Поиск прогностических маркеров гепатоцеллюлярной карциномы с помощью интеллектуального анализа текстов и данных

Транскатетерная артериальная химиоэмболизация ‒ один из интервенционных методов лечения гепатоцеллюлярной карциномы (ГЦК). Этот метод обычно используют для пациентов с ГЦК от промежуточной до прогрессирующей стадий. Логично предположить, что идентификация генов, связанных с ГЦК, позволит повысить результативность транскатетерной артериальной химиоэмболизации. С целью исследовать роль связанных с ГЦК генов, и предоставить достоверные доказательства лечения с применением транскатетерной артериальной химиоэмболизации мы провели комплексный биоинформатический анализ. С помощью интеллектуального анализа текста (“гепатоцеллюлярная карцинома”) и анализа данных микрочипа (GSE104580) мы получили стандартный набор генов, который проанализировали по генной онтология и Киотской энциклопедии генов и геномов (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Значимые восемь генов, кластеризованные в сеть белок-белковых взаимодействий, выбрали для дальнейших исследований. При анализе выживаемости обнаружено, что низкая экспрессия ключевых генов тесно связана с показателем выживаемости пациентов, принимавших участие в исследовании. Для оценки корреляции между экспрессией ключевых генов и иммунной инфильтрацией опухоли использовали корреляционный анализ Пирсона. В результате идентифицировано 15 препаратов, нацеленных на семь из восьми исследованных генов, на основании чего их можно рассматривать как потенциальные лекарственные компоненты для транскатетерной артериальной химиоэмболизации при лечении ГЦК.