Аллель rs2564978(T), ассоциированный с тяжелым течением гриппа А, нарушает сайт связывания фактора миелоидной дифференцировки PU.1 и снижает активность промотора гена CD55/DAF в макрофагах

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Ингибитор системы комплемента CD55/DAF экспрессируется на многих типах клеток. Нарушения экспрессии CD55 ассоциированы с повышенной тяжестью инфекции, вызванной вирусом гриппа типа А, а также с сосудистыми осложнениями на фоне патологий, связанных с избыточной активацией системы комплемента. С использованием люциферазной репортерной системы нами проведен функциональный анализ однонуклеотидного полиморфизма rs2564978, расположенного в промоторе гена CD55, минорный T-аллель которого ассоциирован с тяжелым течением гриппа А(H1N1)pdm09. Показано снижение активности промотора гена CD55 в присутствии минорного варианта rs2564978(T) в клеточной модели макрофагов человека – активированных клетках линии U937. С использованием биоинформатических ресурсов определен потенциальный транскрипционный фактор PU.1, который может аллель-специфически связываться с промотором CD55 в области, содержащей rs2564978. Участие PU.1 в модуляции активности промотора CD55 верифицировано путем генетического нокдауна PU.1 с помощью малых интерферирующих РНК и с использованием специфической активации моноцитов.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. Н. Уварова

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: uvarowww@gmail.com

Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины

Россия, Москва, 119991

Е. А. Ткаченко

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: uvarowww@gmail.com

Биологический факультет Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

Россия, Москва, 119991; Москва, 119234

Е. М. Стасевич

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук

Email: uvarowww@gmail.com

Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины

Россия, Москва, 119991

Э. А. Богомолова

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук; Московский физико-технический институт

Email: uvarowww@gmail.com
Россия, Москва, 119991; Долгопрудный, Московская обл., 141701

Э. А. Жеремян

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: uvarowww@gmail.com

Биологический факультет Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

Россия, Москва, 119991; Москва, 119234

Д. В. Купраш

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова; Московский физико-технический институт

Email: uvarowww@gmail.com

Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины, Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук; Биологический факультет Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

Россия, Москва, 119991; Москва, 119234; Долгопрудный, Московская обл., 141701

К. В. Корнеев

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук; Национальный медицинский исследовательский центр гематологии Министерства здравоохранения Российской Федерации

Email: uvarowww@gmail.com

Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины, Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук

Россия, Москва, 119991; Москва, 125167

Список литературы

  1. Dho S.H., Lim J.C., Kim L.K. (2018) Beyond the role of CD55 as a complement component. Immune Netw. 18(1), e11.
  2. Cunningham F., Allen J.E., Allen J., Alvarez-Jarreta J., Amode M.R., Armean I.M., Austine-Orimoloye O., Azov A.G., Barnes I., Bennett R., Berry A., Bhai J., Bignell A., Billis K., Boddu S., Brooks L., Charkhchi M., Cummins C., Da Rin Fioretto L., Davidson C., Dodiya K., Donaldson S., El Houdaigui B., El Naboulsi T., Fatima R., Giron C.G., Genez T., Martinez J.G., Guijarro-Clarke C., Gymer A., Hardy M., Hollis Z., Hourlier T., Hunt T., Juettemann T., Kaikala V., Kay M., Lavidas I., Le T., Lemos D., Marugán J.C., Mohanan S., Mushtaq A., Naven M., Ogeh D.N., Parker A., Parton A., Perry M., Pilizota I., Prosovetskaia I., Sakthivel M.P., Salam A.I.A., Schmitt B.M., Schuilenburg H., Sheppard D., Perez-Silva J.G., Stark W., Steed E., Sutinen K., Sukumaran R., Sumathipala D., Suner M.M., Szpak M., Thormann A., Tricomi F.F., Urbina-Gómez D., Veidenberg A., Walsh T.A., Walts B., Willhoft N., Winterbottom A., Wass E., Chakiachvili M., Flint B., Frankish A., Giorgetti S., Haggerty L., Hunt S.E., Iisley G.R., Loveland J.E., Martin F.J., Moore B., Mudge J.M., Muffato M., Perry E., Ruffier M., Tate J., Thybert D., Trevanion S.J., Dyer S., Harrison P.W., Howe K.L., Yates A.D., Zerbino D.R., Flicek P. (2022) Ensembl 2022. Nucl. Acids Res. 50(D1), D988.
  3. Forrest A.R.R., Kawaji H., Rehli M., Baillie J.K., De Hoon M.J.L., Haberle V., Lassmann T., Kulakovskiy I.V., Lizio M., Itoh M., Andersson R., Mungall C.J., Meehan T.F., Schmeier S., Bertin N., Jørgensen M., Dimont E., Arner E., Schmidl C., Schaefer U., Medvedeva Y.A., Plessy C., Vitezic M., Severin J., Semple C.A., Ishizu Y., Young R.S., Francescatto M., Altschuler I.A., Albanese D., Altschule G.M., Arakawa T., Archer J.A.C., Arner P., Babina M., Rennie S., Balwierz P.J., Beckhouse A.G., Pradhan-Bhatt S., Blake J.A., Blumenthal A., Bodega B., Bonetti A., Briggs J., Brombacher F., Burroughs A.M., Califano A., Cannistraci C.V., Carbajo D., Chen Y., Chierici M., Ciani Y., Clevers H.C., Dalla E., Davis C.A., Detmar M., Diehl A.D., Dohi T., Drabløs F., Edge A.S.B., Edinger M., Ekwall K., Endoh M., Enomoto H., Fagiolini M., Fairbairn L., Fang H., Farach-Carson M.C., Faulkner G.J., Favorov A.V., Fisher M.E., Frith M.C., Fujita R., Fukuda S., Furlanello C., Furuno M., Furusawa J.I., Geijtenbeek T.B., Gibson A.P., Gingeras T., Goldowitz D., Gough J., Guhl S., Guler R., Gustincich S., Ha T.J., Hamaguchi M., Hara M., Harbers M., Harshbarger J., Hasegawa A., Hasegawa Y., Hashimoto T., Herlyn M., Hitchens K.J., Sui S.J.H., Hofmann O.M., Hoof I., Hori F., Huminiecki L., Iida K., Ikawa T., Jankovic B.R., Jia H., Joshi A., Jurman G., Kaczkowski B., Kai C., Kaida K., Kaiho A., Kajiyama K., Kanamori-Katayama M., Kasianov A.S., Kasukawa T., Katayama S., Kato S., Kawaguchi S., Kawamoto H., Kawamura Y.I., Kawashima T., Kempfle J.S., Kenna T.J., Kere J., Khachigian L.M., Kitamura T., Klinken S.P., Knox A.J., Kojima M., Kojima S., Kondo N., Koseki H., Koyasu S., Krampitz S., Kubosaki A., Kwon A.T., Laros J.F.J., Lee W., Lennartsson A., Li K., Lilje B., Lipovich L., Mackay-sim A., Manabe R.I., Mar J.C., Marchand B., Mathelier A., Mejhert N., Meynert A., Mizuno Y., De Morais D.A.L., Morikawa H., Morimoto M., Moro K., Motakis E., Motohashi H., Mummery C.L., Murata M., Nagao-Sato S., Nakachi Y., Nakahara F., Nakamura T., Nakamura Y., Nakazato K., Van Nimwegen E., Ninomiya N., Nishiyori H., Noma S., Nozaki T., Ogishima S., Ohkura N., Ohmiya H., Ohno H., Ohshima M., Okada-Hatakeyama M., Okazaki Y., Orlando V., Ovchinnikov D.A., Pain A., Passier R., Patrikakis M., Persson H., Piazza S., Prendergast J.G.D., Rackham O.J.L., Ramilowski J.A., Rashid M., Ravasi T., Rizzu P., Roncador M., Roy S., Rye M.B., Saijyo E., Sajantila A., Saka A., Sakaguchi S., Sakai M., Sato H., Satoh H., Savvi S., Saxena A., Schneider C., Schultes E.A., Schulze-Tanzil G.G., Schwegmann A., Sengstag T., Sheng G., Shimoji H., Shimoni Y., Shin J.W., Simon C., Sugiyama D., Sugiyama T., Suzuki M., Suzuki N., Swoboda R.K., ’T Hoen P.A.C., Tagami M., Tagami N.T., Takai J., Tanaka H., Tatsukawa H., Tatum Z., Thompson M., Toyoda H., Toyoda T., Valen E., Van De Wetering M., Van Den Berg L.M., Verardo R., Vijayan D., Vorontsov I.E., Wasserman W.W., Watanabe S., Wells C.A., Winteringham L.N., Wolvetang E., Wood E.J., Yamaguchi Y., Yamamoto M., Yoneda M., Yonekura Y., Yoshida S., Zabierowski S.E., Zhang P.G., Zhao X., Zucchelli S., Summers K.M., Suzuki H., Daub C.O., Kawai J., Heutink P., Hide W., Freeman T.C., Lenhard B., Bajic L.V.B., Taylor M.S., Makeev V.J., Sandelin A., Hume D.A., Carninci P., Hayashizaki Y. (2014) A promoter-level mammalian expression atlas. Nature. 507(7493), 462–470.
  4. Vainer E.D., Meir K., Furman M., Semenenko I., Konikoff F., Vainer G.W. (2013) Characterization of novel CD55 isoforms expression in normal and neoplastic tissues. Tissue Antigens. 82(1), 26–34.
  5. Geller A., Yan J. (2019) The role of membrane bound complement regulatory proteins in tumor development and cancer immunotherapy. Front. Immunol. 10, 1074.
  6. Santos N.B., Vaz Da Silva Z.E., Gomes C., Reis C.A., Amorim M.J. (2021) Complement decay-accelerating factor is a modulator of influenza A virus lung immunopathology. PLoS Pathog. 17(7), e1009381.
  7. Abbott R.J.M., Spendlove I., Roversi P., Fitzgibbon H., Knott V., Teriete P., McDonnell J.M., Handford P.A., Lea S.M. (2007) Structural and functional characterization of a novel T cell receptor co-regulatory protein complex, CD97-CD55. J. Biol. Chem. 282(30), 22023–22032.
  8. Hamann J., Wishaupt J.O., Van Lier R.A.W., Smeets T.J.M., Breedveld F.C., Tak P.P. (1999) Expression of the activation antigen CD97 and its ligand CD55 in rheumatoid synovial tissue. Arthritis Rheum. 42(4), 650‒658.
  9. Miwa T., Maldonado M.A., Zhou L., Yamada K., Gilkeson G.S., Eisenberg R.A., Song W.C. (2007) Decay-accelerating factor ameliorates systemic autoimmune disease in MRL/Ipr mice via both complement-dependent and -independent mechanisms. Am. J. Pathol. 170(4), 1258‒1266.
  10. Ozen A., Comrie W.A., Ardy R.C., Domínguez Conde C., Dalgic B., Beser Ö.F., Morawski A.R., Karakoc-Aydiner E., Tutar E., Baris S., Ozcay F., Serwas N.K., Zhang Y., Matthews H.F., Pittaluga S., Folio L.R., Unlusoy Aksu A., McElwee J.J., Krolo A., Kiykim A., Baris Z., Gulsan M., Ogulur I., Snapper S.B., Houwen R.H.J., Leavis H.L., Ertem D., Kain R., Sari S., Erkan T., Su H.C., Boztug K., Lenardo M.J. (2017) CD55 deficiency, early-onset protein-losing enteropathy, and thrombosis. N. Engl. J. Med. 377(1), 52‒61.
  11. Brodsky R.A. (2008) Advances in the diagnosis and therapy of paroxysmal nocturnal hemoglobinuria. Blood Rev. 22(2), 65‒74.
  12. Ma X.W., Chang Z.W., Qin M.Z., Sun Y., Huang H.L., He Y. (2009) Decreased expression of complement regulatory proteins, CD55 and CD59, on peripheral blood leucocytes in patients with type 2 diabetes and macrovascular diseases. Chin. Med. J. 122(18), 2123‒2128.
  13. Zhang J., Gerhardinger C., Lorenzi M. (2002) Early complement activation and decreased levels of glycosylphosphatidylinositol-anchored complement inhibitors in human and experimental diabetic retinopathy. Diabetes. 51(12), 3499‒3504.
  14. Mishra N., Mohata M., Narang R., Lakshmy R., Hazarika A., Pandey R.M., Das N., Luthra K. (2019) Altered expression of complement regulatory proteins CD35, CD46, CD55, and CD59 on leukocyte subsets in individuals suffering from coronary artery disease. Front. Immunol. 10, 2072.
  15. Bergelson J.M., Chan M., Solomon K.R., St. John N.F., Lin H., Finberg R.W. (1994) Decay-accelerating factor (CD55), a glycosylphosphatidylinositol-anchored complement regulatory protein, is a receptor for several echoviruses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91(13), 6245‒6248.
  16. Stoermer K.A., Morrison T.E. (2011) Complement and viral pathogenesis. Virol. J. 411(2), 362–373.
  17. Biryukov S., Stoute J.A. (2014) Complement activation in malaria: friend or foe? Trends Mol. Med. 20(5), 293‒301.
  18. Zhang J., Li G., Liu X., Wang Z., Liu W., Ye X. (2009) Influenza A virus M1 blocks the classical complement pathway through interacting with C1qA. J. Gen. Virol. 90(Pt. 11), 2751–2758.
  19. Nogales A., Dediego M.L. (2019) Host single nucleotide polymorphisms modulating influenza a virus disease in humans. Pathogens. 8(4), 168.
  20. Lage S.L., Rocco J.M., Laidlaw E., Rupert A., Galindo F., Kellogg A., Kumar P., Poon R., Wortmann G.W., Lisco A., Manion M., Sereti I. (2022) Activation of complement components on circulating blood monocytes from COVID-19 patients. Front. Immunol. 13, 815833.
  21. Zhou J., To K.K.W., Dong H., Cheng Z.S., Lau C.C.Y., Poon V.K.M., Fan Y.H., Song Y.Q., Tse H., Chan K.H., Zheng B.J., Zhao G.P., Yuen K.Y. (2012) A functional variation in CD55 increases the severity of 2009 pandemic H1N1 influenza a virus infection. J. Infect. Dis. 206(4), 495‒503.
  22. Chatzopoulou F., Gioula G., Kioumis I., Chatzidimitriou D., Exindari M. (2019) Identification of complement-related host genetic risk factors associated with influenza A(H1N1)pdm09 outcome: challenges ahead. Med. Microbiol. Immunol. 208(5), 631‒640.
  23. Lee N., Cao B., Ke C., Lu H., Hu Y., Tam C.H.T., Ma R.C.W., Guan D., Zhu Z., Li H., Lin M., Wong R.Y.K., Yung I.M.H., Hung T.-N., Kwok K., Horby P., Hui D.S.C., Chan M.C.W., Chan P.K.S. (2017) Single-nucleotide polymorphisms of IFITM3, TLR3, CD55, and TLR4 and risk for severe outcomes in patients with influenza A (H7N9) and (H1N1) pdm09 in China: a multicentre cohort study. Lancet. 390, S1.
  24. Zhang Y., Zhang Z., Cao L., Lin J., Yang Z., Zhang X. (2017) A common CD55 rs2564978 variant is associated with the susceptibility of non-small cell lung cancer. Oncotarget. 8(4), 6216‒6221.
  25. Wu H.J., Gao H., Xie Y.N., Zhang Y.Y., Yang Z.B., Zhang X.M. (2018) A promoter polymorphism of CD55 effect on the risk of esophageal cancer. Zhonghua yu fang yi xue za zhi [Chinese J. Preventive Med.]. 52(8), 822–826.
  26. Li M., Li Y.P., Deng H.L., Wang M.Q., Wang W.J., Wang J., Wu F.P., Dang S.S. (2020) Association of gene polymorphisms of CD55 with susceptibility to and severity of hand, foot, and mouth disease caused by enterovirus 71 in the Han Chinese population. J. Med. Virol. 92(12), 3119‒3124.
  27. Dunham I., Kundaje A., Aldred S.F., Collins P.J., Davis C.A., Doyle F., Epstein C.B., Frietze S., Harrow J., Kaul R., Khatun J., Lajoie B.R., Landt S.G., Lee B.K., Pauli F., Rosenbloom K.R., Sabo P., Safi A., Sanyal A., Shoresh N., Simon J.M., Song L., Trinklein N.D., Altshuler R.C., Birney E., Brown J.B., Cheng C., Djebali S., Dong X., Ernst J., Furey T.S., Gerstein M., Giardine B., Greven M., Hardison R.C., Harris R.S., Herrero J., Hoffman M.M., Iyer S., Kellis M., Kheradpour P., Lassmann T., Li Q., Lin X., Marinov G.K., Merkel A., Mortazavi A., Parker S.C.J., Reddy T.E., Rozowsky J., Schlesinger F., Thurman R.E., Wang J., Ward L.D., Whitfield T.W., Wilder S.P., Wu W., Xi H.S., Yip K.Y., Zhuang J., Bernstein B.E., Green E.D., Gunter C., Snyder M., Pazin M.J., Lowdon R.F., Dillon L.A.L., Adams L.B., Kelly C.J., Zhang J., Wexler J.R., Good P.J., Feingold E.A., Crawford G.E., Dekker J., Elnitski L., Farnham P.J., Giddings M.C., Gingeras T.R., Guigó R., Hubbard T.J., Kent W.J., Lieb J.D., Margulies E.H., Myers R.M., Stamatoyannopoulos J.A., Tenenbaum S.A., Weng Z., White K.P., Wold B., Yu Y., Wrobel J., Risk B.A., Gunawardena H.P., Kuiper H.C., Maier C.W., Xie L., Chen X., Mikkelsen T.S., Gillespie S., Goren A., Ram O., Zhang X., Wang L., Issner R., Coyne M.J., Durham T., Ku M., Truong T., Eaton M.L., Dobin A., Tanzer A., Lagarde J., Lin W., Xue C., Williams B.A., Zaleski C., Röder M., Kokocinski F., Abdelhamid R.F., Alioto T., Antoshechkin I., Baer M.T., Batut P., Bell I., Bell K., Chakrabortty S., Chrast J., Curado J., Derrien T., Drenkow J., Dumais E., Dumais J., Duttagupta R., Fastuca M., Fejes-Toth K., Ferreira P., Foissac S., Fullwood M.J., Gao H., Gonzalez D., Gordon A., Howald C., Jha S., Johnson R., Kapranov P., King B., Kingswood C., Li G., Luo O.J., Park E., Preall J.B., Presaud K., Ribeca P., Robyr D., Ruan X., Sammeth M., Sandhu K.S., Schaeffer L., See L.H., Shahab A., Skancke J., Suzuki A.M., Takahashi H., Tilgner H., Trout D., Walters N., Wang H., Hayashizaki Y., Reymond A., Antonarakis S.E., Hannon G.J., Ruan Y., Carninci P., Sloan C.A., Learned K., Malladi V.S., Wong M.C., Barber G.P., Cline M.S., Dreszer T.R., Heitner S.G., Karolchik D., Kirkup V.M., Meyer L.R., Long J.C., Maddren M., Raney B.J., Grasfeder L.L., Giresi P.G., Battenhouse A., Sheffield N.C., Showers K.A., London D., Bhinge A.A., Shestak C., Schaner M.R., Kim S.K., Zhang Z.Z., Mieczkowski P.A., Mieczkowska J.O., Liu Z., McDaniell R.M., Ni Y., Rashid N.U., Kim M.J., Adar S., Zhang Z., Wang T., Winter D., Keefe D., Iyer V.R., Zheng M., Wang P., Gertz J., Vielmetter J., Partridge E.C., Varley K.E., Gasper C., Bansal A., Pepke S., Jain P., Amrhein H., Bowling K.M., Anaya M., Cross M.K., Muratet M.A., Newberry K.M., McCue K., Nesmith A.S., Fisher-Aylor K.I., Pusey B., DeSalvo G., Parker S.L., Balasubramanian S., Davis N.S., Meadows S.K., Eggleston T., Newberry J.S., Levy S.E., Absher D.M., Wong W.H., Blow M.J., Visel A., Pennachio L.A., Petrykowska H.M., Abyzov A., Aken B., Barrell D., Barson G., Berry A., Bignell A., Boychenko V., Bussotti G., Davidson C., Despacio-Reyes G., Diekhans M., Ezkurdia I., Frankish A., Gilbert J., Gonzalez J.M., Griffiths E., Harte R., Hendrix D.A., Hunt T., Jungreis I., Kay M., Khurana E., Leng J., Lin M.F., Loveland J., Lu Z., Manthravadi D., Mariotti M., Mudge J., Mukherjee G., Notredame C., Pei B., Rodriguez J.M., Saunders G., Sboner A., Searle S., Sisu C., Snow C., Steward C., Tapanari E., Tress M.L., Van Baren M.J., Washietl S., Wilming L., Zadissa A., Zhang Z., Brent M., Haussler D., Valencia A., Addleman N., Alexander R.P., Auerbach R.K., Balasubramanian S., Bettinger K., Bhardwaj N., Boyle A.P., Cao A.R., Cayting P., Charos A., Cheng Y., Eastman C., Euskirchen G., Fleming J.D., Grubert F., Habegger L., Hariharan M., Harmanci A., Iyengar S., Jin V.X., Karczewski K.J., Kasowski M., Lacroute P., Lam H., Lamarre-Vincent N., Lian J., Lindahl-Allen M., Min R., Miotto B., Monahan H., Moqtaderi Z., Mu X.J., O’Geen H., Ouyang Z., Patacsil D., Raha D., Ramirez L., Reed B., Shi M., Slifer T., Witt H., Wu L., Xu X., Yan K.K., Yang X., Struhl K., Weissman S.M., Penalva L.O., Karmakar S., Bhanvadia R.R., Choudhury A., Domanus M., Ma L., Moran J., Victorsen A., Auer T., Centanin L., Eichenlaub M., Gruhl F., Heermann S., Hoeckendorf B., Inoue D., Kellner T., Kirchmaier S., Mueller C., Reinhardt R., Schertel L., Schneider S., Sinn R., Wittbrodt B., Wittbrodt J., Jain G., Balasundaram G., Bates D.L., Byron R., Canfield T.K., Diegel M.J., Dunn D., Ebersol A.K., Frum T., Garg K., Gist E., Hansen R.S., Boatman L., Haugen E., Humbert R., Johnson A.K., Johnson E.M., Kutyavin T.V., Lee K., Lotakis D., Maurano M.T., Neph S.J., Neri F.V., Nguyen E.D., Qu H., Reynolds A.P., Roach V., Rynes E., Sanchez M.E., Sandstrom R.S., Shafer A.O., Stergachis A.B., Thomas S., Vernot B., Vierstra J., Vong S., Wang H., Weaver M.A., Yan Y., Zhang M., Akey J.M., Bender M., Dorschner M.O., Groudine M., MacCoss M.J., Navas P., Stamatoyannopoulos G., Beal K., Brazma A., Flicek P., Johnson N., Lukk M., Luscombe N.M., Sobral D., Vaquerizas J.M., Batzoglou S., Sidow A., Hussami N., Kyriazopoulou-Panagiotopoulou S., Libbrecht M.W., Schaub M.A., Miller W., Bickel P.J., Banfai B., Boley N.P., Huang H., Li J.J., Noble W.S., Bilmes J.A., Buske O.J., Sahu A.D., Kharchenko P.V., Park P.J., Baker D., Taylor J., Lochovsky L. (2012) An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome. Nature. 489(7414), 57–74.
  28. Kundaje A., Meuleman W., Ernst J., Bilenky M., Yen A., Heravi-Moussavi A., Kheradpour P., Zhang Z., Wang J., Ziller M.J., Amin V., Whitaker J.W., Schultz M.D., Ward L.D., Sarkar A., Quon G., Sandstrom R.S., Eaton M.L., Wu Y.-C., Pfenning A.R., Wang X., Claussnitzer M., Liu Y., Coarfa C., Harris R.A., Shoresh N., Epstein C.B., Gjoneska E., Leung D., Xie W., Hawkins R.D., Lister R., Hong C., Gascard P., Mungall A.J., Moore R., Chuah E., Tam A., Canfield T.K., Hansen R.S., Kaul R., Sabo P.J., Bansal M.S., Carles A., Dixon J.R., Farh K.-H., Feizi S., Karlic R., Kim A.-R., Kulkarni A., Li D., Lowdon R., Elliott G., Mercer T.R., Neph S.J., Onuchic V., Polak P., Rajagopal N., Ray P., Sallari R.C., Siebenthall K.T., Sinnott-Armstrong N.A., Stevens M., Thurman R.E., Wu J., Zhang B., Zhou X., Beaudet A.E., Boyer L.A., De Jager P.L., Farnham P.J., Fisher S.J., Haussler D., Jones S.J.M., Li W., Marra M.A., McManus M.T., Sunyaev S., Thomson J.A., Tlsty T.D., Tsai L.-H., Wang W., Waterland R.A., Zhang M.Q., Chadwick L.H., Bernstein B.E., Costello J.F., Ecker J.R., Hirst M., Meissner A., Milosavljevic A., Ren B., Stamatoyannopoulos J.A., Wang T., Kellis M. (2015) Integrative analysis of 111 reference human epigenomes. Nature. 518(7539), 317–330.
  29. Ernst J., Kellis M. (2017) Chromatin-state discovery and genome annotation with ChromHMM. Nat. Protoc. 12(12), 2478–2492.
  30. Abramov S., Boytsov A., Bykova D., Penzar D.D., Yevshin I., Kolmykov S.K., Fridman M.V., Favorov A.V., Vorontsov I.E., Baulin E., Kolpakov F., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. (2021) Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome. Nat. Commun. 12(1), 2751.
  31. Ustiugova A.S., Korneev K.V., Kuprash D.V., Afanasyeva M.A. (2019) Functional SNPs in the human autoimmunity-associated locus 17q12-21. Genes. 10(2), 77.
  32. Schotte R., Nagasawa M., Weijer K., Spits H., Blom B. (2004) The ETS transcription factor Spi-B is required for human plasmacytoid dendritic cell development. J. Exp. Med. 200(11), 1503‒1509.
  33. Roberts N.J. (2020) Diverse and unexpected roles of human monocytes/macrophages in the immune response to influenza virus. Viruses. 12(4), 379.
  34. Nascimento C.R., Rodrigues Fernandes N.A., Gonzalez Maldonado L.A., Rossa Junior C. (2022) Comparison of monocytic cell lines U937 and THP-1 as macrophage models for in vitro studies. Biochem. Biophys. Rep. 32, 101383.
  35. Wang N., Liang H., Zen K. (2014) Molecular mechanisms that influence the macrophage M1-M2 polarization balance. Front. Immunol. 5, 614.
  36. Uvarova A.N., Stasevich E.M., Ustiugova A.S., Mitkin N.A., Zheremyan E.A., Sheetikov S.A., Zornikova K.V., Bogolyubova A.V., Rubtsov M.A., Kulakovskiy I.V., Kuprash D.V., Korneev K.V., Schwartz A.M. (2023) rs71327024 associated with COVID-19 hospitalization reduces CXCR6 promoter activity in human CD4+ T cells via disruption of c-Myb binding. Int. J. Mol. Sci. 24(18), 13790.
  37. Korneev K.V., Sviriaeva E.N., Mitkin N.A., Gorbacheva A.M., Uvarova A.N., Ustiugova A.S., Polanovsky O.L., Kulakovskiy I.V., Afanasyeva M.A., Schwartz A.M., Kuprash D.V. (2020) Minor C allele of the SNP rs7873784 associated with rheumatoid arthritis and type-2 diabetes mellitus binds PU.1 and enhances TLR4 expression. Biochim. Biophys. Acta – Mol. Basis Dis. 1866(3), 165626.
  38. Fisher R.C., Scott E.W. (1998) Role of PU.1 in hematopoiesis. Stem Cells. 16 (1), 25–37.
  39. Orozco G., Schoenfelder S., Walker N., Eyre S., Fraser P. (2022) 3D genome organization links non-coding disease-associated variants to genes. Front. Cell Dev. Biol. 10, 995388.
  40. Johnston A.D., Simões-Pires C.A., Thompson T.V., Suzuki M., Greally J.M. (2019) Functional genetic variants can mediate their regulatory effects through alteration of transcription factor binding. Nat. Commun. 10(1), 3472.
  41. Lin S.H., Thakur R., Machiela M.J. (2021) LDexpress: an online tool for integrating population-specific linkage disequilibrium patterns with tissue-specific expression data. BMC Bioinform. 22(1), 608.
  42. Kawai T., Takeshita S., Imoto Y., Matsumoto Y., Sakashita M., Suzuki D., Shibasaki M., Tamari M., Hirota T., Arinami T., Fujieda S., Noguchi E. (2009) Associations between decay-accelerating factor polymorphisms and allergic respiratory diseases. Clin. Exp. Allergy. 39(10), 1508‒1514.
  43. Свиряева Е.Н., Корнеев К.В., Друцкая М.С., Купраш Д.В. (2016) Механизмы перестройки иммунного ответа при вирусно-бактериальных коинфекциях дыхательных путей (обзор). Биохимия. 81(11), 1593‒1603.
  44. Perico L., Benigni A., Casiraghi F., Ng L.F.P., Renia L., Remuzzi G. (2021) Immunity, endothelial injury and complement-induced coagulopathy in COVID-19. Nat. Rev. Nephrol. 17(1), 46‒64.
  45. Latreille E., Lee W.L. (2021) Interactions of influenza and sars-cov-2 with the lung endothelium: Similarities, differences, and implications for therapy. Viruses. 13(2), 161.
  46. Aydin Ozgur B., Coskunpinar E., Bilgic Gazioglu S., Yilmaz A., Musteri Oltulu Y., Cakmakoglu B., Deniz G., Gurol A.O., Yilmaz M.T. (2020) Effects of complement regulators and chemokine receptors in type 2 diabetes. Immunol. Invest. 50(5), 478‒491.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Схематическое изображение расположения rs2564978 в промоторе гена CD55, визуализированное с помощью UCSC Genome Browser (GRCh38/hg38). Синим обозначена область промотора гена CD55. Красной вертикальной линией обозначено местонахождение однонуклеотидного полиморфизма rs2564978. Гистограммы показывают расположение модификаций гистонов, ассоциированных с активными регуляторными участками генома (моно/триметилирование H3K4, ацетилирование H3K27; Roadmap), в CD14+ моноцитах. Прямоугольниками отмечены кластеры гиперчувствительности к ДНКазе I в CD14+ моноцитах и сайты связывания транскрипционных факторов (ChIP-seq ENCODE). ChromHMM характеризует активность хроматина в нескольких субпопуляциях CD14+ моноцитов (по данным Roadmap): красным и оранжевым обозначены промотороподобные, желтым – энхансероподобные области.

Скачать (210KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Активность промотора гена CD55 снижается в присутствии минорного rs2564978(Т) аллеля в клеточной модели макрофагов. а – Схема люциферазной репортерной конструкции pGL3-basic, содержащей промотор гена CD55 с альтернативными аллелями rs2564978. б – Стимуляция моноцитов U937 с помощью PMA или PMA+ЛПС увеличивает аллель-зависимую разницу в активности промотора CD55. Экспрессия репортерной люциферазы была нормализована по экспрессии люциферазы внутреннего контроля (Renilla). в – Относительный уровень экспрессии мРНК CD55 в неактивированных U937 (PBS) и после стимуляции PMA или PMA+ЛПС. На графиках представлены результаты трех экспериментов в виде средних значений ± SEM. *P < 0.05 – различие между вариантами rs2564978(С) и rs2564978(Т), ###P < 0.0001 – различие между нестимулированными (PBS) и активированными клетками (непарный t-критерий Стьюдента).

Скачать (139KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Генетический нокдаун PU.1 (SPI1) в активированных моноцитах U937 снижает активность промотора CD55, содержащего мажорный rs2564978(C) аллель. а – Logo-диаграмма сайта связывания PU.1 (SPI1) из базы данных HOCOMOCO v11 и наложенные на нее последовательности промотора CD55, содержащие разные аллели rs2564978 (выделены цветом). Над последовательностями обозначены значения P-value мотивов, которые характеризуют предсказанную специфичность связывания PU.1 для альтернативных аллелей. б – Относительный уровень экспрессии мРНК SPI1 в неактивированных U937 (PBS), в стимулированных PMA или PMA+ЛПС моноцитах U937. *P < 0.05 – различие между уровнем экспрессии мРНК SPI1 в PMA+ЛПС стимулированных моноцитах U937 и в неактивированных U937 (непарный t-критерий Стьюдента). в – Относительный уровень экспрессии мРНК SPI1 в клетках U937 при нокдауне SPI1. *P < 0.05 (непарный t-критерий Стьюдента). г – Относительный уровень активности репортерной люциферазы под промотором CD55 с разными вариантами rs2564978 при нокдауне SPI1 в активированных клетках линии U937. Нормирование по активности люциферазы внутреннего контроля. Контролем служили немодифицированные клетки (контроль) и трансфицированные неспецифической siРНК (siRNA-scr). *P < 0.05 – различие между rs2564978(С) и rs2564978(Т) вариантами (непарный t-критерий Стьюдента). #P < 0.05 – различие между вариантом rs2564978(С) при нокдауне SPI1, контролем и siRNA-scr. д – Относительный уровень экспрессии мРНК CD55 при нокдауне SPI1. Представлены средние значения ± SEM, вычисленные по результатам трех экспериментов.

Скачать (199KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Гипотетическая схема аллель-специфического влияния rs2564978 на развитие патологических осложнений, связанных с гиперактивацией системы комплемента (изображение сделано с помощью BioRender.com).

Скачать (204KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».