Новый бактериофаг Pseudomonas phage Ka1 из притока озера Байкал

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Из воды притока озера Байкал, в районе сброса очищенных сточных вод г. Слюдянка, выделен бактериофаг Pseudomonas phage Ka1. Геном бактериофага размером 46092 п.о. и 50% составом Г + Ц пар (AN OP455935.1) имеет идентичность в 91% с геномом Pseudomonas phage PSA37, относящимся к Bruynoghevirus из класса Caudoviricetes, что характеризует его как нового представителя Luz24-подобных фагов (Bruynoghevirus). Бактериофаг лизирует 62% клинических изолятов Pseudomonas aeruginosa и способен повышать эффективность гентамицина, ципрофлоксацина, имипинема и меропенема в 4‒8 раз в отношении этой бактерии. В геноме не идентифицировано интеграз, транспозаз и рекомбиназ, что делает Pseudomonas phage Ka1 возможным для использования в комплексной терапии инфекций, вызванных P. aeruginosa.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

М. С. Федорова

Казанский (Приволжский) федеральный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: MaSFedorova97@mail.ru
Россия, 420008, Казань

А. Э. Гатина

Казанский (Приволжский) федеральный университет

Email: MaSFedorova97@mail.ru
Россия, 420008, Казань

В. Н. Ильина

Казанский (Приволжский) федеральный университет

Email: MaSFedorova97@mail.ru
Россия, 420008, Казань

Л. Л. Ядыкова

Казанский (Приволжский) федеральный университет

Email: MaSFedorova97@mail.ru
Россия, 420008, Казань

В. В. Дрюккер

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Email: MaSFedorova97@mail.ru
Россия, 664033, Иркутск

А. С. Горшкова

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Email: MaSFedorova97@mail.ru
Россия, 664033, Иркутск

А. Р. Каюмов

Казанский (Приволжский) федеральный университет

Email: MaSFedorova97@mail.ru
Россия, 420008, Казань

Е. Ю. Тризна

Казанский (Приволжский) федеральный университет

Email: MaSFedorova97@mail.ru
Россия, 420008, Казань

Список литературы

  1. Ames B. N. The detection of chemical mutagens with enteric bacteria // Chemical mutagens: principles and methods for their detection. V. 1. Boston, MA: Springer US, 1971. P. 267–282.
  2. Andrews S., Krueger F., Segonds-Pichon A., Biggins L., Krueger C., Wingett S. FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. 2010.
  3. Aziz R., Bartels D., Best A., DeJongh M., Disz T., Edwards R., Formsma K., Gerdes S., Glass E., Kubal M., Meyer F., Olsen G., Olson R., Osterman A., Overbeek R., McNeil L., Paarmann D., Paczian T., Parrello B., Pusch1 G., Reich C., Stevens R., Vassieva O., Vonstein V., Wilke A., Zagnitko O. The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology // BMC Genomics. 2008. V. 9. Art. 75. P. 1–15.
  4. Endersen L., Coffey A. The use of bacteriophages for food safety // Curr. Opin. Food Sci. 2020. V. 36. P. 1–8.
  5. Ferry T., Kolenda C., Laurent F., Leboucher G., Merabischvilli M., Djebara S., Gustave C.-A., Perpoint T., Barrey C., Pirnay J.-P., Resch G. Personalized bacteriophage therapy to treat pandrug-resistant spinal Pseudomonas aeruginosa infection // Nature Commun. 2022. V. 13. Art. 4239.
  6. Fister S., Mester P., Witte A. K., Sommer J., Schoder D., Rossmanith P. Part of the problem or the solution? Indiscriminate use of bacteriophages in the food industry can reduce their potential and impair growth-based detection methods // Trends Food Sci. Technol. 2019. V. 90. P. 170–174.
  7. Fong P., Boss D., Yap T., Tutt A., Wu P., Mergui-Roelvink M., Mortimer P., Swaisland H., Lau A., O’Connor M., Ashworth A., Carmichael J., Kaye S., Schellens J., de Bono J. Inhibition of poly (ADP-ribose) polymerase in tumors from BRCA mutation carriers // New England J. Med. 2009. V. 361. P. 123–134.
  8. Gratia A. Des relations numériques entre bactéries lysogènes et particules de bactériophages // Annales de l’Institut Pasteur. Masson Publishing, France, 1936. Т. 57.
  9. Guo Z., Lin H., Ji X., Yan G., Lei L., Han W., Gu J., Huang J. Therapeutic applications of lytic phages in human medicine // Microb. Pathogen. 2020. V. 142. Art. 104048.
  10. Kayumov A., Khakimullina E., Sharafutdinov I., Trizna E., Latypova L., Lien H., Margulis A., Bogachev M., Kurbangalieva A. Inhibition of biofilm formation in Bacillus subtilis by new halogenated furanones // J. Antibiot. 2015. V. 68. P. 297–301.
  11. Kortright K., Chan B., Koff J., Turner P. Phage therapy: a renewed approach to combat antibiotic-resistant bacteria // Cell Host & Microbe. 2019. V. 25. P. 219–232.
  12. Leclercq R., Canton R., Brown D., Giske C., Heisig P., MacGowan A., Mouton J., Nordmann P., Rodloff A., Rossolini G., Soussy C.-J., Steinbakk M., Winstanley T., Kahlmeter G. EUCAST expert rules in antimicrobial susceptibility testing // Clin. Microbiol. Infect. 2013. V. 19. P. 141–160.
  13. Li L., Zhong Q., Zhao Y., Bao J., Liu B., Zhong Z., Wang J., Yang L., Zhang T., Cheng M., Wu N., Zhu T., Le S. First‐in‐human application of double‐stranded RNA bacteriophage in the treatment of pulmonary Pseudomonas aeruginosa infection // Microb. Biotechnol. 2023. V. 16. P. 862–867.
  14. Mazzocco A., Waddell T., Lingohr E., Johnson R. Enumeration of bacteriophages using the small drop plaque assay system // Bacteriophages: methods and protocols. V. 1: Isolation, characterization, and interactions. 2009. P. 81–85.
  15. Mielko K., Jabłoński S., Milczewska J., Sands D., Łukaszewicz M., Młynarz P. Metabolomic studies of Pseudomonas aeruginosa // World J. Microbiol. Biotechnol. 2019. V. 35. P. 1–11.
  16. La Rosa R., Rossi E., Feist A., Johansen H., Molin S. Compensatory evolution of Pseudomonas aeruginosa’s slow growth phenotype suggests mechanisms of adaptation in cystic fibrosis // Nature Commun. 2021. V. 12. Art. 3186.
  17. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. Molecular cloning a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. 2nd edn.
  18. Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation // Bioinformatics. 2014. V. 30. P. 2068–2069.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. S1. Круговая диаграмма кодирующих последовательностей генома Pseudomonas

Скачать (496KB)
Метаданные
3. Приложение
Скачать (92KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».