Исследование субъединичных вакцин-кандидатов против африканской чумы свиней, сконструированных из субдоменов трансмембранного белка CD2v, с использованием методов иммуноинформатики и молекулярной динамики

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Вирус африканской чумы свиней (АЧС) остается глобальной угрозой для свиноводства, наносящей значительный экономический ущерб. Проведено теоретическое сравнение субъединичных вакцин-кандидатов на основе капсидного белка CD2v вируса АЧС. С использованием методов иммуноинформатики и молекулярно-динамического моделирования проведена оценка трех надмембранных субдоменов CD2v. Результаты демонстрируют, что все кандидаты нетоксичны, неаллергенны и способны индуцировать устойчивый иммунный ответ, включая длительную продукцию антител. Субдомен А выделен как наиболее перспективный благодаря высокой иммуногенности, несмотря на потенциальные сложности в экспрессии в Escherichia coli. Иммуномоделирование подтвердило активацию как первичного, так и вторичного иммунного ответа, а анализ структурной стабильности показал надежность кандидатов в физиологических условиях. Исследование представляет теоретическую основу для дальнейшей экспериментальной разработки субъединичных вакцин против вируса АЧС, сочетающих безопасность и эффективность.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. С. Ивановский

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”

Автор, ответственный за переписку.
Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

В. И. Тимофеев

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

А. А. Чернявский

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

А. А. Тюленев

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

Ю. В. Кордонская

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

М. А. Марченкова

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”; Южный федеральный университет

Email: a.1wanowskiy@gmail.com

Международный исследовательский институт интеллектуальных материалов Южного федерального университета

Россия, Москва; Ростов-на-Дону

Ю. В. Писаревский

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

Ю. А. Дьякова

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”

Email: a.1wanowskiy@gmail.com
Россия, Москва

Список литературы

  1. Tran X.H., Le T.T.P., Nguyen Q.H. et al. // Transbound Emerg Dis. 2022. V. 69. № 4. P. 497. https://doi.org/10.1111/tbed.14329
  2. Monteagudo P.L., Lacasta A., López E. et al. // J. Virology. 2017. № 21. P. 91. https://doi.org/10.1128/jvi.01058-17
  3. Abramson J., Adler J., Dunger J. et al. // Nature. 2024. V. 630. P. 493. https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w
  4. Jeppe H., Trigos K.D., Pedersen M.D. et al. // ВioRxiv. 2022. № 487609. https://doi.org/10.1101/2022.04.08.487609
  5. Kolesnikov I.A., Timiofeev V.I., Ermakov A.V. et al. // Crystallography Reports. 2023. V. 68. № 6. P. 955. https://doi.org/10.1134/S1063774523601077
  6. Doytchinova I.A., Flower D.R. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. P. 4. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-4
  7. Sudipto Saha, Raghava G.P.S. // Nucleic Acids Res. 2006. V. 34. P. 202. https://doi.org/10.1093/nar/gkl343
  8. Sharma N., Naorem L.D., Jain S., Raghava G.P.S. // Brief Bioinform. 2022. V. 23. № 5. P. 174. https://doi.org/10.1093/bib/bbac174
  9. Rapin N., Lund O., Bernaschi M., Castiglione F. // PLoS One. 2010. V. 5. № 4. P. 9862. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009862
  10. Páll S., Zhmurov A., Bauer P. et al. // J. Chem. Phys. 2020. V. 153. № 13. P. 134110. https://doi.org/10.1063/5.0018516

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Пространственная структура белка CD2v с выделенными субдоменами.

Скачать (70KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Результаты вычислительного иммунологического моделирования in silico (C-ImmSim [9]) с предложенными субъединичными вакцинами-кандидатами в качестве антигенов: динамика генерации иммуноглобулинов после введения антигена (левая колонка) и высвобождение цитокинов и интерлейкинов в ответ на введение антигенов (правая колонка).

Скачать (722KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Эволюция среднеквадратичного отклонения (СКО) и радиуса гирации (R), характеризующих стабильность структур вакцин-кандидатов на основе субъединиц А (сверху), B (посередине) и A + B (снизу) во время 100 нс молекулярной динамики.

Скачать (456KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».