Transferability of SSR Markers Developed on Gosseberry to Red and Black Currants

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

Eleven microsatellite markers previously developed based on gooseberry sequences were tested on red and black currants. As a result, all microsatellite loci were amplified on representatives of black currant, but on representatives of red currant there was no amplification in three loci (RucANS, RucDFR2-1, RucDFR1-3). Polymorphic loci have been identified for both black and red currants. In the MTT-7 locus in the studied black currant genotypes, amplification of 3 fragments has been observed. Probably this locus is duplicated in black currant genome. At the same time, in red currant, amplification typical for monolocus microsatellite has been observed in the MTT-7 locus. The RucHLH-1 and RucUFGT loci were tested on a hybrid red currant family (Belaya Potapenko × 1426-21-80). By genetic mapping, the localization of the RucHLH-1 locus was established on linkage group 4 in the red currant genome, and the localization of RucUFGT was presumably on linkage group 1. The set of microsatellite loci for the currant genus is currently limited. This work shows that some of the SSR markers developed on gooseberries are amplified and reveal polymorphism in currants and can be used to study both black and red currants.

Full Text

Restricted Access

About the authors

A. V. Pikunova

All-Russian Research Institute of Fruit Crop Breeding, VNIISPK

Author for correspondence.
Email: pikuanna84@mail.ru
Russian Federation, Zhilina, Orel district, 302530

A. A. Pavlenko

All-Russian Research Institute of Fruit Crop Breeding, VNIISPK

Email: pikuanna84@mail.ru
Russian Federation, Zhilina, Orel district, 302530

M. A. Dolzhikova

All-Russian Research Institute of Fruit Crop Breeding, VNIISPK

Email: pikuanna84@mail.ru
Russian Federation, Zhilina, Orel district, 302530

O. D. Golyaeva

All-Russian Research Institute of Fruit Crop Breeding, VNIISPK

Email: pikuanna84@mail.ru
Russian Federation, Zhilina, Orel district, 302530

S. D. Knyazev

All-Russian Research Institute of Fruit Crop Breeding, VNIISPK

Email: pikuanna84@mail.ru
Russian Federation, Zhilina, Orel district, 302530

References

  1. Vieira M.L., Santini L., Diniz A.L., Munhoz C.D. Microsatellite markers: What they mean and why they are so useful // Genet. Mol. Biol. 2016. V. 4. № 39. P. 312–328. https://doi.org/10.1590/1678-4685-GMB-2016-0027
  2. Brennan R., Jorgensen L., Woodhead M., Russell J. Development and characterization of SSR markers in Ribes species // Mol. Ecol. 2002. V. 2. № 3. P. 327–330. https://doi.org/10.1046/j.1471-8286.2002.00233.х
  3. Brennan R., Jorgensen L., Hackett C. et al. The development of a genetic linkage map of blackcurrant (Ribes nigrum L.) and the identification of regions associated with key fruit quality and agronomic traits // Euphytica. 2008. V. 161. P. 19–34. https://doi.org/10.1007/s10681-007-9412-8
  4. Пикунова А.В, Горюнова С.В, Горюнов Д.В. Генетическая карта смородины красной (Ribes rubrum L.), построенная с применением SSR и SNP ДНК-маркеров // Генетика. 2020. V. 56. № 11. С. 1340–1344. https://doi.org/10.31857/S0016675820100100
  5. Kalia R.K., Rai M.K., Kalia S. et al. Microsatellite markers: An overview of the recent progress in plants // Euphytica. 2011. V. 177. № 3. P. 309–334. https://doi.org/10.1007/s10681-010-0286-9
  6. Князев С.Д., Огольцова Т.П. Селекция смородины черной на современном этапе. Орел: Изд-во ОрелГАУ, 2004. 238 с.
  7. Janczewski E. Monograph of the currants Ribes L. // Mem. Soc. Phys. Hist. Nat. Geneve. 1907. V. 35. P. 199–517.
  8. Berger A. A taxonomic review of currants and gooseberries // N.Y. Agric. Exptl Sta. Techn. Bull. 1924. V. 109. P. 1–118.
  9. Doyle J.J., Doyle J.L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue // Phytochem. Bull. 1987. V. 19. P. 11–15.
  10. Antonius K., Karhu S., Kaldm H. et al. Development of the Northern European Ribes core collection based on a microsatellite (SSR) marker diversity analysis // Plant Genet. Res.: Characterization and Utilization. 2012. V. 10. P. 70–73. https://doi.org/10.1017/S1479262111000980
  11. Vidyagina E.O., Lebedev V.G., Subbotina N.M. The development of the genic SSR markers for analysis of genetic diversity in gooseberry cultivars // Agronomy. 2021. V. 11. № 6. https://doi.org/10.3390/agronomy11061050
  12. Peakall R., Smouse P.E. GenAlEx 6.5: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research — an update // Bioinformatics. 2012. V. 28. Р. 2537–2539. https: 10.1111/j.1471- 8286.2005.01155.x
  13. Пикунова А.В., Мартиросян Е.В., Князев С.Д., Рыжова Н.Н. Применение RAPD-анализа для изучения генетического полиморфизма и филогенетических связей у представителей рода Ribes L // Экол. генетика. 2011. Т. 9. № 2. С. 34–44.
  14. Pikunova A., Goryunova S., Goryunov D. Genetic diversity and pedigree analysis of red currant germplasm // Plants. 2022. V. 11. № 13. https://doi.org/10.3390/plants11131623

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Fig. 1. Genetic map of linkage group 4 of red currant and localization of the RucHLH-1 locus on it (indicated by arrow).

Download (175KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2024 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».