PHYLOGENY OF  TRICHIA BRUNNEA  AND NEW NAMES IN THE GENUS  ARCYRIA  ( TRICHIALES ,  MYXOMYCETES )

A. V. Vlasenko; Власенко А. В.; Yu. K. Novozhilov; Новожилов Ю. К.; A. A. Bondar; Бондарь А. А.; V. A. Vlasenko; Власенко В. А.

doi:10.31857/S0026364823060144

Филогения Trichia brunnea и новое название в роде Arcyria (Trichiales, Myxomycetes)

Авторы: Власенко А.В.¹, Новожилов Ю.К.², Бондарь А.А.³, Власенко В.А.¹
Учреждения:
1. Центральный Сибирский ботанический сад СО РАН
2. Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН
3. Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
Выпуск: Том 57, № 6 (2023)
Страницы: 385-393
Раздел: БИОРАЗНООБРАЗИЕ, СИСТЕМАТИКА, ЭКОЛОГИЯ
URL: https://journals.rcsi.science/0026-3648/article/view/231878
DOI: https://doi.org/10.31857/S0026364823060144
EDN: https://elibrary.ru/ICWLOV
ID: 231878

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ
Доступ закрыт

Доступ предоставлен
Доступ закрыт

Только для подписчиков

Аннотация
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Недавние филогенетические исследования указывают на таксономическую неопределенность некоторых видов рода Arcyria (Arcyriaceae) и Trichia (Trichiaceae). Например, филогенетическое положение Trichia brunnea до сих пор было не определено. Мы пересмотрели таксономическое положение этого вида на основе обширной выборки последовательностей 18S ярДНК, а также на морфологическом анализе спорокарпов и спор. Кратко представлена номенклатурная история T. brunnea и дано исчерпывающее морфологическое описание вида. В результате мы предлагаем перенос T. brunnea в род Arcyria. Название Arcyria brunnea уже существует, в связи с чем мы предлагаем новое название A. brunneoiridescens (= Trichia brunnea).

Ключевые слова

миксомицеты, распространение, таксономия, 18S ярДНК, Amoebozoa, Arcyria, Myxogastria, Trichia

Список литературы

Altschul S., Gish W., Miller W. et al. Basic local alignment search tool. J. Molec. Biol. 1990. V. 215 (3). P. 403–410. https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360
Cox J.J. Notes on coprophilous myxomycetes from the Western United-States. Mycologia. 1981. V. 73. P. 741–747.
Eliasson U. Coprophilous myxomycetes: Recent advances and future research directions. Fungal Diversity. 2013. V. 59. P. 85–90. https://doi.org/10.1007/s13225-012-0185-6
Eliasson U.H., Keller H.W., Schoknecht J.D. Kelleromyxa, a new generic name for Licea fimicola (Myxomycetes). Mycol. Res. 1991. V. 95. P. 1201–1207. https://doi.org/10.1016/S0953-7562(09)80011-7
Felsenstein J. Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach. J. Molec. Evol. 1981. V. 17. P. 368–376. https://doi.org/10.1007/BF01734359
Feng Y., Schnittler M. Molecular or morphological species? Myxomycete diversity in a deciduous forest in northeastern Germany. Nova Hedwigia. 2017. V. 104 (1–3). P. 359–380. https://doi.org/10.1127/nova_hedwigia/2016/0326
Fiore-Donno A.M., Berney C., Pawlowski J. et al. Higher-order phylogeny of plasmodial slime molds (Myxogastria) based on elongation factor 1-A and small subunit rRNA gene sequences. J. Eukaryotic Microbiol. 2005. V. 52 (3). P. 201–210. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.2005.00032.x
Fiore-Donno A.M., Clissmann F., Meyer M. et al. Two-gene phylogeny of bright-spored Myxomycetes (slime moulds, superorder Lucisporidia). PLOS One. 2013. V. 8. e62586. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0062586
Fiore-Donno A.M., Nikolaev S.I., Nelson M. et al. Deep phylogeny and evolution of slime moulds (Mycetozoa). Protist. 2010. V. 161 (1). P. 55–70. https://doi.org/10.1016/j.protis.2009.05.002
García-Cunchillos I., Zamora J.C., Ryberg M. et al. Phylogeny and evolution of morphological structures in a highly diverse lineage of fruiting-body-forming amoebae, order Trichiales (Myxomycetes, Amoebozoa). Molec. Phylog. Evol. 2022. V. 177. Art. 107609. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2022.107609
Gilbert H.C., Martin G.W. Myxomycetes found on the bark of living trees. Univ. Iowa Stud. Natural History. 1933. V. 15. P. 3–8.
Härkönen M. Corticolous Myxomycetes in three different habitats in southern Finland. Karstenia. 1977. V. 17. P. 19–32. https://doi.org/10.29203/ka.1977.121
Katoh K., Misawa K., Kuma K. et al. MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Nucleic Acids Res. 2002. V. 30. P. 3059–3066. https://doi.org/10.1093/nar/gkf436
Katoh K., Standley D.M. MAFFT Multiple Sequence Alignment Software Version 7: Improvements in Performance and Usability. Molec. Biol. Evol. 2013. V. 30 (4). P. 772–780. https://doi.org/10.1093/molbev/mst010
Katoh K., Toh H. Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program. Brief. Bioinformatics. 2008. V. 9 (4). P. 286–298. https://doi.org/10.1093/bib/bbn013
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Molec. Biol. Evol. 2018. V. 35. P. 1547–1549. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
Lado C. An online nomenclatural information system of Eumycetozoa. Real Jardín Botánico, CSIC, Madrid. 2005–2023. http://www.nomen.eumycetozoa.com
Leontyev D.V., Schnittler M., Stephenson S.L. et al. Towards a phylogenetic classification of the Myxomycetes. Phytotaxa. 2019. V. 399 (3). P. 209–238. https://doi.org/10.11646/phytotaxa.399.3.5
Nguyen L.-T., Schmidt H.A., von Haeseler A. et al. IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Molec. Biol. Evol. 2015. V. 32 (1). P. 268–274. https://doi.org/10.1093/molbev/msu300
Novozhilov Y.K., Zemlianskaia I.V., Schnittler M. et al. Myxomycete diversity and ecology in the arid regions of the Lower Volga River Basin (Russia). Fungal Diversity. 2006. V. 23. P. 193–241.
Poulain M., Bozonnet J., Kohn A. Les Myxomycetes. FMBDS, Sevrier, 2012.
Rambaut A. FigTree v.1.4.4. 2018. http://tree.bio.ed.ac.uk/ software/figtree/. Accessed 23.06.2023.
Ronikier A., García-Cunchillos I., Janik P. et al. Nivicolous Trichiales from the austral Andes: unexpected diversity including two new species. Mycologia. 2020. V. 112 (4). P. 753–780. https://doi.org/10.1080/00275514.2020.1759978
Trichia brunnea J.J. Cox. Meise Botanic Garden Herbarium. 2023a. https://www.botanicalcollections.be/#/en/specimen/BR5020067892894. Accessed 23.06.2023.
Trichia brunnea J.J. Cox. Danish Myxomycetes. 2023b. http://www.myx.dk/spp/tribru.html. Accessed 23.06.2023.
Trifinopoulos J., Nguyen L.-T., von Haeseler A. et al. W-IQ-TREE: a fast online phylogenetic tool for maximum likelihood analysis. Nucleic Acids Res. 2016. V. 44 (W1). P. 232–235. https://doi.org/10.1093/nar/gkw256
Vlasenko A.V., Filippova N.V., Vlasenko V.A. Echinostelium novozhilovii (Echinosteliaceae, Myxomycetes), a new species from Northern Asia. Phytotaxa. 2018. V. 367 (1). P. 091–096. https://doi.org/10.11646/phytotaxa.367.1.11
Vlasenko A.V., Novozhilov Yu.K., Vlasenko V.A. et al. New data on obligate coprobiont myxomycetes of Siberia. Izvestiya Irkutskogo gosudarstvennogo universiteta. 2017. V. 21. P. 50–60 (in Russ.).
Vlasenko A., Vlasenko V. First Asian record of Comatricha anomala, a rare epiphytic corticolous myxomycete. Karstenia. 2020. V. 58 (1). P. 10–15. https://doi.org/10.29203/ka.2020.485
Vlasenko A.V., Vlasenko V.A., Novozhilov Yu.K. et al. Methods and difficulties of identifying species in studies on the ecology and distribution patterns of spore organisms. Contemporary Problems of Ecology. 2020. V. 13 (4). P. 346–359. https://doi.org/10.1134/S1995425520040113
Vlasenko A.V., Sambyla Ch.N., Novozhilov Yu.K. et al. Rare myxomycete species from Siberia and first record of Tubifera dimorphotheca in Russia. Czech Mycology. 2021a. https://doi.org/10.33585/cmy.73209
Vlasenko A., Shanmak R., Sambyla Ch. First data on Myxomycetes of the State Nature Preserve “Sut-Khol”, Republic of Tuva (Tyva), Russia. In: Northern Asia plant diversity: Current trends in research and conservation. BIO Web of Conferences. 2021b. V. 38, 00136, pp. 1–5.
Walker L.M., Leontyev D.V., Stephenson S.L. Perichaena longipes, a new myxomycete from the Neotropics. Mycologia. 2015. V. 107 (5). P. 1012–1022. https://doi.org/10.3852/14-330
Власенко А.В., Новожилов Ю.К., Власенко В.А. и др. (Vlasenko et al.) Новые данные об облигатных копробионтных миксомицетах Сибири // Известия Иркутского государственного университета. Серия: Биология. Экология. 2017. Т. 21. С. 50–60.