Investigation of subunit vaccine candidates against african swine fever vaccine candidates derived from subdomains of the transmembrane protein CD2v, using immunoinformatics and molecular dynamics metods

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

African swine fever (ASF) remains a global threat to pig production, causing economic losses. In this study, a theoretical comparison of candidate subunit vaccines based on the ASFV transmembrane protein CD2v was performed. Three supramembrane subdomains of CD2v were evaluated using immunoinformatics, structure prediction and molecular modeling methods. The results show that all candidates are non-toxic, non-allergenic and able to induce a stable immune response, including long-term antibody production. Subdomain A stands out as the most promising due to its high immunogenicity, despite potential difficulties in expression in Escherichia coli. Immunomodeling of activation of both primary and secondary immune responses, analysis of structural stability showed the reliability of the candidates under ascertaining conditions. The study provides a theoretical basis for further experimental development of subunit vaccines against ASF, combining safety and efficacy.

全文:

受限制的访问

作者简介

А. Ivanovsky

National Research Centre “Kurchatov Institute”

编辑信件的主要联系方式.
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
俄罗斯联邦, 1, Akademika Kurchatova pl., 123182 Moscow

V. Timofeev

National Research Centre “Kurchatov Institute”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
俄罗斯联邦, 1, Akademika Kurchatova pl., 123182 Moscow

А. Chernyavsky

National Research Centre “Kurchatov Institute”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
俄罗斯联邦, 1, Akademika Kurchatova pl., 123182 Moscow

А. Tulenev

National Research Centre “Kurchatov Institute”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
俄罗斯联邦, 1, Akademika Kurchatova pl., 123182 Moscow

Y. Kordonskaya

National Research Centre “Kurchatov Institute”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
俄罗斯联邦, 1, Akademika Kurchatova pl., 123182 Moscow

М. Marchenkova

National Research Centre “Kurchatov Institute”; Southern Federal University

Email: a.1wanowskiy@gmail.com

Smart Materials Research Institute, Southern Federal University

俄罗斯联邦, 1, Akademika Kurchatova pl., 123182 Moscow; 344090 Rostov-on-Don

Y. Pisarevsky

National Research Centre “Kurchatov Institute”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
俄罗斯联邦, 1, Akademika Kurchatova pl., 123182 Moscow

Y. Dyakova

National Research Centre “Kurchatov Institute”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
俄罗斯联邦, 1, Akademika Kurchatova pl., 123182 Moscow

参考

  1. Tran X.H., Le T.T.P., Nguyen Q.H. et al. // Transbound Emerg Dis. 2022. V. 69. № 4. P. 497. https://doi.org/10.1111/tbed.14329
  2. Monteagudo P.L., Lacasta A., López E. et al. // J. Virology. 2017. № 21. P. 91. https://doi.org/10.1128/jvi.01058-17
  3. Abramson J., Adler J., Dunger J. et al. // Nature. 2024. V. 630. P. 493. https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w
  4. Jeppe H., Trigos K.D., Pedersen M.D. et al. // ВioRxiv. 2022. № 487609. https://doi.org/10.1101/2022.04.08.487609
  5. Kolesnikov I.A., Timiofeev V.I., Ermakov A.V. et al. // Crystallography Reports. 2023. V. 68. № 6. P. 955. https://doi.org/10.1134/S1063774523601077
  6. Doytchinova I.A., Flower D.R. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. P. 4. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-4
  7. Sudipto Saha, Raghava G.P.S. // Nucleic Acids Res. 2006. V. 34. P. 202. https://doi.org/10.1093/nar/gkl343
  8. Sharma N., Naorem L.D., Jain S., Raghava G.P.S. // Brief Bioinform. 2022. V. 23. № 5. P. 174. https://doi.org/10.1093/bib/bbac174
  9. Rapin N., Lund O., Bernaschi M., Castiglione F. // PLoS One. 2010. V. 5. № 4. P. 9862. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009862
  10. Páll S., Zhmurov A., Bauer P. et al. // J. Chem. Phys. 2020. V. 153. № 13. P. 134110. https://doi.org/10.1063/5.0018516

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载
2. Fig. 1. Spatial structure of the CD2v protein with highlighted subdomains.

下载 (70KB)
索引源数据
3. Fig. 2. Results of in silico computational immunological modeling (C-ImmSim [9]) with the proposed subunit vaccine candidates as antigens: dynamics of immunoglobulin generation after antigen administration (left column) and release of cytokines and interleukins in response to antigen administration (right column).

下载 (722KB)
索引源数据
4. Fig. 3. Evolution of the root mean square deviation (RMSD) and radius of gyration (R) characterizing the stability of the structures of vaccine candidates based on A (top), B (middle) and A + B (bottom) subunits during 100 ns molecular dynamics.

下载 (456KB)
索引源数据

版权所有 © Russian Academy of Sciences, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».