Фекальная микробиота забайкальских верблюдов (Camelus bactrianus) при различных условиях содержания

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Выявлено микробное разнообразие в образцах фекалий двугорбых верблюдов Забайкалья при различных условиях содержания (свободный выпас, смешанное и стойловое содержание) с помощью высокопроизводительного секвенирования V3‒V4 вариабельных участков гена 16S рРНК. Показано, что прокариотное сообщество в фекальной микробиоте является разнообразным, и зависит от условий содержания верблюдов. Наиболее распространенными филумами фекальной микробиоты верблюдов были Bacillota и Bacteroidota. Филум Verrucomicrobiota являлся кодоминантом в фекальной микробиоте I и II группы животных, Actinomycetota — в микробном сообществе фекалий верблюдов III группы. Изменения в структуре фекальной микробиоты и таксономическом составе происходят в зависимости от условий содержания. Различия в сообществах фекальной микробиоты между самками и самцами верблюдов заключались в обилии таксонов, а не в их присутствии или отсутствии. Полученные результаты вносят вклад в современное понимание фекальной микробиоты верблюдов при различных условиях содержания и предоставляют свидетельства о влиянии питания на микробиоту фекалий при различных условиях содержания. Наши результаты могут быть полезны для решения вопросов воспроизведения и сохранения забайкальского верблюда (Camelus bactrianus).

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Е. В. Лаврентьева

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН; Бурятский государственный университет имени Доржи Банзарова

Автор, ответственный за переписку.
Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047; Улан-Удэ, 670000

Т. Г. Банзаракцаева

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047

Д. Д. Цыренова

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047

В. Б. Дамбаев

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047

Ш. А. Бегматов

ФИЦ “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Москва, 119071

А. В. Марданов

ФИЦ “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Москва, 119071

Д. Д. Бархутова

Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН

Email: lena_l@mail.ru
Россия, Улан-Удэ, 660047

Список литературы

  1. Aricha H., Simujide H., Wang C., Zhang J., Lv W., Jimisi X., Liu B., Chen H., Zhang C., He L., Cui Y., Gao R., Aorigele C. Comparative analysis of fecal microbiota of grazing mongolian cattle from different regions in Inner Mongolia, China // Animals (Basel). 2021. V. 11. Art. 1938.
  2. Bhatt V.D., Dande S.S., Patil N.V., Joshi C.G. Molecular analysis of the bacterial microbiome in the forestomach fluid from the dromedary camel (Camelus dromedarius) // Mol. Biol. Rep. 2013. V. 40. P. 3363–3371.
  3. Edgar R.C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST // Bioinformatics. 2010. V. 26. P. 2460–2461.
  4. Frey B., Rime T., Phillips M., Stierli B., Hajdas I., Widmer F., Hartmann M. Microbial diversity in European alpine permafrost and active layers // FEMS Microbiol. Ecol. 2016. V. 92. Art. fiw018.
  5. Gharechahi J., Sarikhan S., Han J.L., Ding X. Zh., Salekdeh G.H. Functional and phylogenetic analyses of camel rumen microbiota associated with different lignocellulosic substrates // NPJ Biofilms Microbiomes. 2022. V. 8. Art. 46.
  6. Gharechahi J., Zahiri H.S., Noghabi K.A., Salekdeh G.H. In-depth diversity analysis of the bacterial community resident in the camel rumen // Syst. Appl. Microbiol. 2015. V. 38. P. 67–76.
  7. Holechek J.L., Vavra M., Pieper R.D. Botanical composition determination of range herbivore diets: a review // J. Range Manage. 1982. V. 35. P. 309–315.
  8. He J., Yi L., Hai L. Ming L., Gao W., Ji R. Characterizing the bacterial microbiota in different gastrointestinal tract segments of the Bactrian camel // Sci. Rep. 2018. V. 8. Art. 654.
  9. He J., Hai L., Orgoldol K., Yi L., Ming L., Guo F., Li G., Ji R. High-throughput sequencing reveals the gut microbiome of the Bactrian camel in different ages // Curr. Microbiol. 2019. V. 76. P. 810–817.
  10. Henderson G., Cox F., Ganesh S., Jonker A., Young W. Global Rumen Census Collaborators & Janssen, P.H. Rumen microbial community composition varies with diet and host, but a core microbiome is found across a wide geographical range // Sci. Rep. 2015. V. 5. Art. 14567.
  11. Huo W., Zhu W., Mao S. Impact of subacute ruminal acidosis on the diversity of liquid and 446 solid-associated bacteria in the rumen of goats // World J. Microbiol. Biotechnol. 2014. V. 30. P. 669–680.
  12. Rabee A.E., Forster R., Elekwachi C., Sabra E., Lamara M. Comparative analysis of the metabolically active microbial communities in the rumen of dromedary camels under different feeding systems using total rRNA sequencing // Peer J. 2020. V. 8. Art. e10184.
  13. Rognes T., Flouri T., Nichols B., Quince C., Mahé F. VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics // Peer J. 2016. V. 4. Art. e2584.
  14. Karnachuk O.V., Panova I.A., Panov V.L., Ikkert O.P., Kadnikov V.V., Rusanov I.I., Avakyan M.R., Glukhova L.B., Lukina A.P., Rakitin A.V., Begmatov S, Beletsky A.V., Pimenov N.V., Ravin N.V. Active sulfate-reducing bacterial community in the camel gut // Microorganisms. 2023. V. 11. Art. 401.
  15. Liu Y., Zhang G., Yang J., Cheng Y., Ye L., Lai X.H., Yang C., Ma C., Tao Y., Jin D., Lu S., Liu L., Xu J. Arthrobacter caoxuetaonis sp. nov., Arthrobacter zhangbolii sp. nov. and Arthrobacter gengyunqii sp. nov., isolated from Marmota himalayana faeces from Qinghai-Tibet Plateau // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2023. V. 73. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005742
  16. Magoc T., Salzberg S. FLASH: Fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies // Bioinformatics. 2011. V. 27. P. 2957–2963.
  17. Ming L., Yi L., Siriguleng., Hasi S., He J., Hai L., Wang Z., Guo F., Qiao X., Jirimutu. Comparative analysis of fecal microbial communities in cattle and Bactrian camels // PLoS One. 2017. V. 12. Art. e0173062.
  18. Mohandesan E., Fitak R.R., Corander J., Yadamsuren A., Chuluunbat B., Abdelhadi O., Raziq A., Nagy P., Stalder G., Walzer C. Mitogenome sequencing in the genus Camelus reveals evidence for purifying selection and long-term divergence between wild and domestic Bactrian camels // Sci. Rep. 2017. V. 7. Art. 9970.
  19. Samsudin A.A., Evans P.N., Wright A.D., Aj Jassim R. Molecular diversity of the foregut bacteria community in the dromedary camel (Camelus dromedarius) // Environ. Microbiol. 2011. V. 13. P. 3024–3035.
  20. Zhang G., Yang J., Jin D., Lai X.H., Lu S., Ren Z., Qin T., Liu L., Pu J., Liu Y., Ye L., Zhou J., Lv X., Tao Y., Xu J. Arthrobacter sunyaminii sp. nov. and Arthrobacter jiangjiafuii sp. nov., new members in the genus Arthrobacter // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2022. V. 72.
  21. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005181

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Тепловая карта, показывающая иерархическую кластеризацию состава фекальной микробиоты среди трех групп (I, II, III) животных на основе высокопроизводительного секвенирования ампликонов гена 16S рРНК (I-1, II-1, III-1 самки; I-2, II-2, III-2 самцы).

Скачать (308KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».