DNA Barcoding of Xylobiont Species of Fungi and Lichens from the Samursky National Park (Republic of Dagestan, Russia): First Results

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

DNA barcoding is one of the most effective and modern approaches to obtaining new information on biodiversity of fungi and lichens in poorly studied and/or unique regions. As a result of this research, a total of 16 DNA barcodes were obtained for new regional finds of xylobiont aphyllophoroid fungi and lichens inhabiting the territory of the Samursky National Park (Republic of Dagestan, Russia). Among them, not only nucleotide sequences of ITS nrDNA for specimens identified based on classical micromorphological methods are presented, but also new information on cryptic species differentiated using molecular genetic approach. The taxonomic spectrum of the studied objects includes representatives of the genera Coniophora, Dendrographa, Diploicia, Dirina, Evernia, Hyphoderma, Lyomyces, Mycoacia, Opegrapha, Peniophorella, Phanerochaete, and Xylodon. Mycoacia aurea is registered for the first time for the Republic of Dagestan and the Eastern Caucasus.

Full Text

Restricted Access

About the authors

S. V. Volobuev

Komarov Botanical Institute of the Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: sergvolobuev@binran.ru
Russian Federation, Saint Petersburg

A. B. Ismailov

Mountain Botanical Garden of the Dagestan Federal Research Center of the Russian Academy of Sciences

Email: i.aziz@mail.ru
Russian Federation, Makhachkala

References

  1. Begerow D., Nilsson R.H., Unterseher M. et al. Current state and perspectives of fungal DNA barcoding and rapid identification procedures. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010. V. 87. P. 99–108. https://doi.org/10.1007/s00253-010-2585-4
  2. Hebert P.D., Cywinska A., Ball S.L. et al. Biological identifications through DNA barcodes. Proc. Royal Soc. London, Series B: Biol. Sci. 2003. V. 270 (1512). P. 313–321. https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
  3. Hubert N., Hanner R., Holm E. et al. Identifying Canadian freshwater fishes through DNA barcodes. PLOS One. 2008. V. 3. Art. e2490. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0002490
  4. Ismailov A., Urbanavichus G., Vondrák J. et al. An old-growth forest at the Caspian Sea coast is similar in epiphytic lichens to lowland deciduous forests in Central Europe. Herzogia. 2017. V. 30 (1). P. 103–125. https://doi.org/10.13158/heia.28.1.2015.104
  5. Ismailov A.B., Volobuev S.V. Dirina ceratoniae (Arthoniales, Ascomycota): first record from Russia. Turczaninowia, 2022. V. 25 (3). P. 189–193. https://doi.org/10.14258/turczaninowia.25.3.17
  6. Ismailov A.B., Volobuev S.V., Ivanushenko Yu.Yu. Alpha diversity of lichenized and aphyllophoroid fungi in two 1ha forest plots in the Samursky National Park (Republic of Dagestan, Russia). South of Russia: ecology, development. 2023a. V. 18 (4). P. 51–63. https://doi.org/10.18470/1992‐1098‐2023‐4‐51‐63
  7. Ismailov A.B., Volobuev S.V., Kataeva O.A. New records of the genus Ramalina (Lecanorales, Ascomycota) in Dagestan with a key to species. Turczaninowia. 2023b. V. 26 (4). P. 31–38. https://doi.org/10.14258/turczaninowia.26.4.7
  8. Ivanushenko Yu.Yu., Volobuev S.V. Species of Odontia and Tomentella (Thelephorales, Basidiomycota) new to Dagestan, Russia. South of Russia: ecology, development. 2020. V. 15 (3). P. 165–173. https://doi.org/10.18470/1992‐1098‐2020‐3‐165‐173
  9. Kerr K.C., Stoeckle M.Y., Dove C.J. et al. Comprehensive DNA barcode coverage of North American birds. Molecular ecology notes. 2007. V. 7 (4). P. 535–543. https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2007.01670.x
  10. Lücking R., Aime M.C., Robbertse B. et al. Unambiguous identification of fungi: where do we stand and how accurate and precise is fungal DNA barcoding? IMA Fungus. 2020. V. 11. Art. 14. https://doi.org/10.1186/s43008-020-00033-z
  11. Nilsson R.H., Wurzbacher C., Bahram M. et al. Top 50 most wanted fungi. MycoKeys. 2016. V. 12. P. 29–40. https://doi.org/10.3897/mycokeys.12.7553
  12. Shneyer V.S., Rodionov A.V. Plant DNA Barcodes. Biology Bull. Reviews. 2019. V. 9 (4). P. 295–300. https://doi.org/10.1134/S207908641904008x
  13. Truong C., Mujic A.B., Healy R. et al. How to know the fungi: combining field inventories and DNA-barcoding to document fungal diversity. New Phytol. 2017. V. 214 (3). P. 913–919. https://doi.org/10.1111/nph.14509
  14. Volobuev S.V. Antrodia hyalina (Polyporales, Basidiomycota), new species to the Caucasus. Botanical Journal of the North Caucasus. 2021. V. 1. P. 28–34. https://doi.org/10.33580/24092444_2021_1_28
  15. Volobuev S.V. Aphyllophoroid fungi of the “Samurskiy” national park (Dagestan). Mikologiya i fitopatologiya. 2020. V. 54 (4). P. 235–243. https://doi.org/10.31857/S002636482004011x
  16. Volobuev S.V. Sidera tibetica (Hymenochaetales, Basidiomycota), a new species to Russia. Mikologiya i fitopatologiya. 2023. V. 57 (6). P. 394–400. https://doi.org/10.31857/S0026364823060156
  17. Volobuev S., Okun M., Ordynets A. et al. The Phanerochaete sordida group (Polyporales, Basidiomycota) in temperate Eurasia, with a note on Phanerochaete pallida. Mycol. Progress. 2015. V. 14. Art. 80. https://doi.org/10.1007/s11557-015-1097-0
  18. Volobuev S.V., Ivanushenko Yu.Yu., Ismailov A.B. Diversity and ecology of poroid fungi (Agaricomycetes, Basidiomycota) of the Gunib Plateau, Dagestan. South of Russia: ecology, development. 2021. V. 16 (3). P. 68–80. https://doi.org/10.18470/1992-1098-2021-3-68-80
  19. Volobuev S.V., Shakhova N.V. Monitoring of protected fungal species in Samursky national park. Botanical Journal of the North Caucasus. 2022. V. 2. P. 7–13. https://doi.org/10.33580/24092444_2022_2_7
  20. Xu J. Fungal DNA barcoding. Genome. 2016. V. 59 (11). P. 913–932. https://doi.org/10.1139/gen-2016-0046

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2024 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».