Фекальная микробиота забайкальских верблюдов (Camelus bactrianus) при различных условиях содержания

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Выявлено микробное разнообразие в образцах фекалий двугорбых верблюдов Забайкалья при различных условиях содержания (свободный выпас, смешанное и стойловое содержание) с помощью высокопроизводительного секвенирования V3‒V4 вариабельных участков гена 16S рРНК. Показано, что прокариотное сообщество в фекальной микробиоте является разнообразным, и зависит от условий содержания верблюдов. Наиболее распространенными филумами фекальной микробиоты верблюдов были Bacillota и Bacteroidota. Филум Verrucomicrobiota являлся кодоминантом в фекальной микробиоте I и II группы животных, Actinomycetota — в микробном сообществе фекалий верблюдов III группы. Изменения в структуре фекальной микробиоты и таксономическом составе происходят в зависимости от условий содержания. Различия в сообществах фекальной микробиоты между самками и самцами верблюдов заключались в обилии таксонов, а не в их присутствии или отсутствии. Полученные результаты вносят вклад в современное понимание фекальной микробиоты верблюдов при различных условиях содержания и предоставляют свидетельства о влиянии питания на микробиоту фекалий при различных условиях содержания. Наши результаты могут быть полезны для решения вопросов воспроизведения и сохранения забайкальского верблюда (Camelus bactrianus).

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Е. В. Лаврентьева

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН; Бурятский государственный университет имени Доржи Банзарова

Автор, ответственный за переписку.
Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047; Улан-Удэ, 670000

Т. Г. Банзаракцаева

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047

Д. Д. Цыренова

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047

В. Б. Дамбаев

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047

Ш. А. Бегматов

ФИЦ “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Москва, 119071

А. В. Марданов

ФИЦ “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Москва, 119071

Д. Д. Бархутова

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047

Список литературы

  1. Aricha H., Simujide H., Wang C., Zhang J., Lv W., Jimisi X., Liu B., Chen H., Zhang C., He L., Cui Y., Gao R., Aorigele C. Comparative analysis of fecal microbiota of grazing mongolian cattle from different regions in Inner Mongolia, China // Animals (Basel). 2021. V. 11. Art. 1938.
  2. Bhatt V.D., Dande S.S., Patil N.V., Joshi C.G. Molecular analysis of the bacterial microbiome in the forestomach fluid from the dromedary camel (Camelus dromedarius) // Mol. Biol. Rep. 2013. V. 40. P. 3363–3371.
  3. Edgar R.C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST // Bioinformatics. 2010. V. 26. P. 2460–2461.
  4. Frey B., Rime T., Phillips M., Stierli B., Hajdas I., Widmer F., Hartmann M. Microbial diversity in European alpine permafrost and active layers // FEMS Microbiol. Ecol. 2016. V. 92. Art. fiw018.
  5. Gharechahi J., Sarikhan S., Han J.L., Ding X. Zh., Salekdeh G.H. Functional and phylogenetic analyses of camel rumen microbiota associated with different lignocellulosic substrates // NPJ Biofilms Microbiomes. 2022. V. 8. Art. 46.
  6. Gharechahi J., Zahiri H.S., Noghabi K.A., Salekdeh G.H. In-depth diversity analysis of the bacterial community resident in the camel rumen // Syst. Appl. Microbiol. 2015. V. 38. P. 67–76.
  7. Holechek J.L., Vavra M., Pieper R.D. Botanical composition determination of range herbivore diets: a review // J. Range Manage. 1982. V. 35. P. 309–315.
  8. He J., Yi L., Hai L. Ming L., Gao W., Ji R. Characterizing the bacterial microbiota in different gastrointestinal tract segments of the Bactrian camel // Sci. Rep. 2018. V. 8. Art. 654.
  9. He J., Hai L., Orgoldol K., Yi L., Ming L., Guo F., Li G., Ji R. High-throughput sequencing reveals the gut microbiome of the Bactrian camel in different ages // Curr. Microbiol. 2019. V. 76. P. 810–817.
  10. Henderson G., Cox F., Ganesh S., Jonker A., Young W. Global Rumen Census Collaborators & Janssen, P.H. Rumen microbial community composition varies with diet and host, but a core microbiome is found across a wide geographical range // Sci. Rep. 2015. V. 5. Art. 14567.
  11. Huo W., Zhu W., Mao S. Impact of subacute ruminal acidosis on the diversity of liquid and 446 solid-associated bacteria in the rumen of goats // World J. Microbiol. Biotechnol. 2014. V. 30. P. 669–680.
  12. Rabee A.E., Forster R., Elekwachi C., Sabra E., Lamara M. Comparative analysis of the metabolically active microbial communities in the rumen of dromedary camels under different feeding systems using total rRNA sequencing // Peer J. 2020. V. 8. Art. e10184.
  13. Rognes T., Flouri T., Nichols B., Quince C., Mahé F. VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics // Peer J. 2016. V. 4. Art. e2584.
  14. Karnachuk O.V., Panova I.A., Panov V.L., Ikkert O.P., Kadnikov V.V., Rusanov I.I., Avakyan M.R., Glukhova L.B., Lukina A.P., Rakitin A.V., Begmatov S, Beletsky A.V., Pimenov N.V., Ravin N.V. Active sulfate-reducing bacterial community in the camel gut // Microorganisms. 2023. V. 11. Art. 401.
  15. Liu Y., Zhang G., Yang J., Cheng Y., Ye L., Lai X.H., Yang C., Ma C., Tao Y., Jin D., Lu S., Liu L., Xu J. Arthrobacter caoxuetaonis sp. nov., Arthrobacter zhangbolii sp. nov. and Arthrobacter gengyunqii sp. nov., isolated from Marmota himalayana faeces from Qinghai-Tibet Plateau // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2023. V. 73. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005742
  16. Magoc T., Salzberg S. FLASH: Fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies // Bioinformatics. 2011. V. 27. P. 2957–2963.
  17. Ming L., Yi L., Siriguleng., Hasi S., He J., Hai L., Wang Z., Guo F., Qiao X., Jirimutu. Comparative analysis of fecal microbial communities in cattle and Bactrian camels // PLoS One. 2017. V. 12. Art. e0173062.
  18. Mohandesan E., Fitak R.R., Corander J., Yadamsuren A., Chuluunbat B., Abdelhadi O., Raziq A., Nagy P., Stalder G., Walzer C. Mitogenome sequencing in the genus Camelus reveals evidence for purifying selection and long-term divergence between wild and domestic Bactrian camels // Sci. Rep. 2017. V. 7. Art. 9970.
  19. Samsudin A.A., Evans P.N., Wright A.D., Aj Jassim R. Molecular diversity of the foregut bacteria community in the dromedary camel (Camelus dromedarius) // Environ. Microbiol. 2011. V. 13. P. 3024–3035.
  20. Zhang G., Yang J., Jin D., Lai X.H., Lu S., Ren Z., Qin T., Liu L., Pu J., Liu Y., Ye L., Zhou J., Lv X., Tao Y., Xu J. Arthrobacter sunyaminii sp. nov. and Arthrobacter jiangjiafuii sp. nov., new members in the genus Arthrobacter // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2022. V. 72.
  21. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005181

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Тепловая карта, показывающая иерархическую кластеризацию состава фекальной микробиоты среди трех групп (I, II, III) животных на основе высокопроизводительного секвенирования ампликонов гена 16S рРНК (I-1, II-1, III-1 самки; I-2, II-2, III-2 самцы).

Скачать (308KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах