // Front. Mar. Sci. 2021. V. 7. P. 626389. https://doi.org/10.3389/fmars.2020.626389
- Belov A.A., Cheptsov V.S., Manucharova N.A., Ezhelev Z.S. Bacterial communities of Novaya Zemlya archipelago ice and permafrost // Geosciences. 2020. V. 10 № 2. P. 67. https://doi.org/10.3390/geosciences10020067
- Belov A.A., Cheptsov V.S., Vorobyova E.A., Manucharova N.A., Ezhelev Z.S. Stress-tolerance and taxonomy of culturable bacterial communities isolated from a central Mojave Desert soil sample // Geosciences. 2019. V. 9 № 4. P. 166. https://doi.org/10.3390/geosciences9040166
- Bergey D.H. Bergey’s Manual® of Systematic Bacteriology. Springer Science & Business Media, 2001.
- Bulgarelli D., Garrido-Oter R., Münch P.C., Weiman A., Dröge J., Pan Y., Schulze-Lefert P. Structure and function of the bacterial root microbiota in wild and domesticated barley // Cell Host Microbe. 2015. V. 17 № 3. P. 392–403. https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.01.011
- Caporaso J.G., Kuczynski J., Stombaugh J., Bittinger K., Bushman F.D., Costello E.K., Knight R. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data // Nat. Methods. 2010. V. 7. № 5. P. 335–336. https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303
- Chaparro J.M., Badri D., Vivanco J.M. Rhizosphere microbiome assemblage is affected by plant development // The ISME J. 2014. V. 8. № 4. P. 790–803. https://doi.org/10.1038/ismej.2013.196
- Daniel R. The metagenomics of soil // Nat. Rev. Microbiol. 2005. V. 3. P. 470–478. https://doi.org/10.1038/nrmicro1160
- Davin-Regli A., Pagès J.M. Enterobacter aerogenes and Enterobacter cloacae; versatile bacterial pathogens confronting antibiotic treatment // Front. Microbiol. 2015. V. 6. P. 392. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00392
- de Bruyn J., Nixon L., Fawaz M., Johnson M., Radosevich M. Global Biogeography and Quantitative Season Dynamics of Gemmatimonadetes in Soil // Appl. Environ. Microbiol. 2011. V. 77. № 17. P. 6295–6300. https://doi.org/10.1128/AEM.05005-11
- Després V.R., Huffman J.A., Burrows S. M., Hoose C., Safatov A., Buryak G., Jaenicke R. Primary biological aerosol particles in the atmosphere: a review // Tellus B: Chem. Phys. Meteorol. 2012. V. 64. № 1. P. 15598. https://doi.org/10.3402/tellusb.v64i0.15598
- Glushakova A.M., Kachalkin A.V., Prokof’eva T.V., Lysak L.V. Enterobacteriaceae in soils and atmospheric dust aerosol accumulations of Moscow city // Current Res. Microbial Sci. 2022. V. 3. P. 100124. https://doi.org/10.1016/j.crmicr.2022.100124
- Goel A., Kumar P. Characterisation of nanoparticle emissions and exposure at traffic intersections through fast–response mobile and sequential measurements // Atmos. Environ. 2015. V. 107. P. 374–390. https://doi.org/10.1016/j.atmosenv.2015.02.002
- Karagulian F., Belis C.A., Dora C.F.C., Prüss-Ustün A.M., Bonjour S., Adair-Rohani H., Amann M. Contributions to cities' ambient particulate matter (PM): A systematic review of local source contributions at global level // Atmos. Environ. 2015. V. 120. P. 475–483. https://doi.org/10.1016/j.atmosenv.2015.08.087
- Kumari S., Jain M.K. A critical review on air quality index // Environ. Pollut. 2018. P. 87–102. https://doi.org/10.1007/978-981-10-5792-2_8
- Luong L.M., Phung D., Sly P.D., Morawska L., Thai P.K. The association between particulate air pollution and respiratory admissions among young children in Hanoi, Vietnam // Sci. Total Environ. 2017. V. 578. P. 249–255. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2016.08.012
- Phan C.C., Nguyen T.Q.H., Nguyen M.K., Park K.H., Bae G.N., Seung-bok L., Bach Q. Aerosol mass and major composition characterization of ambient air in Ho Chi Minh City, Vietnam // Int. J. Environ. Sci. Technol. 2020. V. 17. № 6. P. 3189–3198. https://doi.org/10.1007/s13762-020-02640-0
- Prokof’eva T.V., Shoba S.A., Lysak L.V., Ivanova A.E., Glushakova A.M., Shishkov V.A., Lapygina E.V., Shilaika P.D., Glebova A.A. Organic constituents and biota in the urban atmospheric solid aerosol: potential effects on urban soils // Eurasian Soil Sci. 2021. 54. №. 10. P. 1532–1545. https://doi.org/10.1134/S1064229321100094
- Prokof’eva T.V., Kiryushin A.V., Shishkov V.A., Ivannikov F.A. The importance of dust material in urban soil formation: the experience on study of two young Technosols on dust depositions // J. Soils Sediments. 2017. V 17. № 2. P. 515–524. https://doi.org/10.1007/s11368-016-1546-7
- Pruesse E., Quast C., Knittel K., Fuchs B.M., Ludwig W., Peplies J., Glöckner, F.O. SILVA: a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB // Nucleic Acids Res. 2007. V. 35. № 21. P. 7188–7196. https://doi.org/10.1093/nar/gkm864
- Stokes H.W., Gillings M.R. Gene flow, mobile genetic elements and the recruitment of antibiotic resistance genes into Gram-negative pathogens // FEMS Microbiol. Rev. 2011. V. 35. № 5. P. 790–819. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2011.00273.x
- Tourna M., Stieglmeier M., Spang A., Könneke M., Schintlmeister A., Urich T., Schleper C. Nitrososphaera viennensis, an ammonia oxidizing archaeon from soil // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2011. V. 108. № 20. P. 8420–8425. https://doi.org/10.1073/pnas.1013488108
- Vlasov D., Kosheleva N., Kasimov N. Spatial distribution and sources of potentially toxic elements in road dust and its PM10 fraction of Moscow megacity // Sci. Total Environ. 2021. V. 761. P. 143267. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.143267
- World Health Organization. Air quality guidelines for Europe. World Health Organization. Regional Office for Europe, 2000.
Дополнительные файлы
![](/img/style/loading.gif)