Hydrocarbon-Oxidizing Bacteria of the Bottom Ecotopes of the Barents and Pechora Seas

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

Microorganisms capable of degrading hydrocarbons are regular components of natural microbial communities and play an important role in self-purification of marine environments from oil contamination. High-throughput sequencing of the 16S rRNA gene V4 variable region was used to analyze microbial communities of the Barents and Pechora seas and of the microcosms with a spectrum of hydrocarbon substrates: oil, n-nonane, n-undecane, and phenanthrene. The Barents Sea communities of hydrocarbon-oxidizing microorganisms were characterized by predominance of the genera Pseudoalteromonas, Pseudomonas, Porticoccus, and Oleispira, while those of the Pechora Sea contained members of the genera Rhodococcus, Dietzia, Sphingorhabdus, and Hyphomonas. Pure cultures of these microorganisms were shown to utilize the major oil hydrocarbons: n-alkanes, cycloalkanes, and aromatic compounds.

全文:

受限制的访问

作者简介

V. Pyrkin

Lomonosov Moscow State University

编辑信件的主要联系方式.
Email: vladisluw@yandex.ru
俄罗斯联邦, Moscow

L. Gavirova

Lomonosov Moscow State University

Email: vladisluw@yandex.ru
俄罗斯联邦, Moscow

A. Stroeva

Lomonosov Moscow State University

Email: vladisluw@yandex.ru
俄罗斯联邦, Moscow

A. Merkel

Winogradsky Institute of Microbiology, Federal Research Center of Biotechnology, Russian Academy of Sciences

Email: vladisluw@yandex.ru
俄罗斯联邦, Moscow

O. Vidishcheva

Lomonosov Moscow State University

Email: vladisluw@yandex.ru
俄罗斯联邦, Moscow

A. Kalmykov

Lomonosov Moscow State University

Email: vladisluw@yandex.ru
俄罗斯联邦, Moscow

E. Bonch-Osmolovskaya

Lomonosov Moscow State University; Winogradsky Institute of Microbiology, Federal Research Center of Biotechnology, Russian Academy of Sciences

Email: vladisluw@yandex.ru
俄罗斯联邦, Moscow; Moscow

参考

  1. Гордадзе Г. Н., Гируц М. В., Пошибаева А. Р., Кошелев В. Н. Химия нефти с основами органической геохимии. М.: РГУ нефти и газа имени И. М. Губкина, 2015. 80 с.
  2. Еремин Н. А., Кондратюк А. Т., Еремин А. Н. Ресурсная база нефти и газа арктического шельфа России // Георесурсы, геоэнергетика, геополитика. 2010. № 1 (1). С. 23.
  3. Меркель А. Ю., Тарновецкий И. Ю., Подосокорская О. А., Тощаков С. В. Анализ систем праймеров на ген 16S рРНК для профилирования термофильных микробных сообществ // Микробиология. 2019. Т. 88. С. 655–664.
  4. Merkel A. Yu., Tarnovetskii I. Yu., Podosokorskaya O. A., Toshchakov S. V. Analysis of 16S rRNA primer systems for profiling of thermophilic microbial communities // Microbiology (Moscow). 2019. V. 88. P. 671–681.
  5. Патин С. А. Нефть и экология континентального шельфа. М.: Издательство ВНИРО, 2017. 284 с.
  6. Callahan B. J., McMurdie P.J., Rosen M. J., Han A. W., Johnson A. J.A., Holmes S. P. DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data // Nature Methods. 2016. V. 13. P. 581–583.
  7. Caruso V., Song X., Asquith M., Karstens L. Performance of microbiome sequence inference methods in environments with varying biomass // MSystems. 2019. V. 4. https://doi.org/10.1128/msystems.00163–18.
  8. De Carvalho C. C.C.R., Costa S. S., Fernandes P., Couto I., Viveiros M. Membrane transport systems and the biodegradation potential and pathogenicity of genus Rhodococcus // Front. Physiol. 2014. V. 5. Art. 133.
  9. Fisher S. J., Alexander R., Kagi R. I., Oliver G. A. Aromatic hydrocarbons as indicators of biodegradation in north Western Australian reservoirs // Sedimentary Basins of Western Australia: West Australian Basins Symposium / Ed. Purcell P. G., Purcell R. R. Perth, 1998. P. 185–194.
  10. Gohl D. M., Vangay P., Garbe J., MacLean A., Hauge A., Becker A., Beckman K. B. Systematic improvement of amplicon marker gene methods for increased accuracy in microbiome studies // Nature Biotechnol. 2016. V. 34. P. 942–949.
  11. Hugerth L. W., Wefer H. A., Lundin S., Jakobsson H. E., Lindberg M., Rodin S., Andersson A. F. DegePrime, a program for degenerate primer design for broad-taxonomic-range PCR in microbial ecology studies // Appl. Environ. Microbiol. 2014. V. 80. P. 5116–5123.
  12. Lea-Smith D.J., Biller S. J., Davey M. P., Cotton C. A., Perez Sepulveda B. M., Turchyn A. V., Howe C. J. Contribution of cyanobacterial alkane production to the ocean hydrocarbon cycle // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2015. V. 112. P. 13591–13596.
  13. Nõlvak H., Dang N. P., Truu M., Peeb A., Tiirik K., O’Sadnick M., Truu J. Microbial community dynamics during biodegradation of crude oil and its response to biostimulation in Svalbard seawater at low temperature // Microorganisms. 2021. V. 9. Art. 2425.
  14. Quast C., Pruesse E., Yilmaz P., Gerken J., Schweer T., Yarza P., Glöckner F. O. The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools // Nucl. Acids Res. 2012. V. 41. D1. P. D590–D596.
  15. Rogozhin V., Osadchiev A., Konovalova O. Structure and variability of the Pechora plume in the southeastern part of the Barents Sea // Front. Mar. Sci. 2023. V. 10. Art. 1052044.
  16. Wang X. B., Chi C. Q., Nie Y., Tang Y. Q., Tan Y., Wu G., Wu X. L. Degradation of petroleum hydrocarbons (C6–C40) and crude oil by a novel Dietzia strain // Bioresour. Technol. 2011. V. 102. P. 7755–7761.

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
2. Fig. 1. Averaged phylogenetic composition of microcosm communities from bottom water and soil of the Barents (a) and Pechora (b) Seas obtained by NGS profiling on 16S rRNA gene

下载 (306KB)
3. Fig. 2. Histogram of ratios of biodegradation markers of n-alkanes (a) and aromatic compounds (b) by the studied pure cultures of microorganisms

下载 (236KB)

版权所有 © Russian Academy of Sciences, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».