Identification of genetic markers of predisposition to thrombogenic diseases by minisequencing analysis: reagent set “SNP2-TMG”

Мұқаба

Дәйексөз келтіру

Толық мәтін

Ашық рұқсат Ашық рұқсат
Рұқсат жабық Рұқсат берілді
Рұқсат жабық Тек жазылушылар үшін

Аннотация

Thrombogenic risk factors (blood coagulation disorders and thrombophilia) are the cause of cardiovascular diseases, among which genetic factors are worth highlighting (genetic polymorphism of the blood coagulation system, angiogenesis factors, components of the lipid metabolism system). Early identification of clinically significant polymorphisms in genes that cause predisposition to thrombogenic diseases allows for preventive measures and timely diagnosis even before the onset of the clinical picture of the disease, and for patients with an already confirmed diagnosis genetic diagnostics makes it possible to check the hereditary nature of the disease, select treatment tactics, predict the risk of developing of adverse drug reactions. This article describes the process of developing the “SNP2-TMG” kit, designed to identify ten genetic markers of susceptibility to thrombogenic diseases (rs1801131, rs6025, rs11549465, rs429358, rs7412, rs1799963, rs6050, rs1799762, rs2010963, rs1801133), by minisequencing technique (SNaPshot technology). This kit has passed clinical trials and is approved for medical use.

Толық мәтін

Рұқсат жабық

Авторлар туралы

А. Grudo

State scientific institution “Institute of Bioorganic Chemistry of the National Academy of Sciences of Belarus”

Хат алмасуға жауапты Автор.
Email: vasilevskaya.av@gmail.com
Белоруссия, Minsk

I. Haidukevich

State scientific institution “Institute of Bioorganic Chemistry of the National Academy of Sciences of Belarus”

Email: vasilevskaya.av@gmail.com
Белоруссия, Minsk

G. Sergeev

State scientific institution “Institute of Bioorganic Chemistry of the National Academy of Sciences of Belarus”

Email: vasilevskaya.av@gmail.com
Белоруссия, Minsk

Әдебиет тізімі

  1. Khera A.V., Chaffin M., Aragam K.G., Haas M.E., Roselli C., Choi S.H., Natarajan P., Lander E.S., Lubitz S.A., Ellinor P.T., Kathiresan S. (2018) Genome-wide polygenic scores for common diseases identify individuals with risk equivalent to monogenic mutations. Nat. Genet. 50(9), 1219–1224.
  2. Toms T.E., Smith J.P., Panoulas V.F., Blackmore H., Douglas K.M.J., Kitas G.D. (2012) Apolipoprotein E gene polymorphisms are strong predictors of inflammation and dyslipidemia in rheumatoid arthritis. J. Rheumatol. 39(2), 218–225.
  3. Моссэ И.Б., Гончар А.Л., Кундас Л.А., Седляр Н.Г., Булгак А.Г., Зотова О.В., Королева Т.С. (2021) Молекулярно-генетические факторы предрасположенности к развитию фибрилляции предсердий у представителей белорусской популяции. Кардиология в Беларуси. 13(4), 500–511.
  4. Chang M., Yesupriya A., Ned R.M., Mueller P.W., Dowling N.F. (2010) Genetic variants associated with fasting blood lipids in the U.S. population: Third National Health and Nutrition Examination Survey. BMC Med. Genet. 20, 11–62.
  5. Klarin D., Emdin C.A., Natarajan P., Conrad M.F., INVENT Consortium; Kathiresan S. (2017) Genetic analysis of venous thromboembolism in UK biobank identifies the ZFPM2 locus and implicates obesity as a causal risk factor. Circ. Cardiovasc. Genet. 10(2), e001643.
  6. Nagy G., Kovacs-Nagy R., Kereszturi E., Somogyi A, Szekely A., Nemeth N., Hosszufalusi N., Panczel P., Ronai Z., Sasvari-Szekely M. (2009) Association of hypoxia inducible factor-1 alpha gene polymorphism with both type 1 and type 2 diabetes in a Caucasian (Hungarian) sample. BMC Med. Genet. 10, 79.
  7. Kaiser R., Li Y., Chang M., Catanese J., Begovich A.B., Brown E.E., Edberg J.C., McGwin G.Jr., Alarcón G.S., Ramsey-Goldman R., Reveille J.D., Vilá L.M., Petri M.A., Kimberly R.P., Taylor K.E., Criswell L.A. (2012) Genetic risk factors for thrombosis in systemic lupus erythematosus. J. Rheumatol. 39(8), 1603–1610.
  8. Norambuena P.A., Copeland J.A., Krenková P., Stambergová A., Macek M.Jr. (2009) Diagnostic method validation: high resolution melting (HRM) of small amplicons genotyping for the most common variants in the MTHFR gene. Clin. Biochem. 42(12), 1308–1316.
  9. Li J.F., Lin Y., Yang Y.H., Gan H.L., Liang Y., Liu J., Yang S.Q., Zhang W.J., Cui N., Zhao L., Zhai Z.G., Wang J., Wang C. (2013) Fibrinogen Aα Thr312Ala polymorphism specifically contributes to chronic thromboembolic pulmonary hypertension by increasing fibrin resistance. PLoS One. 8(7), e69635.
  10. Su S., Chen S., Zhao J., Huang J., Wang X., Chen R., Gu D. (2006) Plasminogen activator inhibitor-1 gene: selection of tagging single nucleotide polymorphisms and association with coronary heart disease. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 26(4), 948–954.
  11. Prieto-Peña D., Remuzgo-Martínez S., Genre F., Ocejo-Vinyals J.G., Atienza-Mateo B., Muñoz-Jimenez A., Ortiz-Sanjuán F., Romero-Yuste S., Moriano C., Galíndez-Agirregoikoa E., Calvo I., Ortego-Centeno N., Álvarez-Rivas N., Miranda-Filloy J.A., Llorente I., Blanco R., Gualillo O., Martín J., Márquez A., Castañeda S., Ferraz-Amaro I., López-Mejías R., González-Gay M.A. (2022) Vascular endothelial growth factor haplotypes are associated with severe ischaemic complications in giant cell arteritis regardless of the disease phenotype. Clin. Exp. Rheumatol. 40(4), 727–733.
  12. Motawea M.M., Zaki M.E.S., Saif M., Osman A.O.B., Nada A.M. (1985) Study of single nucleotide polymorphism of vascular endothelium factor in patients with differentiated thyroid cancer. Clin. Diabetes Endocrinol. 8(1), 9.
  13. Myers R.M., Lumelsky N., Lerman L.S., Maniatis T. (1985) Detection of single base substitutions in total genomic DNA. Nature. 313(6002), 495–498.
  14. Hayashi K. (1991) PCR-SSCP: a simple and sensitive method for detection of mutations in the genomic DNA. PCR Methods Appl. 1(1), 34–38.
  15. Marsh S., King C.R., Garsa A.A., McLeod H.L. (2005) Pyrosequencing of сlinically relevant polymorphisms. Methods Mol. Biol. 311, 97–114.
  16. Sobrino B., Brión M., Carracedo A. (2005) SNPs in forensic genetics: a review on SNP typing methodologies. Forensic Sci. Int. 154(2–3), 181–194.
  17. Geppert M., Roewer L. (2012) SNaPshot(R) minisequencing analysis of multiple ancestry-informative Y-SNPs using capillary electrophoresis. Methods Mol. Biol. 830, 127–140.
  18. Fondevila M., Børsting C., Phillips C., de la Puente M., Euroforen-NoE Consortium, Carracedo A., Morling N., Lareu M.V. (2017) Forensic SNP genotyping with SNaPshot: technical considerations for the development and optimization of multiplexed SNP assays. Forensic Sci. Rev. 29(1), 57–76.
  19. Mehta B., Runa D., Phillips C., McNevin D. (2017) Forensically relevant SNaPshot assays for human DNA SNP analysis: a review. Int. J. Legal Med. 131(1), 21–37.
  20. Palencia-Madrid L., Vinueza-Espinosa D., Baeta M., Rocandio A.M., de Pancorbo M.M. (2020) Validation of a 52-mtSNP minisequencing panel for haplogroup classification of forensic DNA samples. Int. J. Legal Med. 134(3), 929–936.
  21. Tupikowska-Marzec M., Kolačkov K., Zdrojowy-Wełna A., Słoka N.K., Szepietowski J.C., Maj J. (2019) The influence of FTO polymorphism rs9939609 on obesity, some clinical features, and disturbance of carbohydrate metabolism in patients with psoriasis. Biomed. Res. Int. 13, 1–5.
  22. Wang J., Wang X., Ma Z., Yun K., Liu J., Chen D., Liu Z., Shi J., Li Z., Gao C., Du Q., Zhang G. (2018) A SNaPshot assay for detection of 45 mutations in the SCN5A gene in the Chinese Han population. Electrophoresis. 39(17), 2270–2276.
  23. Carano F., Sarno S., De Fanti S., Serventi P., Bini C., Luiselli D., Pelotti S. (2018) Genetic variability of CYP2D6, CYP2B6, CYP2C9 and CYP2C19 genes across the Italian Peninsula. Ann. Hum. Biol. 45(1), 66–71.
  24. Ferri G., Pelotti S. (2009) Multiplex ABO genotyping by minisequencing. Methods Mol. Biol. 496, 51–58.
  25. Alvarez-Iglesias V., Barros F., Carracedo A., Salas A. (2008) Minisequencing mitochondrial DNA pathogenic mutations. BMC Med. Genet. 10, 9–26.
  26. Bouakaze C., Keyser C., de Martino S.J., Sougakoff W., Veziris N., Dabernat H., Ludes B. (2010) Identification and genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex species by use of a SNaPshot minisequencing-based assay. J. Clin. Microbiol. 48(5), 1758–1766.

Қосымша файлдар

Қосымша файлдар
Әрекет
1. JATS XML
Жүктеу
2. Supplementary
Жүктеу (1MB)
Метадеректер
3. Fig. 1. Electrophoretic separation of amplification products of individual markers and multiplex reaction of Multiplex 1 of the SNP2-TMG kit in 10% polyacrylamide gel. “–” – negative control; 1 – rs7412 + rs429358; 2 – rs11549465; 3 – rs6025; 4 – rs1801131; 5 – multiplex reaction 1; St. – DNA fragment length standard 100–1000 bp (No. SM0241, Thermo Scientific).

Жүктеу (89KB)
Метадеректер
4. Fig. 2. Electrophoretic separation of amplification products of individual markers and multiplex reaction of Multiplex 2 of the SNP2-TMG kit in 10% polyacrylamide gel. “–” – negative control; 1 – rs2010963; 2 – rs6050; 3 – rs1799963; 4 – rs1801133; 5 – rs1799762; 6 – multiplex reaction 2. St. – DNA fragment length standard of 100–1000 bp (No. SM0241, Thermo Scientific).

Жүктеу (130KB)
Метадеректер
5. Fig. 3. Multiplex PCR 1 and 2 with different initial concentrations (1–20 ng) of human DNA in the reaction mixture. “–” – negative control, St. – DNA fragment length standard of 100–1000 bp (No. SM0241, Thermo Scientific).

Жүктеу (114KB)
Метадеректер
6. Fig. 4. Result of multiplex minisequencing of an arbitrary DNA sample using Plex SSHOT1 (a) and Plex SSHOT2 (b). Colored bars indicate bins of each possible nucleotide.

Жүктеу (323KB)
Метадеректер

© Russian Academy of Sciences, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».